Bem como comandos para implementar todas as funções de processamento de dados integradas descritas acima, a linguagem de script Spike2 tem acesso total aos dados como matrizes de valores de forma de onda ou tempos de marcador. Dentro da linguagem de script, existem muitos comandos e funções matemáticas para uso com arrays, matrizes e valores individuais. Os resultados podem então ser colocados de volta em um arquivo de dados, ou para outro tipo de visualização, ou saída para análise posterior.
Os comandos típicos incluem:
A linguagem do script também contém uma função para converter eventos em formato de forma de onda. Embora funcionalidade semelhante esteja disponível através do uso de canais virtuais, o comando EventToWaveform() oferece o benefício adicional de permitir que a forma de onda resultante seja suavizada com uma forma definida pelo usuário que pode ser assimétrica.
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