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Spike2のスクリプト


解析

独立成分分析(ICA)
ICA15a.s2s & ICAutils.s2s (19年1月)

icEEG.zip

ICAとは、サンプリングされた波形を統計的な独立成分へと分離するための数学的手法の集まりです。これは、個々のチャンネルが複数の発生源からの未知の混合信号で構成されている場合、その記録の集合体から基となる信号を抽出できる非常に有益な手法です。例えば、会話という騒音にまぎれた個人の声を分離することができるか?という古典的な「カクテルパーティ問題」に対する解をICAは提供します。複数のマイクを使って、複数の異なる位置からの音声が録音されているという条件下であれば、ICAは解を提供することができるのです。

ICAは、また、複数の電極を使って信号を記録する生体情報の記録、例を挙げると、頭皮脳波用電極、複数の電極を使った頭蓋内脳波記録、 表面筋電図記録、または組織培養における電極アレイなどにも応用できます。重要なことは、この手法が生体信号から電源のハム音や電気的干渉源も分離することができるということです。

この優れた信号源の分離に対する代償としては、振幅情報が失われ、その結果が正規化されることです。しかしながら、もしこの制約を許容できるなら、ICAは非常に強力な分析方式を提供する可能性があり、検証に値します。

本パッケージには以下が含まれています:

ICA15a.s2s and ICAutils.s2s 主となるスクリプトとスクリプト関数のライブラリ
ICA15a guide.pdf スクリプトのユーザー・ガイド
bssguide.pdf ICAの基礎となる数学の紹介
Sampled Sounds.smrx / .s2rx 複数の合成された音楽トラックを含むデータ例
icEEG example.smrx /s2rx 電源からのハム音が激しい雑音として混ざっている3つの頭蓋内脳波電極アレイからのデータ例

本スクリプトの使用には、Spike2 バージョン9が必要です。

波形の修正と統合
Integrate 01.s2s (16年6月)

integrate01.zip

末梢神経からの細胞外マルチプルユニット活動の定量化が困難な場合があります。信号雑音比が低すぎたり、過分なユニットが同時に活発化したりするため、個々のユニットが特定できないことが原因です。こういった状況では、短かい時間内で信号の修正や統合を行い、刺激に対する反応の変化が現れるレベルまで集合体としてのユニット活動を変換すると有効な場合があります。本スクリプトは、同じレートでサンプリングされた最大4つのソース・チャンネルに対し、オンラインでもオフラインでも使用することができます。スクリプトを多少編集することで、オンラインで処理できるチャンネル数を増やすことも可能です。

本スクリプトの使用には、Spike2 v7.17 、あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

波形の中央値
DoMedian01.s2s (18年12月)

medianvw.zip

本スクリプトは、2つのカーソル間にある選択された波形の「中央」値を算出し、ログ・ビューに表形式で結果を出力します。中央値とはデータ範囲の中間点のことであり、半数のデータ・ポイントがその値より低く、残りの半数はその値よりも高い値です。現在Cursor Regionsダイアログからこの測定を行うことはできません。

選択された範囲内のデータ・ポイント数が多い場合に中央値を算出すると、非常に長時間かかってしまうことがありますので留意ください。

ユーザー・ガイドはスクリプト・ファイルの1ページに提供されています。

このスクリプトでは、Spike2 v7.20 以降が必要です。

総平均
GrandAv 02a.s2s (18年12月)

GrandAverage.zip

このスクリプトを使って、刺激前後時間ヒストグラム、インターバル・ヒストグラム、波形平均、そしてパワー・スペクトルなどの複数のリザルト・ビューからの平均ビューを構築することができます。ソース・ビューならびにデスティネーション・ビューには、複数のチャンネルが含まれることがあります。この工程をマニュアルで、あるいはバッチ処理で行うオプションが用意されています:

  • バッチ処理ではフォルダ内の全てのリザルト・ビューからの総平均を作成することができます。この場合、ソース・ファイル内の各チャンネルを総平均の対応するチャンネル番号に付加することができます。あるいは、総平均からチャンネルを一つ選択し、そのチャンネルにソースファイル内の全チャンネルを付加することもできます。
  • マニュアル・モード:この方法ではデスティネーションの総平均のどのチャンネルに、ソースのどのチャンネルを付加するかを段階的に選択することができます。

複数チャンネルの総平均ビュー内の各チャンネルには、チャンネル・コメントに保持されているそれぞれのスイープ・カウントがあります。

ユーザー・ガイドはスクリプト・ファイルの1~3ページに記載されています。

このスクリプトでは、Spike2 v7.11 以降が必要です。

複数のチャンネル相互相関
CrossChanCorrelation.s2s (07年9月)

CrossChanCorrelation.zip

このスクリプトによって、チャンネルでテンプレートが作成されているスパイクのすべての組み合わせに対する複数のスパイク相関ヒストグラムが生成されます。 現在のところ、ファイルのチャンネル間の相関用としてチャンネル当たり最高 8 つのテンプレート(コード 0 を含む)が許されています。

このスクリプトはツールバーからコントロールできます。ツールバーでユーザーは解析用のデータファイルを開き、相関用のパラメーターとともに、いつでも一度に表示できる相関の結果ビュー の数をコントロールすることができます。適する例のデータファイル、Extracellular spikes.smr、が Spike2 ディレクトリの Data フォルダに含まれています。

このスクリプトでは、Spike2 v4.24 以降が必要です。

インターラクティブな特徴検出
FeatureDetect.s2s (10年5月)

FeatureDetect.zip

このスクリプトでは、ユーザーが一対の水平カーソルまたはスレッシュホールド・クロッシングとして使った 1 つの水平カーソルで定義した振幅を基本としてインターラクティブにピーク値、谷値、スレッシュホールド・クロッシングをインポートすることができます。

スクリプトでは、ユーザーが振幅またはスレッシュホールド・レベルを調整すると、イベント・マーカーを保持するメモリー・チャンネルを自動的に更新するアイドル・ルーチンが利用されます。 適する例のデータファイル、Blood pressure waveform.smr、が Spike2 ディレクトリの Data フォルダに含まれています。

このスクリプトでは、Spike2 v4.24 以降が必要です。

測定方法の自動化
WMeasure.s2s (17年1月)

WMeasure.zip

このスクリプトによって複数の Cursor Regions タイプの測定値を取り入れるプロセスが自動化されます。ユーザーは単にソース・チャンネル、取り入れる測定値のタイプ、およびそれを行なう時間範囲を指定するだけです。例えば、ユーザーは30 sのビン数で測定する波形の平均を指定することができます。その結果は RealMark としてプロットするまたはログに表形式で表すことができます。さらに細かい調整としては、対象の時間範囲に対する解析のゲート開閉のために State チャンネルとマーカー・コードを指定することができます。

このスクリプトには、Spike2 バージョン 6.06 またはそれ以降が必要です。

ガボール関数の適合
GaborFitDemo.s2s (09年5月)

GaborFitDemo.zip

ガボール関数は、ガウス関数によって減衰された正弦波です。

このスクリプトによりカボール関数を生理学のデータに適合させることができます。例のアプリケーションとしては、自動コレログラムの振動神経活動を検出するものとなる可能性があります。例、Young その他 (1992)。このスクリプトはまた、カーブ・フィッティングの手技にユーザー自身を熟練させるために使用するデータも生成します。

また、このスクリプトを、他の関数を適合させるために、[FitNLUser()] スクリプトの関数を使用する非線形回帰により、テンプレートとして使用することもできます。

このスクリプトには、Spike2 バージョン 6.06 またはそれ以降が必要です。

参照文献
Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) サルの視覚皮質における振動神経反応について [On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey] J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

呼吸データの記録と解析
Resp 80t.s2s (21年1月) 改善されました!

RespRelease.zip

このアーカイブには以下が可能になるスクリプトが含まれています:

  • [ pneumotachograph ]、呼吸の記録に通常使用されるフロー・メーターの種類の較正。
  • オンラインによる [ pneumotach.] 出力の [ BTPS flow ] および [ BTPS volume ] への変換。
  • 呼吸データの解析。
この呼吸解析スクリプトを使用すると以下のことが可能になります。
  • 容積から変動量の減算とフロー追跡。
  • [ inspired capacity (IC) ] および [ forced vital capacity (FVC) ] 変化の測定。
  • 多数の呼吸パラメーターの呼吸解析による呼吸の実行。
  • [ Flow-Volume loops ] のプロット作成。
  • Plot a composite maximal flow-volume loop using the script: Loop Env.s2s
  • の勾配率のプロットと表の作成。
  • [ F-V loops ] の比較測定を行うことによる運動時のフロー制限の調査。
  • [ Flow-Volume loops ] のプロット作成。
  • 呼吸仕事量の弾性および抵抗コンポーネントの測定。
また、このアーカイブには、導入/開始に役立つ、ユーザー・ガイド、実例データ・ファイルおよびサンプリング構成が含まれます。 これらのスクリプトには、Spike2 バージョン 8.09 またはそれ以降が必要です。

これらはベーター・バージョンです。お客様のバグ報告と今後の開発のためのアイデアをgeoff@ced.co.ukまでお寄せください。

LVP解析呼吸位相
LVP_Analysis_Resp Phases.s2s (21年6月) 新!

lvpanalysis.zip

このSpike2用のスクリプトは、カテーテル法によって同時に取得された左室や気管圧の生理学的信号を使用して、心臓の血行動態と呼吸機能の相互作用を判定するものです。 収縮期や拡張期機能の測定値は、計算によって、吸気や、吸気の初期相・末期相に分けられ、左室機能のパラメータに対する各呼吸相の影響の特徴付けを行います。

本スクリプトの使用には、 v10.01あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

血圧トレースからのオン/オフライン管理
HRBP8b.s2s (13年11月)

hrbp_8.zip

下記のSpike2 v7ファミリーのスクリプトならびにサンプリング設定を使って、長期間に渡る血圧、心拍数ならびに交感神経活動の記録、また圧受容器反射や心拍変動の解析ができます。本スクリプトは多様な実験動物への使用に適しており、またテレメトリーシステムを併用すると最大8種の実験動物からのデータを同時に記録することができます。

HRBP8b.s2sは、各血圧トレースから最高血圧、最低血圧、平均血圧、心拍数ならびに呼吸数を導きます。オンライン、オフラインにかかわらず最大8種の動物のデータを解析できます。その結果は継続的に、あるいは1時間毎に10分などユーザが定義したスケジュールに沿って記録されます。データを一定間隔(例えば、24時間毎)で自動保存し、実質上、数日あるいは数週間に渡って継続的に記録することが可能です。

MergeFiles.s2s /SplitFiles.s2sこれらのユーティリティ・スクリプトを使って自動保存されたデータをエンドツーエンドでつなぎ合わせて更なる解析を行ったり、異なる動物のデータを個別のデータ・ファイルに分割することができます。

sBRG.s2s このオフライン・スクリプトは、血圧の自然変動を基に圧受容器反射感受性を算出します。

SigFit.s2s 定常状態実験から導き出された心拍数ならびに血圧データをシグモイド曲線(4、あるいは5パラメータ)に適用します。

HRV1.s2s 心拍変動の周波数領域解析を実行します。

Poincaré s2s 心拍変動の非線形解析を実行します。

HRBPtable.s2s スプレッドシートを使ったソフトウェアでの更なる解析に最適な結果を表で生成します。

Baro5.s2s SigFit スクリプトに必要なスクリプト関数のライブラリです。

本Spike 2スクリプト・ファミリーの使用には、v7.12、あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

血圧解析
HR_BP.s2s (21年5月) 改善されました!

hr_bp.zip

このスクリプトを使用すると、以下のことが行えます。

血圧トレースから取得したデータ・ファイルに追加チャンネルを作成できます。利用可能な追加チャンネルは、心拍数、心拍間隔、拡張期血圧、収縮期血圧および脈圧です。

単一の血圧トレースであればオンラインで、複数の血圧トレースの場合はオフラインで処理されます。

REPLAYボタンを使用して既存の時間ビューを再生することにより、オンライン録画の取得をシミュレートできます。

オンラインで、あるいはREPLAY中に1秒ごとに更新される「現在の」血圧データ表を表示します。

派生チャンネルごとに心拍と振幅の表をグリッド・ビューに生成します。この表をスプレッドシート・ソフトウェアに保存、または貼り付けて、さらなる分析に活用できます。

本スクリプトの使用には、 v8.20あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

振幅ヒストグラム
amphist.s2s (07年6月)

amphist.zip

このスクリプトで、Waveform、RealWave または WaveMark チャンネルから振幅分布ヒストグラムを生成します。カーソルのドラックとダイアログの入力項目の組み合わせを使用して、必要なチャンネル、時間範囲、振幅範囲、ビン・サイズを選択することができます。結果は、各振幅ビン内の点の数、時間、パーセント時間などを含む様々な形式で表示することができます。ユーザー・ガイドはスクリプト冒頭のコメント部に含まれています。

このスクリプトには、Spike2 バージョン 6.04 またはそれ以降が必要です。このスクリプトは、スクリプト・ファイル GHutils.s2s の機能も使用します(ダウンロードに含まれています)。このファイルは、Spike2 のコピーを収納しているディレクトリ内にある include と呼ばれるフォルダの場所に配置する必要があります。

二極および四極管チャンネルからの個別トレース
SeparateTracesNEW.s2s (13年9月)

SeparateTraces.zip

このスクリプトで、マルチトレース WaveMark データの選択したチャンネルを処理し、データファイルに追加のメモリー・チャンネルを作成します。 それぞれのチャンネルは元のチャンネルからの単一のトレースを保持します。スクリプトが実行されたときに、ユーザーがチャンネルとタイプ(二極管または4極管)をダイアログから選択します。 適する例のデータファイル、Tetrode data.smr、が Zip ファイルに含まれています。

このスクリプトでは、Spike2 v5.21 以降が必要です。

バースト解析でコオロギの鳴き声を解析
SURPRISE.S2S (98年5月)

surprise.zip

このスクリプトは、非常にランダムなイベントの背景の中から、イベントのバーストを検出します。CEDニュースレター1998年6月号の6ページに掲載されたスクリプトと同じものです。

高度化されたバースト分析
bursts.s2s (18年8月)

bursts.zip

データ・ファイルに、イベント、マーカーまたは Wavemark のグループにマークを付ける次のレベル・チャンネルが作成されます。プロット・バースト期間、内部バースト間隔、イベントのバースト期間/対時間バースト。

バースト率、バースト開始時間、バースト内イベントならびにバースト外イベントを示す追加チャンネルが作成されます。

詳細な分析用として、にスプレッドシートに簡単にコピーができるバースト統計の表が生成されます。

このスクリプトは、Spike2 のスクリプト・フォルダ内にあるw_bursts.s2s に取って替わるものとして作られています。詳しいユーザーガイドについては、付属のデータシート Bursts.pdf を参照してください。

レベル・インディケータ
Level indicator v1.02.s2s (10年9月)

levelind.zip

多くのアプリケーションにとって、波形チャンネルがユーザ定義の高閾値を超えたとき、低閾値より下がったとき、あるいはこれらのレベルの間にあったときの期間のタイミングと継続時間を知ることが重要です。 このスクリプトでは、高、中間、低の各状態の回数と継続時間を表示/解析する便利な方法が提供されます。

このスクリプトでは、以下を行うことができます:

  • 選択した波形チャンネル上で上および低閾値のレベルを設定します。
  • 上、下、中間の閾値レベルを使用し、色付きバーで表されるレベル・インジケータ・チャンネルをデータファイルに作成します。
  • 高または低レベルが「最適」または「優先」の範囲を表すかによって、高、中間、低の各状態用に適切なカラーコード(例、赤/黄色/緑または緑/黄色/赤)を選択します。
  • 個々の状態の継続時間または 3 つの状態全部を時間の関数としてプロットします。
  • 各状態の継続時間の分布をバーチャートとして表示します。
  • スプレッドシート・ソフトウェアを用いて詳細解析に適するレポートを生成します。
  • スクリプト操作中に Spike2 の通常データ操作と解析機能を使用します。

ソフトウェアの要件:

このスクリプトでは、Spike2 バージョン 5.09 またはそれ以上が必要です。

PSTHの記録と統合
QPSTH2.S2S (98年12月)

qpsth.zip

このスクリプトは、トリガ信号と応答信号を記録します。そして、PSTHビューを作成し、それを統合して累積表示を作成します。この作業は、データをサンプリングしながらオンラインで行われます。 トリガ・チャンネルと応答イベント・チャンネルの2チャンネルが定義されます。

タイム・ビューにおけるイベントやマーカーの瞬時周波数ヒストグラム
IF_distr01.s2s (18年2月)

IF_distr.zip

本スクリプトは、Spike2のタイム・ビューのイベント、Marker、RealMarkあるいはWaveMarkの瞬時周波数分布のヒストグラムを作成します。様々な実験状況に応じて、神経刺激トレインの周波数分布をプロットする際に使用できます。

このスクリプトでは、Spike2 バージョン 8.01 またはそれ以上が必要です。

ラットのための自動睡眠段階区分
Rat Sleep Auto.s2s (21年9月) 改善されました!

RatSleepAuto.zip

このスクリプトで、海馬 EEG および項 EMG の記録に基づくスリープ・スコア(Wake、NREM、REM、Doubt)を割り当てます。ICosta-Miserachs et al (2003) の方法が導入されています。このスクリプトには、元の記事と関連付けて読むことが勧められる簡単なユーザー・ガイドが含まれています。zipファイルには、一般的な結果を示すデータファイルが含まれており、スクリプトのテスト用に使用できます。

Costa-Miserachs D、Portel-Cortez I、Torras-Garcia M、Morgado-Bernal I (2003)、「標準スプレッドシートを利用したラットにおける自動睡眠段階」。J.Neurosci Methods 130:93-101

このスクリプトには、Spike2 バージョン 8.03 またはそれ以降が必要です。

オンライン睡眠評価対象が最大4種の動物に
OSD4.s2s (21年7月) 改善されました!

osd4.zip

本スクリプトは、ラット、マウスやひよこのオンラインにおける睡眠段階判定を行うことを目的としています。動物ごとにそれぞれ割り当てられたEEGチャンネルとEMG チャンネルの記録を基に睡眠を WAKE、NREM 、あるいは REM 睡眠のエポックに分類します。本スクリプトを使って、対象となる睡眠段階(例:REM)を検出した際にユーザが定義した出力パルス・パターンを生成することが可能です。これらのパルスは、オプトジェネティクス研究におけるレーザー制御に適しています。

また、本スクリプトは、オフラインでの睡眠段階判定、また最大4種類の周波数バンドをオフラインで EEG パワースペクトル表示する、などのよりシンプルな使い方にも適しています。

種以上の動物の記録を同時に取る場合には、ブレークアウトボックス (CED 2805 DIO-8)、あるいは1401インターフェイスの裏パネルにあるデジタル入出力を接続するための自家製のカスタムケーブルが必要です。

このスクリプトでは、Spike2 v8.08 以降が必要です。

Sleepscore
sleepscore 705.s2s (17年9月)

sleepscore.zip

このスクリプトでは、以下のタスクを実行することができます:

  • Spike2 のタイム・ビューを希望する長さのエポックにサブディバイドします。
  • データを調べて、エポックを睡眠ステージ (またはユーザー定義の別のカテゴリー) に割り当てます。
  • 無呼吸と覚醒などのユーザー定義の「イベント」をマークします。
  • エポックとイベントは、異なるステージとイベントをカラー・コード別に表して、TextMark チャンネルにステートとして表示されます。
  • ドラッグ&ドロップを使ってマウスを操作して、イベントと睡眠ステージをマークします。
  • オプションで、ユーザー定義のバンドで EEG 出力の「スカイライン」プロットを表示させます。
  • オプションで、選択されたエポックの帯域別 EEG 出力スペクトルを表示させます。
  • オプションで、レベルごとに各睡眠ステートを表すヒプノグラム (睡眠図) を表示させます。
  • スプレッドシート・ソフトウェアを使って詳しく解析するのに適したレポートを作成します。

ソフトウェアの要件:

このスクリプトでは、Spike2 バージョン 10 またはそれ以上が必要です。

睡眠段階に関するEEGスペクトル特性変化を表にする
PiB rept 06a.s2s (17年10月)

PiBrept.zip

本スクリプトは、1チャンネル以上のEEGチャンネルと1チャンネルの睡眠段階マーカー・チャンネル(異なる色のバーで示される覚醒段階のステート・チャンネル)を含むデータ・ファイル上で機能します。.

ユーザは帯域内のEEGパワー、主周波数、またはスペクトル・エッジを表示する複数のEEGスペクトル・チャンネルを作成できます。その後スクリプトは、長時間に渡る記録中にユーザが定義した睡眠段階(例:NREM)の各連続したエピソードのスペクトル特性を示す結果を表形式で生成します。つまり、オプトジェネティクスやその他の刺激の時間および影響の視点からスペクトルの特性変化を定量化できるということです。この表は、毎時、あるいは設定された間隔で要約を生成しますので、傾向の特定をより簡単に行うことができます。

この結果を“gate”し、指定したチャンネルのマーカー付近の時間範囲内のデータを含める、あるいは除外できるオプションもあります。このオプションを使って、例えば、刺激を受けている間の全データを除外する、あるいは刺激後の特定の時間範囲のデータを含めることが可能です。

本スクリプトの使用には、Spike2 v8.12 あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

機械学習アルゴリズムを使用した睡眠段階区分
autoscore-1.81.s2s (21年11月)

ssmla.zip

本スクリプトは、頚部筋からの各一つずつのEEGチャンネルとEMGチャンネルを基にラットやマウスの睡眠スコアを生成するものです。

このスクリプトではデータが短いセグメントに細かく分割されるため、これらのエポックのサブセットを視覚的に確認してWAKE、NREM、REM、あるいはUNCLEARとしてスコアリングできます。これらのスコアは、色分けされたStateチャンネルのデータファイルに記録されます。そして機械学習アルゴリズムの「トレーニングデータ」として活用され、残りのエポックを最適なトレーニング基準に分類し、その結果を2つ目の色分けされたStateチャンネルに返します。

要件:

このスクリプトの全機能を使用するためには、 Spike2バージョン9.02あるいはそれ以降のバージョンが必要です。Spike2バージョン8.20あるいはそれ以降のバージョンでも動作しますが、一部の副次的な機能は使用できません。
機械学習機能を使用するためには、信号処理ツールボックスを備えたMatlabの64ビットバージョンを使うこと、ならびにオートメーションサーバーとして設定することが必要です。

本スクリプトには、Matlabとの通信を設定する方法を説明した詳細なユーザーガイドが含まれています。「Troubleshooting the Matlab connection(Matlab接続に関するトラブルシューティング)」についての詳細は、Spike2 のオンラインヘルプを参照ください。

このスクリプトは、ヘルシンキのバイオメディシン研究所所属のHenna-Kaisa Wigren氏と共同作成者の方々によって寄付されたソフトウェアに基づいています。

Compumedics Profusion™睡眠評価システムからのデータ・インポート
SS andEvts Import.s2s (16年4月)

ssevtsimport.zip

多段階プロセスです。

ヨーロピアン・データ・フォーマット(.edf)として波形データをエクスポートし、その.edfファイルをSpike2に取り込み、分析を行うことができます。しかしながら、睡眠状態のデータならびに眼球の動きや無呼吸など手動の評価イベントの開始や継続時間などは、Spike2が直接読み込むことができないリソースファイル(.xml フォーマット)に保存されます。

Profusion™リソースファイルをウェブブラウザのウィンドウからNotepad™などのシンプルなテキストエディタにClipboardを使ってコピーすることで.xml ファイルを.txt形式に変換、保存することができます。また、このスクリプトを使用して、睡眠段階とイベント情報をテキストファイルから該当するSpike2のデータファイルに取り込むことも可能です。

This script imports data saved in the CMPPSGSCOREDATA format.

スクリプト・ファイルの冒頭のコメント部にユーザ・ガイドがあります。

本スクリプトの使用には、Spike2 v7.17あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

Compumedics Profusion™ 睡眠評価システム2からのデータのインポート
SS -Evts Import 2.s2s (16年6月)

ssevtsimport2.zip

本スクリプトは、以前のスクリプトと同様に機能します。しかしながら、本スクリプトは、Compumedics CMPSTUDYCONFIG 形式の .xml ファイルから作成されたテキストファイルをインポートできるよう設計されています。

スクリプト冒頭のコメント部にユーザ・ガイドがあります。

本スクリプトは、クイーンズランド大学バイオメディカル・エンジニアリング学部のドゥエイン・マン氏によって寄せられたものです。うまく機能したら、マン氏に感謝ください。機能しなかったら、私のせいにしてください (GH)。

本スクリプトは、CMPPSGSCOREDATA 形式で保存されたデータのインポートを行います。

本スクリプトの使用には、Spike2 v7.10 、あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

Somnologica™睡眠評価システムからのデータ・インポート
SS_imp_Somno.s2s (16年4月)

ssimpsomno.zip

これは多段階プロセスです。

ヨーロピアン・データ・フォーマット(.edf)として波形データをエクスポートし、その.edfファイルをSpike2に取り込み、分析を行うことができます。しかしながら、睡眠段階のデータはSpike2が直接読み込むことができないリソースファイル(.xml フォーマット)に保存されます。

Somnologica™リソースファイルをウェブブラウザのウィンドウからNotepad™などのシンプルなテキストエディタにClipboardを使ってコピーすることで.xml ファイルを.txt形式に変換、保存することができます。また、このスクリプトを使用して、睡眠段階の情報をテキストファイルから該当する.Spike2のデータファイルに取り込むことも可能です。

スクリプトファイルの冒頭のコメント部にユーザ・ガイドがあります。

本スクリプトは、Spike2 v7.17ならびに8.08でテスト済みです。

テキスト・ファイルから睡眠段階をインポートする
Text-SS_Imp.s2s (19年6月)

textssimp.zip

本スクリプトはテキスト・ファイル内の睡眠段階リストをタイム・ビュー上の色分けされた睡眠状態のチャンネルへと変換します。

このスクリプトは睡眠段階ではなく波形データを外部のファイル形式からSpike2にインポートすることを目的としています。インポートするテキスト・ファイルには時間やパワースペクトルなどの複数のカラムが使用されていることがありますが、本スクリプトは、W、RやNREMなどの睡眠段階ラベルのリストを含むカラムを指定し、そのカラムのみを読み込みます。

一つの睡眠段階から継続時間と最初のエポックの開始時間を指定するだけで実行できます。これは表にあるエポックは全て連続しており、持続時間も同じであるとスクリプトが仮定するためです。

本スクリプトの使用には、Spike2 v7.17 、あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

睡眠紡錘波/てんかんの検知
SleepSpindle 04.s2s (20年3月) 改善されました!

sleepspindle.zip

睡眠紡錘波とは、徐波睡眠中に脳波に現われる12-15Hzの振幅の短時間に起こるバーストです。このバーストはこれまで試験対象となった全ての哺乳類に起こる現象で、感覚の処理と長期記憶の構築を示していると考えられています。このことにより、学習、記憶検索や薬剤が睡眠紡錘波の発生頻度におよぼす影響についての研究には大きな関心が寄せられています。

睡眠紡錘波は比較的小さく、それでいてある程度変動するため、これを自動検知することは決して単純な作業ではありません。

本スクリプトでは、関連する周波数帯域においてユーザが定義した閾値を超す脳波パワー値のバーストを検知し、これを捉えようと試みます。そして捉えた後には、ユーザが定義した持続時間(通常は0.5秒)よりも短いエピソードを取り除く、あるいは近くで発生したバーストを一つのイベントとして合成するための修正がこれらのバーストにかけられます。

また、設定された持続時間や限界パワーレベルを超す紡錘波のようなイベントを除外するオプションもあります。

さらに特定の睡眠状態時における紡錘波のようなイベントのみを結果に含むようゲート制御することもできます。

こういったパラメーターの設定が柔軟に行えるため、てんかんなどの他の特徴を検知する際に本スクリプトを使用することも可能です。

このスクリプトはタイム・ビューにおいて複数のEEGチャンネルの処理ができます。検知された特徴はStateチャンネル上で色付きのバーにて示されます。 この結果をスプレッドシートに印刷したり、エポックごとに紡錘波数と持続時間をプロットすることもできます。

本スクリプトの使用には、Spike2 v8.16 、あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

平均および平均偏差
mean_angle.s2s (05年10月)

mean_angle.zip

このスクリプトの目的は、テキスト・ファイルによって与えられた一組の角度(またはその他の変数)の平均と平均偏差を計算することです。さらに、リーレー(Rayleigh)の均一性試験を実行します。 この試験では角度の分布に明らかな均一状態からと差異があるかが試験されます。 ダウンロードにはスクリプトと 2 つのテストファイルが含まれます。

動画からのActivity
Activity from Video.s2s (20年3月) 新!

activity_video.zip

このスクリプトは、対応するタイム・ビューにおける最大6つの「Activity」出力記録へとSpike2 のマルチメディア機能を使って記録された動画内の動きを変換し、ユーザー定義された異なるフレーム領域に動きを記録します。本スクリプトは、生理学的信号(EEGやEMGなど)の記録をと取りながら、隣り合うケージに入れられたラット、マウスや鳥の活動を一台のウェブカムで上から撮影し記録するためのものです。こういった活動からの出力記録は、半自動の睡眠段階判定処理(例えばOSD4.s2s)への入力として使用することができます。.

このスクリプトは移動する物体を追跡するのではなく、フレーム間の各ピクセルのグレー・スケール値の変化が、例えば点滅する光ではなく、動きによるものであると単純に解釈します。シンプルかつ定性的でありながらも、このアプローチは比較的均質な環境において、適切な動きの目安を提供するものです。

本スクリプトはaviおよびmp4動画ファイルに対応しており、全機能を使用するためにはSpike2 v10.02が必要です。ささいな制限はありますが、Spike2 9.10バージョンでもこのスクリプトを使用できます。

これらのスクリプトのいくつかは CED チームというよりユーザーから送られて来ました。 もしあなたがこのページを通して仲間の使用者に申し出たいスクリプトを持っているなら、どうか(Simon Gray) にお伝えください。 ダウンロード可能スクリプトのあるスクリプト記述についての最新記事と 科学製品 スクリプト・ページもご覧ください。 同じくSignal にいくつかのスクリプトを提供します。

Tこれらのスクリプトは、WinZip ファイル、myscript.zip, として保存されています。ただし、spike\scripts\myscript.s2s と表示されている場合は除きます。これらファイルはSpike2でインストールされ、spikeとはSpike2をインストールしたディレクトリを表します。下の説明ラインをクリックして概略の項をご覧ください。 ファイル名をクリックするとダウンロードすることができます。受け取ったサイズをチェックしてください。

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主電源の「ハム音」は複雑なことが多く、主電源周波数の奇数次調波で構成されていて、高域濾波フィルターやノッチ・フィルターを使用するだけで除去または抑制するのは非常に困難です。 HumRemoveExpress.s2s は Spike2 バージョン 7 のスクリプトで、残っている主電源の干渉の大部分を取り除くのにオフラインで使用でき、データをはるかに見やすいものとし、より簡単に解析できるようにします。 このビデオ・チュートリアルは、スクリプトを使って主電源のハム音を除去する方法をご紹介します。

Cambridge Electronic Design Limited

イギリスで登録済み: 00972132

登録事務所:

  • Cambridge Electronic Design Limited,
  • Technical Centre,
  • 139 Cambridge Road,
  • Milton,
  • Cambridge CB24 6AZ
  • ENGLAND.

VAT: GB 214 2617 96

プロデューサー登録番号: WEE/BD0050TZ

販売規約

米国のお客様には、英国の会社であることを示すW-8BEN納税フォームを提供できます。.

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