uBatchImport.zip

Puede importar a Spike2 un gran número de formatos de datos desconocidos. Los archivos individuales pueden importarse de manera interactiva utilizando Import en el menú File de Spike2. Sin embargo, este es un proceso tedioso cuando hay que importar muchos archivos del mismo tipo. Este script que permite importar todos los archivos de un tipo definido por el usuario en una carpeta específica. Se aplican ciertas restricciones. Por ejemplo, solo se pueden importar algunos formatos utilizando la versión de 32 bits de Spike2. Para obtener más información, consulte la ayuda en línea sobre "importación de archivos de datos desconocidos".

Este manuscrito requiere Spike2 v8.04 o superior.

Mejora:

• Ya funciona el importador DSI.
• ADI LabChart
• Lab streaming layer (*.xdf)
• Se ha actualizado el importador de TDT.
• Se han agregado los importadores Ponemah y Xltek -Neuroworks. (usuarios de Spike2 8.08 y versiones posteriores).

HumRemExpress.zip

Este manuscrito es un manuscrito modernizado para la eliminación del zumbido cuando se ha registrado un canal de evento de marcador de zumbido fiable utilizando la caja de impulso de la red CED o un dispositivo similar. Vea un video de demostración.

Si necesita derivar un marcador de zumbido desde un canal de forma de onda que contiene el zumbido, deberá utilizar el manuscrito original Elimina el zumbido.

Este manuscrito requiere Spike2 v7.20 o superior.

HumRemove.zip

Este script está concebido para mejorar la relación señal-ruido de grabaciones fisiológicas mediante la eliminación de interferencias relacionadas con la red eléctrica. Esto se hace, no por filtración, sino sustrayendo un estimativo de la interferencia de la red eléctrica de los datos en bruto y almacenando los resultados en un nuevo canal.

Esta versión actualizada del script requiere Spike2 v7.20 o una versión posterior.

Las formas de onda deben registrarse con una frecuencia de muestreo de al menos 500 Hz y de preferencia 5 kHz o más. Los mejores resultados se obtienen registrando un canal de forma de onda dedicado que muestre claramente la oscilación en curso de la frecuencia de la red eléctrica, además de los canales de datos. Esto podía ser simplemente un aumento de la red eléctrica de un cable no blindado. El script puede usar esta señal para generar un canal de eventos de marcas de tiempo al inicio de cada ciclo de la red eléctrica. Posteriormente, estas marcas de tiempo pueden usarse para calcular la señal de interferencia de la red eléctrica que debe sustraerse de cada forma de onda para limpiarla.

Consulte la ficha técnica Hum Remove.pdf, incluida en el archivo HumRemove.zip, para obtener toda la información correspondiente.

batch400.zip

Las vistas de tiempo normal de Spike2 pueden tener hasta 400 canales y un tamaño de hasta 2GB. Sin embargo, el número predeterminado de canales creados por una configuración de muestreo es de 32. Esto puede que no sea suficiente si el análisis de sus datos implica crear muchos canales adicionales.

Este manuscrito le permite convertir a lote todos los ficheros .smr en una carpeta seleccionada a formato big file de 400 canales para que no se quede sin canales libres durante el análisis y puede hacer crecer su fichero más allá del límite de tamaño de 2GB. Este manuscrito se ha comprobado cuidadosamente. Sin embargo, no damos garantías. ¡Haga una copia de reserva de sus datos antes de ejecutarlo!

AddTmk.zip

Este script le permite agregar TextMarks a una vista de tiempo, fuera de línea. Puede usarlo para agregar o eliminar TextMarks en un canal existente residente en disco o crear un nuevo canal TextMark. El script crea un atajo de teclado rotulado con Add Tmk en la Barra de Script. Haga clic en este botón o pulse el atajo de teclado Alt+T ejecutar el script. El diálogo del script principal tiene un botón Help. Haga clic sobre este botón para visualizar la guía del usuario del script.

Este manuscrito requiere Spike2 v6.18 o superior.

MarkState.zip

Este script le permite crear un canal de ‘estado’ en una vista de tiempo y usarlo para marcar márgenes de tiempo importantes en sus datos con barras coloreadas y rotuladas. Estas barras pueden agregarse automáticamente a los episodios marcados cuando un canal de onda excede (o está por debajo de) un umbral definido por el usuario. Como alternativa, puede marcar manualmente los márgenes de tiempo haciendo clic y arrastrando con el ratón.

Se pueden usar hasta 6 colores y rótulos diferentes por canal State para marcar los diferentes tipos de eventos. El script puede generar un informe simple de las horas de inicio y las duraciones de los estados y en el orden en que ocurrieron.

Probado con Spike2 v 7.18 y 8.10

TimeShiftEvents.zip

Este manuscrito se puede utilizar para copiar eventos o tiempos de marcador de un fichero de datos actualmente seleccionado a un nuevo canal permanente en un fichero de datos abierto. El manuscrito crea dos cursores para seleccionar la gama de datos que copiar, y puede aplicar un cronodesplazamiento opcional que ajusta el tiempo de inicio de los datos en el nuevo canal. Se incluye un ejemplo de fichero de datos adecuado, Demo.smr, en la carpeta Datos del directorio de su Spike2.

Este manuscrito requiere Spike2 v5.21 o superior.

AddEvents.zip

Este manuscrito permite al usuario configurar una gama de tiempo y frecuencia de estimulación para agregar eventos a un nuevo canal en un fichero de datos al intervalo y gama de tiempo especificados. El manuscrito permite también la adición de trenes de eventos múltiples en el mismo canal.

Este manuscrito se puede utilizar también para crear trenes de impulso a una frecuencia fijada de salida. Una vez que se hayan creado los eventos como un canal de evento en el fichero de datos, podrá cargarlos en el secuenciador de salida utilizando el manuscrito PlaySpikeTimes.

Este manuscrito requiere Spike2 v5.21 o superior.

StimNumber.zip

Este manuscrito se puede utilizar para dar un número de identificación a los eventos de estímulo, formas pico o marcadores. El manuscrito crea un nuevo canal de memoria TextMark que contiene las cadenas de texto comenzando por 1 para el tiempo del primer evento en la gama. Se incluye un ejemplo de fichero de datos adecuado, Demo.smr, en la carpeta Datos del directorio de su Spike2.

Este manuscrito requiere Spike2 v5.21 o superior.

Marking.zip

Este script le permite anotar los datos fisiológicos que se han grabado junto con un vídeo (normalmente de comportamiento animal), creado con s2video. Puede reproducir el vídeo y los datos de Spike2 a la velocidad deseada y marcar los comportamientos significativos en el fichero de datos mediante el teclado. El script crea dos canales para registrar diferentes categorías de comportamiento, "States" y "Events".

Los estados se marcan con barras horizontales codificadas por colores que comienzan cuando se pulsa la tecla correspondiente y continúan hasta que se pulsa la barra espaciadora o se inicia otro estado.

El canal de Event simplemente registra la ocurrencia de comportamientos breves con TextMarks codificados por colores. Tanto los States como los Events también se marcan en gráficos de 'skyline' donde cada tipo de comportamiento está representado por un nivel diferente (análogo a los hipnogramas que se utilizan con frecuencia en estudios del sueño). El canal 'level' para los eventos tiene desviaciones breves de una duración estándar (0.2s).

Puede especificar hasta 26 comportamientos (uno por letra del alfabeto) junto con una etiqueta para cada comportamiento (de hasta 80 caracteres). Las etiquetas se muestran en los marcadores de State o cuando se señala una marca de Event con el ratón.

El script dispone de herramientas de edición para que pueda corregir errores en los canales del etograma. y genera una tabla que resume los resultados.

Puede ver e imprimir una guía del usuario haciendo clic en un botón de la barra de herramientas del script.

Requisitos: Spike2 v 8.25 o superior, y la biblioteca ug.s2s.

ChanReName.zip

Algunos scripts de Spike2, normalmente los que procesan conjuntos de datos múltiples almacenados en un solo archivo, requieren que los títulos de los canales coincidan con un esquema de nomenclatura específico para que el script reconozca qué canales hay que procesar. Por ejemplo, los scripts que procesan trazas de presión sanguínea sistólica de diferentes animales pueden requerir títulos de canal de presión sanguínea SBP: 1 hasta SBP: n.

Este script proporciona una forma rápida de cambiar el nombre de los canales para que cumplan con los requisitos de un script de análisis y, posteriormente, restaurar los títulos originales de los canales. Se puede cambiar el título de hasta 20 canales en una sola pasada. Debe ejecutar el script de nuevo para restaurar los títulos originales.

El script añade un atajo que se denomina "ChRename" a la barra de script para un acceso rápido.

Este manuscrito requiere Spike2 v7.20 o superior.

AlignComments.zip

Este manuscrito es una utilidad para los escritores de manuscritos. Mejora la distribución de un manuscrito alineando los comentarios en líneas que contienen un código a un descentramiento común, definido por el usuario.

Este manuscrito requiere Spike2 versión 6,04 o superior. También hace uso de las funciones en el archivo de manuscrito GHutils.s2s (incluido en la descarga). Este archivo deberá ubicarse en una carpeta llamada include situada dentro del directorio que contiene su copia de Spike2.

MergeFiles5.zip

Este manuscrito de utilidad le permite:

• Fusionar todas las vistas de tiempo de una carpeta seleccionada en un solo fichero de datos
• Copiar y pegar los datos entre vistas de tiempo abiertas.
• Eliminar los datos de los rangos de tiempo seleccionados en una vista de tiempo.

Se incluyen instrucciones completas de usuario en los comentarios al comienzo del manuscrito. Este manuscrito funciona con la última versión 5 de Spike2. Hay disponible una versión “de lujo” en la carpeta de manuscritos para los usuarios de Spike2 versión 6 y superior.

ConcatFiles.zip

Este script se usa para combinar lotes de archivos de datos, grabados en una secuencia de tiempo con la misma configuración de muestreo. Los archivos se unen por el final y se insertan espacios cuando hay una demora entre el final de una grabación y el inicio de la siguiente. Esto implica que se mantiene la precisión al segundo más cercano de un eje de tiempo. Esto es especialmente importante a la hora de concatenar grabaciones de larga duración en las que la hora del día y la duración de los espacios son importantes.

El script se aplica al archivo de recursos del primer archivo de recursos de un lote para retener los canales virtuales, los procesos de canales, el orden de visualización de los canales etc. en el archivo de destino.

Los comentarios al inicio del script, contienen información adicional.

Probado con Spike2 v8.05. Compatible con Spik2 v7.07 o una versión superior.

DeleteRanges.zip

Este manuscrito requiere Spike2 v7.07 o superior. Le permite eliminar las gamas de tiempo marcadas desde una vista de tiempo de Spike2. Marque las gamas de tiempo para cortarlas utilizando el manuscrito TimeRanges.s2s en su carpeta de manuscritos de Spike2. A continuación, ejecute este manuscrito para crear un nuevo fichero de datos editados.

Los datos originales quedan sin afectar. Puede utilizar este manuscrito para generar “resúmenes editados” de sus datos o para suprimir los artefactos de estímulo.

RmktoRWave.zip

Puede crear una copia permanente en RealWave de los datos almacenados en RealMarks interactivamente creando un canal Virtual que utilice la expresión Rm() o Rmc() y luego guardando ese canal en un canal de disco. Sin embargo, esto consume mucho tiempo si tiene muchos canales para procesar. Este script pretende acelerar la tarea.

El script funciona en la vista actual mediante un botón de la barra de script y puede procesar un solo canal o varios canales RealMark seleccionados. Haga clic en el botón Guide en el diálogo principal del script para mostrar la guía del usuario en la vista de registro.

Este script necesita Spike2 v8.24 o una versión posterior.

unclip.zip

Muchos tipos de análisis suponen la detección de eventos que cruzan un nivel de umbral. Este umbral suele basarse en el nivel medio+ algunos múltiplos de la desviación estándar.

Medir la media y la desviación estándar es complicado cuando los datos se ven afectados por los artefactos que hacen que la forma de onda golpee de manera repetida los límites del rango de grabación, es decir, 'clipping'. Este es un problema que suele presentarse al usar sistemas de telemetría para grabar EEG o ECG.

El script "no frills" ofrece un método para aliviar este problema identificando los artefactos que superan o están por debajo de un umbral definido por el usuario y realizando una copia RealWave del canal afectado con los artefactos sustituidos por un nivel básico definido por el usuario. Debe reducir la distorsión de las medidas de la media y la ds y facilita la visualización de los datos eliminando los defectos.

Este script necesita Spike2 v7.19 o una versión posterior.

ACSR.zip

Estos scripts están previstos para reducir el efecto de los artefactos en las grabaciones fisiológicas. Pueden ser de gran ayuda en situaciones en las que:

• un nivel constante de señales no deseadas persiste a lo largo de una grabación.
• Los artefactos pueden registrarse de forma aislada.
• No pueden eliminarse con los métodos de protección habituales.

En términos sencillos, los scripts utilizan el análisis espectral para caracterizar únicamente la señal del artefacto (datos de entrenamiento) y sustraerla de los espectros de bloques de datos cortos superpuestos que contienen artefactos más datos fisiológicos. A continuación, estos espectros modificados se transforman inversamente del dominio de la frecuencia al del tiempo y se vuelven a ensamblar en una versión filtrada de las formas de onda originales afectadas por los artefactos.

El método se basa en el estudio publicado:

"A Novel Technique to Reject Artifact Components for Surface EMG Signals Recorded during Walking with TranscutaneousSpinal Cord Stimulation: A Pilot Study" by Kim et al., from Frontiers in Human Neuroscience, June 2021, Vol 15, Article 660583

El paquete incluye 4 scripts principales junto con varias bibliotecas de funciones de script y ejemplos.

Los usuarios de Spike2 v10.17 o superior pueden utilizar los scripts ACSRoffline.s2s y ACSRonline.s2s para aplicar el método fuera de línea o en línea respectivamente. Los usuarios de los últimos Spike2 v8 y v9 pueden utilizar las versiones más lentas ACSR9offline.s2s y ACSR9online.s2s

ACSRinclude.s2s, ACSR9include.s2s, ug.s2s y ghutils.s2s son bibliotecas de funciones de script requeridas por los scripts principales. Guarde estos archivos en la carpeta llamada include en su carpeta Documents/SpikeN (donde N es un número de versión). Como alternativa, guárdelos en la misma carpeta de los scripts principales.

El archivo .zip incluye una guía de usuario .pdf y un archivo de datos ACSRexample data.smrx (y .s2rx) que puede utilizar para probar los scripts fuera de línea. Este archivo contiene 2 canales de artefactos continuos (principalmente zumbidos de la red eléctrica) más episodios de EMG. También se proporciona una configuración de muestreo, ACSRtst.s2cx que permite probar los scripts en línea.

debounce.zip

Este simple manuscrito limpia un canal de eventos copiando a otro canal de eventos, dejando todos los eventos que ocurren demasiado temprano después del último evento.

ECGdelete.zip

Este manuscrito reduce el tamaño de los artefactos ECG en las grabaciones emg por substracción del ruido de referencia. Necesitará grabar un canal ECG dedicado junto a sus datos como fuente de Eventos marcando la posición de los artefactos a no ser que los artefactos en los canales emg mismos sean lo suficientemente grandes para poderse fiar del disparo.

El fichero zip file incluye 2 manuscritos, ECGdelete01.s2s adecuados para utilizar con Spike2 v7.07 o superior y ECGdelete v5.s2s para utilizar con Spike2 v5.21 y v6.

artrem.zip

Elimina artefactos de estímulo de los canales de datos, sustituyendo el artefacto con una línea recta para conservar la continuidad. Los artefactos se pueden identificar desde un canal de disparo o por las posiciones del cursor.

La descarga incluye ahora una versión actualizada para los usuarios de Spike2 v6 y superior. Todavía está disponible la versión básica para los usuarios de las versiones más antiguas de Spike2.

FixGlitch.zip

Esta versión 7 del manuscrito sustituye las interferencias o artefactos en un canal de forma de onda o RealWave utilizando la predicción lineal. Dicho de forma más simple, el manuscrito sustituye los segmentos de datos “malos” con una forma de onda o de contenido espectral similar a los datos “buenos” en cada lado de la interferencia.

res2smr.zip

Convierte los datos de un archivo de resultados en un archivo de datos para permitir el uso específico del archivo de datos. Se requiere la versión Spike2 4 o posterior.