icEEG.zip

ICA refere-se a um grupo de métodos matemáticos para separar formas de onda amostradas em componentes estatisticamente independentes. É muito útil para extrair os sinais subjacentes de um grupo de gravações onde cada canal individual é uma mistura desconhecida de sinais de vários geradores subjacentes. Por exemplo, o ICA oferece uma solução para o clássico "problema de coquetel": é possível separar vozes individuais de uma confusão de conversas? O ICA pode fazer isso, desde que o som tenha sido gravado em várias posições diferentes usando vários microfones.

ICA também é aplicável em situações de registro fisiológico onde vários eletrodos são usados para registrar sinais subjacentes, por exemplo, eletrodos de EEG do couro cabeludo, registros de EEG de multi-eletrodos intra-cranianos, registros de EMG de superfície ou matrizes de eletrodos em uma cultura de tecidos. É importante ressaltar que o método também pode separar ruídos da rede e fontes de interferência elétrica de sinais de origem fisiológica.

O preço que você paga por uma excelente separação da fonte de sinal é a perda de informações de amplitude, - os resultados são normalizados. No entanto, se você aceitar essa limitação, o ICA pode ser uma forma muito poderosa de análise e vale a pena investigar.

O pacote inclui:

Este script requer Spike2 versão 9.

integrate01.zip

A atividade multiunidades extracelular dos nervos periféricos pode ser difícil de quantificar. As unidades individuais podem não ser identificáveis porque a relação sinal-ruído é muito baixa ou muitas unidades estão ativadas simultaneamente. Nessas circunstâncias, pode ser útil retificar e integrar o sinal em um curto intervalo de tempo para converter a atividade de um conjunto de unidades em um nível que pode indicar mudanças nas respostas aos estímulos. Este script funciona on-line ou off-line em até 4 canais de origem amostrados na mesma taxa. Você pode aumentar o número de canais processados on-line por pequenas edições no script.

Este script foi testado com Spike2 v7.17 ou superior.

medianvw.zip

Este script calcula o valor 'mediano' de uma forma de onda selecionada entre dois cursores e tabula os resultados na visualização do log. A mediana é o ponto médio do intervalo de dados, ou seja, metade dos pontos de dados são inferiores e a outra metade são valores superiores. Esta medida não está disponível atualmente na caixa de diálogo Regiões do Cursor.

Observe que o cálculo da mediana pode levar um tempo perceptível quando o número de pontos de dados no intervalo escolhido é grande.

Há um guia do usuário na página 1 do arquivo de script.

O script requer Spike2 v7.20 ou superior.

GrandAverage.zip

Use este script para construir visualizações médias a partir de visualizações de resultados múltiplos, ou seja, PSTH, histogramas de intervalo, médias de forma de onda e espectros de potência. As visualizações de origem e destino podem conter vários canais. Existem opções de processamento manual e em lote:

• O processamento em lote permite criar uma média geral de todas as visualizações de resultados em uma pasta. Você pode adicionar cada canal nos arquivos de origem ao número do canal correspondente na grande média. Alternativamente, você pode adicionar todos os canais nos arquivos de origem a um único canal nomeado na grande média.
• Modo manual: aqui, você pode escolher qual canal da fonte adicionar a qual canal da média geral de destino, passo a passo.

Cada canal em uma visualização de média geral multicanal tem sua própria contagem de varredura mantida no comentário do canal.

O guia do usuário está nas páginas 1 a 3 do arquivo de script.

O script requer Spike2 v 7.11 ou superior

CrossChanCorrelation.zip

Este script gera vários histogramas de correlação de pico para todas as combinações de picos de modelo em um canal. Atualmente, permite até 8 modelos de pico por canal (incluindo o código 0) para correlacionar entre os canais no arquivo.

O script é controlado a partir de uma barra de ferramentas onde o usuário pode abrir um arquivo de dados para análise e controlar os parâmetros para a correlação, bem como o número de visualizações dos resultados da correlação a serem exibidos a qualquer momento. Um exemplo de arquivo de dados adequado, extracellular spikes.smr, está incluído na pasta Data de seu diretório Spike2.

Este script requer Spike2 v7.20 ou superior.

FeatureDetect.zip

Este script permite ao usuário importar interativamente picos, vales ou cruzamentos de limiar com base em um valor de amplitude definido com um par de cursores horizontais ou um único cursor horizontal usado como um cruzamento de limiar.

O script utiliza uma rotina ociosa que atualiza automaticamente o canal de memória que contém os marcadores de evento se o usuário ajustar as amplitudes ou níveis de limiar. Um exemplo de arquivo de dados adequado, Blood pressure waveform.smr, está incluído na pasta Data do diretório Spike2.

Este script requer Spike2 v4.24 ou superior.

WMeasure.zip

Este script automatiza o processo de obtenção de várias medidas do tipo Cursor Regions. Você simplesmente especifica o canal de origem, o tipo de medição a ser realizada e o intervalo de tempo para realizá-la. Por exemplo, pode-se especificar a média de uma forma de onda a ser medida em caixas de 30s. Os resultados podem ser plotados como RealMark ou tabulados no log. Como um refinamento adicional, você pode especificar um canal de estado e códigos de marcador para conduzir a análise para intervalos de tempo de interesse.

Este script requer Spike2 v6.06 ou superior.

GaborFitDemo.zip

A função Gabor é uma onda sinusoidal amortecida por uma função gaussiana.

Este script permite que você ajuste uma função Gabor aos dados fisiológicos. Um exemplo de aplicação pode ser a detecção de atividade neural oscilatória em autocorrelogramas, por exemplo, Young et al (1992). O script também gera dados de teste que você pode usar para se familiarizar com o procedimento de ajuste de curva.

Você também pode usar este script como um modelo para ajustar outras funções por regressão não linear usando a função de script FitNLUser ().

Este script requer Spike2 v6.06 ou superior.

REFERÊNCIA Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

RespRelease.zip

Este arquivo contém scripts que permitem que você:

• Calibre um pneumotacógrafo, o tipo de medidor de fluxo comumente usado para registrar a respiração
• Converta o pneumotac. saída para fluxo BTPS e volume BTPS online
• Analise os dados respiratórios

O script de análise de respiração permite que você:

• Subtraia a deriva do volume e traços de fluxo
• Medir manobras de capacidade inspirada (IC) e capacidade vital forçada (FVC)
• Faça uma análise de respiração por respiração de muitos parâmetros respiratórios
• Traçar loops de fluxo-volume
• Plot a composite maximal flow-volume loop using the script: Loop Env.s2s
• Plote e tabule a razão de inclinação dos loops de fluxo-volume máximo expirado
• Investigue a limitação do fluxo durante o exercício, fazendo medições comparativas dos loops F-V
• Traçar loops de volume-pressão
• Meça os componentes elásticos e resistivos do Trabalho Respiratório

O arquivo também inclui guias do usuário, arquivos de dados de exemplo e configurações de amostragem que devem ajudá-lo a começar. Esses scripts exigem o Spike2 versão 8.09 ou superior.

Eles são versões beta. Envie seus relatórios de bug e ideias para desenvolvimento adicional para geoff@ced.co.uk

lvpanalysis.zip

Neste script do Spike2, usamos sinais fisiológicos de pressão traqueal e ventricular esquerdo, obtidos simultaneamente por cateterização, para determinar as interacções entre as hemodinâmicas cardíacas e a função respiratória. As métricas da função sistólica e diastólica são calculadas e separadas em fases inspiratória, expiratória inicial, e expiratória tardia para caracterizar o efeito de cada fase respiratória nos parâmetros da função ventricular esquerda.

Este script requer Spike2 v10.01 ou superior.

hrbp.zip

Esta família de scripts Spike2 v7 e configurações de amostragem permite realizar gravações de longo prazo da pressão arterial, frequência cardíaca e atividade simpática e analisar os reflexos barorreceptores e a variabilidade da frequência cardíaca. Os scripts são adequados para uso com uma variedade de animais de laboratório e podem registrar dados de até 8 animais simultaneamente quando usados em conjunto com sistemas de telemetria.

HRBP8b.s2s deriva a pressão arterial sistólica, diastólica e média, a frequência cardíaca e a frequência respiratória de cada traço de pressão arterial. Dados de até 8 animais podem ser analisados on-line ou off-line. Os resultados são registrados continuamente ou de acordo com uma programação definida pelo usuário, por exemplo, 10 minutos por hora. Os dados podem ser salvos automaticamente em um novo arquivo em intervalos regulares (por exemplo, a cada 24 horas), a fim de obter uma gravação virtualmente contínua ao longo de dias ou semanas.

MergeFiles.s2s/SplitFiles.s2s Esses scripts de utilitários permitem emendar arquivos de dados salvos automaticamente de ponta a ponta antes de uma análise posterior e dividir dados relacionados a diferentes animais em arquivos de dados separados.

sBRG.s2s Este script off-line calcula a sensibilidade do reflexo barorreceptor com base nas flutuações espontâneas da pressão arterial.

SigFit.s2s Ajusta curvas sigmóides (4 e 5 parâmetros) aos dados de freqüência cardíaca e pressão arterial derivados de experimentos em estado estacionário.

HRV1.s2s Executa a análise do domínio da frequência da variabilidade da frequência cardíaca.

Poincaré s2s Executa uma análise não linear da variabilidade da frequência cardíaca.

HRBPtable.s2s Gera tabelas de resultados adequadas para análise posterior com software de planilha.

Baro5.s2s Esta é uma biblioteca de funções de script exigidas pelo script SigFit.

Esta família de scripts do Spike 2 requer v7.12 ou superior.

hr_rrecg.zip

Este script offline gera um canal de frequência cardíaca (bpm) e um canal de intervalo RR (ms) baseado num canal ECG na vista de tempo actual. Existe também uma opção para criar uma tabela de frequência cardíaca e intervalos RR batimento por batimento, bem como marcadores de teclado e TextMarks (frequentemente utilizados para indicar o tempo e os detalhes dos tratamentos experimentais). O script incluí um breve guia de utilizador que se mostra quando carrega no botão da barra de ferramentas (criado pelo script).

Este script requer a última versão 8, 9 ou 10 do Spike2.

hr_bp.zip

Este script permite-lhe:

Criar canais adicionais no seu ficheiro de dados derivados de um traçado de pressão arterial. Estes canais extra são: Frequência cardíaca, intervalo entre-batimentos, pa diastólica, pa sistólica, e pulsação pa.

Processe um único traçado pa online or múltiplos traçados pa offline.

Simule gravação online ao repetir uma vista de tempo existente usando o botão.

Mostre uma tabela estatística de pressões arteriais “actuais” que actualiza online a cada segundo ou durante REPLAY.

Gere uma tabela de tempos de batimento e amplitudes para cada um dos canas derivados numa vista de grelha. Também existe a opção para incluir notas do experimentador e informação dos tempos de estímulo armazenadas nos canais Keyboard marker e TextMarker. Esta tabela pode ser salva ou colada em programas de folha de cálculo para mais análises.

Este script requer a versão 8.20 ou superior.

hrv.zip

O script HRV_10 efectua uma análise de domínio de frequência de intervalos de pulsação (PI) e também variabilidade da pressão arterial sistólica e diastólica.

Longos registos são subdivididos em épocas definidas pelo utilizador com espectros de poder separados por região temporal. Formas de onda HRV podem ser editadas para excluir artefactos antes da geração de vistas de espectro de poder multi-canal.

Os espectros são subdivididos em bandas definidas pelo utilizador VLF, LF e HF e os níveis são traçados para o ficheiro de dados original e tabulados para uma folha de cálculo.

Um segundo script HRV10 revu.s2s providência um método conveniente para rever ficheiros de dados existentes.

Ambos os scripts requerem a versão 9.17 do Spike2 ou superior.

amphist.zip

Este script gera um histograma de distribuição de amplitude de um canal Waveform, RealWave ou WaveMark. Você pode selecionar o canal necessário, intervalo de tempo, intervalo de amplitude e tamanho do compartimento usando uma combinação de arrastar o cursor e entradas de diálogo. Os resultados podem ser exibidos em várias formas, incluindo número de pontos, tempo e tempo percentual em cada caixa de amplitude. Um guia do usuário está incluído nos comentários no início do script.

Este script requer Spike2 versão 6.04 ou superior. Também faz uso de funções do arquivo de script GHutils.s2s (incluído no download). Este arquivo deve estar localizado em uma pasta chamada include localizada dentro do diretório que contém sua cópia do Spike2.

SeparateTraces.zip

Este script pegará um canal selecionado de dados de múltiplos traços do WaveMark e criará canais de memória adicionais no arquivo de dados, cada um contendo um único traço do canal de origem. O usuário seleciona o canal e o tipo (estereotrodo ou tetrodo) em uma caixa de diálogo quando o script é executado. Um exemplo de arquivo de dados adequado, Tetrode data.smr, está incluído no arquivo .zip.

Este script requer Spike2 v5.21 ou superior.

surprise.zip

Este script detecta rajadas de eventos contra um fundo de eventos mais aleatórios.

levelind.zip

Para muitas aplicações, é importante saber o tempo e a duração dos períodos em que o nível de um canal de forma de onda excedeu um limite superior definido pelo usuário, caiu abaixo de um limite inferior ou estava entre esses níveis. Este script fornece um método conveniente de exibir e analisar o número e a duração dos estados alto, intermediário e baixo.

O script permite que você faça o seguinte:

• Defina um nível de limite superior e inferior no canal de forma de onda selecionado
• Crie um canal de indicador de nível no arquivo de dados com pontos acima, abaixo e entre os níveis de limite denotados por barras coloridas
• Escolha um código de cor apropriado para alto, médio. e estados baixos, por exemplo vermelho/âmbar/verde ou verde/âmbar/vermelho, dependendo se o nível alto ou baixo representa o intervalo 'ideal' ou 'preferido'
• Trace a duração de um estado individual ou de todos os 3 estados em função do tempo
• Exibir a distribuição das durações de cada estado como um gráfico de barras
• Gere um relatório adequado para análise posterior com o software de planilha
• Use os recursos normais de manipulação e análise de dados do Spike2 durante a operação do script

Este script requer Spike2 versão 5.09 ou superior.

qpsth.zip

Este script registra sinais de gatilho e resposta. Ele cria uma visualização de resultado PSTH e a integra para produzir uma exibição cumulativa. Isso é feito on-line conforme os dados são amostrados. Dois canais são definidos: um canal de disparo e um canal de evento de resposta.

IF_distr.zip

Este script cria um histograma da distribuição de frequências instantâneas de eventos, Markers, RealMarks ou WaveMarks em uma visualização de tempo Spike2. Pode ser útil para traçar as distribuições de frequência dos trens de impulso nervoso em resposta sob várias condições experimentais.

Este script requer o Spike2 versão 8.03 ou superior.

RatSleepAuto.zip

Este script atribui escores de sono (Wake, NREM, REM e Doubt) com base em gravações de EEG hipocampal e EMG nucal. Implementa o método de Costa-Miserachs et al (2003). O script inclui um breve guia do usuário que deve ser lido em conjunto com o artigo original. The zip file includes a data file that shows typical results and can be used to test the script.

Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet. J.Neurosci Methods 130:93-101

Este script requer Spike2 versão 8.03 ou superior.

osd4.zip

Este script destina-se ao estadiamento do sono on-line em ratos, camundongos ou pintinhos. O sono é dividido em épocas de sono WAKE, NREM ou REM com base nas gravações de um canal EEG e um canal EMG por animal. O script pode gerar padrões definidos pelo usuário de pulsos de saída quando um estágio de sono alvo (por exemplo, REM) é detectado. Esses pulsos são adequados para controlar um laser em estudos optogenéticos.

O script também é adequado para aplicações mais simples, como estadiamento do sono off-line ou plotagem de potência espectral EEG em até 4 bandas de frequência off-line.

A gravação de mais de 2 animais simultaneamente requer uma breakout box (CED 2805 DIO-8) ou um cabo personalizado feito em casa para conectar às entradas e saídas digitais no painel traseiro de uma interface 1401.

Este script requer Spike2 versão 8.08 ou superior.

sleepscore.zip

Este script permite que você execute as seguintes tarefas:

• Subdivida uma visualização do tempo Spike2 em épocas da duração desejada
• Inspecione os dados e atribua épocas aos estágios do sono (ou outras categorias definidas pelo usuário)
• Marque ‘Eventos’ definidos pelo usuário, como apneias e despertares
• As épocas e eventos são mostrados como estados nos canais do TextMark com diferentes estágios e eventos representados por um código de cores
• Marque eventos e fases de sono sob o controle do mouse usando um método de arrastar e soltar
• Opcionalmente, exiba gráficos de "linha do horizonte" da potência EEG em faixas definidas pelo usuário
• Opcionalmente, exiba espectros de potência de EEG em faixas de uma época selecionada
• Opcionalmente, exiba um hipnograma onde cada estado de sono é representado por um nível
• Gere um relatório adequado para análise posterior com o software de planilha

Este script requer Spike2 versão 7.10 ou superior.

PiBrept.zip

Este script funciona em arquivos de dados que contêm um ou mais canais de EEG e um canal de marcador de estágio de sono (um canal de estado com estados de vigilância marcados por barras de cores diferentes).

Você pode criar vários canais espectrais de EEG, mostrando a potência na banda do EEG, a frequência dominante ou a borda espectral. O script então gera uma tabela de resultados mostrando as características espectrais de cada episódio sucessivo de um estado de sono definido pelo usuário (por exemplo, NREM) durante uma gravação de longo prazo. Isso permite que você quantifique as mudanças nas características espectrais com o tempo e os efeitos da optogenética ou outra estimulação. A tabela gera um resumo a cada hora ou intervalo de tempo de sua escolha para que as tendências possam ser identificadas mais facilmente.

Há uma opção para “bloquear” os resultados, ou seja, incluir ou excluir dados que caem em um intervalo de tempo em torno de marcadores em um canal nomeado. Isso significa que você pode, por exemplo, excluir todos os dados durante a estimulação ou incluir dados por um intervalo de tempo especificado após a estimulação.

Este script requer Spike2 v8.12 ou superior.

ssmla.zip

Este script gera marcações de sono para ratazana ou ratinho com base num canal de EEG e um canal de EMG a partir de um músculo no pescoço.

O script subdivide os dados em curtos segmentos e permite marcar um subconjunto dessas épocas por inspecção visual como WAKE, NREM, REM ou UNCLEAR. Essas marcações são inseridas no ficheiro de dados num canal de estado codificado por cores. Eles servem como 'dados de ensaio' para um algoritmo de machine learning que classifica as restantes épocas para melhor corresponder aos critérios de ensaio e devolve os resultados num segundo canal de estado codificado por cores.

O script requer Spike2 v 10.04 ou superior para uma completa funcionalidade.
De modo a utilizar a funcionalidade de machine learning, uma versão de 64 bits do Matlab com caixa de ferramentas de processamento de sinal deve estar presente e configurada como um servidor de automatização.

O script possui um detalhado manual de utilizador que inclui instruções sobre como configurar a comunicação com o Matlab. Mais detalhes sobre 'Solucionando problemas na conexão Matlab' ('Troubleshooting the Matlab connection') estão disponíveis na ajuda online do Spike2.

Este script baseia-se num software contribuído por Henna-Kaisa Wigren e colaboradores do Instituto de Biomedicina, Helsínquia.

ssevtsimport.zip

Este é um processo de vários estágios.

Você pode exportar os dados da forma de onda como formato de dados europeu (.edf) e depois importar o arquivo .edf para o Spike2 para análise posterior. No entanto, os dados sobre os estados de sono e o início e a duração dos eventos pontuados manualmente, movimentos dos olhos, apnéias etc. são armazenados em um arquivo de recurso (formato .xml) que não pode ser lido diretamente pelo Spike 2.

Converta o arquivo .xml para o formato .txt copiando o arquivo de recurso Profusion™ de uma janela do navegador da web para um editor de texto simples como o Notepad ™ através da área de transferência e salve-o. Você pode então importar o estágio de sono e as informações do evento do arquivo de texto para o arquivo de dados Spike2 correspondente usando este script.

Este script importa dados salvos no formato CMPPSGSCOREDATA.

Há um guia do usuário nos comentários no início do arquivo de script.

Este script requer Spike2 v7.17 ou superior.

ssevtsimport2.zip

Este script funciona de maneira semelhante ao script anterior. No entanto, ele se destina a importar arquivos de texto criados a partir de arquivos .xml no formato CMPSTUDYCONFIG da Compumedics.

Há um guia do usuário nos comentários no início do arquivo de script.

Este script é baseado em um contribuído por Dwayne Mann, Biomedical Engineering, University of Queensland. Se funcionar para você, é graças a ele; se não, você pode me culpar (GH).

Este script requer Spike2 v7.10 ou superior.

ssimpsomno.zip

Este é um processo de vários estágios.

Você pode exportar os dados da forma de onda como formato de dados europeu (.edf) e depois importar o arquivo .edf para o Spike2 para análise posterior. No entanto, os dados sobre os estágios do sono são armazenados em um arquivo de recurso (formato .xml) que não pode ser lido diretamente pelo Spike2.

Converta o arquivo .xml para o formato .txt copiando o arquivo de recurso Somnologica ™ de uma janela do navegador da web para um editor de texto simples, como o Notepad™, através da área de transferência e salve-o. Você pode então importar as informações do estágio de sono do arquivo de texto para o arquivo de dados Spike2 correspondente usando este script.

Há um guia do usuário nos comentários no início do arquivo de script.

Este script foi testado com Spike2 v7,17 e 8.08.

textssimp.zip

Este script converte uma lista de estágios de sono em um arquivo de texto em um canal de estados de sono codificados por cores em uma visualização de tempo.

Destina-se a lidar com a situação em que os dados da forma de onda, mas não os estágios de sono, podem ser importados para o Spike2 de um formato de dados estrangeiro. O arquivo de texto a ser importado pode conter várias colunas de tempos, poderes espectrais etc. No entanto, o script lê apenas 1 coluna especificada que contém uma lista de rótulos de estágio de sono, como W, R, NREM etc.

Você só precisa especificar a duração de um estágio de sono e a hora de início da primeira época. O script assume que todas as épocas na tabela são contíguas e de igual duração.

Este script requer Spike2 versão 7.17 ou superior.

hypnoch.zip

A maioria dos scripts Spike2 para marcação de sono marca estados de sono como um canal ‘estado’ codificado por cores. Este script offline permite-lhe criar um canal hipnograma com base num canal de estado de sono. Aqui, os estados de sono são representados por diferentes níveis de um traçado de horizonte. Este script cria uma tecla de atalho na Script Bar para acesso rápido e tem um guia de utilizador que é mostrado quando pressiona o botão Help na caixa de diálogo Setup. Pode escolher que níveis correspondem a cada estado de sono num intervalo de -1 a 9.

Este script requer a versão 8.25 ou superior do Spike2.

sleepspindle.zip

Este script é intencionado para detectar eventos tais como convulsões ou fusos do sono em gravações EEG. Estes eventos podem ser pequenos e variáveis portanto detectá-los não é uma tarefa trivial. Este script atenta isso mesmo usando uma estratégia multi-estágio.

1. Rajadas de actividade EEG dentro de uma banda espectral definidas pelo utilizador são marcadas. Por exemplo, rajadas na faixa 12-15 Hz são características de fusos do sono. Pode escolher a banda de frequência e os limites superior e inferior de potência para detecção de evento que melhor se adequam aos seus dados. Também pode excluir eventos muito curtos ou muito longos e combinar eventos próximos.
2. Detecção de eventos é refinada excluindo candidatos onde o número de picos (ou calhas) EEG que ocorreram durante as rajadas de poder foram menos que o limiar definido pelo utilizador.
3. Edição manual. O script fornece ferramentas para poder navegar pelo ficheiro de dados, apagar eventos que falham no ‘teste do olho’, adicionar eventos que escaparam e amalgamar eventos que pertencem juntos.
4. A duração dos eventos marcados pode ser corrigida para que todos eles comecem e acabem quando o nível de poder na banda escolhida passe por um nível de linha base definido pelo utilizador.

Os eventos são marcados como barras coloridas no ficheiro de dados de origem e os resultados podem ser tabulados numa folha de cálculo e traçados como contagem de evento e duração de evento por época.

Requisitos: Spike2 v8.24 ou superior. A biblioteca ug.s2s. Copie este ficheiro para a pasta include em Documents/SpikeN ou mantenha-o na mesma pasta do script principal.