Hay varios casos en que puede ser necesario operar múltiples CED Micro1401 en la misma instalación experimental. Por ejemplo, podrían ser necesarios más canales de entrada de forma de onda al ejecutar el software de Spike2, de los que están disponibles con un Micro1401 totalmente ampliado, individual. La opción de sincronización le permite al usuario conectar varios sistemas Micro1401 para solucionar este problema.
Conectar sistemas separados hace surgir el problema de la temporización. Cuando se usa independientemente, cada Micro1401 puede iniciarse con el mismo impulso de disparo, pero después ejecuta a una tasa de reloj derivada de su propio reloj interno de cristal.
La precisión del reloj interno es de 50 partes por millón o mejor sobre el tiempo y la temperatura de funcionamiento. Esto significa que dos Micro1401 que se iniciaron con el mismo impulso de iniciación podrían tener hasta 1 segundo de diferencia después de 6 horas. Para muchas aplicaciones, esto puede que no sea significativo, pero para los procedimientos experimentales en que se utilizan muchos Micro1401, podría ser difícil alinear eventos que hayan sido registrados por 1401 diferentes.
Para solucionar este problema, el CED Micro1401-4, -3, Micro mkII y Power1401 tiene una opción instalada en fábrica para sincronizar múltiples 1401 de forma que sus relojes de cristal mantienen exactamente el mismo ritmo.
Cuando se instala, la opción de sincronización del Micro1401 agrega un conectador de panel posterior en el que se enchufa un cable de cadena. El cableado en el cable determina qué Micro1401 tiene el reloj "maestro" y cuáles son las unidades "esclavas". Un Micro1401 esclavo detecta una señal de reloj entrante y mide su frecuencia. Si está satisfecho de que la señal externa es un reloj aceptable, conmutará su reloj de referencia para utilizar la frecuencia externa en lugar de un cristal interno. Este proceso es automático y no requiere la intervención del software. La señal del reloj es regenerada en cada Micro1401 para pasarla a la unidad siguiente. La longitud de cable puede ser de hasta 2 metros entre cada Micro1401.
El número de Micro1401 que puede ser sincronizado de esta forma es de 3 o 4, determinado por el cableado. Para poder sincronizar más Micro1401, CED planifica introducir una caja de sincronización externa que actuará como "maestro" y producirá relojes para hasta 8 "esclavos". Esta unidad también tendrá facilidades para bloquear a las fuentes de frecuencia externas provistas por el usuario tales como las máquinas DAT y los genlocks de vídeo.
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