Un interfaz entre Matlab y el 1401

"Matced" es un interfaz que le permite a controlar directamente el sistema de adquisición de datos CED 1401. Esto nos permite tener un entorno principal potente de ordenador para procesar y trazar los datos muestreados por el CED. También uno puede programar el CED-1401 usando los ficheros-M de Matlab. Junto con el interfaz gráfico de Matlab (uicontrol) uno fácilmente puede acabar una aplicación Windows usando ficheros-M.

Dario Ringach,
Department of Neurobiology and Psychology,
Jules Stein Eye Institute & Brain Research Institute,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles,
Los Angeles, CA 90095-1563
USA
email: dario@ucla.edu

Versión de 32 bit

Jim Colebatch muy amablemente ha convertido el trabajo anterior a la versión 32 bit necesaria para versiones modernas de Matlab. Descargar matced32.zip wque expandirán con WinZip para darle matced32.zip.dll, use1432.dll, matced32.zip.c, matced32.zip.m y mat1401.m y mat1401X.m que son programas de ejemplo simples, que muestran las mejoras en la versión 04. En la última revisión dijo:

DLL incluye la opción de una llamada a U14WorkingSet, y las subrutinas con errores devuelven ahora siempre el código de error.

fichero mex de 64 bits para que Matlab haga interfaz con use1432

Jim también ha dispuesto un fichero mex de 64 bits para que Matlab haga interfaz con use1432.dll. Descargue matced64c.zip y descomprima el fichero mex y los ficheros m de ejemplo. Jim explica:

He elegido el nombre matced64c para indicar que es una versión compatible y, por consiguiente, no he usado ninguna variable específica para 64 bits.

matced64c.mexw64 debe colocarse en un directorio de la ruta de Matlab, junto con la versión de use1432.dll tal y como se suministran.

El fichero mex puede probarse mediante los ficheros m files incluidos, a saber mat1401X_64c.m, mat1401Xp_64c.m y mat1401TF_64c.m y muestran cómo debe llamar la interfaz de mex y la forma de modificar los ficheros m existentes.

Matlab GUI para utilizar el 1401

Jim también ha provisto un Matlab GUI para utilizar el 1401, matgui.zip. Funciona con las versiones 6.5.1, 7.0 y 7.1 (por lo menos) y permite recolectar los datos simples directamente en Matlab. Utiliza su MATCED32.DLL, arriba.

El código ilustra una serie de características de Matlab GUI, en particular como se guardan las variables y se pueden pasar entre ventanas.

También hay una versión de 64 bits, a1401gui_64.zip.

Herramientas neurocientíficas para MATLAB

sigTOOL ofrece un entorno de programación y análisis para procesar los datos neurocientíficos. Una interfaz gráfica de usuario en este entorno ofrece al usuario final una aplicación independiente para el análisis de la forma de onda y del tren de picos. Las extensiones escritas por el usuario a esta aplicación se pueden agregar a la interfaz rápidamente sin necesidad de modificar nada del código existente. Se incluyen los formatos de fichero Spike2 y Signal en la selección de importación. Haga clic para leer más.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Una biblioteca MATLAB SON

Descargar la biblioteca MATLAB SON, que contiene rutinas para cargar/escribir/crear archivos Spike2 para Windows en MATLAB, de http://sigtool.sourceforge.net.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Una biblioteca MATLAB CFS

Descargue la MATLAB CFS Library.zip, que contiene rutinas para cargar/escribir/crear ficheros Signal en MATLAB.

Jim ha probado estos ficheros con Matlab 6.5.1 y con varias versiones de Matlab 7 - hasta R2007a (Matlab 7.5). Todos parecen funcionar bien. Los ficheros de soporte describen cómo utilizar las llamadas y dan varios ejemplos de ficheros m. Están todas en el fichero zip, actualizado el 24 Febrero 2016.

Fichero mex de 64 bits para que Matlab haga interfaz con ficheros CFS

Jim también ha dispuesto un fichero mex de 64 bits para que Matlab haga interfaz con ficheros CFS. Descargue matcfs64c.zip y descomprima el fichero mex y los ficheros m de ejemplo. Jim explica:

He elegido el nombre matcfs64c para indicar que es una versión compatible y, por consiguiente, no he usado ninguna variable específica para 64 bits.

matcfs64c.mexw64 debe colocarse en un directorio de la ruta de Matlab, junto con la versión de CFS64c.dll tal y como se suministran.

El fichero mex puede probarse mediante los ficheros m files incluidos, a saber cfsRead64c y cfsWriteRL64c.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Datos de CFS en MATLAB: Biosig

Biosig ofrece una interfaz común para más de 40 formatos de datos diferentes,

• save2gdf, herramientas de la línea de comandos para la conversión de datos
• SigViewer, herramientas de visualización y calificación de señales fisiológicas
• mexSLOAD para leer los datos de CFS en Matlab y Octave
• Varias funciones de Matlab/Octave para el procesamiento de datos

Dr. Alois Schlögl,
Institute of Science and Technology Austria,
Am Campus 1,
3400 Klosterneuburg
Austria
email: alois.schloegl@ist.ac.at

Usar 1401 de LabVIEW

Estos archivos permiten a los usuarios de LabVIEW interconectar al CED 1401 por medio de una Biblioteca CED Windows: USE1432.DLL. Proporcionan llamadas de función en listadas en la Biblioteca del Interfaz del Programador CED para Windows como LabVIEW vi’s en 1401.llb, junto con programas de comprobación LabVIEW en Test1401.llb y documentación Word en Lv1432.doc. Las funciones están redactadas para Windows 95/98 y NT.

Descargar el lv1432.zip ahora.

Prof E F Evans, (retirado)
Dept of Communication and Neuroscience,
Keele University,
Keele,
Staffs
ST5 5BG
UK
Tel +44 (0)1782 583054

Uso del 1401 bajo VB.NET 1.1

Los ficheros CEDVB02Net.zip y u1432class.zip son de clase de envoltura para usar 1432.dll y algún código de ejemplo, ambos para VB.NET.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Convertir archivos HPGL .plt en formatos de metafile

El programa HPGLLoad.exe tiene como fin convertir archivos HPGL .plt , normalmente desde SIGAVG, en formatos de metafile mejorados para ser utilizados directamente p.ej. en un documento Word.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Interfaz gráfica del usuario para el procesamiento
de los potenciales evocados motores

El programa palMEP_v1.0_x64_setup_7_7_2017.exe es una interfaz gráfica del usuario fácil de usar y de código abierto para el preprocesamiento y análisis básico de potenciales evocados motores, suscitados por estimulación magnética o eléctrica. palMEP permite realizar procesar en forma manual o automática uno o varios archivos. Es compatible con los archivos de CED Signal y Spike2, al igual que con archivos genéricos csv.

Dr Ruben Perellón Alfonso,
IDIBAPS, Neurophysiology,
Gran Via de les Corts Catalanes, 585,
08007 Barcelona,
Spain
email: ruben.palfonso@gmail.com

Resaltado de la sintaxis del script de Spike2
en Atom

He desarrollado una gramática language-spike2 para el editor -Atom. Es bastante primitiva, pero también puede aprovechar el resaltado de la sintaxis para el lenguaje de script de Spike2 en macOS.

Kouichi C. Nakamura,
MRC Brain Network Dynamics Unit,
Department of Pharmacology,
Mansfield Road,
Oxford OX1 3TH
UK
Tel (Int) +44 1865-271582 email: kouichi.c.nakamura@gmail.com.

Convertir ficheros CFS para importar a Excel

El programa CFS2EXCEL está pensado para convertir ficheros de datos CFS, por lo general de SIGAVG o CHART, en una forma adecuada para importar a Excel. Sólo funciona con ficheros CFS que son ficheros estándar SIGAVG - datos íntegros espaciados uniformemente.

Léase toda la descripción desde donde puede copiar el conjunto de ficheros como un autoexpansor.

Sean Kelly,
Department of Child Health, Sir James Spence Institute, R.V.I.
Newcastle
NE1 4LP
UK
Tel (0191) 2023007 email: sean.kelly@newcastle.ac.uk

Utilizar la biblioteca Python

BIBLIOTECA SON para PYTHON

Para leer los datos de los archivos Spike2 Son de CED.

Basado en la Biblioteca SON 2.0 de MATLAB, escrita por Malcolm Lidierth en King’s College Londres. Véase http://sigtool.sourceforge.net

Utilizar la biblioteca

Utilizar la biblioteca para leer los detalles del archivo __init__.py, o escribir lo siguiente en un cuerpo de Python (después de poner el directorio sonpy en la ruta de búsqueda de su Python):

>>> from sonpy import son >>> help(son)

Antonio Gonzalez,
Department of Neuroscience,
Karolinska Institutet,
Stockholm,
Sweden
email: Antonio.Gonzalez@ki.se

John Dempster Strathclyde SES

El Strathclyde Electrophysiology Software NO ha contribuido software a este sitio, pero es una serie de programas muy usados para registrar y analizar señales de experimentos de electrofisiología intracelular, que se pueden ejecutar con miembros de la familia CED 1401.