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Spike2 程序


分析

独立成分分析 (ICA)
ICA15a.s2s & ICAutils.s2s (19年1月)

icEEG.zip

ICA 指的是一组数学方法,用于将采样波形分离为统计独立成分。在从一组记录中提取基础信号,且每个单独通道包含来自几个基础发生器的混合未知信号时,它非常有用。例如,ICA 可提供解决方案,解决经典的“鸡尾酒会问题”:一个人是否可以从喧哗的对话环境中分辨出个别声音?如果使用多个麦克风从几个不同的位置录制声音,ICA 便可以做到。

ICA 还适用于使用多个电极记录基础信号的生理记录情景,例如,头皮 EEG 电极、颅内多电极 EEG 记录、表皮 EMG 记录或组织培养时的电极阵列。重要的是,该方法还可以将电源哼声与电干扰源和生理源信号区分开来。

这种优秀的信号源分离方法是以丢失幅度信息为代价的,其结果会被标准化。但如果您能接受这个缺陷,ICA 可提供一种非常强大的分析方法,非常值得研究。

套装内包含:

ICA15a.s2s and ICAutils.s2s 主要脚本和脚本函数库
ICA15a guide.pdf 脚本的用户指南
bssguide.pdf ICA基础数学入门介绍
Sampled Sounds.smrx / .s2rx 包含多个混合音轨的示例数据
icEEG example.smrx /s2rx 示例数据,来源为 3 个受电源哼声严重污染的颅内 EEG 电极阵列

此脚本需要 Spike2 第 9 版。

修正和整合波形
Integrate 01.s2s (16年6月)

integrate01.zip

来自周围神经的细胞外多单元活动可能难以量化。由于信噪比太低或者太多的单元被同时激活,单个的单元可能不能被识别。在这些情况下,在短的时间范围内对信号进行修正和整合以便将全体单元的活动转换成能够指示对激励的变化响应的级别。该脚本在高达4个以相同速率被采样的源信道上在线或离线工作。你可以通过对脚本进行小的编辑来增加被在线处理的信道数量。

此脚本已对Spike2 v7.17及以上版本进行了测试。

波形的中值
DoMedian01.s2s (18年12月)

medianvw.zip

此脚本计算两个光标之间选定波形的“中”值,并在日志视图中将结果制成表格。中值是指数据范围的中间点,即一半数据点为较低值,一半为较高值。此测量当前无法从 Cursor Regions 对话框获得。

请注意,当选定范围中的数据点数量巨大时,计算中值可能需要相当长的时间。

脚本文件第 1 页上有用户指南。

这个脚本要求Spike2 v7.20或更高版本。

总平均值
GrandAv 02a.s2s (18年12月)

GrandAverage.zip

使用此脚本从多结果视图创建平均视图,即 PSTH、间隔直方图、波形平均值及功率谱。来源和目的地视图均可包含多个通道。有手动和批处理选项:

  • 批处理可让您从文件夹中的所有结果视图创建 grand average(总平均)。您可将来源文件中的每个通道添加到总平均中的相应通道编号。或者,您可将来源文件中的所有通道添加到总平均中的指定单个通道。
  • 手动模式:这里,您可以逐步选择将来源文件中的哪个通道添加到目的地总平均中的哪个通道。

多通道总平均视图中的每个通道在通道备注解中拥有其自身的 sweep count(扫描计数)。

用户指南在脚本文件的第 1-3 页上。

这个脚本要求Spike2 v7.11或更高版本。

多重跨信道关联
CrossChanCorrelation.s2s (07年9月)

CrossChanCorrelation.zip

这个脚本会生成信道中所有模板尖峰组合的多重尖峰关联直方图。目前每个信道(包括代码0)可有最多8个尖峰模板在文件的信道间相关联。

这个脚本用工具栏控制。用户可以通过工具栏打开一个用于分析的数据文件,控制关联的参数以及一次显示的关联结果视图的数量。 Spike2目录的Data文件夹中有一个适当的示例数据文件Extracellular spikes.smr

这个脚本要求Spike2 v4.24或更高版本。

交互式的特征检测
FeatureDetect.s2s (10年5月)

FeatureDetect.zip

这个脚本允许用户用一对水平光标或一个用作越限的水平光标定义幅值,并根据这个幅值导入波峰、波谷或越限。

这个脚本使用空闲例行程序,在用户调整振幅或阀值水平时自动更新包含事件标记的内存信道。Spike2目录的Data文件夹中有一个适当的示例数据文件Blood pressure waveform.smr

这个脚本要求Spike2 v4.24或更高版本。

自动化Cursor Region测量
WMeasure.s2s (17年1月)

WMeasure.zip

这个脚本可以自动化多个Cursor Region类型测量的过程。你只需指定源信道、测量的类型和测量的时间范围即可。例如,你可以指定以30秒位为单位测量的波形平均值。结果可以绘制成RealMark, 或在日志中制表。为了测量更精确,你可以指定一个State channel和标记代码,对目标时间范围的分析进行门控。

这个脚本要求6.06或更高版本的Spike2。

拟合枷柏函数
GaborFitDemo.s2s (09年5月)

GaborFitDemo.zip

枷柏函数是被高斯函数减幅的正弦波。

通过这个脚本,可以将枷柏函数拟合为生理学数据。在自动相关图中检测振动性神经活动就是其应用之一,如Young等(1992)。这个脚本还可以生成测试数据,可以用来熟悉曲线拟合过程。

用脚本函数通过非线性回归拟合其他函数时,这个脚本还可以用作模板。

这个脚本要求Spike2第6.06版或更高版本。

REFERENCE
Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) 论猴子视皮层的振动性神经元反应 [On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey] J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

记录和分析呼吸数据
Resp 80t.s2s (21年1月) 改进!

RespRelease.zip

这个文件包含的脚本可以:

  • 校准[ pneumotachograph ],记录呼吸常用的流量计类型。
  • 转换[ pneumotach. ],在线输出到[ BTPS flow ]和[ BTPS volume ]。
  • 分析呼吸数据。

通过呼吸分析脚本,可以:

  • 从流量和流程追踪中减去偏差。
  • 测量[ inspired capacity (IC) ]和[ forced vital capacity (FVC) ]操作。
  • 对每一口气进行多个呼吸参数分析。
  • 绘制[ Flow-Volume loops ]图。
  • Plot a composite maximal flow-volume loop using the script: Loop Env.s2s
  • 对最大过期流量循环的斜率进行绘制和制表
  • 通过对[ F-V loops ]进行对比性测量,调查锻炼时的气流限制。
  • 绘制[ Volume-Pressure loops ]图。
  • 测量呼吸功的弹性和阻力因素。
该文件还包含用户说明、示例数据文件和取样配置,让你尽快上手。这些脚本要求Spike2第8.09版或更高版本。

这些脚本是beta版本。请将bug报告和想法发送过来,以便改进 geoff(at)ced.co.uk

LVP 分析呼吸阶段
LVP_Analysis_Resp Phases.s2s (21年6月) 新!

lvpanalysis.zip

在这个 Spike2 脚本中,我们使用在插管的同时获得的生理学左心室和气管压力信号来确定心脏血流动力学和呼吸功能之间的相互作用。计算收缩和舒张功能的指标,并将其分为吸气、呼气早期和呼气晚期阶段,以表征每个呼吸阶段对左心室功能参数的影响。

这个脚本要求Spike2 v10.01或更高版本。

根据血压迹线的在线/脱机测量
HRBP8b.s2s (13年11月)

hrbp_8.zip

这个脚本允许你在血压描记线生成的数据文件中创建额外的信道。这些额外的信道包括:心率、舒张压、收缩压、脉搏血压、真实平均血压和“常规”平均血压, 即舒张压+x%脉搏压(x是你选择的值——一般在30%至40%之间)。原始血压描记线的相关特征用Spike2活动光标系统检测。

HRBP8b.s2s 从每个血压迹线中推导出收缩血压、舒张血压和平均血压、心率和呼吸率。可以在线或脱机地分析来自多达8个动物的资料。连续地或者根据使用者定义的时间安排(例如,每小时10分钟)记录结果。可以按固定间隔(例如,每24小时)将数据自动保存到新的档,以便实现数天或数周的近似连续记录。

MergeFiles.s2s /SplitFiles.s2s 这些工具脚本使你能够在进一步的分析之前将自动保存的数据文件首尾拼接,并且能够将与不同动物相关的数据分割到分开的数据文件中。

sBRG.s2s 这个脱机脚本基于血压中的自发波动计算压力感受反射敏感性。

SigFit.s2s 将S形曲线(4和5个参数)拟合到从稳态实验中得到的心率和血压数据。

HRV1.s2s 对心率变异性进行频域分析。

Poincaré s2s 对心率变异性进行非线性分析。

HRBPtable.s2s 利用电子表格软件生成适合进一步分析的表格。

Baro5.s2s 这是SigFit 脚本所需要的脚本函数的库。

这一套Spike 2脚本需要 v7.12 或更高版本。

血压分析
HR_BP.s2s (21年5月) 改进!

hr_bp.zip

此脚本可用于:

在从血压迹线派生的数据文件中创建其他通道。其他可用通道有:心率、心跳间隔、舒张压、收缩压和脉搏血压。

在线处理单个血压迹线或离线处理多个血压迹线。

通过使用REPLAY按钮重放现有的时间视图来模拟在线记录。

显示“当前”血压统计信息表,该表在线时或在回放期间每秒更新一次。

在网格视图中为每个派生通道生成心跳次数和幅度表。此表可以保存或粘贴到电子表格软件中,供进一步分析。

此脚本需要使用 v8.20 或更高版本。

幅度直方图
amphist.s2s (07年6月)

amphist.zip

本脚本产生Waveform, RealWave或WaveMark信道的幅度分布直方图。您可以通过综合使用光标拖动及对话录入来选择需要的信道,时间范围,放大范围以及元面大小。该结果可通过多种形式来显示,包括点的个数,时间及每一幅度元的时间百分比。在脚本开头的注释中包含了用户手册。

本脚本要求Spike2 6.04版或更高版本。该脚本同样可以使用GHutils.s2s (包括下载的)脚本文件中的函数。此文件必须放置在名为include 的文件夹内,该文件夹位于包含您Spike2拷贝的目录下。

将描记线从双极和四极信道中分离出来
SeparateTracesNEW.s2s (13年9月)

SeparateTraces.zip

这个脚本取一个选中的多描记线WaveMark数据信道,在数据文件中创建额外的内存信道,每个信道包含源信道的一条描记线。运行这个脚本后,用户从对话框中选择信道和类型(双极或四极)。 .Zip文件中有一个适当的示例数据文件Tetrode data.smr

这个脚本要求Spike2 v5.21或更高版本。

用Poisson Surprise探测事件脉冲
SURPRISE.S2S (98年5月)

surprise.zip

该程序在较杂乱的背景中探测事件脉冲信号。它们是CED公司98年6月号通讯第6 页提到的程序复本。

改良的脉冲分析
bursts.s2s (18年8月)

bursts.zip

创建数据文件中的分阶信道,标记事件组、标记组、或Wavemark。标示脉冲持续时间、脉冲间隙、脉冲期、或事件/脉冲对时间。

创建额外的信道,显示脉冲率、脉冲起始时间、以及脉冲内的事件和非脉冲内的事件。

生成脉冲统计数据表,可以轻易复制到电子数据表,以备进一步分析。

这个脚本的目的是替代Spike2脚本文件夹的w_bursts.s2s。关于详细的用户指南,请参见附随的资料表 Bursts.pdf。

级别标准指示器
Level indicator v1.02.s2s (10年9月)

levelind.zip

对很多应用程序来说,了解波形通道的级别标准超过用户设置的上限、下限或者介于两者之间的时间和持续期间很重要。此脚本能方便显示和分析高、中、低状态下的数字和持续期间。

您能通过该脚本做如下操作:

  • 设置所选波形通道之级别标准的上限和下限。
  • 在数据库中,在由颜色条指示的高于上限、低于下限或居中的区段上创建新的级别标准指示器。
  • 为高中低状态选择合适的颜色编码,例如:红/琥珀色/绿,或者绿/琥珀色/红,根据摾止蹟或撌籽 区域是高级别还是低级别而有所不同。
  • 将单一状态或全部三种状态的持续时间绘成时间函数。
  • 将每一种状态的持续时间显示成柱状图。
  • 生成适合将来以电子制表软件分析的的报告。
  • 脚本操作时采用Spike2普通的数据处理分析功能。

软件要求:

此脚本要求Spike2之5.09或以上版本。

PSTH 记录和积分
QPSTH2.S2S (98年12月)

qpsth.zip

该程序记录触发和响应信号。它创建PSTH 结果图,并将它积分处理为累积显示。这一工作在数据采样同时在线完成。定义两个信道:一个触发信道,一个响应事件信道。

时间视图中的事件/标记瞬时频率直方图
IF_distr01.s2s (18年2月)

IF_distr.zip

此脚本可为 Spike2 时间视图中的事件、标记、RealMark 或 WaveMark 的瞬时频率分布创建直方图。在绘制各种试验条件下的神经脉冲序列分布图时,它可能非常有用。

此脚本要求Spike2之8.03或以上版本。

给老鼠的自动休眠分期
Rat Sleep Auto.s2s (21年9月) 改进!

RatSleepAuto.zip

这个脚本是基于hippocampal EEG和nuchal EMG的记录来分配休眠分数(Wake,NREM,REM和Doubt)。它实现了Costa-Miserachs等人(2003)的方法。这个脚本包括一个简要的用户指南,需要同与原始论文一起阅读。 该 zip 文件包括一个数据文件,其中显示了典型的结果,可以用来测试脚本。

Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet. J.Neurosci Methods 130:93-101

该脚本需要Spike2版本8.03或更高版本支持。

对于多达四个动物的在线睡眠评测
OSD4.s2s (21年7月) 改进!

osd4.zip

本脚本用于大鼠、小鼠或鸡的在线睡眠分阶。基于每种动物一个EEG信道和一个EMG信道的读数,睡眠被划分成清醒(WAKE)、非快速眼动(NREM)或快速眼动(REM)时期。本脚本可以在检测到目标睡眠阶段(例如,REM)时生成用户定义模式的输出脉冲。这些脉冲适用于在光遗传学研究中控制激光。

本脚本还适用于更加简单的应用,比如脱机睡眠分阶,或脱机地在多达4个频段中绘制EEG谱功率。

同时记录两种以上动物需要使用转接器 (CED 2805 DIO-8) 或自制的定制缆线,以便连接到1401接口的后面板上的数字输入和输出。

此脚本要求Spike2之8.08或以上版本。

休眠点数
sleepscore 705.s2s (17年9月)

sleepscore.zip

本脚本能助您完成如下任务:

  • 将Spike2 时间视图分为所需要的时间长度的一个个单元。
  • 检查数据,将时间单元指定为睡眠阶段(或者其他用户定义的阶段)。
  • 标记用户定义’事件’,譬如呼吸暂停和觉醒。
  • 时间单元和事件在TextMark通道中显示为不同阶段的状态,事件显示为彩色代码。
  • 使用鼠标拖放可以标记事件和睡眠阶段。
  • 可选择显示用户定义频段EEG功率的’天际线’绘图。
  • 可选择显示选定时间单元的带限EEG功率谱。
  • 可选择显示睡眠图,其中每个睡眠状态都用一个数值表示。
  • 使用电子表格软件生成一份报告供日后分析。

软件要求:

此脚本要求Spike2之7.10或以上版本。

对EEG频谱特性中的睡眠状态相关改变制作表格
PiB rept 06a.s2s (17年10月)

PiBrept.zip

这一脚本在包含一个或多个EEG通道和睡眠状态标记通道(具有由不同颜色的条标记的警觉状态的状态通道)的数据文件上工作。.

你可以创建多个EEG频谱通道,显示EEG频带内能量、主频率或谱边缘。然后,脚本可以生成结果表,该结果表显示在长期记录中的用户自定义睡眠状态(例如,NREM)的每个连续阶段的频谱特性。这使你能够用时间和遗传学或其它刺激的效应来量化频谱特性中的改变。这个表每个小时或者根据你选择的时间间隔生成概要,这样可以更容易地辨识出趋势。

存在对结果进行“筛选”的选项,即,包括或者排除落在标称通道中的标记附近的时间范围内的数据。这意味着你可以,例如,在刺激过程中排除所有数据,或者在刺激之后的规定时间范围内包括数据。

此脚本要求Spike2 v8.12以及更高的版本。

使用机器学习算法的睡眠分级
autoscore-1.85.s2s (22年3月) 改进!

ssmla.zip

此脚本根据来自颈部肌肉的一个 EEG 通道和一个 EMG 通道为大鼠或小鼠生成睡眠评分。

该脚本会将数据细分为短段,并允许您通过目视检查对这些时期的子集进行评分,如 WAKE(清醒)、NREM(非快速眼动)、REM(快速眼动)或 UNCLEAR(不明)。这些分数在数据文件中以颜色编码的状态通道标记。它们用作机器学习算法的“训练数据”,该算法对剩余的时期进行分类以最好地匹配训练标准,并在第二个颜色编码的状态通道中返回结果。

要求:

该脚本需要 Spike2 v 10.04 或更高版本才能实现完整功能。
要想使用机器学习功能,必须存在带有信号处理工具箱的 64 位版本的 Matlab,并将其设置为自动化服务器。

该脚本有一份详细的用户指南,其中包括有关如何设置与 Matlab 通信的说明。有关“Matlab 连接故障排除”("Troubleshooting the Matlab connection")的更多详情可通过 Spike2 在线帮助获得。

此脚本基于 Henna-Kaisa Wigren 和赫尔辛基生物医学研究所的合作者提供的软件 (Institute of Biomedicine, Helsinki)。

从Compumedics Profusion™睡眠评分系统导入数据
SS andEvts Import.s2s (16年4月)

ssevtsimport.zip

这是一个多阶段过程。

你可以将波形数据导出成欧洲数据格式(.edf),并且然后将.edf文件导入到Spike2中,以供进一步分析。但是,关于睡眠状态、手动评分事件的起始和持续时间、眼动、窒息等的数据被保存在资源文件(.xml格式)中,该资源文件不能被Spike 2直接读取。

Profusion™资源文件从网络浏览器窗口拷贝到简单的文本编辑器(比如Notepad™)来将.xml文件转换成.txt格式并保存它。然后你可以使用这个脚本将睡眠阶段和事件信息从文本文件导入到相应的.Spike2数据文件中。

This script imports data saved in the CMPPSGSCOREDATA format.

脚本文件的开头的注释中有用户指南。

该脚本要求Spike2 v7.17以及更高的版本。

从Compumedics Profusion™ 睡眠评分系统2导入数据
SS -Evts Import 2.s2s (16年6月)

ssevtsimport2.zip

此脚本按照与之前的脚本类似的方式工作。但是,它的目的是从Compumedics CMPSTUDYCONFIG格式的.xml文件中导入文本文件。

在脚本文件的开头处的注释中有用户指南。

此脚本建立在昆士兰大学生物医学工程系的Dwayne Mann贡献的脚本基础上。如果它对你有用,则归功于他;不然,责任在我们 (GH)。

此脚本要求Spike v7.10或更高版本。

从Somnologica™睡眠评分系统导入数据
SS_imp_Somno.s2s (16年4月)

ssimpsomno.zip

这是一个多阶段过程。

你可以将波形数据导出成欧洲数据格式(.edf)并且然后将.edf文件导入Spike2中以供进一步分析。但是,关于睡眠阶段的数据被保存在资源文件(.xml格式)中,该资源文件不能被Spike2直接读取。

通过经剪贴板将Somnologica™资源文件从网络浏览器拷贝到简单的文本编辑器(比如Notepad™)来将.xml文件转换成.txt格式并保存它。然后你可以使用这个脚本将睡眠阶段信息从文本文件导入到相应的.Spike2数据文件中。

脚本文件的开头的注释中有用户指南。

该脚本已经用Spike2 v7.17和8.08进行了测试。

从文本文件导入睡眠分期
Text-SS_Imp.s2s (19年6月)

textssimp.zip

该脚本将文本文件中的睡眠分期列表转换为时间视图中以颜色编码的睡眠状态通道。

它旨在处理波形数据(而不是睡眠分期)可以从外来数据格式导入 Spike2 的情况。要导入的文本文件可能包含多列时间、频谱功率等。但是,脚本只会读取 1 个包含睡眠分期标签(如 W、R、NREM 等)列表的指定列。

您只需要指定睡眠分期的持续时间和第一个时段的开始时间。该脚本假设表中的所有时段都是连续的,并且其持续时间都相等。

此脚本要求Spike v7.17或更高版本。

睡眠纺锤波/癫痫检测
SleepSpindle 04.s2s (20年3月) 改进!

sleepspindle.zip

睡眠纺锤波是慢波睡眠期间脑电图中振荡频率为 12-15Hz 的瞬间脉冲。睡眠纺锤波出现在所有经受测试的哺乳动物物种中,被认为与感觉处理和长期记忆的巩固有关。因此,学习、记忆提取和药物对睡眠纺锤波频率的影响具有重要的研究意义。

睡眠纺锤波相对较小,并且有所变化,因此对其进行自动检测并不是一件容易的事。

该脚本可进行睡眠纺锤波检测,方法是检测相关频带中超过用户定义阈值的脑电图功率脉冲。然后,对这些脉冲进行修正,以排除那些比用户定义的持续时间(通常为 0.5s)短的片段,或者将彼此紧靠的脉冲合并成单个事件。

还有一些选项可以排除超出设定持续时间或阈值功率级的纺锤波样事件。

此外,还可以对结果进行门控,以便仅纳入发生在指定睡眠状态下的纺锤波样事件。

这些参数可以灵活设置,这意味着该脚本还可以用于检测其他特征,如癫痫。

该脚本可以在一个时间视图中处理多个脑电图通道。所检测到的特征在状态通道中被标记为彩色条。您还可以将结果打印到电子表格,或绘制每个时段的纺锤波数和纺锤波持续时间。

此脚本要求Spike v8.16或更高版本。

平均值和平均差
mean_angle.s2s (05年10月)

mean_angle.zip

这个脚本的目的是计算文本文件所给的一系列角(或其他变数)的平均值和平均差。另外,这个脚本还可以执行雷氏一致性测试,检验角的分布是否与一致性相距甚远。下载的内容包含脚本和两个测试文件。

视频活动
Activity from Video.s2s (20年3月) 新!

activity_video.zip

此脚本将采用 Spike2 多媒体工具录制的视频中的运动转换为相应时间视图中多达六条“活动”迹线,从而在帧的不同用户定义区域记录运动。该脚本旨在记录单个网络摄像头从上方录制的相邻笼中大鼠\小鼠或鸟类的活动,同时记录其他生理信号(EEG、EMG 等)。活动迹线可以在半自动睡眠分阶进程(例如 OSD4.s2s)中用作输入的一部分。

该脚本不会尝试跟踪移动的对象。它只是将不同帧之间,每个像素的灰度值变化解读为由于运动所致,而非由于闪烁的光线等因素所致。这种方法虽然简单且定性,但应提供在相对同质环境中运动的充分指示。

avi 和 mp4 视频文件,并且需要 Spike2 v10.02 才能具有完整功能。它在 Spike2 v9.10 中应该有一些小限制。

上面部分程序不是CED的成果,而是用户自己编写的。 如果您也写有程序,希望通过这个网页与大家分享,请告诉Simon Gray。 我们还提供了一些Signal 专用程序。

这些脚本储存为WinZip文件、myscript.zip, 显示为spike\scripts\myscript.s2s的地方除外。 这些文件与Spike2一起安装。spike代表你安装Spike2的目录。点击下面的描述行可以查看概要。然后你可以通过点击文件名开始下载;请检查收到的文件大小。

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主电网’蜂音’通常是复数且由主电网频率的奇数谐波组成,这样单纯使用高通或者陷波滤波器很难清除或抑制。HumRemoveExpress.s2s 是一个Spike2 版本 7 脚本,你可以离线使用它来消除大部分残留主电网干扰,使数据更清晰和便于分析。这个视频教程演示了如何使用脚本消除主电网蜂音。

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