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Scripts para o Spike2


Ensaios

Tocar tom para detecção de onda R de ECG
ECGTone.s2s (01/17)

ECGTone.zip

Este script reproduz um tom 'pip' do DAC 0 do 1401 quando a onda R de um complexo de ECG é detectada durante a amostragem.

A amostragem é controlada por meio da barra de ferramentas de script e o usuário é solicitado a definir o canal de ECG a ser monitorado e um valor de histerese para a detecção do pico da onda R. Um cursor horizontal é então usado para definir um limite para a detecção da onda R. Cada vez que o limite é ultrapassado, o script monitora o nível dos dados de entrada e, quando um pico é encontrado, espera que os dados caiam pelo menos até o nível definido pelo valor de histerese antes de reproduzir o tom para sinalizar a detecção da onda R.

Este script requer Spike2 v6.00 ou superior.

Forçar exibição de feedback
BarDisplay.s2s (09/08)

BarDisplay.zip

Este script é um exemplo de exibição de um valor de canal on-line em uma janela separada para uso em um experimento de feedback de força. O script contém uma rotina inativa que atualiza a exibição da barra em resposta aos dados da forma de onda de entrada no canal 1.

Este script requer Spike2 v4.24 ou superior.

Analise a música de críquete com análise de explosão
SongAn.s2s (01/17)

songan.zip

Análise da música do críquete em pulsos e chiados, usando o recurso de análise de explosão do Spike2. Uma tabela simples de resultados é produzida. Tenha seu arquivo de dados de música de críquete aberto e visível antes de executar este script.

Sistema de Análise de Potencial de Ação Cardíaca
Capas.s2s (03/09)

capas.zip

Extrai certos parâmetros dos dados do Potencial de Ação Cardíaca (CAP).

O usuário deve primeiro selecionar um arquivo adequado para análise e especificar o canal CAP. Eles devem então colocar um cursor horizontal sobre os dados de forma que cruze todos os movimentos para cima do arquivo de dados.

Isso permite que o script coloque marcas em um canal de evento temporário sempre que um CAP for localizado. O script então tenta extrair certas características do CAP; esses valores são gravados na tela. As características extraídas incluem:

  • Horário de início do CAP
  • Horário de término do CAP
  • Valor da linha de base
  • Valor máximo
  • Horário de pico
  • Gradiente de movimento ascendente
  • Gradiente de repolarização
  • 30, 50, 60, 90% dos tempos de repolarização.

O usuário pode clicar com o mouse na janela de texto e isso colocará um cursor sobre os dados no valor indicado pela posição clicada (mais fácil do que dito). Todos os resultados desejados são despejados em um arquivo de texto.

Arritmia Sinusal Respiratória
RSA3.S2S (01/17)

rsa3.zip

Este script é projetado para mostrar arritmia sinusal respiratória em dados EMG.

É carregado um arquivo de dados que contém um canal de atividade EMG e outro de ondas de pressão. Um nível de limite é definido no canal de pressão para marcar os pontos inicial e final de cada onda de pressão. Para cada intervalo de onda de pressão, a frequência cardíaca instantânea é amostrada em uma determinada frequência e as frequências instantâneas são registradas em um arquivo de texto.

Monitor de movimento ocular
EYEMOVE.S2S (02/03)

eyemove.zip

Este script permite ao usuário traçar movimentos oculares em duas dimensões e mostrar posições de fixações e movimentos sacádicos graficamente.

Cada experiência consiste em uma série de tentativas nas quais um estímulo visual é apresentado a um sujeito e o movimento do olho é rastreado por aparelhos adequados. Este aparelho deve produzir duas tensões proporcionais às deflexões angulares nas direções X e Y, respectivamente, e esses sinais são as entradas para o CED 1401 conectado ao PC executando o script. Quando um teste é iniciado, o script exibe um gráfico XY do movimento do olho do sujeito em tempo real. Os pontos de fixação são marcados à medida que o traço se desenvolve e os movimentos sacádicos são desenhados no final da tentativa. Um registro dos dados relativos a esses recursos é mantido em um arquivo de log.

Um arquivo sequenciador muito simples, eyemove.pls, está incluído, o qual envia um sinal de saída digital para o aparato de estímulo visual para acionar uma tentativa do tipo necessário.

Um recurso para escanear resultados e despejar dados off-line é fornecido.

Este script requer Spike2 v3.00 ou superior junto com um Power1401, um Micro1401 ou um 1401 plus; não pode funcionar com um 1401 padrão.

Gráfico X-Y dos movimentos dos olhos
I_track.s2s (02/09)

ltrack.zip

Este script offline exibe os movimentos dos olhos em relação a um alvo que está sendo rastreado, reproduzindo o arquivo de dados e traçando as coordenadas angulares de cada olho em uma visualização X-Y.

Os dados brutos são uma visão do tempo dos componentes horizontais e verticais do olho e (opcionalmente) dos movimentos do alvo, conforme registrado por um sistema de câmera de rastreamento da pupila. Este script permite que você reproduza os dados com uma exibição simultânea da trilha X-Y seguida pelos olhos e pelo alvo. Você pode selecionar a velocidade do replay na faixa de 0,1x a 10x a velocidade real e selecionar a duração das faixas a serem exibidas. Normalmente, você escolheria exibir os dados reproduzidos mais recentemente, por exemplo, os últimos 0,5 segundos.

O arquivo .zip contém um arquivo de dados de exemplo que você pode usar para experimentar o script.

Um guia do usuário completo está incluído na seção de comentários do arquivo de script.

O script requer Spike2 versão 6.09 ou superior.

Caixa de Skinner
SKINNER BOX.S2S (01/04)

Skinner.zip

Este script permite que você grave um ou mais canais de dados fisiológicos enquanto um rato aprende a pressionar alavancas em uma caixa de Skinner. Os tempos de cada pressão na alavanca são registrados como eventos (nas portas 0 e 1) e o 1401 fornece pulsos de saída TTL para acionar a liberação de um pellet de alimento quando o rato dá a resposta necessária. O tempo das recompensas é registrado na porta de eventos 2. Você pode definir a duração de um período refratário após uma recompensa durante o qual nenhuma outra recompensa é dada, mesmo se a alavanca correta for pressionada.

Três paradigmas experimentais estão disponíveis:

  1. Pressionar uma das duas alavancas é recompensado (treinamento).
  2. Pressionar a alavanca esquerda é recompensado.
  3. Aprendizagem reversa. Pressionar a alavanca esquerda é recompensado um determinado número de vezes e, subsequentemente, apenas pressionar a alavanca direita é recompensado.

O arquivo .zip contém um arquivo de dados de exemplo que você pode usar para experimentar o script.

Um guia do usuário completo está incluído na seção de comentários do arquivo de script.

O script requer Spike2 versão 3.00 ou superior.

Create complex waveforms
Chirpetc.S2S (02/24) Melhorado!

chirp.zip

This auditory stimulation and recording script allows you to:

  • Create complex waveforms such as chirps, ramps, chirp/ramp combinations, noise bursts, tone bursts and stimulus trains.
  • Add multiple waveforms to a sample configuration and then play them out via a 1401 DAC output during sampling as auditory stimuli.
  • Load up to 20 different stimuli in a sampling configuration (subject to 1401 memory constraints) for easy switching between multiple stimuli.
  • Play stimuli either as single shots triggered by pressing buttons on the Play wave bar or in sequences controlled by the script.
  • Play stimuli repetitively at fixed intervals, alternate strictly or randomly between two fixed intervals, or at random intervals within a defined range.
  • Control a CED3505 programmable attenuator.
  • Record physiological responses to these auditory stimuli and display them as triggered sweeps or in scrolling mode.
  • Use the example sampling configuration, Chirp eg.s2cx, for testing.
  • The ToneCal script (included) facilitates calibration of stimulus intensities.

Hardware requirements:

  • Power 1401, Micro1401 mkII, Micro3 or Micro4 with a ±5V range.
  • CED3505 programmable attenuator (if script control of stimulus intensity is required).
  • A suitable audio amplifier and loudspeaker or headphones.

Este script requer Spike2 v8.25 ou superior.

Estimulação auditiva e gravações de unidade única
AudioStimRecSU v705c.s2s (08/20)

AudioStimRecSU.zip

Este pacote de scripts permite gerar estímulos acústicos e/ou vibratórios em um ou dois canais, registrar respostas neurais de unidade única e realizar análises online de picos discriminados por janela. Esses scripts foram desenvolvidos para pesquisas sobre o sistema auditivo e os órgãos da linha lateral de peixes, mas devem ser adequados para uma ampla gama de estudos auditivos em vertebrados e insetos.

Este pacote permite que você gere estímulos acústicos ou vibratórios de intensidade conhecida e grave respostas de uma unidade intra ou extracelular a esses estímulos. Os estímulos disponíveis incluem pips de tom e explosões de tom simétricas ou assimétricas com frequências que variam de 1 Hz a 10 kHz. Também é possível estimular com formas de onda arbitrárias armazenadas (por exemplo, sons pré-gravados) ou acionar um estimulador externo. O script também pode gerar sequências predefinidas de estímulos em uma gama de frequências e intensidades para a coleta automática rápida das respostas necessárias para gerar curvas de resposta de limiar.

O sistema de gravação inclui um discriminador de janela virtual para detecção de pico. A análise online dos dados recebidos inclui o tempo pós-estímulo, os histogramas de intervalo e fase. As estatísticas circulares são usadas para quantificar o grau de bloqueio de fase de picos para a forma de onda do estímulo. Consulte os guias do usuário para obter mais detalhes.

Requisitos de sistema:

Hardware: Micro1401 Mk2 ou superior, Atenuador programável CED3505
Programas: Spike2 v7.11 ou superior
Scripts: AudioStimRecSU.s2s, SoundCalSU.s2s
Configuração de amostragem: SU.s2c
Sequenciador: SU4.pls
Outros arquivos: MScaldataSU.txt, SpkcaldataSU.txt, SUSettings.txt
Guia do usuário: AudioStimRec SU.pdf, SoundCalSU.pdf, 3505_V2spec.pdf

Respostas auditivas simples do tronco cerebral
fishabr v1.20.s2s (10/20)

fish abr release.zip

Este pacote de script Spike2 é adequado para registrar as respostas auditivas do tronco cerebral (ABR) para tons de estímulos pip. Foi desenvolvido para pesquisas sobre as respostas dos peixes aos sons subaquáticos, mas pode ser igualmente útil para investigar as respostas de outros vertebrados ao som transportado pelo ar.

O script gera pips de tom simétricos com uma fase de aumento e queda linear e preenchidos com frequências portadoras que variam de 20 Hz a 10 kHz via DAC0. O usuário pode configurar a forma do tom pip, selecionar sua polaridade (ou escolher a polaridade alternada), a taxa de repetição do estímulo e o número de varreduras a serem incluídas na média. A intensidade do estímulo pode ser definida em etapas de 5dB em uma faixa de 75dB usando o atenuador controlado por programa CED. Uma curva de calibração para corrigir variações de intensidade com frequência de estímulo é aplicada automaticamente.

As respostas neurais pré-amplificadas registradas via ADC0 são processadas por meio do cálculo da média do sinal. As respostas médias em cada frequência de estímulo são exibidas em ordem decrescente de intensidade de estímulo para fácil estimativa dos limiares. O script constrói e exibe a curva de resposta-limite conforme o experimento prossegue.

Requisitos de sistema:

Hardware: Power1401 ou Micro1401 Mk2, Atenuador programável CED3505
Programas: Spike2 v8.00 ou superior
Scripts: FishABR v1.20.s2s, SoundCalSU v702BV.s2s
Configuração de amostragem: Fishabr v1.15.s2cx, SU.s2cx
Sequenciador: Fishabr v1.15a.pls, SU7.pls
Outros arquivos: MScaldataSU_0.txt, SpkcaldataSU_0.txt, abrsettings.txt
Guia do usuário: Fishabr v1.15a.pdf, SoundCal.pdf

Estude a atividade dos motoneurônios usando PSF, PSTH e CUSUM
PSF 03e.s2s (04/18)

psf.zip

Os diagramas de frequência peri-estímulo (PSF), histogramas de tempo peri-estímulo (PSTH) e gráficos cusum podem ser usados para investigar o curso do tempo da entrada sináptica para os motoneurônios. O método envolve o registro da atividade de uma única unidade motora por meio de eletrodos implantados em um músculo enquanto estimula repetidamente um nervo sensorial para gerar uma entrada sináptica para os motoneurônios.

Dado um evento, marcador ou canal WaveMark que marca a atividade da unidade motora e um canal de evento que marca a estimulação da entrada sensorial, este script permite gerar gráficos PSTH, cusum e PSF on-line ou off-line. Você também pode executar novamente um arquivo de dados existente para simular a gravação online para fins de demonstração.

O script inclui um guia do usuário detalhado e uma lista de referências a artigos relevantes.

O script requer Spike2 versão 8.13a ou superior.

Analise as respostas visuais ao movimento das grades sinusoidais
AR 05.s2s (08/20)

AR05 release.zip

Estudos de neurônios sensíveis ao movimento no sistema visual frequentemente envolvem a análise das respostas às grades sinusoidais que se movem em diferentes ângulos. Em colaboração com o laboratório Ribic (Dept. of Psychology, University of Virginia), desenvolvemos uma combinação de estimulação visual usando PsychToolbox e gravação e análise usando Spike2 para analisar unidades sensíveis ao movimento em gravações multicelulares. Os resultados assumem a forma de gráficos PSTH e gráficos XY de resposta neuronal média vs. ângulo de estímulo.

O pacote:

  1. Especifica o hardware necessário
  2. Fornece um script Matlab para geração de estímulos
  3. Fornece um script Spike2 para análise de dados
  4. Oferece um exemplo de arquivo de dados para que você se familiarize com o método

O script requer Spike2 v9.11 ou superior.

Alguns desses scripts vieram de usuários, e não da equipe CED. Se você tiver um script que gostaria de oferecer a outros usuários por meio desta página, diga a Simon Gray. Também fornecemos alguns scripts para Signal.

Esses scripts são armazenados como arquivos WinZip, myscript.zip, exceto onde são mostrados como spike2\scripts\myscript.sgs. Esses últimos arquivos foram instalados com Spike2 e spike2 representa o diretório no qual você instalou Spike2. Veja os resumos clicando na descrição no menu lateral. Então você pode baixá-los clicando no nome do arquivo.

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