Uma interface entre o Matlab e o 1401

"Matced" é uma interface que permite ao Matlab controlar directamente o sistema de aquisição de dados CED 1401. Isto permite ter um poderoso ambiente computacional front-end para processar e traçar os dados registados pelo CED. Ao mesmo tempo, pode programar o CED-1401 utilizando ficheiros M de Matlab. Em paralelo com a interface gráfica do utilizador do Matlab (uicontrol), facilmente se pode construir uma aplicação Windows completa utilizando ficheiros M.

Dario Ringach,
Department of Neurobiology and Psychology,
Jules Stein Eye Institute & Brain Research Institute,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles,
Los Angeles, CA 90095-1563
USA
email: dario@ucla.edu

Versão 32-bits

Jim Colebatch converteu gentilmente o trabalho acima descritopara uma versão de 32 bits necessária para as versões modernas do Matlab. Descarregue matced32.zip que o WinZip expnadirá para fornecer matced32.c, matced32.dll, matced32.m e mat1401X.m e mat1301Xp.m – os dois últimos são exemplos de código que são programas simples de exemplo. Na última revisão, ele diz:

A DLL inclui a opção de uma chamada para U14WorkingSet, e sub-rotinas com erros retornam agora sempre o código de erro.

Ficheiro mex de 64 bits para o Matlab fazer a interface com use1432

Jim também disponibilizou um ficheiro mex de 64 bits para o Matlab fazer a interface com o use1432.dll. Descarregue matced64c.zip e expanda para o ficheiro mex e ficheiros m de exemplo. Jim explica:

Escolhi o nome matced64c para indicar que esta é uma versão compatível, de modo que nenhuma variável específica de 64 bits foi usada.

matced64c.mexw64 deve ser colocado numa pasta no caminho do Matlab, juntamente com a versão use1432.dll fornecida.

O ficheiro mex pode ser testado utilizando os ficheiros m incluídos, mas especificamente mat1401X_64c.m, mat1401Xp_64c.m e mat1401TF_64c.m, e mostram como deve chamar a interface mex e como deve modificar os seus ficheiros m existentes.

GUI Matlab para 1401

Jim também forneceu uma GUI Matlab para utilizar o 1401, matgui.zip. Trabalha com as versões 6.5.1, 7.0 e 7.1 (pelo menos) e permite simples registo de dados directamente no Matlab. A mesma usa o seu MATCED32.DLL, acima descrito.

O código ilustra uma série de funcionalidades da GUI do Matlab, em particular como as variáveis são gravadas e que podem ser passadas entre janelas.

Existe também uma versão de 64 bits, a1401gui_64.zip.

Ferramentas de neurociências para MATLAB

sigTOOL providencia um ambiente de programação e análise para processar dados de neurociência. Uma interface gráfica de utilizador para este ambiente providencia ao utilizador final uma aplicação independente de análise de forma de onda e comboio de pico. Extensões desenvolvidas pelo utilizador para esta aplicação podem ser adicionadas à interface em tempo real, sem a necessidade de modificar qualquer código existente. Os formatos de ficheiro Spike2 e Signal estão incluídos na selecção de importação. Clique aqui para ler mais.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Uma biblioteca MATLAB SON

Descarregue a biblioteca MATLAB SON como parte de sigTOOL, que contém rotinas para carregar/escrever/criar ficheiros Spike2 para Windows no MATLAB, em http://sigtool.sourceforge.net.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Uma biblioteca MATLAB CFS

Descarregue o ficheiro MATLAB CFS Library.zip, que contém rotinas para carregar/escrever/criar ficheiros Signal no MATLAB

Jim testou estes ficheiros com o Matlab 6.5.1 e várias versões do Matlab 7 - até ao R2007a (Matlab 7.5). Tudo parece funcionar bem. Os ficheiros de suporte descrevem como usar as chamadas e dão vários ficheiros m de exemplo. Todos estão no ficheiro zip, actualizado a 24 de fevereiro de 2016.

Ficheiro mex de 64 bits para o Matlab fazer interface com ficheiros cfs (utilizando CFS64c.dll)

Jim também disponibilizou um ficheiro mex de 64 bits para o Matlab para fazer a interface com ficheiros CFS. Descarregue matcfs64c.zip e expanda para o ficheiro mex e ficheiros m de exemplo. Jim explica:

Escolhi matcfs64c para indicar que esta é uma versão compatível, dessa forma nenhuma variável específica de 64 bits foi usada.

matcfs64c.mexw64 deve ser colocado numa pasta no caminho do Matlab, juntamente com a versão CFS64c.dll disponibilizada.

O ficheiro mex pode ser testado utilizando os ficheiros m incluídos, cfsRead64c e cfsWriteRL64c, respectivamente.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Dados CFS em MATLAB: Biosig

Biosig fornece uma interface comum para mais de 40 formatos de dados diferentes,

• save2gdf, ferramentas de linha de comando para conversão de dados
• SigViewer, uma visualização e pontuação de ferramentas para sinais fisiológicos
• mexSLOAD para ler dados CFS em Matlab e Octave
• Uma série de funções Matlab/Octave para processamento de dados

Dr. Alois Schlögl,
Institute of Science and Technology Austria,
Am Campus 1,
3400 Klosterneuburg
Austria
email: alois.schloegl@ist.ac.at

Utilizar o 1401 a partir do LabVIEW

Estes ficheiros permitem que os utilizadores do LabVIEW façam interface com o CED 1401 por intermédio da Biblioteca do Windows CED: USE1432.DLL. Eles fornecem chamadas de função listadas na Biblioteca de Interface do Programador CED para Windows como LabVIEW vi’s em 1401.llb, em conjunto com programas de teste LabVIEW em Test1401.llb, e documentação do Word em Lv1432.doc. As funções são escritas para Windows 95/98 e NT.

Transfira o ficheiro .zip.

Prof E F Evans, (aposentado)
Dept of Communication and Neuroscience,
Keele University,
Keele,
Staffs
ST5 5BG
UK
Tel +44 (0)1782 583054

Utilizar 1401 através do VB.NET 1.1

Os ficheiros CEDVB02Net.zip e u1432class.zip são uma classe empacotada para use1432.dll e alguns códigos de exemplo, ambos para VB.NET.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Converter ficheiros HPGL .plt para metaficheiro melhorado

O programa HPGLLoad.exe é intencionado a converter ficheiros .plt HPGL, normalmente de SIGAVG, num formato de metaficheiro melhorad para uso direto, por exemplo, num documento Word.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Interface gráfica de utilizador para processar
potenciais evocados motores

O programa palMEP_v1.0_x64_setup_7_7_2017.exe é uma interface de utilizador gráfica de código aberto e fácil de usar para pré-processamento e análise básica de potenciais evocados de motor eliciados por estimulação magnética ou eléctrica. O palMEP permite o processamento manual e automatizado de ficheiros únicos ou múltiplos de uma só vez. Suporta ficheiros CED Signal e Spike2, bem como ficheiros csv genéricos.

Dr Ruben Perellón Alfonso,
IDIBAPS, Neurophysiology,
Gran Via de les Corts Catalanes, 585,
08007 Barcelona,
Spain
email: ruben.palfonso@gmail.com

Realçar a sintaxe de script Spike2 em Atom

Fiz uma gramática language-spike2 para o editor Atom. É bastante primitivo, mas pode aproveitar o destaque da sintaxe para a linguagem de script Spike2 no macOS também.

Kouichi C. Nakamura,
MRC Brain Network Dynamics Unit,
Department of Pharmacology,
Mansfield Road,
Oxford OX1 3TH
UK
Tel (Int) +44 1865-271582 email: kouichi.c.nakamura@gmail.com.

Converter ficheiros CFS para importar para Excel

O programa CFS2EXCEL destina-se a converter ficheiros de dados CFS, normalmente de SIGAVG ou CHART, num formato adequado para importação em Excel. Apenas funciona com ficheiros CFS que são dados de número inteiros igualmente espaçados - como ficheiros SIGAVG padrão.

O ficheiro zip contém uma descrição completa do programa juntamente com o ficheiro definido como auto-expansível.

Sean Kelly,
Department of Child Health, Sir James Spence Institute, R.V.I.
Newcastle
NE1 4LP
UK
Tel (0191) 2023007 email: sean.kelly@newcastle.ac.uk

Ler ficheiros Spike2 (SON) em Python

BIBLIOTECA SON em PYTHON

Para ler dados de ficheiros Spike2 SON da CED.

Com base na biblioteca SON 2.0 para MATLAB, escrita por Malcolm Lidierth no King's College London. Ver http://www.kcl.ac.uk/schools/biohealth/depts/physiology/mlidierth.html

Usando a biblioteca

Para detalhes, ler o ficheiro __init__.py ou digite o seguinte num shell Python (depois de colocar a pasta sonpy no caminho de pesquisa Python):

>>> from sonpy import son >>> help(son)

Antonio Gonzalez,
Department of Neuroscience,
Karolinska Institutet,
Stockholm,
Sweden
email: Antonio.Gonzalez@ki.se

John Dempster Strathclyde SES

O software de electrofisiologia Strathclyde NÃO é um software contribuído para este site, mas é um conjunto de programas amplamente usado para registar e analisar sinais experimentais de electrofisiologia intracelular, que podem ser executados com membros da família CED 1401.