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Scripts Spike2


Analyse

Analyse en composantes indépendantes( ACI)
ICA15a.s2s & ICAutils.s2s (01/19)

icEEG.zip

L’ACI est un ensemble de méthodes mathématiques permettant de séparer les formes d’onde échantillonnées en composantes statistiquement indépendantes. Cela est très utile pour extraire les signaux sous-jacents d’un ensemble d’enregistrements où chaque canal est un mélange inconnu de signaux provenant d’une multiplicité de générateurs sous-jacents. L’ACI offre par exemple une solution au problème classique dit du « cocktail party effect » : comment distinguer des voix individuelles au sein d’un brouhaha de multiples conversations ? Cela est possible avec l’ACI à condition que le son ait été enregistré à partir de plusieurs micros placés en différentes positions.

L’ACI est également utile dans des situations d’enregistrement physiologique où plusieurs électrodes sont utilisées pour enregistrer des signaux sous-jacents, s’agissant par exemple d’électrodes EEG fixées sur un cuir chevelu, d’enregistrements EEG intra-crâniens multi-électrodes, d’enregistrements EMG de surface ou de réseaux d’électrodes dans une culture tissulaire. Remarque importante : ce procédé peut également permettre de séparer le ronflement secteur et les sources d’interférences électriques des signaux d’origine physiologique.

Le compromis inévitable pour cette excellente séparation du signal source du signal est une perte d’informations d’amplitude, dans la mesure où les résultats sont normalisés. Si toutefois vous pouvez accepter cette limitation, l’ACI peut être une forme d’analyse très puissante qui mérite d’être explorée.

Le package inclut les éléments suivants :

ICA15a.s2s et ICAutils.s2s Script principal et bibliothèque de fonctions de script
ICA15a guide.pdf Guide de l’utilisateur du script
bssguide.pdf Une introduction aux bases mathématiques de l'ICA
Sampled Sounds.smrx / .s2rx Exemple de données contenant un certain nombre de pistes musicales enchevêtrées les unes avec les autres
icEEG example.smrx /s2rx Exemple de données de 3 réseaux d’électrodes EEG intra-crâniennes fortement polluées par un ronflement secteur

Ce script nécessite Spike2 version 9.

Rectification et intégration de formes d'onde
Integrate 01.s2s (06/16)

integrate01.zip

L'activité extra-cellulaire multi-unitaire des nerfs périphériques peut être difficile à quantifier. Il peut en effet être difficile d'identifier des unités individuelles car le rapport signal/bruit est trop faible ou parce qu'un nombre trop important d'unités sont activées simultanément. Dans de telles circonstances, il peut être utile de rectifier et d'intégrer le signal sur un intervalle de temps court de façon à convertir l'activité d'un ensemble d'unités à un niveau qui permettra de suivre l'évolution des réponses aux stimuli. Ce script fonctionne, en ligne ou hors ligne, sur jusqu'à 4 canaux sources échantillonnés à la même fréquence. Il est possible d'augmenter le nombre de canaux traités en ligne en apportant des modifications mineures au script.

Ce script a été testé avec Spike2 v7.17 ou des versions ultérieures.

Valeur médiane d’une forme d’onde
DoMedian01.s2s (12/18)

medianvw.zip

Ce script calcule la valeur "médiane" d’une forme d’onde sélectionnée entre deux curseurs et compile les résultats dans la vue de log. La médiane est le point de la plage de données en deçà duquel se trouvent la moitié des points de données les moins élevés et au-delà duquel se trouvent la moitié des valeurs les plus élevées. Cette mesure n’est actuellement pas disponible dans le dialogue Cursor Regions.

À noter que le calcul de la médiane peut prendre un certain temps si le nombre de points de données dans la plage choisie est élevé.

Vous trouverez un guide de l’utilisateur à la page 1 du fichier de script.

Ce script nécessite Spike2 v7.20 ou version ultérieure.

Grande moyenne
GrandAv 02a.s2s (12/18)

GrandAverage.zip

Utilisez ce script pour créer des vues moyennes à partir de plusieurs vues de résultats : PSTH, histogrammes d’intervalle, moyennes de forme d’onde et spectres de puissance. Les vues source et cible peuvent contenir plusieurs canaux. Il existe des options de traitement manuel et par lots :

  • Le traitement par lots vous permet de créer une moyenne générale à partir de toutes les vues de résultats dans un dossier. Vous pouvez ajouter chaque canal des fichiers source au numéro de canal correspondant dans la grande moyenne. Vous pouvez également ajouter tous les canaux des fichiers source à un canal unique nommé dans la grande moyenne.
  • Mode manuel : Ici, vous pouvez choisir quelle chaîne de la source ajouter à quelle chaîne dans la moyenne générale de destination, étape par étape.

Chaque canal dans une vue de grande moyenne multi-canal a son propre décompte de balayages dans le commentaire de canal.

Le guide de l’utilisateur se trouve aux pages 1 à 3 du fichier de script.

Ce script nécessite Spike2 v7.11 ou version ultérieure.

Corrélations multiples entre canaux
CrossChanCorrelation.s2s (09/07)

CrossChanCorrelation.zip

Ce script génère des histogrammes de corrélation de pointes multiples pour toutes les combinaisons de pointes modélisées dans un canal. Il peut actuellement prendre en charge jusqu'à 8 gabarits de pointe par canal (code 0 inclus) pour la corrélation entre canaux au sein du fichier.

Le script est contrôlé à partir d'une barre d'outils, depuis laquelle l'utilisateur peut ouvrir un fichier de données pour l'analyse et contrôler les paramètres de la corrélation, ainsi que le nombre de résultats de corrélation à afficher en même temps. Un fichier de données Extracellular spikes.smr, est inclus en exemple dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v4.24 ou version ultérieure.

Détection interactive de caractéristiques
FeatureDetect.s2s (05/10)

FeatureDetect.zip

Ce script permet à utilisateur d'importer des pics, creux ou dépassements de seuil de façon interactive, en fonction d'une valeur d'amplitude définie au moyen d'une paire de curseurs horizontaux, ou d'un curseur horizontal unique utilisé pour le dépassement de seuil.

Le script utilise une routine passive qui actualise automatiquement le canal de mémoire contenant les marqueurs d'événement si l'utilisateur ajuste les amplitudes ou niveaux de seuil. Un fichier de données, Blood pressure waveform.smr, est inclus dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v4.24 ou version ultérieure.

Automatisation des mesures Cursor Regions
WMeasure.s2s (01/17)

WMeasure.zip

Ce script permet d'automatiser le processus consistant à prendre des mesures multiples de type Cursor Regions. Il vous suffit de spécifier le canal source, le type de mesure à pratiquer et la gamme de temps sur laquelle celle-ci doit être effectuée. Vous pourriez par exemple demander à ce que la moyenne d'une forme d'onde soit mesurée sur des bins de 30 secondes. Les résultats peuvent ensuite être relevés sous forme de RealMark ou mis en tableaux dans le log. Vous pouvez également affiner votre travail en spécifiant un canal State et des codes de marqueur de manière à restreindre le déclenchement de l'analyse à des gammes de temps particulières.

Ce script nécessite Spike2 version 6.06 ou supérieure.

Lissage d'une fonction Gabor
GaborFitDemo.s2s (05/09)

GaborFitDemo.zip

La fonction Gabor est une onde sinusoïdale amortie par une fonction gaussienne.

Ce script vous permet de lisser une fonction Gabor sur des données physiologiques. Il pourra par exemple être utilisé pour détecter une activité neurale oscillatoire dans des autocorrélogrammes (ex. : Young et al - 1992). Le script permet également de générer des données test que vous pourrez utiliser pour vous familiariser avec la procédure de lissage de courbe.

Vous pouvez également utiliser ce script comme modèle pour lisser d'autres fonctions par régression non linéaire à l'aide de la fonction de script [ FitNLUser() ].

Ce script nécessite Spike2 v6.06 ou une version ultérieure.

RÉFÉRENCE
Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey (Réponses neuronales oscillatoires dans le cortex visuel du singe) J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

Enregistrement et analyse de données respiratoires
Resp 80t.s2s (01/21) Amélioration !

RespRelease.zip

Cette archive contient des scripts qui vous permettront de :

  • Etalonner un [pneumotachograph ] (type de débitmètre généralement utilisé pour enregistrer la respiration).
  • Convertir en ligne la sortie du [ pneumotach. ] en [ BTPS flow ] et [ BTPS volume ].
  • Analyser des données respiratoires.
Le script d'analyse respiratoire vous permet de :
  • Soustraire la dérive pour les tracés de volume et de débit.
  • Mesurer les manœuvres de [ inspired capacity (IC) ] et de [ forced vital capacity (FVC) ].
  • Effectuer des analyses souffle par souffle pour un grand nombre de paramètres respiratoires.
  • Tracer des [ Flow-Volume loops ].
  • Plot a composite maximal flow-volume loop using the script: Loop Env.s2s
  • Tracé et tabulation du ratio de pente des boucles de débit-volume maximal expiré
  • Rechercher les limites de débit pendant l'exercice en procédant à des mesures comparatives [F-V loops ].
  • Tracer des [ Volume-Pressure loops ].
  • Mesurer les composantes élastiques et résistives du travail de respiration.

L'archive inclut également des guides d'utilisation, des exemples de fichier de données ainsi que des configurations d'échantillonnage qui vous aideront à bien commencer. Ces scripts nécessitent Spike2 v8.09 ou une version ultérieure.

Ces scripts sont proposés en version beta. Merci de transmettre vos rapports de bug et suggestions d'amélioration à geoff(@)ced.co.uk

Phases respiratoires en analyse de PVG
LVP_Analysis_Resp Phases.s2s (06/21) Nouveau!

lvpanalysis.zip

Dans ce script Spike2, nous utilisons les signaux de pression physiologique du ventricule gauche et de la trachée, obtenus simultanément par cathétérisme, pour déterminer les interactions entre l’hémodynamique cardiaque et la fonction respiratoire. Les paramètres de la fonction systolique et diastolique sont calculés et séparés en phases inspiratoire, expiratoire précoce et expiratoire tardive de la respiration afin de caractériser l’effet de chaque phase respiratoire sur les paramètres de la fonction ventriculaire gauche.

Ce script nécessite Spike2 v10.01 ou version ultérieure.

Mesure en ligne/hors ligne à partir d'un tracé de pression artérielle
HRBP8b.s2s (11/13)

hrbp_8.zip

Cette famille de scripts et configurations d'échantillonnage Spike2 (v7) permet d'effectuer des enregistrements de longue durée pour la pression artérielle, la fréquence cardiaque et l'activité sympathique ; ainsi que d'analyser les réflexes barorécepteurs et la variabilité de la fréquence cardiaque. Les scripts permettent de travailler avec un large éventail d'animaux de laboratoire et peuvent enregistrer les données pour jusqu'à 8 animaux simultanément, lorsqu'ils sont utilisés avec des systèmes de télémétrie.

HRBP8b.s2s permet de dériver la pression artérielle, la fréquence cardiaque et la fréquence respiratoire systoliques, diastoliques et moyennes à partir d'un tracé de pression artérielle. Les données peuvent être analysées en ligne ou hors ligne pour jusqu'à 8 animaux. Les résultats sont enregistrés en continu ou conformément à un programme défini par l'utilisateur (10 minutes par heure, par exemple). Les données peuvent être enregistrées automatiquement dans un nouveau fichier à intervalles réguliers (toutes les 24 heures, par exemple) de façon à obtenir un enregistrement quasi continu sur plusieurs jours ou semaines.

MergeFiles.s2s /SplitFiles.s2s Ces scripts vous permettent de joindre bout à bout des fichiers automatiquement enregistrés avant de procéder à des analyses complémentaires, ou encore de séparer des données associées à différents animaux en fichiers de données discincts.

sBRG.s2s Ce script hors ligne calculer la sensibilité des baroréflexes à partir des fluctuations spontanées dans la pression artérielle.

SigFit.s2s Permet de lisser des courbes sigmoïdes (4/5 paramètres) en fonction des données de fréquence cardiaque et de pression artérielle dérivées d'expériences en régime permanent.

HRV1.s2s Permet d'effectuer une analyse de domaine de fréquence sur la variabilité de la fréquence cardiaque.

Poincaré s2s Permet d'effectuer des analyses non-linéaires de la variabilité de la fréquence cardiaque.

HRBPtable.s2s Permet de générer des tableaux de résultats en vue d'analyses complémentaires avec un logiciel tableur.

Baro5.s2s Bibliothèque de fonctions de script requises par le script SigFit.

Cette famille de scripts Spike 2 nécessite v7.12 ou plus.

Analyse de la tension artérielle
HR_BP.s2s (05/21) Amélioration !

hr_bp.zip

Ce script vous permet de :

Créer des canaux supplémentaires dans votre fichier de données dérivé d’un tracé de tension artérielle. Les canaux supplémentaires disponibles sont les suivants : Fréquence cardiaque, intervalle entre les battements, tension artérielle diastolique, tension artérielle systolique et tension artérielle pulsée.

Traiter un tracé de tension artérielle unique en ligne ou plusieurs tracés de tension artérielle hors ligne.

Simuler un enregistrement en ligne en rejouant une vue temporelle existante à l’aide du bouton REPLAY.

Afficher un tableau de statistiques de tension artérielle "en cours" qui s’actualise chaque seconde en ligne ou pendant un REPLAY.

Générer un tableau des temps de battement et des amplitudes pour chaque canal dérivé dans une vue de tableau. Ce tableau peut être enregistré ou collé dans un tableur pour une analyse plus approfondie.

Ce script nécessite v8.20 ou une version ultérieure.

Histogramme d'amplitude
amphist.s2s (06/07)

amphist.zip

Ce script génère un histogramme de distribution d'amplitude à partir d'un canal Waveform, RealWave ou WaveMark. Vous pouvez sélectionner le canal requis, la plage de temps, la plage d'amplitude et la taille du bin en faisant glisser le curseur et en entrant des paramètres dans les dialogues. Les résultats peuvent être affichés selon différentes formes, notamment : nombre de points, temps et pourcentage de temps dans chaque bin d'amplitude. Un guide de l'utilisateur est inclus dans les commentaires au début du script

Ce script nécessite Spike2 version 6.04 ou ultérieure. Il utilise également des fonctions contenues dans le fichier de script GHutils.s2s (inclus dans le téléchargement). Ce fichier doit être placé dans un dossier nommé include, situé à l'intérieur du répertoire contenant votre copie de Spike2.

Séparation des traces de canaux stéréotrode/tétrode
SeparateTracesNEW.s2s (09/13)

SeparateTraces.zip

Ce script crée, à partir d'un canal sélectionné de données WaveMark de traces multiples, des canaux de mémoire supplémentaires dans le fichier de données, contenant chacun une trace unique issue du canal source. L'utilisateur sélectionne le canal et le type (stéréotrode ou tétrode) à partir d'un dialogue au lancement du script. Un fichier de données, Tetrode data.smr, est inclus dans le fichier .Zip.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

Détection de rafales d'événements avec Poisson Surprise
SURPRISE.S2S (05/98)

surprise.zip

Ce script détecte les rafales d'événement dans un contexte d'événements aléatoires plus nombreux.

Analyse de rafale améliorée
bursts.s2s (08/18)

bursts.zip

Créer des canaux de niveau dans un fichier de données qui marquent les groupes Events, Markers ou Wavemarks. Duré de rafale de tracé, intervalle entre les rafales, période de rafale ou événements /rafale en fonction du temps.

Créer des canaux supplémentaires indiquant la fréquence des rafales, les temps de début de rafale, et les événements au sein des rafales et les événements non compris dans les rafales.

Générer un tableau de statistiques de rafales qui puisse être facilement copié sur une feuille de calcul pour une analyse plus approfondie.

Ce script est destiné à supplanter le w_bursts.s2s situé dans le dossier de scripts spike2. Voir la fiche technique ci-jointe Bursts.pdf pour un guide de l'utilisateur détaillé.

Indicateur de niveau
Level indicator v1.02.s2s (09/10)

levelind.zip

Avec de nombreuses applications, il est important de connaître la synchronisation et la durée de périodes lorsque le niveau d'un canal de forme d'onde dépasse un seuil supérieur défini par l'utilisateur, baisse au-dessous d'un seuil inférieur ou se trouve entre ces niveaux. Le présent script présente une méthode pratique pour l'affichage et l'analyse du nombre et de la durée d'états élevés, moyens et bas.

Il vous permet :

  • D'établir un seuil supérieur et inférieur sur le canal de forme d'onde sélectionné.
  • De créer un canal d'indication de niveau dans le fichier de données, avec des périodes supérieures, inférieures et intermédiaires aux seuils indiquées par des barres de couleur.
  • De sélectionner un code couleur approprié pour les états supérieur, inférieur et intermédiaire ; p. ex. : rouge/ambre/ vert, ou vert/ambre/rouge, selon que le niveau supérieur ou inférieur représente la plage « optimale » ou « préférée ».
  • De tracer la durée d'un état individuel ou des trois états en fonction du temps.
  • D'afficher la distribution des durées de chaque état sous forme de diagramme à barres.
  • De produire un rapport convenant pour des analyses ultérieures au moyen d'un tableur.
  • D'utiliser les fonctions normales de manipulation et d'analyse des données de Spike2 au cours des interventions de script.

Logiciel nécessaire :

Ce script nécessite Spike2 version 5.09 ou supérieure.

Journalisation et intégration PSTH
QPSTH2.S2S (12/98)

qpsth.zip

Ce script enregistre les signaux de déclenchement et de réponse. Il crée une vue de résultat PSTH et l'intègre pour produire un affichage cumulatif. Cette opération est réalisée en ligne à mesure de l'échantillonnage des données. Deux voies sont définies : une voie de déclenchement et une voie de d'événement de réponse.

Histogrammes de fréquences instantanées d’événements/marqueurs dans une vue temporelle
IF_distr01.s2s (02/18)

IF_distr.zip

Ce script crée un histogramme de la distribution des fréquences instantanées pour des événements, marqueurs, RealMarks ou Wavemarks dans une vue temporelle de Spike2. Cela pourra être utile pour tracer les distributions de fréquences de trains d’impulsions nerveuses en réponse à diverses conditions expérimentales.

Ce script nécessite Spike2 version 8.03 ou supérieure.

Analyse automatique des phases du sommeil chez le rat
Rat Sleep Auto.s2s (09/21) Amélioration !

RatSleepAuto.zip

Ce script assigne des scores de sommeil (Wake, NREM, REM et Doubt) en fonction des enregistrements d'électroencéphalogramme EEG et d'électromyographie nucale. Il applique la méthode de Costa-Miserachs et al (2003). Le script inclut un guide utilisateur succinct, à lire en conjonction avec l'article originel. Le fichier zip inclut un fichier de données qui montre des résultats typiques et peut être utilisé pour tester le script.

Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet. J.Neurosci Methods 130:93-101

Configuration logicielle requise :

Ce script nécessite Spike2 version 8.03 ou une version ultérieure.

Notation des stades de sommeil en ligne pour jusqu'à 4 animaux
OSD4.s2s (07/21) Amélioration !

osd4.zip

Ce script est conçu pour la notation des stades de sommeil en ligne chez le rat, le souris ou le poussin. Le sommeil est divisé en différentes phases (WAKE, NREM, REM) sur la base des enregistrements effectués sur un canal EEG et un canal EMG par animal. Le script peut générer des séquences d'impulsions de sortie définies par l'utilisateur lorsqu'un stade de sommeil cible (REM, par exemple) est détecté. Ces impulsions sont compatibles avec le contrôle d'un laser dans des études optogénétiques.

Le script permet également de prendre en charge des applications simples telles que la notation des stades de sommeil hors ligne ou le tracé de spectres de puissance EEG, avec jusqu'à 4 bandes de fréquence hors ligne.

L'enregistrement simultané de plus de 2 animaux nécessite une boîte de dérivation (CED 2805 DIO-8) ou un câble fabriqué sur mesure pour connecter les entrées et sorties numériques sur le panneau arrière d'une interface 1401.

Ce script nécessite Spike2 version 8.08 ou supérieure.

Sleepscore
sleepscore 705.s2s (09/17)

sleepscore.zip

Ce script vous permet d'effectuer les tâches suivantes :

  • Subdiviser une vue temporelle Spike2 en époques de la longueur désirée.
  • Inspecter les données et attribuer des époques aux phases de sommeil (ou à d'autres catégories définies par l'utilisateur).
  • Marquer les " événements " définis par l'utilisateur (apnées et réveils, par exemple).
  • Les époques et événements sont présentés comme des états dans les canaux TextMark, les différents événements et phases étant représentés par un code couleur.
  • Marquer les événements et les phases de sommeil par cliquer-glisser de la souris.
  • Afficher des profils d'horizon de puissance EEG dans des bandes définies par l'utilisateur (option).
  • Afficher des spectres de puissance EEG en bande pour une époque particulière (option).
  • Afficher un hypnogramme représentant chaque phase de sommeil par un niveau (option).
  • Générer un rapport qui permettra une analyse approfondie avec un logiciel tableur.

Logiciel nécessaire :

Ce script nécessite Spike2 version 7.10 ou supérieure.

Tabulation des changements liés à l'état du sommeil dans les caractéristiques spectrales EEG
PiB rept 06a.s2s (10/17)

PiBrept.zip

Ce script fonctionne sur des fichiers de données contenant un ou plusieurs canaux EEG et un canal de marqueur d'état de veille (un canal d'état contenant des états de vigilance marqués par des barres de couleurs différentes).

Vous pouvez créer plusieurs canaux spectraux EEG, affichant la bande de puissance EEG, la fréquence dominante ou le front de fréquence spectrale. Le script génère ensuite une table de résultats indiquant les caractéristiques spectrales de chaque épisode successif d'un état de sommeil défini par l'utilisateur (NREM, par exemple) durant un enregistrement de longue durée. Cela vous permet de quantifier les changements dans la caractéristique spectrale avec le temps ainsi que les effets de la stimulation optogénétique ou autre. Le tableau génère un résumé toutes les heures (ou selon un autre intervalle de temps de votre choix) afin que les tendances puissent être identifiées plus facilement.

Il existe une option permettant d'appliquer un 'gate' aux résultats, c'est-à-dire d'inclure ou d'exclure des données situées dans une plage de temps autour des marqueurs d'un canal désigné. Cela vous permet, par exemple, d'exclure toutes les données pendant la stimulation, ou d'inclure des données sur une plage de temps spécifiée après la stimulation.

Ce script nécessite Spike2 v8.12 ou une version ultérieure.

Étude des phases de sommeil à l’aide d’un algorithme d’apprentissage automatique
autoscore-1.85.s2s (03/22) Amélioration !

ssmla.zip

Ce script génère des scores de sommeil pour un rat ou une souris à partir d’un canal EEG et d’un canal EMG (muscle du cou).

Le script subdivise les données en courts segments et vous permet d’évaluer un sous-ensemble de ces phases par inspection visuelle en tant que WAKE, NREM, REM ou UNCLEAR. Ces scores sont marqués dans le fichier de données dans un canal d’État à code couleur. Ils servent de « données d’apprentissage » pour un algorithme d’apprentissage automatique, qui classe les phases restantes de façon à qu’elles correspondent au mieux aux critères d’apprentissage et renvoie les résultats dans un deuxième canal d’état à code couleur.

Configuration requise :

Le script nécessite Spike2 v 10.04 ou plus pour une fonctionnalité complète.
Pour utiliser la fonction d’apprentissage automatique, une version 64 bits de Matlab avec la boîte à outils de traitement du signal doit être présente et configurée en tant que serveur d’automatisation.

Le script inclut un guide de l’utilisateur détaillé, avec notamment des instructions sur la configuration de la communication avec Matlab. En cas de problème concernant la connexion Matlab, vous trouverez aussi de plus amples informations dans l’aide en ligne de Spike2.

Ce script est basé sur un logiciel développé par Henna-Kaisa Wigren et des collaborateurs de l’Institut de biomédecine d’Helsinki.

Importer des données à partir d'un système de notation des stades de sommeil Compumedics Profusion™
SS andEvts Import.s2s (04/16)

ssevtsimport.zip

Ceci est un processus en plusieurs étapes.

Vous pouvez exporter les données de forme d'onde au format européen (.edf), puis importer le fichier .edf dans Spike2 en vue d'analyses complémentaires. Toutefois, les données sur les états de sommeil et le début/la durée des événements marqués manuellement (mouvements oculaires, apnées etc.) sont sauvegardées dans un fichier de ressources (format .xml) qui ne peut pas être lu directement par Spike2.

Vous devez donc d'abord convertir le fichier .xml au format .txt, en copiant/collant le fichier de ressources Profusion™ du navigateur Web vers un simple éditeur de texte de type Notepad™, puis en l'enregistrant. Vous pouvez ensuite exporter les informations de stade de sommeil et d'événement du fichier texte vers le fichier de données Spike2 correspondant, en utilisant ce script.

Ce script permet d'importer des données sauvegardées au format CMPPSGSCOREDATA.

Vous trouverez un guide de l'utilisateur dans les commentaires insérés au début du script.

Ce script nécessite Spike2 v7.17 ou une version ultérieure.

Importer 2 des données à partir d'un système de notation des stades de sommeil Compumedics Profusion™
SS -Evts Import 2.s2s (06/16)

ssevtsimport2.zip

Ce script fonctionne de manière similaire au script précédent. Il est cependant destiné à l'importation de fichiers texte créés à partir de fichiers .xml au format Compumedics CMPSTUDYCONFIG.

Vous trouverez un guide de l'utilisateur dans les commentaires insérés au début du script.

Ce script est basé sur un script proposé par Dwayne Mann, spécialiste de génie biomédical de l'Université de Queensland. Si le script vous est utile, alors c'est grâce à lui. S'il ne fonctionne pas pour vous, c'est probablement de ma faute (GH).

Ce script nécessite Spike2 v7.10 ou une version ultérieure.

Importer des données à partir d'un système de notation des stades de sommeil Somnologica™
SS_imp_Somno.s2s (04/16)

ssimpsomno.zip

Ceci est un processus en plusieurs étapes.

Vous pouvez exporter les données de forme d'onde au format européen (.edf), puis importer le fichier .edf dans Spike2 en vue d'analyses complémentaires. Toutefois, les données sur les états de sommeil sont sauvegardées dans un fichier de ressources (format .xml) qui ne peut pas être lu directement par Spike2.

Vous devez donc d'abord convertir le fichier .xml au format .txt, en copiant/collant le fichier de ressources Somnologica™ du navigateur Web vers un simple éditeur de texte de type Notepad™, puis en l'enregistrant. Vous pouvez ensuite exporter les informations de stade de sommeil du fichier texte vers le fichier de données Spike2 correspondant, en utilisant ce script.

Vous trouverez un guide de l'utilisateur dans les commentaires insérés au début du script.

Ce script a été testé avec Spike2 v7.17 et 8.08.

Importer des phases de sommeil à partir d’un fichier texte
Text-SS_Imp.s2s (06/19)

textssimp.zip

Ce script convertit une liste de phases de sommeil contenue dans un fichier texte en un canal d’états de sommeil codés par couleur dans une vue temporelle.

Il sera très utile dans des situations où il n’est possible d’importer que des données de forme d’onde, et non pas des phases de sommeil, dans Spike2 à partir d’un format de données étranger. Le fichier texte à importer peut contenir de multiples colonnes de temps, spectres de puissance, etc. Le script ne lit toutefois qu’une seule colonne spécifiée contenant une liste d’étiquettes de phase de sommeil (W, R, NREM, etc.).

Il vous suffit de spécifier la durée d’une phase de sommeil et l’heure de début de la première époque. Le script suppose que toutes les époques de la table sont contiguës et de durée égale.

Ce script nécessite Spike2 v7.17 ou une version ultérieure.

Détection de fuseaux de sommeil / convulsions
SleepSpindle 04.s2s (03/20) Amélioration !

sleepspindle.zip

Les fuseaux de sommeil sont de brèves salves d’oscillations à 12-15 Hz dans l’EEG pendant le sommeil lent. Ils sont présents chez toutes les espèces de mammifères ayant été testées et il est présumé qu’ils sont impliqués dans le traitement sensoriel, ainsi que dans la consolidation de la mémoire à long terme. Il y a donc un intérêt certain au sein de la communauté scientifique sur les effets de l’apprentissage, de la récupération de la mémoire et des agents pharmacologiques sur la fréquence des fuseaux de sommeil.

Les fuseaux de sommeil sont des événements relativement petits et assez variables, ce qui fait de leur détection automatique une tâche assez complexe.

Ce script permet de détecter les rafales de puissance EEG dans la bande de fréquences concernée qui dépassent un seuil défini par l’utilisateur. Ces rafales sont ensuite révisées de façon à exclure les épisodes dont la durée est inférieure à une valeur définie par l’utilisateur (habituellement 0,5 s) ou de façon à fusionner les rafales rapprochées en un seul événement.

Des options permettent en outre d’exclure les événements similaires à des fuseaux qui dépassent une durée définie ou un certain seuil de puissance.

Les résultats peuvent également être classés de manière à n’inclure que les événements similaires à un fuseau survenant dans une phase de sommeil donnée.

Grâce à cette flexibilité de paramétrage, le script pourra également être utile pour détecter d’autres caractéristiques telles que les convulsions.

e script est capable de traiter plusieurs canaux EEG dans une vue temporelle. Les caractéristiques détectées sont marquées par des barres de couleur dans les canaux d’état. Vous pouvez également imprimer les résultats sur une feuille de calcul ou tracer le décompte de fuseaux et leur durée par époque.

Ce script nécessite Spike2 v8.16 ou une version ultérieure.

Moyenne et écart moyen
mean_angle.s2s (10/05)

mean_angle.zip

Ce script vise à calculer la moyenne et l'écart moyen d'un ensemble d'angles (ou d'autres variables) donné par un fichier texte. Il effectue par ailleurs le test Rayleigh, qui permet de vérifier si la distribution des angles diffère de l'uniformité de façon significative. Le téléchargement contient le script et deux fichiers test.

Détection d’activité à partir d’une vidéo
Activity from Video.s2s (03/20) Nouveau!

activity_video.zip

Ce script convertit le mouvement d’une vidéo enregistrée à l’aide de l’outil multimédia Spike2 en un maximum de six traces d’activité dans la vue temporelle correspondante, en enregistrant le mouvement dans différentes zones de l’image définies par l’utilisateur. Le script permettra enregistrer l’activité de rats, souris ou oiseaux dans des cages adjacentes et filmés d’en haut par une même webcam, en même temps que l’enregistrement d’autres signaux physiologiques (EEG, EMG, etc.). Les traces d’activité peuvent être utilisées dans le cadre d’un processus semi-automatisé de stades de sommeil (OSD4.s2s, par exemple).

Ce script ne permet pas de suivre des objets en mouvement. Il interprète simplement les changements de valeur de l’échelle des gris de chaque pixel entre les images comme étant liés à un mouvement (au lien d’un scintillement de lumières, par exemple). Cette approche, bien que simpliste et qualitative, devrait fournir une indication adéquate du mouvement dans des environnements relativement homogènes.

Le script fonctionne avec des fichiers vidéo avi et mp4 et nécessite Spike2 v10.02 pour une fonctionnalité complète. Il devrait également fonctionner, avec quelques limitations mineures, dans la version 9.10 de Spike2.

Certains de ces scripts ont été développés par les utilisateurs plutôt que par l'équipe CED. Si vous disposez d'un script que vous aimeriez mettre à la disposition des autres utilisateurs sur cette page, informez-en Simon Gray. Nous fournissons également des scripts pour Signal.

Ces scripts sont sauvegardés en tant que fichiers WinZip, myscript.zip, sauf lorsqu'ils sont présentés sous le format spike\scripts\myscript.s2s. Ces fichiers ont été installés avec Spike2 et spike. réfère au répertoire dans lequel vous avez installé Spike2. Voir les résumés en cliquant sur la ligne de description ci-dessous. Vous pouvez alors les télécharger en cliquant sur le nom du fichier ; veuillez vérifier la taille reçue.

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Le ronflement secteur est souvent complexe et composé d'harmoniques impairs de la fréquence réseau. C'est pourquoi il est très difficile de l'éliminer avec de simples filtres passe-haut ou coupe-bande. HumRemoveExpress.s2s est un script de Spike2 version 7. Il peut être utilisé hors ligne pour éliminer une grande partie de ces interférences résiduelles. Vos données sont ainsi plus présentables et beaucoup plus faciles à analyser. Cette vidéo vous explique utiliser le script pour supprimer les ronflements secteur.

Cambridge Electronic Design Limited

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Numéro d'enregistrement du producteur: WEE/BD0050TZ

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Pour nos clients américains, nous pouvons fournir le formulaire fiscal W-8BEN, qui nous identifie en tant que société britannique.

DUNS: 219151016
CAGE/NCAGE: KB797
NAICS: 423490
Codes de marchandise
Hardware: 84716070
Software: 85234945
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