Existem vários casos em que pode ser necessário operar vários 1401s na mesma configuração experimental. Por exemplo, podem ser necessários mais canais de entrada de forma de onda ao executar o software Spike2, do que os disponíveis com um único 1401 totalmente expandido. A opção de sincronização permite ao usuário conectar vários sistemas 1401 para superar este problema.
Ligar sistemas separados levanta a questão do tempo. Quando usado de forma independente, cada 1401 pode ser iniciado com o mesmo pulso de disparo, mas depois funciona a uma taxa de clock derivada de seu próprio relógio de cristal interno.
A precisão do relógio interno é de 50 partes por milhão ou melhor ao longo do tempo e da temperatura operacional. Isso significa que dois 1401s iniciados com o mesmo pulso inicial podem ter uma diferença de até 1 segundo após 6 horas. Para muitas aplicações, isso pode não ser significativo, mas para procedimentos experimentais onde vários 1401s estão em uso, pode dificultar o alinhamento de eventos que foram registrados por diferentes 1401s.
Para resolver este problema, o Power1401 e o Micro1401-4, 3 e 2 têm opções instaladas de fábrica para sincronizar vários 1401s para que seus relógios de cristal mantenham-se exatamente em sintonia.
Quando instalada, a opção de sincronização adiciona um conector no painel traseiro ao qual se conecta um cabo em série. A fiação no cabo determina qual 1401 tem o relógio "mestre" e quais são as unidades "escravas". Um escravo 1401 detecta um sinal de relógio de entrada e mede sua frequência. Se for considerado que o sinal externo é um relógio aceitável, ele mudará seu relógio de referência para usar a frequência externa em vez de um cristal interno. Este processo é automático e não requer intervenção do software. O sinal do relógio é regenerado em cada 1401 para passar para a próxima unidade. Os comprimentos dos cabos podem ser de até 2 metros entre 1401s.
O número de 1401s que podem ser sincronizados desta forma é 3 ou 4, determinado pelo cabeamento. Para atender à sincronização de mais 1401s, o CED planeja introduzir uma caixa de sincronização externa que atuará como um "mestre" e produzirá relógios para até 8 "escravos". Esta unidade também terá recursos para bloquear fontes de frequência externas fornecidas pelo usuário, como máquinas DAT e genlocks de vídeo.
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