uBatchImport.zip

数多くの外国のデータ形式を Spike2 にインポートすることができます。個々のファイルは、Spike2 の File メニューにある Import を使ってインタラクティブにインポートできます。しかし、インポートする同じ形式のファイルがたくさんある場合には、時間がかかりうんざりしてきます。このスクリプトを使うことにより、指定されたフォルダ内にあるユーザー定義の形式の全ファイルをインポートできるようになります。一定の制限が適用されます。例えば、Spike2 の 32 ビット版でしかインポートできない形式もあります。詳細は、「外国のデータ・ファイルのインポート」にあるオンライン・ヘルプをご覧ください。

このスクリプトでは、Spike2 v8.04 以降が必要です。

改良：

• 現在、DSI インポーターは作動します。
• ADI LabChart
• Lab streaming layer (*.xdf)
• TDTインポーターが更新されました。
• PonemahとXltek -Neuroworksインポーターが追加されました（Spike2 v8.08、あるいはそれ以降のバージョンをお使いのユーザ向けです）。

HumRemExpress.zip

Tこのスクリプトは、CED の主電源パルス・ボックスまたは類似の装置を使って信頼できるハム音マーカー・イベント・チャンネルを記録したときに使用する簡素化されたハム音の除去スクリプトです。ビデオ デモを参照してください。

ハム音を含む波形チャンネルからハム・マーカーを引き出さなければならない場合は、オリジナルのハム音の除去スクリプトを使用してください。

このスクリプトでは、Spike2 v7.20 以降が必要です。

HumRemove.zip

本スクリプトは電源関連の干渉を除去することで、生理学的な記録の信号雑音比を改善するために作成されました。これはフィルタリングによってではなく、未加工のデータから電源による干渉の推定値を引き、新しいチャンネルに保存することで改善します。

このアップグレード版のスクリプトの使用には、Spike2 のバージョン 7.20、あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

波形の記録には最低でも500Hz、できれば5kHzよりも高いサンプリング・レートを使用してください。データ・チャンネルだけでなく、電源の周波数振動を継続して明確に示す専用の波形チャンネルを記録することで最適な結果が得られます。これは単にシールド保護されていないケーブルから電源をピックアップすることでも可能です。本スクリプトは、この信号を使って各電源サイクルの始まりのタイム・マークのイベント・チャンネルを生成することができます。これらのタイム・マークを使用して、電源の干渉信号を計算し、各波形から引き、クリーンな波形にします。

詳細全体については、データシートである、「Hum Remove.pdf」を参照してください。

batch400.zip

通常の Spike2 タイム・ビューの容量は、最大チャンネル数 400、最大サイズ 2 GB です。しかし、サンプリング設定で作成されるデフォルトのチャンネル数は 32 です。データ解析で多数の追加チャンネルの作成が必要となる場合には足りないこともあります。

このスクリプトを使うことによって、解析中に使えるチャンネルが不足しないように、また、限界の 2GB を超えるファイルサイズにできるように、選択されたフォルダ内の全 .smr ファイルを 400 チャンネルの big file 形式にバッチ変換することが可能です。このスクリプトには入念なテストが行われています。ただし、動作保証はできませんので、実行する前にデータのバックアップを取ってください！

AddTmk.zip

Tスクリプトを使ってオフラインでタイム・ビューに TextMark を付加することができます。また、既存のディスクベースのチャンネル内での TextMark の追加や削除、またはTextMark チャンネルの新規作成も可能です。本スクリプトは、Script Bar上にAdd Tmkとラベル付けされたホットキーを作成します。このボタンのクリック、あるいはキーボード・ショートカットAlt+Tで、スクリプトを実行することができます。スクリプト・ダイアログのメイン画面にはHelpボタンがあり、このボタンをクリックすると、スクリプトのユーザ・ガイドが表示されます。

このスクリプトでは、Spike2 v6.18 以降が必要です

MarkState.zip

本スクリプトを使い、タイム・ビュー内で ‘ステート’ チャンネルを作成し、そのチャンネルを使ってデータ内の重要な時間の範囲にカラーラベルが付いたバーで印をつけることができます。波形チャンネルがユーザが定義した閾値を超えた（あるいは下回った）際に、これらのバーを自動的に付加しエピソードに印をつけることができます。あるいはマウスでクリックし、ドラッグすることで、手動でも時間の範囲に印をつけることができます。

本スクリプトを使い、タイム・ビュー内で ‘ステート’ チャンネルを作成し、そのチャンネルを使ってデータ内の重要な時間の範囲にカラーラベルが付いたバーで印をつけることができます。波形チャンネルがユーザが定義した閾値を超えた（あるいは下回った）際に、これらのバーを自動的に付加しエピソードに印をつけることができます。あるいはマウスでクリックし、ドラッグすることで、手動でも時間の範囲に印をつけることができます。

Spike2 の 7.18 版ならびに 8.10 版で試験済みです。

TimeShiftEvents.zip

このスクリプトを使用して、イベントまたはマーカー時間を現在選択しているデータファイルから開いているデータファイルの新しい永久的なチャンネルにコピーすることができます。 スクリプトでコピーするデータ範囲を選択するための新しいカーソルが作成されます。新しいチャンネルのデータの開始時間を設定してオプションのタイムシフトを適用できます。 適する例のデータファイル、Demo.smr、が Spike2 ディレクトリの Data フォルダに含まれています。

このスクリプトでは、Spike2 v5.21 以降が必要です。

AddEvents.zip

このスクリプトで、ユーザーが、指定した間隔と時間範囲でデータファイルのイベントを新しいチャンネルに追加するための刺激の時間範囲と周波数を設定することができます。 スクリプトでまた、複数のイベント列を同一チャンネルに追加することも可能です。

さらに、このスクリプトを使用して、出力用に設定した周波数でパルス列を作成することもできます。データファイルにイベント・チャンネルとしてイベントが作成されると、PlaySpikeTimes スクリプトを使用してイベントを出力シーケンスに読み込むことが可能となります。

このスクリプトでは、Spike2 v5.21 以降が必要です。

StimNumber.zip

このスクリプトを使用して、刺激イベント、スパイク形状またはマーカーに認識番号を与えることができます。スクリプトで、範囲内の最初のイベントの時間に 1 から始まるテキスト・ストリングを保持する新しい TextMark メモリー・チャンネルが作成されます。適する例のデータファイル、Demo.smr、が Spike2 ディレクトリの Data フォルダに含まれています。

このスクリプトでは、Spike2 v5.21 以降が必要です。

Marking.zip

このスクリプトを使用して、s2videoを使用して作成されたビデオ（通常は動物の行動ビデオ）とともに記録された生理学的データに注釈を付けることができます。求められる速度でビデオとSpike2データを再生し、キーボードを使ってデータファイル内の重要な行動をマーキングできます。本スクリプトでは、行動の異なるカテゴリーである「States」と「Events」を記録するためのチャネルが2つ作成されます。

関連するキーを押すと色分けされた水平バーを使ったStatesのマーキングが開始され、スペースバーを押すか、別のステートが開始されるまで継続します。

Eventチャネルは、色分けされたTextMarksを使って短い動作の発生のみを記録します。また、StatesとEventsはともに各行動タイプが異なるレベルで表される「スカイライン」プロットでマーキングされます（睡眠研究でよく使用されるヒプノグラムに似たものです）。イベントの「レベル」チャネルには、標準持続時間（0.2秒）の短い偏差があります。

最大26の動作（アルファベット1文字につき1動作）と、それぞれのラベル（最大80文字）の指定が可能です。 ラベルは、Stateマーカー内で、またはマウスをEventマークに合わせると表示されます。

このスクリプトは、エソグラムチャネルにおける誤りを修正できる編集ツールを保持し、結果を要約したテーブルの生成も行います。

スクリプト・ツールバーのボタンをクリックすると、ユーザーガイドの表示や印刷ができます。

要件：Spike2 v 8.25あるいはそれ以降のバージョンおよびライブラリUG.s2s。

ChanReName.zip

1つのファイルに保存された複数のデータセットを処理する一部のSpike2スクリプトにおいては、通常、スクリプトに処理するチャンネルを認識させるために、チャンネルのタイトルを特定の命名方式に一致させる必要があります。例えば、複数種の動物から収縮期血圧のトレースを処理するスクリプトでは、血圧用のチャンネル・タイトルであるSBP（1～SBP：n）が必要になる場合があります。

このスクリプトは、分析するスクリプトの要件に合わせて複数のチャンネルの名前を変更し、その後、元のチャンネル・タイトルを復元するための迅速な方法を提供します。1つのパスで最大20チャンネルのタイトルを変更することができます。元のタイトルに戻すには、再度スクリプトを実行する必要があります。

スクリプトによってスクリプト・バーに「ChRename」と書かれたホットキーが追加されるため、迅速なアクセスが可能です。

このスクリプトでは、Spike2 v7.20 以降が必要です。

AlignComments.zip

このスクリプトはスクリプト・ライター用のユーティリティです。行の注釈を共通の、ユーザー定義のオフセットに整列させることによりスクリプトのレイアウトが改善されます。

このスクリプトには、Spike2 バージョン 6.04 またはそれ以降が必要です。

MergeFiles5.zip

このユーティリティ・スクリプトを使用すると以下のことが可能になります。

• 選択したフォルダ内のタイム・ビュー全部を１つのデータ・ファイルに結合する
• 開いたタイム・ビュー間でデータをコピーして貼り付ける
• タイム・ビュー内で選択した時間範囲からデータを削除する

ConcatFiles.zip

このスクリプトは、同じサンプリング設定を使ってタイム・シーケンスで記録されたデータ・ファイルのバッチをマージすることを意図しています。ファイルは端と端でつなげられ、1 つの記録の終了と次の記録の開始の間に遅延がある場合はギャップが挿入されます。すなわち、秒単位まで正確な時間軸が維持されるということです。これは、1 日の時間帯とギャップの持続時間が重要となる長期にわたる記録を連結する際に特に重要です。

本スクリプトは、Virtual チャンネル、チャンネル・プロセス、チャンネル表示順序などを作成先のファイルで維持するために、バッチ内の最初のソース・ファイルのリソース・ファイルを適用します。

他の情報は、スクリプト自体の最初にあるコメントに含まれています。

Spike2 v8.05 でテスト済み。Spik2 v7.07 以降と互換性あり。

DeleteRanges.zip

このスクリプトには、Spike2 バージョン 7.07 またはそれ以降が必要です。これによって Spike2 のタイム・ビューからマークを付けた時間範囲を削除することができます。Spike2 のscripts フォルダ内の TimeRanges.s2s スクリプトを使用して、切り取る時間範囲にマークを付けます。次に、このスクリプトを実行して、編集済みの新しいデータ・ファイルを作成します。

元のデータは、手つかずのままです。このスクリプトを使用して、データの「編集済みの強調箇所」を生成したり、刺激アーティファクトを削除したりできます。

RmktoRWave.zip

Rm()またはRmc()エクスプレッションを使用するVirtualチャンネルを作成し、そのチャンネルをディスク・チャンネルに保存することで、RealMarksに保存されたデータの恒久的なコピーをインタラクティブに作成できます。しかし、複数のチャンネルを処理する場合、時間がかかってしまいます。このスクリプトは、その作業をスピードアップさせるためのものです。

本スクリプトは、Script バー・ボタンを介して現在のビューで動作し、単一のチャンネルまたは選択された複数のRealMarkチャンネルの処理を実行します。

このスクリプトでは、Spike2 v8.24 以降が必要です。

unclip.zip

閾値を超えたイベントを検出する分析には多くの種類があります。通常、この閾値は平均値に標準偏差の倍数を加えた値を基にします。

平均値と標準偏差値の計測を行う際、例えば「クリッピング」のように、波形が繰り返し記録範囲の限界値に達し、そのことが原因でアーティファクトがデータに影響を及ぼすことがあるので注意が必要です。これはEEGあるいはECGを記録するためにテレメトリー・システムを使用する際に頻繁に起こる問題です。.

この「実用本位の」スクリプトは、ユーザーが設定した閾値を上回る、あるいは下回るアーティファクトを特定し、ユーザーが定義した基準値で置き換えたアーティファクトを使って影響を受けたチャンネルのRealWaveコピーを作ることで、この問題を緩和する方法を提供しています。こうすることで、平均値と標準偏差測定の歪みを削減し、またグリッチも除去し、データを見やすくしています。

本スクリプトの使用には、Spike2 v7.19あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

ACSR.zip

これらのスクリプトは、生理学的な記録におけるアーティファクトの影響を軽減することを目的としています。以下の状況で役立つ可能性があります：

• 不要な信号のレベルが記録中一定である
• アーティファクト単独の記録が可能である
• 通常の遮蔽方法では除去できない

簡単に言うと、これらのスクリプトは、スペクトル分析を使用して、アーティファクト信号（トレーニングデータ）だけを特徴付けて、アーティファクトと生理学的データを含む短いオーバーラップしているデータブロックのスペクトルからその信号の減算を行うものです。編集されたスペクトルは、周波数から時間領域に逆変換され、アーティファクトの影響を受けていた元の波形をフィルタリングしたものとして再構成されます。

この手法は以下の論文に基づいています：

Kim et al, A Novel Technique to Reject Artifact Components for Surface EMG Signals Recorded during Walking with TranscutaneousSpinal Cord Stimulation: A Pilot Study（金氏らによる経皮的脊髄刺激による歩行時の表面筋電図信号のアーティファクト成分を除去する新手法：予備研究）, Frontiers in Human Neuroscience, June 2021, Vol 15, Article 6605833

本パッケージには、4つの主要なスクリプトと、スクリプトの関数や例を含む複数のライブラリが含まれています。

Spike2 v10.17あるいはそれ以上のバージョンをお使いのユーザーは、スクリプトACSRoffline.s2sとACSRonline.s2sを使用して、それぞれオフラインまたはオンラインでこのメソッドを適用できます。最新のSpike2 v8やv9をお使いのユーザーは、低速版のACSR9offline.s2sとACSR9online.s2sをご利用ください。

ACSRinclude.s2s、ACSR9include.s2s、ug.s2s、ghutils.s2sは、メインスクリプトに必要なスクリプト関数のライブラリです。これらのファイルは、Documents/SpikeN folder内（Nはバージョン番号）のincludeというフォルダに保存してください。あるいは、主要なスクリプトと同じフォルダに保存することもできます。

.zipファイルには、.pdfのユーザー・ガイドと、オフライン・スクリプトを試すために使用できるデータファイルACSRexample data.smrx （および.s2rx）が含まれています。このファイルには、2チャンネルの連続的なアーティファクト（主に電源のハム音）とEMGのエピソードが含まれています。また、オンライン・スクリプトのテストに使用できるサンプリング構成ACSRtst.s2cxも提供されています。

debounce.zip

このシンプルなスクリプトは、イベント・チャンネルを別のイベント・チャンネルへコピーすることによってイベント・チャンネルを掃除し、最後のイベントの直後に発生したすべてのイベントを無視します。

ECGdelete.zip

このスクリプトで、emg 記録の ECG アーティファクトが基準ノイズ減算によって低減されます。使用データと一緒にアーティファクトの位置をマークするイベントのソースとして専用の ECG チャンネルを記録する必要があります（emg チャンネルのアーティファクト自体が信頼できるトリガーとして十分大きい場合を除きます）。

この zip ファイルには、Spike2 v7.07 およびそれ以降との併用に適する ECGdelete01.s2s と Spike2 v5.21 および v6 と併用できる ECGdelete v5.s2s のスクリプト 2 つが含まれています。

artrem.zip

データ・チャンネルから不自然な刺激を削除し、不自然な部分を直線に置き換えて連続性を保ちます。 アーチファクはトリガー・チャンネルからのタイミングによってまたはカーソルの位置によって識別することができます。

このダウンロードには、 Spike2 v6 および以降のユーザー用の更新済みバージョンが含まれています。この基本バージョンは、Spike2 の初期バージョンのユーザーを対象に現在も使用可能です。

FixGlitch.zip

このバージョン 7 のスクリプトでは、Waveform または RealWave チャンネルの不具合やアーチファクトは、線形予測　を使用して置き換えられています。簡単に言えば、スクリプトによって、 「不正」なデータのセグメントは、不具合のいずれかの側に位置する「正しい」データの同様なスペクトル内容の波形で置き換えられるということです。

res2smr.zip

結果データファイルをデータファイルに変換し直し、データファイルの特定用途を可能にします。これには Spike2 バージョン 4 が必要です。