uBatchImport.zip

Você pode importar muitos formatos de dados estrangeiros para o Spike2. Arquivos individuais podem ser importados interativamente via Import no menu Arquivo do Spike2. No entanto, isso se torna tedioso se você tiver muitos arquivos do mesmo tipo para importar. Este script permite que você importe todos os arquivos de um usuário definido digite em uma pasta especificada. Certas restrições se aplicam. Por exemplo, alguns formatos só podem ser importados usando a versão de 32 bits do Spike2. Vejo a ajuda on-line em "import foreign data file" para mais informações.

O script requer Spike2 v8.04 ou posterior.

Melhoria:

• O importador DSI agora funciona
• ADI LabChart
• Lab streaming layer (*.xdf)
• O importador da TDT foi actualizado.
• Os importadores Ponemah e Xltek -Neuroworks foram adicionados. (usuários do Spike2 8.08 e superior).

HumRemExpress.zip

Este script é um script de remoção de zumbido simplificado para uso quando você gravou um canal de evento de marcador de zumbido confiável usando o CED pulsador de corrente ou dispositivo semelhante. Veja um vídeo de demonstração.

Se você precisar derivar um marcador de zumbido de um canal de forma de onda que contém zumbido, você deve usar o script HumRemove original.

O script requer Spike2 v7.20 ou posterior.

HumRemove.zip

Este script é projetado para melhorar a relação sinal-ruído de gravações fisiológicas, removendo interferências relacionadas à rede elétrica. Isso é feito, não por filtragem, mas subtraindo uma estimativa da interferência da rede dos dados brutos e armazenando os resultados em um novo canal.

Esta versão atualizada do script requer Spike2 v7.20 ou posterior.

As formas de onda devem ser registradas com uma taxa de amostragem de pelo menos 500 Hz e de preferência 5 kHz ou mais. Os melhores resultados serão obtidos se você gravar um canal de forma de onda dedicado que mostra claramente a oscilação de frequência da rede elétrica em andamento, além de seus canais de dados. Isso poderia ser simplesmente a captação da rede elétrica de um cabo não blindado. O script pode usar esse sinal para gerar um canal de evento de marcas de temporização no início de cada ciclo da rede. Essas marcas de tempo são então usadas para calcular o sinal de interferência da rede elétrica para subtrair de cada forma de onda para limpá-la.

Consulte a folha de dados Hum Remove.pdf, incluída no arquivo HumRemove.zip, para obter detalhes completos.

batch400.zip

As visualizações de tempo normais do Spike2 podem ter até 400 canais e um tamanho de até 2 GB. No entanto, o número padrão de canais criados por uma configuração de amostragem é 32. Isso pode não ser suficiente se sua análise de dados envolver a criação de muitos canais adicionais.

Este script permite que você converta em lote todos os arquivos .smr em uma pasta selecionada em formato de arquivo grande de 400 canais para que você não fique sem canais livres durante a análise e possa aumentar seu arquivo além do limite de tamanho de 2 GB. Este script foi testado cuidadosamente. No entanto, não há garantias. Faça backup de seus dados antes de executá-los!

AddTmk.zip

Este script permite adicionar TextMarks a uma visualização de tempo, off-line. Você pode usá-lo para adicionar ou excluir TextMarks em um canal baseado em disco existente ou criar um novo canal TextMark. O script cria uma tecla de atalho rotulada Add Tmk na Barra de Script. Clique neste botão ou em seu atalho de teclado Alt+T para executar o script. A caixa de diálogo principal do script possui um botão Help. Clique nele para exibir o guia do usuário do script.

O script requer Spike2 v6.18 ou posterior.

MarkState.zip

Este script permite que você crie um canal de 'estado' em uma visualização de tempo e use-o para marcar intervalos de tempo significativos em seus dados com barras coloridas e rotuladas. Essas barras podem ser adicionadas automaticamente para marcar episódios quando um canal de forma de onda excede (ou cai abaixo) de um limite definido pelo usuário. Alternativamente, você pode marcar intervalos de tempo manualmente clicando e arrastando com o mouse.

Até 6 cores e rótulos diferentes podem ser usados por canal de estado para marcar diferentes tipos de evento. O script pode gerar um relatório simples dos tempos de início e duração dos estados e a ordem em que ocorreram.

Testado com Spike2 v 7.18 e 8.10

TimeShiftEvents.zip

Este script pode ser usado para copiar eventos ou tempos de marcador de um arquivo de dados atualmente selecionado para um novo canal permanente em qualquer arquivo de dados aberto. O script cria dois cursores para selecionar o intervalo de dados a ser copiado e você pode aplicar uma mudança de tempo opcional configurando a hora de início para os dados no novo canal. Um exemplo de arquivo de dados adequado, Demo.smr, está incluído na pasta Data de seu diretório Spike2.

O script requer Spike2 v5.21 ou posterior.

AddEvents.zip

Este script permite que o usuário defina um intervalo de tempo e frequência de estimulação para adicionar eventos a um novo canal em um arquivo de dados no intervalo e intervalo de tempo especificados. O script também permite a adição de vários trens de eventos no mesmo canal.

Este script também pode ser usado para criar trens de pulso em uma frequência definida para saída. Uma vez que os eventos foram criados como um canal de eventos no arquivo de dados, você pode carregá-los no sequenciador de saída usando o script PlaySpikeTimes.

O script requer Spike2 v5.21 ou posterior.

StimNumber.zip

Este script pode ser usado para fornecer um número de identificação para eventos de estímulo, formas de pico ou marcadores. O script cria um novo canal de memória TextMark que contém strings de texto começando em 1 para o momento do primeiro evento no intervalo. Um exemplo de arquivo de dados adequado, Demo.smr, está incluído na pasta Data de seu diretório Spike2.

O script requer Spike2 v5.21 ou posterior.

Marking.zip

This script allows you to annotate physiological data that was recorded together with a video (usually of animal behaviour) created using s2video. You can replay the video and Spike2 data at the desired speed and mark significant behaviours in the data file via the keyboard. The script creates two channels for recording different categories of behaviour, "States" and "Events".

States are marked with colour-coded horizontal bars that start when you hit the relevant key and continue until you press space bar or start another state.

The Event channel simply records the occurrence of brief behaviours with colour-coded TextMarks. Both States and Events are also marked in 'skyline' plots,where each behaviour type is represented by a different level (analogous to the hypnograms often used in sleep studies). The 'level' channel for events has brief deflections of a standard duration (0.2s).

You can specify up to 26 behaviours (one per letter of the alphabet) along with a label for each one (up to 80 chars.). The labels display in State markers or when you point at an Event mark with the mouse.

The script has editing tools so that you can correct mistakes in the ethogram channels. and generates a table summarising the results.

You can view and print out a user guide by clicking a button on the script toolbar.

Requirements: Spike2 v 8.25 or higher, and the library ug.s2s.

ChanReName.zip

Alguns scripts Spike2, usualmente aqueles cujo quais processam múltiplos conjuntos de dados num único ficheiro, requerem que os títulos de canal correspondam a uma nomenclatura específica de modo a permitir ao script reconhecer que canais processar. Por exemplo, scripts que processam traços de pressão arterial sistólica de múltiplos animais podem necessitar títulos de canal de pressão arterial SBP: 1 até SBP: N.

Este script possibilita uma rápida maneira de renomear múltiplos canais para corresponder os requisitos de um script de análise e, para restaurar os títulos de canal originais mais tarde. Até 20 canais podem ser renomeados de uma só vez. Tem de executar o script novamente para restaurar os títulos originais.

O script adiciona uma tecla de atalho etiquetada “ChRename” à barra de script para acesso rápido.

O script requer Spike2 v7.20 ou posterior.

AlignComments.zip

Este script é um utilitário para escritores de scripts. Ele melhora o layout de um script, alinhando os comentários nas linhas que contêm o código a um deslocamento comum definido pelo usuário.

Este script requer Spike2 versão 6.04 ou superior.

MergeFiles5.zip

Este script de utilitário permite que você:

• Mesclar todas as visualizações de tempo em uma pasta selecionada em um único arquivo de dados
• Copie e cole dados entre visualizações de tempo aberto
• Excluir dados de intervalos de tempo selecionados em uma visualização de tempo

Instruções completas para o usuário estão incluídas nos comentários no início do script. Este script funciona com a versão 5 do Spike2 mais recente. Uma versão “de luxo” está incluída na pasta de scripts Spike2 padrão para Spike2 v6 e posterior.

ConcatFiles.zip

Este script se destina a mesclar lotes de arquivos de dados que foram registrados em uma sequência de tempo com a mesma configuração de amostragem. Os arquivos são unidos de ponta a ponta e intervalos são inseridos quando há um atraso entre o final de uma gravação e o início da próxima. Isso significa que um eixo de tempo com precisão de segundo mais próximo é mantido. Isso é especialmente importante ao concatenar gravações de longo prazo, onde a hora do dia e a duração das lacunas são importantes.

O script aplica o arquivo de recurso do primeiro arquivo de origem em um lote para reter canais virtuais, processos de canal, ordem de exibição de canal, etc. no arquivo de destino.

Mais informações estão contidas nos comentários no início do próprio script.

Testado com Spike2 v8.05. Compatível com Spik2 v7.07 ou superior.

DeleteRanges.zip

Este script requer Spike2 v7.07 ou superior. Ele permite que você exclua intervalos de tempo marcados de uma visualização de tempo do Spike2. Marque os intervalos de tempo a serem cortados usando o script TimeRanges.s2s em sua pasta de scripts Spike2. Em seguida, execute este script para criar um novo arquivo de dados editado.

Os dados originais não foram alterados. Você pode usar este script para gerar "destaques editados" de seus dados ou para remover artefatos de estímulo.

RmktoRWave.zip

You can create a permanent RealWave copy of data stored in RealMarks interactively by creating a Virtual channel that uses the Rm() or Rmc() expression and then saving that channel to a disk channel. However, this becomes time-consuming if you have multiple channels to process. This script is intended to speed up the task.

The script operates on the current view via a Script bar button and can process a single channel or multiple selected RealMark channels. Click the Guide button in the main script dialog to display the user guide in the log view.

The script requires Spike2 v8.24 or higher.

unclip.zip

Muitos tipos de análise envolvem a detecção de eventos que ultrapassam um nível de limite. Este limite é geralmente baseado no nível médio + algum múltiplo do desvio padrão.

Medir a média e o stdev é complicado nos casos em que os dados são afetados por artefatos que fazem com que a forma de onda atinja repetidamente os limites da faixa de registro, ou seja, 'clipping'. Este é um problema frequentemente encontrado ao usar sistemas de telemetria para registrar EEG ou ECG.

Este script "sem enfeites" fornece um método para aliviar esse problema, identificando artefatos que excedem ou caem abaixo de um limite definido pelo usuário e fazendo uma cópia RealWave do canal afetado com os artefatos substituídos por um nível de linha de base definido pelo usuário. Deve reduzir a distorção das medições da média e do desvio padrão e tornar os dados mais fáceis de ver, removendo falhas.

Este script requer Spike2 v7.19 ou superior.

ACSR.zip

Estes scripts são intencionados para reduzir o impacto de artefactos em gravações fisiológicas. Estes podem ajudar significantemente em situações onde:

• Um constante nível de sinais não desejados persiste pela gravação.
• Os artefactos podem ser gravados isoladamente.
• Não podem ser eliminados pelos métodos de isolamento usuais.

Em termos simples, os scripts utilizam análise espectral para caracterizar o sinal de artefacto isolado (dados de treino) e subtrair o mesmo do espectro de curtos blocos de dados sobrepostos contendo artefactos mais os dados fisiológicos. Estes espectros modificados são transformados invertidamente da frequência para o domínio temporal e re-assimilados para uma versão filtrada das originais, formas de onda artefactamente-afectadas.

O método é baseado na publicação:

"A Novel Technique to Reject Artifact Components for Surface EMG Signals Recorded during Walking with TranscutaneousSpinal Cord Stimulation: A Pilot Study" by Kim et al., from Frontiers in Human Neuroscience, June 2021, Vol 15, Article 660583

Este pacote inclui 4 scripts principais juntamente com diversas bibliotecas de funções de script e exemplos.

Utilizadores do Spike2 v10.17 ou superior podem utilizar os scripts ACSRoffline.s2s e ACSRonline.s2s para aplicar o método off- ou on- line respectivamente. Utilizadores das últimas versões do Spike2 v8 e v9 podem usar as versões mais lentas ACSR9offline,s2s e ACSR9online.s2s

ACSRinclude.s2s, ACSR9include.s2s, ug.s2s e ghutils.s2s são bibliotecas de funções de script requisitadas pelos scripts principais. Grave estes ficheiros para a pasta com o nome include na sua pasta Documentos/SpikeN (onde N é o número da versão). Alternativamente, mantenha-os na mesma pasta que os scripts principais.

O ficheiro .zip inclui um guia de utilizador .pdf e um ficheiro de dados ACSRexample data.smrx (e .s2rx) que pode utilizar para experimentar os scripts offline. Este ficheiro contém 2 canais de artefactos contínuos (ruído de sinal, maioritariamente) mais episódios de EMG. Uma configuração de amostragem é também fornecida, ACSRtst.s2cx que irá permitir testar os scripts online.

debounce.zip

Este script simples limpa um canal de evento copiando para outro canal de evento, deixando de fora todos os eventos que ocorreram logo após o último evento.

ECGdelete.zip

Este script reduz o tamanho dos artefatos de ECG em gravações EMG por subtração de ruído de referência. Você precisará registrar um canal de ECG dedicado ao lado de seus dados como uma fonte para eventos marcando a posição dos artefatos, a menos que os artefatos nos próprios canais de emg sejam suficientemente grandes para um disparo confiável.

O arquivo zip inclui 2 scripts, ECGdelete 02.s2s adequado para uso com Spike2 v7.07 ou superior e ECGdelete v5.s2s para uso com Spike2 v5.21 e v6.

artrem.zip

Remove artefatos de estímulo de canais de dados, substituindo o artefato por uma linha reta para preservar a continuidade. Os artefatos podem ser identificados pelo tempo de um canal de gatilho ou pelas posições do cursor.

O download agora inclui uma versão atualizada para usuários do Spike2 v6 e superior. A versão básica ainda está disponível para usuários de versões anteriores do Spike2.

FixGlitch.zip

Este script da versão 7 substitui falhas ou artefatos em uma forma de onda ou canal RealWave usando previsão linear. Simplificando, o script substitui segmentos de dados “ruins” por uma onda de conteúdo espectral semelhante aos dados “bons” em ambos os lados da falha.

res2smr.zip

Converte os dados do arquivo de resultado de volta em um arquivo de dados para permitir o uso específico do arquivo de dados. Isso requer o Spike2 versão 4 ou posterior.