Interfejs pomiędzy Matlab i 1401

"Matced" to interfejs który pozwala programowi Matlab na bezpośrednie sterowanie systemem pozyskiwania danych CED 1401. Umożliwia to utworzenie potężnego środowiska obliczeń do przetwarzania i wykreślania danych próbkowanych przez CED. Można jednocześnie programować CED-1401 przy użyciu plików Matlab. Stosując pliki M można jednocześnie tworzyć graficzny interfejs użytkownika (uicontrol).

Dario Ringach,
Department of Neurobiology and Psychology,
Jules Stein Eye Institute & Brain Research Institute,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles,
Los Angeles, CA 90095-1563
USA
email: dario@ucla.edu

Wersja 32 bitowa

Jim Colebatch był tak uprzejmy, że dokonał konwersji tej pracy na wersję 32-bitową wymaganą przez nowoczesne wersje programu Matlab. ściągnij plik matced32.zip Archiwum to rozpakowuje się automatycznie i zawiera pliki matced32.dll, use1432.dll, matced32.c, matced32.m, at1401.m oraz mat1401X.m, które stanowią proste przykładowe programy przedstawiające usprawnienia zawarte w wersji 04. W najnowszej wersji, on twierdzi:

Biblioteka DLL zawiera opcję odwołania do U14WorkingSet, a podrzędne procedury z błędami teraz zawsze zwracają kod błędu.

64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z use1432

Jim również udostępnił 64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z use1432.dll. Pobierz matced64c.zip i wypakuj plik mex oraz przykładowe pliki m. Jim wyjaśnia, że:

Wybrałem nazwę matced64c by zaznaczyć, że jest to wersja kompatybilna, więc nie zostały użyte specyficzne, 64-bitowe zmienne.

matced64c.mexw64 powinien być umieszczony w katalogu znajdującym się na ścieżce Matlaba, wraz z dostarczoną wersją use1432.dll

Plik mex może być testowany przy pomocy dołączonych plików m, czyli mat1401X_64c.m, mat1401Xp_64c.m i mat1401TF_64c.m. Pokazują one jak powinno się przywołać interfejs mex i jak należy zmodyfikować swoje istniejące pliki m.

Matlab GUI do użycia 1401

Jim również udostępnił Matlab GUI do użycia 1401, matgui.zip bajty. Działa on na wersjach 6.5.1, 7.0 i 7.1 (co najmniej) i pozwala na proste kolekcjonowanie danych bezpośrednio do Matlab. Używa on swojego MATCED32.DLL, jak powyżej.

Kod ilustruje kilka cech Matlab GUI, w szczególności to jak zmienne mogą być zapisywane i przekazywane pomiędzy okienkami.

Istnieje również wersja 64-bitowa, a1401gui_64.zip.

Narzędzia neuroscience dla MATLAB

SigTOOL udostępnia środowisko programowania i analiz do przetwarzania danych neuronaukowych. Graficzny interfejs tego środowiska udostępnia użytkownikowi kompletną aplikację do analizy fal i szeregów spajków. Rozszerzenia aplikacji, napisane przez użytkownika, mogą być w biegu dodane do interfejsu, bez potrzeby modyfikowania istniejącego kodu. Formaty Spike2 i Signal są zawarte w wyborze importu. Kliknij tutaj, aby przeczytać więcej.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Biblioteka MATLAB SON

Ściągnij bibliotekę programu MATLAB SON, która zawiera procedury ładowania/pisania/tworzenia plików Spike2 for Windows w programie MATLAB pochodzacym od: http://sigtool.sourceforge.net.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Biblioteka MATLAB CFS

Pobierz MATLAB CFS Library.zip, który zawiera procedury do wczytywania/zapisywania/tworzenia plików Signal w MATLAB.

Jim przetestował te pliki z Matlabem 6.5.1 i kilkoma wersjami Matlaba 7 – do R2007a (Matlab 7.5). Wszystko wydaje się pracować OK. Wszystkie znajdują się w pliku zip, uaktualnionym 24 Luty 2016.

64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z plikami CFS

Jim również udostępnił 64 bitowy plik mex dla Matlaba do współdziałania z plikami CFS. Pobierz matcfs64c.zip i wypakuj plik mex oraz przykładowe pliki m. Jim wyjaśnia, że:

Wybrałem nazwę matced64c by zaznaczyć, że jest to wersja kompatybilna, więc nie zostały użyte specyficzne, 64-bitowe zmienne.

matcfs64c.mexw64 powinien być umieszczony w katalogu znajdującym się na ścieżce Matlaba, wraz z dostarczoną wersją CFS64c.dll.

Plik mex może być testowany przy pomocy dołączonych plików m, czyli cfsRead64c i cfsWriteRL64c.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Dane CFS do MATLAB: Biosig

Biosig dostarcza wspólnego interfejsu do ponad 40 różnych formatów danych:,

• save2gdf to narzędzia linii komend do konwersji danych
• SigViewer to przeglądarka i narzędzia klasyfikujące dla sygnałów fizjologicznych
• mexSLOAD służy do odczytu danych CFS w MATLAB i Octave
• Szereg funkcji MATLAB/Octave do przetwarzania danych

Dr. Alois Schlögl,
Institute of Science and Technology Austria,
Am Campus 1,
3400 Klosterneuburg
Austria
email: alois.schloegl@ist.ac.at

Wykorzystanie 1401 przy pomocy LabVIEW

Te pliki umożliwiają użytkownikom LabVIEW na połączenie z urządzeniem CED 1401 poprzez bibliotekę opracowaną przez CED dla systemu Windows - USE1432.DLL. Pliki zawierają wywołania funkcji wyszególnione w CED Programmer’s Interface Library for Windows jako LabVIEW vi w 1401.llb oraz programy testowe LabVIEW w Test1401.llb i dokumentację w formacie Worda w pliku Lv1432.doc. Funkcje te napisano dla systemów Windows 95/98 i NT.

Zapisz lv1432.zip.

Prof E F Evans, (na emeryturze)
Dept of Communication and Neuroscience,
Keele University,
Keele,
Staffs
ST5 5BG
UK
Tel +44 (0)1782 583054

Używanie 1401 pod VB.NET 1.1

Pliki CEDVB02Net.zip i u1432class.zip to funkcje opakowujące, służące do użycia 1432.dll i trochę przykładowego kodu, obydwa dla VB.NET.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Zamienia pliki HPGL.plt w format rozszerzonego metapliku

Program HPGLLoad.exe jest przeznaczony do konwersji plików HPGL .plt , głównie z SIGAVG, w format rozszerzonego metapliku, który można używać bezpośrednio, na przykład w dokumencie Worda.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Graphical user interface for processing motor
evoked potentials

Program palMEP_v1.0_x64_setup_7_7_2017.exe jest łatwym w użyciu i otwartym interfejsem graficznym użytkownika do wstępnego przetwarzania i podstawowej analizy ruchowych potencjałów wywoływanych stymulacją magnetyczną lub elektryczną. palMEP umożliwia zarówno ręczne, jak i automatyczne przetwarzanie pojedynczego lub wielu plików jednocześnie. Obsługuje pliki CED Signal i Spike2, a także ogólne pliki CSV.

Dr Ruben Perellón Alfonso,
IDIBAPS, Neurophysiology,
Gran Via de les Corts Catalanes, 585,
08007 Barcelona,
Spain
email: ruben.palfonso@gmail.com

Podświetlanie składni skryptów Spike2 w Atom

Zrobiłem edytor gramatyki język-spike2 dla Atom. Jest to dość prymitywne, ale możesz również korzystać z podświetlania składni dla języka skryptowego Spike2 w macOS.

Kouichi C. Nakamura,
MRC Brain Network Dynamics Unit,
Department of Pharmacology,
Mansfield Road,
Oxford OX1 3TH
UK
Tel (Int) +44 1865-271582 email: kouichi.c.nakamura@gmail.com.

Konwersja plików CFS do importu do programu Excel

Program CFS2EXEL jest przeznaczony do konwersji plików danych CFS, zwykle SIGAVG lub CHART, w formie, która bezpośrednio nadaje się do importu do Excela. Działa on tylko z tymi plikami CFS w których dane całkowite są rozmieszczone równomiernie, na przykład w standardowych plikach SIGAVG.

Oto pełny opis. Można w tym miejscu załadowac samorozpakowujacy plik.

Sean Kelly,
Department of Child Health, Sir James Spence Institute, R.V.I.
Newcastle
NE1 4LP
UK
Tel (0191) 2023007 email: sean.kelly@newcastle.ac.uk

Czytaj pliki Spike2 (SON) w Python

PLIK BIBLIOTEK dla PYTHON

Do wczytywania danych z plików Son Spike2 CED.

Opierająca się na wersji 20.0 biblioteki SON dla MATLAB, napisanej przez Malcolma Lidierth z King’s College London. Patrz w http://sigtool.sourceforge.net

Używanie biblioteki
O szczegółach czytaj w pliku __init__.py, lub wpisz co następuje w Python (po umieszczeniu katalogu sonpy w ścieżce wyszukiwania Python):

>>> from sonpy import son >>> help(son)

Antonio Gonzalez,
Physiol u. Pathophysiologisches Institut,
Ruprecht-Karls Universitat,
Heidelberg,
Germany
email: antoniojgonzalez195@gmail.com

John Dempster Strathclyde SES

Firma Strathclyde Electrophysiology Software NIE uczestniczyła w tworzeniu oprogramowania dostępnego w naszej witrynie, jednak jej oprogramowanie jest powszechnie używane w wielu badaniach służących do rejestrowania i analizy sygnałów z elektrofizjologii badań wewnątrzkomórkowych, przy których można wykorzystać urządzenie CED serii 1401.