Interfejs pomiędzy Matlab i 1401

"Matced" to interfejs który pozwala programowi Matlab na bezpośrednie sterowanie systemem pozyskiwania danych CED 1401. Umożliwia to utworzenie potężnego środowiska obliczeń do przetwarzania i wykreślania danych próbkowanych przez CED. Można jednocześnie programować CED-1401 przy użyciu plików Matlab. Stosując pliki M można jednocześnie tworzyć graficzny interfejs użytkownika (uicontrol).

Dario Ringach,
Department of Neurobiology and Psychology,
Jules Stein Eye Institute & Brain Research Institute,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles,
Los Angeles, CA 90095-1563
USA
email: dario@ucla.edu

Wersja 32 bitowa

Jim Colebatch był tak uprzejmy, że dokonał konwersji tej pracy na wersję 32-bitową wymaganą przez nowoczesne wersje programu Matlab. ściągnij plik matced32.zip Archiwum to rozpakowuje się automatycznie i zawiera pliki matced32.dll, use1432.dll, matced32.c, matced32.m, at1401.m oraz mat1401X.m, które stanowią proste przykładowe programy przedstawiające usprawnienia zawarte w wersji 04. W najnowszej wersji, on twierdzi:

Biblioteka DLL zawiera opcję odwołania do U14WorkingSet, a podrzędne procedury z błędami teraz zawsze zwracają kod błędu.

64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z use1432

Jim również udostępnił 64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z use1432.dll. Pobierz matced64c.zip i wypakuj plik mex oraz przykładowe pliki m. Jim wyjaśnia, że:

Wybrałem nazwę matced64c by zaznaczyć, że jest to wersja kompatybilna, więc nie zostały użyte specyficzne, 64-bitowe zmienne.

matced64c.mexw64 powinien być umieszczony w katalogu znajdującym się na ścieżce Matlaba, wraz z dostarczoną wersją use1432.dll

Plik mex może być testowany przy pomocy dołączonych plików m, czyli mat1401X_64c.m, mat1401Xp_64c.m i mat1401TF_64c.m. Pokazują one jak powinno się przywołać interfejs mex i jak należy zmodyfikować swoje istniejące pliki m.

Matlab GUI do użycia 1401

Jim również udostępnił Matlab GUI do użycia 1401, matgui.zip bajty. Działa on na wersjach 6.5.1, 7.0 i 7.1 (co najmniej) i pozwala na proste kolekcjonowanie danych bezpośrednio do Matlab. Używa on swojego MATCED32.DLL, jak powyżej.

Kod ilustruje kilka cech Matlab GUI, w szczególności to jak zmienne mogą być zapisywane i przekazywane pomiędzy okienkami.

Istnieje również wersja 64-bitowa, a1401gui_64.zip.

Narzędzia neuroscience dla MATLAB

SigTOOL udostępnia środowisko programowania i analiz do przetwarzania danych neuronaukowych. Graficzny interfejs tego środowiska udostępnia użytkownikowi kompletną aplikację do analizy fal i szeregów spajków. Rozszerzenia aplikacji, napisane przez użytkownika, mogą być w biegu dodane do interfejsu, bez potrzeby modyfikowania istniejącego kodu. Formaty Spike2 i Signal są zawarte w wyborze importu. Kliknij tutaj, aby przeczytać więcej.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Biblioteka MATLAB SON

Ściągnij bibliotekę programu MATLAB SON, która zawiera procedury ładowania/pisania/tworzenia plików Spike2 for Windows w programie MATLAB pochodzacym od: http://sigtool.sourceforge.net.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Biblioteka MATLAB CFS

Pobierz MATLAB CFS Library.zip, który zawiera procedury do wczytywania/zapisywania/tworzenia plików Signal w MATLAB.

Jim przetestował te pliki z Matlabem 6.5.1 i kilkoma wersjami Matlaba 7 – do R2007a (Matlab 7.5). Wszystko wydaje się pracować OK. Wszystkie znajdują się w pliku zip, uaktualnionym 24 Luty 2016.

64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z plikami CFS

Jim również udostępnił 64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z plikami CFS. Pobierz matcfs64c.zip i wypakuj plik mex oraz przykładowe pliki m. Jim wyjaśnia, że:

Wybrałem nazwę matced64c by zaznaczyć, że jest to wersja kompatybilna, więc nie zostały użyte specyficzne, 64-bitowe zmienne.

matcfs64c.mexw64 powinien być umieszczony w katalogu znajdującym się na ścieżce Matlaba, wraz z dostarczoną wersją CFS64c.dll.

Plik mex może być testowany przy pomocy dołączonych plików m, czyli cfsRead64c i cfsWriteRL64c.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Dane CFS do MATLAB: Biosig

Biosig dostarcza wspólnego interfejsu do ponad 40 różnych formatów danych:,

• save2gdf to narzędzia linii komend do konwersji danych
• SigViewer to przeglądarka i narzędzia klasyfikujące dla sygnałów fizjologicznych
• mexSLOAD służy do odczytu danych CFS w MATLAB i Octave
• Szereg funkcji MATLAB/Octave do przetwarzania danych

Dr. Alois Schlögl,
Institute of Science and Technology Austria,
Am Campus 1,
3400 Klosterneuburg
Austria
email: alois.schloegl@ist.ac.at

Wykorzystanie 1401 przy pomocy LabVIEW

Te pliki umożliwiają użytkownikom LabVIEW na połączenie z urządzeniem CED 1401 poprzez bibliotekę opracowaną przez CED dla systemu Windows - USE1432.DLL. Pliki zawierają wywołania funkcji wyszególnione w CED Programmer’s Interface Library for Windows jako LabVIEW vi w 1401.llb oraz programy testowe LabVIEW w Test1401.llb i dokumentację w formacie Worda w pliku Lv1432.doc. Funkcje te napisano dla systemów Windows 95/98 i NT.

Zapisz lv1432.zip.

Prof E F Evans, (na emeryturze)
Dept of Communication and Neuroscience,
Keele University,
Keele,
Staffs
ST5 5BG
UK
Tel +44 (0)1782 583054

Wykorzystanie 1902 przy pomocy LabVIEW

Jest to pakiet VI do połączenia poprzez sprzężenie wzmacniacza 1902 z LabVIEW. Pakiety VI należą do LabVIEW 6.1 i nie będą działać pod niższymi wersjami LabVIEW.

Proszę załadować plik 1902.txt lub plik spakowany programem pkzip zawierający wszystkie pliki.

Tim Pragnell,
Dept of Physiology,
University of Oxford,
Parks Road,
Oxford
OX1 3PT
UK
email: tim.pragnell@physiol.ox.ac.uk

Używanie 1401 pod VB.NET 1.1

Pliki CEDVB02Net.zip i u1432class.zip to funkcje opakowujące, służące do użycia 1432.dll i trochę przykładowego kodu, obydwa dla VB.NET.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Zamienia pliki HPGL.plt w format rozszerzonego metapliku

Program HPGLLoad.exe jest przeznaczony do konwersji plików HPGL .plt , głównie z SIGAVG, w format rozszerzonego metapliku, który można używać bezpośrednio, na przykład w dokumencie Worda.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Graphical user interface for processing motor
evoked potentials

Program palMEP_v1.0_x64_setup_7_7_2017.exe jest łatwym w użyciu i otwartym interfejsem graficznym użytkownika do wstępnego przetwarzania i podstawowej analizy ruchowych potencjałów wywoływanych stymulacją magnetyczną lub elektryczną. palMEP umożliwia zarówno ręczne, jak i automatyczne przetwarzanie pojedynczego lub wielu plików jednocześnie. Obsługuje pliki CED Signal i Spike2, a także ogólne pliki CSV.

Dr Ruben Perellón Alfonso,
IDIBAPS, Neurophysiology,
Gran Via de les Corts Catalanes, 585,
08007 Barcelona,
Spain
email: ruben.palfonso@gmail.com

Podświetlanie składni skryptów Spike2 w Atom

Zrobiłem edytor gramatyki język-spike2 dla Atom. Jest to dość prymitywne, ale możesz również korzystać z podświetlania składni dla języka skryptowego Spike2 w macOS.

Kouichi C. Nakamura,
MRC Brain Network Dynamics Unit,
Department of Pharmacology,
Mansfield Road,
Oxford OX1 3TH
UK
Tel (Int) +44 1865-271582 email: kouichi.c.nakamura@gmail.com.

Konwersja plików CFS do importu do programu Excel

Program CFS2EXEL jest przeznaczony do konwersji plików danych CFS, zwykle SIGAVG lub CHART, w formie, która bezpośrednio nadaje się do importu do Excela. Działa on tylko z tymi plikami CFS w których dane całkowite są rozmieszczone równomiernie, na przykład w standardowych plikach SIGAVG.

Oto pełny opis. Można w tym miejscu załadowac samorozpakowujacy plik.

Sean Kelly,
Department of Child Health, Sir James Spence Institute, R.V.I.
Newcastle
NE1 4LP
UK
Tel (0191) 2023007 email: sean.kelly@newcastle.ac.uk

Czytaj pliki Spike2 (SON) w Python

PLIK BIBLIOTEK dla PYTHON

Do wczytywania danych z plików Son Spike2 CED.

Opierająca się na wersji 20.0 biblioteki SON dla MATLAB, napisanej przez Malcolma Lidierth z King’s College London. Patrz w http://sigtool.sourceforge.net

Używanie biblioteki
O szczegółach czytaj w pliku __init__.py, lub wpisz co następuje w Python (po umieszczeniu katalogu sonpy w ścieżce wyszukiwania Python):

>>> from sonpy import son >>> help(son)

Antonio Gonzalez,
Department of Neuroscience,
Karolinska Institutet,
Stockholm,
Sweden
email: Antonio.Gonzalez@ki.se

John Dempster Strathclyde SES

Firma Strathclyde Electrophysiology Software NIE uczestniczyła w tworzeniu oprogramowania dostępnego w naszej witrynie, jednak jej oprogramowanie jest powszechnie używane w wielu badaniach służących do rejestrowania i analizy sygnałów z elektrofizjologii badań wewnątrzkomórkowych, przy których można wykorzystać urządzenie CED serii 1401.