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Scripts para o Spike2


Editando

Importação em lote de formatos de arquivo "estrangeiros"
uBatchImport.s2s (08/18)

uBatchImport.zip

Você pode importar muitos formatos de dados estrangeiros para o Spike2. Arquivos individuais podem ser importados interativamente via Import no menu Arquivo do Spike2. No entanto, isso se torna tedioso se você tiver muitos arquivos do mesmo tipo para importar. Este script permite que você importe todos os arquivos de um usuário definido digite em uma pasta especificada. Certas restrições se aplicam. Por exemplo, alguns formatos só podem ser importados usando a versão de 32 bits do Spike2. Vejo a ajuda on-line em "import foreign data file" para mais informações.

O script requer Spike2 v8.04 ou posterior.

Melhoria:

  • O importador DSI agora funciona
  • Os importadores Ponemah e Xltek -Neuroworks foram adicionados. (usuários do Spike2 8.08 e superior).

Hum Remove Express
HumRemoveExpress.s2s (01/18)

HumRemExpress.zip

Este script é um script de remoção de zumbido simplificado para uso quando você gravou um canal de evento de marcador de zumbido confiável usando o CED pulsador de corrente ou dispositivo semelhante. Veja um vídeo de demonstração.

Se você precisar derivar um marcador de zumbido de um canal de forma de onda que contém zumbido, você deve usar o script HumRemove original.

O script requer Spike2 v7.20 ou posterior.

Hum Remover
HumRemove.s2s (02/18)

HumRemove.zip

Este script é projetado para melhorar a relação sinal-ruído de gravações fisiológicas, removendo interferências relacionadas à rede elétrica. Isso é feito, não por filtragem, mas subtraindo uma estimativa da interferência da rede dos dados brutos e armazenando os resultados em um novo canal.

Esta versão atualizada do script requer Spike2 v7.20 ou posterior.

As formas de onda devem ser registradas com uma taxa de amostragem de pelo menos 500 Hz e de preferência 5 kHz ou mais. Os melhores resultados serão obtidos se você gravar um canal de forma de onda dedicado que mostra claramente a oscilação de frequência da rede elétrica em andamento, além de seus canais de dados. Isso poderia ser simplesmente a captação da rede elétrica de um cabo não blindado. O script pode usar esse sinal para gerar um canal de evento de marcas de temporização no início de cada ciclo da rede. Essas marcas de tempo são então usadas para calcular o sinal de interferência da rede elétrica para subtrair de cada forma de onda para limpá-la.

Consulte a folha de dados Hum Remove.pdf, incluída no arquivo HumRemove.zip, para obter detalhes completos.

Converter arquivos .smr em formato de arquivo grande de 400 canais
Batch400.s2s (08/18)

batch400.zip

As visualizações de tempo normais do Spike2 podem ter até 400 canais e um tamanho de até 2 GB. No entanto, o número padrão de canais criados por uma configuração de amostragem é 32. Isso pode não ser suficiente se sua análise de dados envolver a criação de muitos canais adicionais.

Este script permite que você converta em lote todos os arquivos .smr em uma pasta selecionada em formato de arquivo grande de 400 canais para que você não fique sem canais livres durante a análise e possa aumentar seu arquivo além do limite de tamanho de 2 GB. Este script foi testado cuidadosamente. No entanto, não há garantias. Faça backup de seus dados antes de executá-los!

Anotar um arquivo de dados
Add Tmk.s2s (01/17)

AddTmk.zip

Este script permite adicionar TextMarks a uma visualização de tempo, off-line. Você pode usá-lo para adicionar ou excluir TextMarks em um canal baseado em disco existente ou criar um novo canal TextMark. O script cria uma tecla de atalho rotulada Add Tmk na Barra de Script. Clique neste botão ou em seu atalho de teclado Alt+T para executar o script. A caixa de diálogo principal do script possui um botão Help. Clique nele para exibir o guia do usuário do script.

O script requer Spike2 v6.18 ou posterior.

Marque os dados significativos com barras coloridas
MarkStates.s2s (09/16)

MarkState.zip

Este script permite que você crie um canal de 'estado' em uma visualização de tempo e use-o para marcar intervalos de tempo significativos em seus dados com barras coloridas e rotuladas. Essas barras podem ser adicionadas automaticamente para marcar episódios quando um canal de forma de onda excede (ou cai abaixo) de um limite definido pelo usuário. Alternativamente, você pode marcar intervalos de tempo manualmente clicando e arrastando com o mouse.

Até 6 cores e rótulos diferentes podem ser usados por canal de estado para marcar diferentes tipos de evento. O script pode gerar um relatório simples dos tempos de início e duração dos estados e a ordem em que ocorreram.

Testado com Spike2 v 7.18 e 8.10

Dados de evento de time shifting
TimeshiftEvents.s2s (04/10)

TimeShiftEvents.zip

Este script pode ser usado para copiar eventos ou tempos de marcador de um arquivo de dados atualmente selecionado para um novo canal permanente em qualquer arquivo de dados aberto. O script cria dois cursores para selecionar o intervalo de dados a ser copiado e você pode aplicar uma mudança de tempo opcional configurando a hora de início para os dados no novo canal. Um exemplo de arquivo de dados adequado, Demo.smr, está incluído na pasta Data de seu diretório Spike2.

O script requer Spike2 v5.21 ou posterior.

Inserir trens de eventos off-line
AddEvents.s2s (04/10)

AddEvents.zip

Este script permite que o usuário defina um intervalo de tempo e frequência de estimulação para adicionar eventos a um novo canal em um arquivo de dados no intervalo e intervalo de tempo especificados. O script também permite a adição de vários trens de eventos no mesmo canal.

Este script também pode ser usado para criar trens de pulso em uma frequência definida para saída. Uma vez que os eventos foram criados como um canal de eventos no arquivo de dados, você pode carregá-los no sequenciador de saída usando o script PlaySpikeTimes.

O script requer Spike2 v5.21 ou posterior.

Numere eventos de 1 a n
StimNumber.s2s (04/10)

StimNumber.zip

Este script pode ser usado para fornecer um número de identificação para eventos de estímulo, formas de pico ou marcadores. O script cria um novo canal de memória TextMark que contém strings de texto começando em 1 para o momento do primeiro evento no intervalo. Um exemplo de arquivo de dados adequado, Demo.smr, está incluído na pasta Data de seu diretório Spike2.

O script requer Spike2 v5.21 ou posterior.

Alinhar comentários em um script
Align Comments.s2s (08/15)

AlignComments.zip

Este script é um utilitário para escritores de scripts. Ele melhora o layout de um script, alinhando os comentários nas linhas que contêm o código a um deslocamento comum definido pelo usuário.

Este script requer Spike2 versão 6.04 ou superior.

Organize o layout de um script
Script_Tidy.s2s (04/08)

ScriptTidy.zip

Este script é um utilitário para escritores de scripts. Pode melhorar a legibilidade dos scripts, especialmente os mais longos com muitas funções e procedimentos.

As opções disponíveis incluem: remover constantes e variáveis que foram declaradas, mas não usadas, e classificar funções e procedimentos em uma lista alfabética após o programa principal. A maneira mais conveniente de executar este script é por meio de um botão na Barra de Script.

Este script requer o Spike2 versão 6.04 ou superior. Também faz uso de funções do arquivo de script GHutils.s2s (incluído no download). Este arquivo deve estar localizado em uma pasta chamadaincluir localizada dentro do diretório que contém sua cópia do Spike2.

Mesclar arquivos
MergeFiles5.s2s (01/17)

MergeFiles5.zip

Este script de utilitário permite que você:

  • Mesclar todas as visualizações de tempo em uma pasta selecionada em um único arquivo de dados
  • Copie e cole dados entre visualizações de tempo aberto
  • Excluir dados de intervalos de tempo selecionados em uma visualização de tempo

Instruções completas para o usuário estão incluídas nos comentários no início do script. Este script funciona com a versão 5 do Spike2 mais recente. Uma versão “de luxo” está incluída na pasta de scripts Spike2 padrão para Spike2 v6 e posterior.

Arquivos concatenados
Concatenate01.s2s (06/18)

ConcatFiles.zip

Este script se destina a mesclar lotes de arquivos de dados que foram registrados em uma sequência de tempo com a mesma configuração de amostragem. Os arquivos são unidos de ponta a ponta e intervalos são inseridos quando há um atraso entre o final de uma gravação e o início da próxima. Isso significa que um eixo de tempo com precisão de segundo mais próximo é mantido. Isso é especialmente importante ao concatenar gravações de longo prazo, onde a hora do dia e a duração das lacunas são importantes.

O script aplica o arquivo de recurso do primeiro arquivo de origem em um lote para reter canais virtuais, processos de canal, ordem de exibição de canal, etc. no arquivo de destino.

Mais informações estão contidas nos comentários no início do próprio script.

Testado com Spike2 v8.05. Compatível com Spik2 v7.07 ou superior.

Excluir intervalos
DeleteRanges04.s2s (11/17)

DeleteRanges.zip

Este script requer Spike2 v7.07 ou superior. Ele permite que você exclua intervalos de tempo marcados de uma visualização de tempo do Spike2. Marque os intervalos de tempo a serem cortados usando o script TimeRanges.s2s em sua pasta de scripts Spike2. Em seguida, execute este script para criar um novo arquivo de dados editado.

Os dados originais não foram alterados. Você pode usar este script para gerar "destaques editados" de seus dados ou para remover artefatos de estímulo.

Remova artefatos que se estendem acima ou abaixo do nível de dados fisiológicos
UnClip.s2s (02/20)

unclip.zip

Muitos tipos de análise envolvem a detecção de eventos que ultrapassam um nível de limite. Este limite é geralmente baseado no nível médio + algum múltiplo do desvio padrão.

Medir a média e o stdev é complicado nos casos em que os dados são afetados por artefatos que fazem com que a forma de onda atinja repetidamente os limites da faixa de registro, ou seja, 'clipping'. Este é um problema frequentemente encontrado ao usar sistemas de telemetria para registrar EEG ou ECG.

Este script "sem enfeites" fornece um método para aliviar esse problema, identificando artefatos que excedem ou caem abaixo de um limite definido pelo usuário e fazendo uma cópia RealWave do canal afetado com os artefatos substituídos por um nível de linha de base definido pelo usuário. Deve reduzir a distorção das medições da média e do desvio padrão e tornar os dados mais fáceis de ver, removendo falhas.

Este script requer Spike2 v7.19 ou superior.

Remover artefatos de um canal de evento
debounce.s2s (07/09)

debounce.zip

Este script simples limpa um canal de evento copiando para outro canal de evento, deixando de fora todos os eventos que ocorreram logo após o último evento.

Remover artefatos de ECG dos canais EMG
ECGDelete 02.s2s & ECGdelete v5.s2s (04/20)

ECGdelete.zip

Este script reduz o tamanho dos artefatos de ECG em gravações EMG por subtração de ruído de referência. Você precisará registrar um canal de ECG dedicado ao lado de seus dados como uma fonte para eventos marcando a posição dos artefatos, a menos que os artefatos nos próprios canais de emg sejam suficientemente grandes para um disparo confiável.

O arquivo zip inclui 2 scripts, ECGdelete 02.s2s adequado para uso com Spike2 v7.07 ou superior e ECGdelete v5.s2s para uso com Spike2 v5.21 e v6.

Remove stimulus artefacts
artrem.s2s & artrem6.s2s 03/16

artrem.zip

Remove artefatos de estímulo de canais de dados, substituindo o artefato por uma linha reta para preservar a continuidade. Os artefatos podem ser identificados pelo tempo de um canal de gatilho ou pelas posições do cursor.

O download agora inclui uma versão atualizada para usuários do Spike2 v6 e superior. A versão básica ainda está disponível para usuários de versões anteriores do Spike2.

Corrigir falhas
FeatureDetect.s2s (10/11)

FixGlitch.zip

Este script da versão 7 substitui falhas ou artefatos em uma forma de onda ou canal RealWave usando previsão linear. Simplificando, o script substitui segmentos de dados “ruins” por uma onda de conteúdo espectral semelhante aos dados “bons” em ambos os lados da falha.

Converter um arquivo de resultado em um arquivo de dados
RES2SMR.S2S (06/02)

res2smr.zip

Converte os dados do arquivo de resultado de volta em um arquivo de dados para permitir o uso específico do arquivo de dados. Isso requer o Spike2 versão 4 ou posterior.

Processar canais de eventos em uma visão de tempo
ProcEvts.s2s (01/17)

ProcEvts.zip

Este é um script de propósito geral que é útil para criar e editar canais de Evento, Nível, Marcador, TextMark, RealMark e WaveMark em uma visualização de tempo.

Usando este script, você pode:

  • Crie um novo canal de marcador contendo os tempos de picos, vales e passagens de nível em uma forma de onda ou canal RealWave
  • Configure um discriminador de janela virtual para detectar picos ou depressões em um canal de forma de onda dentro de uma faixa de amplitude definida pelo usuário
  • Crie um novo canal de marcador e adicione marcadores manualmente, usando um cursor para definir a hora e caixas de diálogo para inserir informações adicionais, por exemplo, Códigos de Marker, valores de Text- ou Real-Mark
  • Crie um novo canal combinando grupos de itens copiados de vários outros canais
  • Edite canais de marcadores pré-existentes, adicionando novos marcadores, excluindo-os ou alterando os códigos dos Marker, valores de texto ou Real-Mark associados aos marcadores existentes
  • Elimine facilmente marcadores espúrios causados por salto do interruptor

Este script requer Spike 2 versão 5 ou superior.

Alguns desses scripts vieram de usuários, e não da equipe CED. Se você tiver um script que gostaria de oferecer a outros usuários por meio desta página, diga a Simon Gray. Também fornecemos alguns scripts para Signal.

Esses scripts são armazenados como arquivos WinZip, myscript.zip, exceto onde são mostrados como spike2\scripts\myscript.sgs. Esses últimos arquivos foram instalados com Spike2 e spike2 representa o diretório no qual você instalou Spike2. Veja os resumos clicando na descrição no menu lateral. Então você pode baixá-los clicando no nome do arquivo.

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Mains ‘hum’ is often complex and composed of odd harmonics of the mains frequency, making it very difficult to remove or suppress using simple high pass or notch filters. HumRemoveExpress.s2s is a Spike2 version 7 script that you can use offline to strip out much of this residual mains interference, making your data much more presentable and easier to analyse. This video tutorial shows how to use the script to remove mains hum.

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  • Alpha Omega Engineering
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  • Axona
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