Interface entre Matlab et le 1401

"Matced" est une interface qui permet au Matlab de contrôler directement le système d'acquisition de données 1401 de CED. Elle permet de créer un puissant environnement informatique frontal pour traiter et tracer les données échantillonnées par le CED. En outre, le CED-1401 peut être programmé au moyen des fichiers M de Matlab. En alliant Matced à l'interface graphique utilisateur de Matlab (uicontrol), il est facile de développer une application Windows complète au moyen des fichiers M.

Dario Ringach,
Department of Neurobiology and Psychology,
Jules Stein Eye Institute & Brain Research Institute,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles,
Los Angeles, CA 90095-1563
USA
email: dario@ucla.edu

Version à 32 bits

Jim Colebatch a eu l'obligeance de convertir le travail ci-dessus dans une version à 32 bits réclamée par les versions modernes de Matlab. Téléchargez matced32.zip qui décompressera avec WinZip pour vous donner les fichiers matced32.dll, use1432.dll, matced32.c, matced32.m, mat1401.m et mat1401X.m, qui sont de simples programmes-exemples permettant d'illustrer les améliorations apportées dans la version 04. Dans la dernière révision, il est précisé :

Le DLL inclut une option permettant d'appeler U14WorkingSet, et les sous-routines comportant des erreurs retournent désormais systématiquement le code d'erreur.

Fichier mex 64 bits pour interface entre Matlab et use1432

Jim a également mis à disposition un fichier mex 64 bits pour les interfaces entre Matlab et use1432.dll. Télécharger le fichier matced64c.zip, et ouvrez le fichier mex et les fichiers m proposés en exemples. Quelques précisions de la part de Jim :

J'ai choisi le nom matced64c pour indiquer qu'il s'agit d'une version compatible, qui n'utilise donc aucune variable spécifique au format 64 bits.

matced64c.mexw64 doit être installé dans un répertoire du chemin Matlab, avec la version du fichier use1432.dll telle qu'elle vous a été fournie.

Le fichier mex peut être testé en utilisant les fichiers m inclus, à savoir mat1401X_64c.m, mat1401Xp_64c.m et mat1401TF_64c.m. Ceux-ci vous montreront comment appeler l'interface mex et comment modifier vos fichiers m existants.

IUG Matlab permettant d'utiliser le 1401

Jim a également proposé une IUG Matlab permettant d'utiliser le 1401 : matgui.zip. Celle-ci fonctionne avec les versions 6.5.1, 7.0 et 7.1 (au moins) et permet une collecte de données simples directement dans Matlab. Elle utilise son MATCED32.DLL (cf. ci-dessus).

Le code illustre un certain nombre de fonctionnalités de l'IUG Matlab, notamment la façon dont les variables sont sauvegardées et peuvent être transférées d'une fenêtre à l'autre.

Il existe également une version 64 bits, a1401gui_64.zip.

Outils de neuroscience pour MATLAB

sigTOOL propose un environnement de programmation et d'analyse dédié au traitement des données de neuroscience. Une interface graphique fournit à l'utilisateur une application autonome pour effectuer des analyses de formes d'onde et de trains d'impulsions dans cet environnement. Des extensions écrites par l'utilisateur peuvent être ajoutées à l'interface au fil de l'eau, sans nécessiter de modification du code existant. Les formats de fichier Spike2 et Signal sont inclus dans la sélection d'importation. Cliquez here pour en savoir plus.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Bibliothèque MATLAB SON

Télécharger MATLAB SON LIBRARY qui contient des routines permettant de charger/écrire/créer des fichiers Spike2 pour Windows dans MATLAB, à l'adresse depuis le site sigTOOL de Malcolm : http://sigtool.sourceforge.net.

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Bibliothèque MATLAB CFS

Téléchargez le MATLAB CFS Library.zip, qui contient des routines dédiées de chargement/écriture/création de fichiers Signal dans MATLAB.

Jim a testé ces fichiers avec Matlab 6.5.1 et plusieurs versions de Matlab 7 jusqu'à R2007a (Matlab 7.5). Toutes semblaient fonctionner correctement. Les fichiers d'assistance décrivent la manière dont vous pouvez utiliser les appels et proposent plusieurs exemples de fichier m. Tous ces éléments se trouvent dans le fichier zip, mis à jour le 24 Février 2016.

Fichier mex 64 bits pour interface entre Matlab et des fichiers CFS

Jim a également mis à disposition un fichier mex 64 bits pour les interfaces entre Matlab et des fichiers CFS. Télécharger le fichier matcfs64c.zip, et ouvrez le fichier mex et les fichiers m proposés en exemples. Quelques précisions de la part de Jim :

J'ai choisi le nom matcfs64c pour indiquer qu'il s'agit d'une version compatible, qui n'utilise donc aucune variable spécifique au format 64 bits.

matcfs64c.mexw64 être installé dans un répertoire du chemin Matlab, avec la version du fichier CFS64c.dll telle qu'elle vous a été fournie.

Le fichier mex peut être testé en utilisant les fichiers m inclus, à savoir cfsRead64c et cfsWriteRL64c.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

CFS data into MATLAB: Biosig

Biosig offre une interface commune pour plus de 40 formats de données,

• save2gdf, outils de ligne de commande pour la conversion de données
• SigViewer, une suite d'outils de visualisation et de notation pour les signaux physiologiques
• mexSLOAD, pour lire les données CFS dans Matlab et Octave
• Une suite de fonctions Matlab/Octave pour le traitement des données

Dr. Alois Schlögl,
Institute of Science and Technology Austria,
Am Campus 1,
3400 Klosterneuburg
Austria
email: alois.schloegl@ist.ac.at

Utilisation du 1401 de LabVIEW

Ces fichiers permettent aux utilisateurs de LabVIEW d'interfacer le CED 1401 via la CED Windows Library (bibliothèque): USE1432.DLL. Ils fournissent les appels de fonction répertoriés dans la bibliothèque d'interface de programmateur CED pour Windows comme LabVIEW vi's dans 1401.llb, ainsi que les programmes de test LabVIEW dans Test1401.llb et la documentation Word dans Lv1432.doc. Les fonctions sont écrites pour Windows 95/98 et NT.

Téléchargez maintenant le lv1432.zip.

Prof E F Evans, (retraité)
Dept of Communication and Neuroscience,
Keele University,
Keele,
Staffs
ST5 5BG
UK
Tel +44 (0)1782 583054

Utilisation du 1401 sous VB.NET 1.1

Les fichiers CEDVB02Net.zip et u1432class.zip sont des enveloppeurs conçus pour use1432.dll et certains codes exemples (tous deux compatibles VB.NET).

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Convertir les fichiers HPGL .plt en un format de métafichier

Le programme HPGLLoad.exe sert à convertir les fichiers HPGL .plt (généralement depuis SIGAVG) en un format de métafichier amélioré permettant une utilisation directe, par exemple dans un document Word.

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

Interface utilisateur graphique pour le traitement des
potentiels évoqués moteurs

Le programme palMEP_v1.0_x64_setup_7_7_2017.exe est une interface utilisateur graphique open source, très simple d'utilisation et destinée au prétraitement et à l'analyse basique des potentiels évoqués moteurs déclenchés par une stimulation magnétique ou électrique. palMEP permet le traitement manuel et automatisé d'un seul ou de plusieurs fichiers à la fois. Il prend en charge les fichiers CED Signal et Spike2, ainsi que les fichiers csv génériques.

Dr Ruben Perellón Alfonso,
IDIBAPS, Neurophysiology,
Gran Via de les Corts Catalanes, 585,
08007 Barcelona,
Spain
email: ruben.palfonso@gmail.com

Mise en surbrillance de la syntaxe du script Spike2
dans Atom

J'ai créé une grammaire -language-spike2- pour l'éditeur Atom. Celle-ci est relativement primitive, mais elle vous permettra également de profiter de la mise en surbrillance syntaxique pour le langage de script Spike2 dans macOS.

Kouichi C. Nakamura,
MRC Brain Network Dynamics Unit,
Department of Pharmacology,
Mansfield Road,
Oxford OX1 3TH
UK
Tel (Int) +44 1865-271582 email: kouichi.c.nakamura@gmail.com.

Conversion des fichiers CFS à importer dans Excel

Le programme CFS2EXCEL permet de convertir des fichiers de données CFS, venant généralement de SIGAVG ou CHART, dans un format pouvant être importé dans Excel. Il ne fonctionne que sur les fichiers CFS contenant des données entières également réparties, comme les fichiers SIGAVG standard.

Lisez la description complète à partir de laquelle vous pouvez transférer les fichiers dans un format à décompression automatique.

Sean Kelly,
Department of Child Health, Sir James Spence Institute, R.V.I.
Newcastle
NE1 4LP
UK
Tel (0191) 2023007 email: sean.kelly@newcastle.ac.uk

Lecture des fichiers Spike2 (SON) dans Python

Bibliotheque SON pour PYTHON

Pour la lecture de données à partir des fichiers Spike2 SON de CED.

Basé sur SON Library 2.0 pour MATLAB, écrit par Malcolm Lidierth du King's College, Londres. Consulter la page Web http://www.kcl.ac.uk/schools/biohealth/depts/physiology/mlidierth.html

Utilisation de la bibliothèque

Pour de plus amples détails, lire le fichier __init__.py, ou taper ceci dans Python (après avoir placé le répertoire sonpy dans votre chemin de recherche Python) :

>>> from sonpy import son
>>> help(son)

Antonio Gonzalez,
Department of Neuroscience,
Karolinska Institutet,
Stockholm,
Sweden
email: Antonio.Gonzalez@ki.se

John Dempster Strathclyde SES

The Strathclyde Electrophysiology Software ne contribue PAS à ce site, mais il constitue une suite de programmes très largement utilisée pour l'enregistrement et l'analyse de signaux à partir d'expériences d'électrophysiologie intracellulaire et pouvant être utilisée avec des appareils de la famille CED 1401.