icEEG.zip

L’ACI est un ensemble de méthodes mathématiques permettant de séparer les formes d’onde échantillonnées en composantes statistiquement indépendantes. Cela est très utile pour extraire les signaux sous-jacents d’un ensemble d’enregistrements où chaque canal est un mélange inconnu de signaux provenant d’une multiplicité de générateurs sous-jacents. L’ACI offre par exemple une solution au problème classique dit du « cocktail party effect » : comment distinguer des voix individuelles au sein d’un brouhaha de multiples conversations ? Cela est possible avec l’ACI à condition que le son ait été enregistré à partir de plusieurs micros placés en différentes positions.

L’ACI est également utile dans des situations d’enregistrement physiologique où plusieurs électrodes sont utilisées pour enregistrer des signaux sous-jacents, s’agissant par exemple d’électrodes EEG fixées sur un cuir chevelu, d’enregistrements EEG intra-crâniens multi-électrodes, d’enregistrements EMG de surface ou de réseaux d’électrodes dans une culture tissulaire. Remarque importante : ce procédé peut également permettre de séparer le ronflement secteur et les sources d’interférences électriques des signaux d’origine physiologique.

Le compromis inévitable pour cette excellente séparation du signal source du signal est une perte d’informations d’amplitude, dans la mesure où les résultats sont normalisés. Si toutefois vous pouvez accepter cette limitation, l’ACI peut être une forme d’analyse très puissante qui mérite d’être explorée.

Le package inclut les éléments suivants :

Ce script nécessite Spike2 version 9.

integrate01.zip

L'activité extra-cellulaire multi-unitaire des nerfs périphériques peut être difficile à quantifier. Il peut en effet être difficile d'identifier des unités individuelles car le rapport signal/bruit est trop faible ou parce qu'un nombre trop important d'unités sont activées simultanément. Dans de telles circonstances, il peut être utile de rectifier et d'intégrer le signal sur un intervalle de temps court de façon à convertir l'activité d'un ensemble d'unités à un niveau qui permettra de suivre l'évolution des réponses aux stimuli. Ce script fonctionne, en ligne ou hors ligne, sur jusqu'à 4 canaux sources échantillonnés à la même fréquence. Il est possible d'augmenter le nombre de canaux traités en ligne en apportant des modifications mineures au script.

Ce script a été testé avec Spike2 v7.17 ou des versions ultérieures.

medianvw.zip

Ce script calcule la valeur "médiane" d’une forme d’onde sélectionnée entre deux curseurs et compile les résultats dans la vue de log. La médiane est le point de la plage de données en deçà duquel se trouvent la moitié des points de données les moins élevés et au-delà duquel se trouvent la moitié des valeurs les plus élevées. Cette mesure n’est actuellement pas disponible dans le dialogue Cursor Regions.

À noter que le calcul de la médiane peut prendre un certain temps si le nombre de points de données dans la plage choisie est élevé.

Vous trouverez un guide de l’utilisateur à la page 1 du fichier de script.

Ce script nécessite Spike2 v7.20 ou version ultérieure.

GrandAverage.zip

Utilisez ce script pour créer des vues moyennes à partir de plusieurs vues de résultats : PSTH, histogrammes d’intervalle, moyennes de forme d’onde et spectres de puissance. Les vues source et cible peuvent contenir plusieurs canaux. Il existe des options de traitement manuel et par lots :

• Le traitement par lots vous permet de créer une moyenne générale à partir de toutes les vues de résultats dans un dossier. Vous pouvez ajouter chaque canal des fichiers source au numéro de canal correspondant dans la grande moyenne. Vous pouvez également ajouter tous les canaux des fichiers source à un canal unique nommé dans la grande moyenne.
• Mode manuel : Ici, vous pouvez choisir quelle chaîne de la source ajouter à quelle chaîne dans la moyenne générale de destination, étape par étape.

Chaque canal dans une vue de grande moyenne multi-canal a son propre décompte de balayages dans le commentaire de canal.

Le guide de l’utilisateur se trouve aux pages 1 à 3 du fichier de script.

Ce script nécessite Spike2 v7.11 ou version ultérieure.

CrossChanCorrelation.zip

Ce script génère des histogrammes de corrélation de pointes multiples pour toutes les combinaisons de pointes modélisées dans un canal. Il peut actuellement prendre en charge jusqu'à 8 gabarits de pointe par canal (code 0 inclus) pour la corrélation entre canaux au sein du fichier.

Le script est contrôlé à partir d'une barre d'outils, depuis laquelle l'utilisateur peut ouvrir un fichier de données pour l'analyse et contrôler les paramètres de la corrélation, ainsi que le nombre de résultats de corrélation à afficher en même temps. Un fichier de données Extracellular spikes.smr, est inclus en exemple dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v7.20 ou version ultérieure.

FeatureDetect.zip

Ce script permet à utilisateur d'importer des pics, creux ou dépassements de seuil de façon interactive, en fonction d'une valeur d'amplitude définie au moyen d'une paire de curseurs horizontaux, ou d'un curseur horizontal unique utilisé pour le dépassement de seuil.

Le script utilise une routine passive qui actualise automatiquement le canal de mémoire contenant les marqueurs d'événement si l'utilisateur ajuste les amplitudes ou niveaux de seuil. Un fichier de données, Blood pressure waveform.smr, est inclus dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v4.24 ou version ultérieure.

WMeasure.zip

Ce script permet d'automatiser le processus consistant à prendre des mesures multiples de type Cursor Regions. Il vous suffit de spécifier le canal source, le type de mesure à pratiquer et la gamme de temps sur laquelle celle-ci doit être effectuée. Vous pourriez par exemple demander à ce que la moyenne d'une forme d'onde soit mesurée sur des bins de 30 secondes. Les résultats peuvent ensuite être relevés sous forme de RealMark ou mis en tableaux dans le log. Vous pouvez également affiner votre travail en spécifiant un canal State et des codes de marqueur de manière à restreindre le déclenchement de l'analyse à des gammes de temps particulières.

Ce script nécessite Spike2 version 6.06 ou supérieure.

GaborFitDemo.zip

La fonction Gabor est une onde sinusoïdale amortie par une fonction gaussienne.

Ce script vous permet de lisser une fonction Gabor sur des données physiologiques. Il pourra par exemple être utilisé pour détecter une activité neurale oscillatoire dans des autocorrélogrammes (ex. : Young et al - 1992). Le script permet également de générer des données test que vous pourrez utiliser pour vous familiariser avec la procédure de lissage de courbe.

Vous pouvez également utiliser ce script comme modèle pour lisser d'autres fonctions par régression non linéaire à l'aide de la fonction de script [ FitNLUser() ].

Ce script nécessite Spike2 v6.06 ou une version ultérieure.

RÉFÉRENCE
Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey (Réponses neuronales oscillatoires dans le cortex visuel du singe) J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

RespRelease.zip

Cette archive contient des scripts qui vous permettront de :

• Etalonner un [pneumotachograph ] (type de débitmètre généralement utilisé pour enregistrer la respiration).
• Convertir en ligne la sortie du [ pneumotach. ] en [ BTPS flow ] et [ BTPS volume ].
• Analyser des données respiratoires.

• Soustraire la dérive pour les tracés de volume et de débit.
• Mesurer les manœuvres de [ inspired capacity (IC) ] et de [ forced vital capacity (FVC) ].
• Effectuer des analyses souffle par souffle pour un grand nombre de paramètres respiratoires.
• Tracer des [ Flow-Volume loops ].
• Traçage d’une boucle composite débit-volume maximal avec le script : Loop Env.s2s
• Tracé et tabulation du ratio de pente des boucles de débit-volume maximal expiré
• Rechercher les limites de débit pendant l'exercice en procédant à des mesures comparatives [F-V loops ].
• Tracer des [ Volume-Pressure loops ].
• Mesurer les composantes élastiques et résistives du travail de respiration.

L'archive inclut également des guides d'utilisation, des exemples de fichier de données ainsi que des configurations d'échantillonnage qui vous aideront à bien commencer. Ces scripts nécessitent Spike2 v8.09 ou une version ultérieure.

Ces scripts sont proposés en version beta. Merci de transmettre vos rapports de bug et suggestions d'amélioration à geoff(@)ced.co.uk

lvpanalysis.zip

Dans ce script Spike2, nous utilisons les signaux de pression physiologique du ventricule gauche et de la trachée, obtenus simultanément par cathétérisme, pour déterminer les interactions entre l’hémodynamique cardiaque et la fonction respiratoire. Les paramètres de la fonction systolique et diastolique sont calculés et séparés en phases inspiratoire, expiratoire précoce et expiratoire tardive de la respiration afin de caractériser l’effet de chaque phase respiratoire sur les paramètres de la fonction ventriculaire gauche.

Ce script nécessite Spike2 v10.01 ou version ultérieure.

hrbp.zip

Cette famille de scripts et configurations d'échantillonnage Spike2 (v7) permet d'effectuer des enregistrements de longue durée pour la pression artérielle, la fréquence cardiaque et l'activité sympathique ; ainsi que d'analyser les réflexes barorécepteurs et la variabilité de la fréquence cardiaque. Les scripts permettent de travailler avec un large éventail d'animaux de laboratoire et peuvent enregistrer les données pour jusqu'à 8 animaux simultanément, lorsqu'ils sont utilisés avec des systèmes de télémétrie.

HRBP8b.s2s permet de dériver la pression artérielle, la fréquence cardiaque et la fréquence respiratoire systoliques, diastoliques et moyennes à partir d'un tracé de pression artérielle. Les données peuvent être analysées en ligne ou hors ligne pour jusqu'à 8 animaux. Les résultats sont enregistrés en continu ou conformément à un programme défini par l'utilisateur (10 minutes par heure, par exemple). Les données peuvent être enregistrées automatiquement dans un nouveau fichier à intervalles réguliers (toutes les 24 heures, par exemple) de façon à obtenir un enregistrement quasi continu sur plusieurs jours ou semaines.

MergeFiles.s2s /SplitFiles.s2s Ces scripts vous permettent de joindre bout à bout des fichiers automatiquement enregistrés avant de procéder à des analyses complémentaires, ou encore de séparer des données associées à différents animaux en fichiers de données discincts.

sBRG.s2s Ce script hors ligne calculer la sensibilité des baroréflexes à partir des fluctuations spontanées dans la pression artérielle.

SigFit.s2s Permet de lisser des courbes sigmoïdes (4/5 paramètres) en fonction des données de fréquence cardiaque et de pression artérielle dérivées d'expériences en régime permanent.

HRV1.s2s Permet d'effectuer une analyse de domaine de fréquence sur la variabilité de la fréquence cardiaque.

Poincaré s2s Permet d'effectuer des analyses non-linéaires de la variabilité de la fréquence cardiaque.

HRBPtable.s2s Permet de générer des tableaux de résultats en vue d'analyses complémentaires avec un logiciel tableur.

Baro5.s2s Bibliothèque de fonctions de script requises par le script SigFit.

Cette famille de scripts Spike 2 nécessite v7.12 ou plus.

hr_rrecg.zip

Ce script hors ligne génère un canal de fréquence cardiaque (bpm) et un canal d’intervalle RR (ms) à partir d’un canal ECG dans la vue temporelle en cours. Il existe également une option qui permet de créer un tableau de la fréquence cardiaque et des intervalles RR battement par battement, ainsi que des marqueurs de clavier et TextMark (souvent utilisés pour indiquer le moment et les détails des traitements expérimentaux). Le script comprend un guide de l’utilisateur succinct qui s’affiche lorsque vous cliquez sur un bouton de la barre d’outils.

Le script nécessite la version de Spike2 la plus récente (v.8, v.9 ou v.10).

hr_bp.zip

Ce script vous permet de :

Créer des canaux supplémentaires dans votre fichier de données dérivé d’un tracé de tension artérielle. Les canaux supplémentaires disponibles sont les suivants : Fréquence cardiaque, intervalle entre les battements, tension artérielle diastolique, tension artérielle systolique et tension artérielle pulsée.

Traiter un tracé de tension artérielle unique en ligne ou plusieurs tracés de tension artérielle hors ligne.

Simuler un enregistrement en ligne en rejouant une vue temporelle existante à l’aide du bouton REPLAY.

Afficher un tableau de statistiques de tension artérielle "en cours" qui s’actualise chaque seconde en ligne ou pendant un REPLAY.

Générer un tableau des temps de battement et des amplitudes pour chaque canal dérivé dans une vue de tableau. Il est également possible d’inclure les notes de l’expérimentateur et les informations relatives à la synchronisation de stimulus stockées dans les canaux Keyboard marker et TextMark. Ce tableau peut être enregistré ou collé dans un tableur pour une analyse plus approfondie.

Ce script nécessite v8.20 ou une version ultérieure.

hrv.zip

Le script HRV_10 effectue une analyse du domaine des fréquences de l’intervalle de pouls (PI) et de la variabilité de la pression artérielle systolique et diastolique.

Les enregistrements de longue durée sont subdivisés en périodes définies par l’utilisateur, avec des spectres de puissance distincts pour chaque plage de temps. Les formes d’onde VRC peuvent être éditées de façon à exclure les artefacts avant la génération de vues du spectre de puissance multicanal.

Les spectres sont subdivisés en bandes VLF, LF et HF définies par l’utilisateur et les niveaux sont reportés sur le fichier de données source, et présentés sous forme de tableau dans une feuille de calcul.

Un second script HRV10 revu.s2s propose une méthode pratique pour passer en revue les fichiers de données existants.

Ces deux scripts nécessitent Spike2 version 9.17 ou une version ultérieure.

amphist.zip

Ce script génère un histogramme de distribution d'amplitude à partir d'un canal Waveform, RealWave ou WaveMark. Vous pouvez sélectionner le canal requis, la plage de temps, la plage d'amplitude et la taille du bin en faisant glisser le curseur et en entrant des paramètres dans les dialogues. Les résultats peuvent être affichés selon différentes formes, notamment : nombre de points, temps et pourcentage de temps dans chaque bin d'amplitude. Un guide de l'utilisateur est inclus dans les commentaires au début du script

Ce script nécessite Spike2 version 6.04 ou ultérieure. Il utilise également des fonctions contenues dans le fichier de script GHutils.s2s (inclus dans le téléchargement). Ce fichier doit être placé dans un dossier nommé include, situé à l'intérieur du répertoire contenant votre copie de Spike2.

SeparateTraces.zip

Ce script crée, à partir d'un canal sélectionné de données WaveMark de traces multiples, des canaux de mémoire supplémentaires dans le fichier de données, contenant chacun une trace unique issue du canal source. L'utilisateur sélectionne le canal et le type (stéréotrode ou tétrode) à partir d'un dialogue au lancement du script. Un fichier de données, Tetrode data.smr, est inclus dans le fichier .Zip.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

surprise.zip

Ce script détecte les rafales d'événement dans un contexte d'événements aléatoires plus nombreux.

levelind.zip

Avec de nombreuses applications, il est important de connaître la synchronisation et la durée de périodes lorsque le niveau d'un canal de forme d'onde dépasse un seuil supérieur défini par l'utilisateur, baisse au-dessous d'un seuil inférieur ou se trouve entre ces niveaux. Le présent script présente une méthode pratique pour l'affichage et l'analyse du nombre et de la durée d'états élevés, moyens et bas.

Il vous permet :

• D'établir un seuil supérieur et inférieur sur le canal de forme d'onde sélectionné.
• De créer un canal d'indication de niveau dans le fichier de données, avec des périodes supérieures, inférieures et intermédiaires aux seuils indiquées par des barres de couleur.
• De sélectionner un code couleur approprié pour les états supérieur, inférieur et intermédiaire ; p. ex. : rouge/ambre/ vert, ou vert/ambre/rouge, selon que le niveau supérieur ou inférieur représente la plage « optimale » ou « préférée ».
• De tracer la durée d'un état individuel ou des trois états en fonction du temps.
• D'afficher la distribution des durées de chaque état sous forme de diagramme à barres.
• De produire un rapport convenant pour des analyses ultérieures au moyen d'un tableur.
• D'utiliser les fonctions normales de manipulation et d'analyse des données de Spike2 au cours des interventions de script.

Logiciel nécessaire :

Ce script nécessite Spike2 version 5.09 ou supérieure.

qpsth.zip

Ce script enregistre les signaux de déclenchement et de réponse. Il crée une vue de résultat PSTH et l'intègre pour produire un affichage cumulatif. Cette opération est réalisée en ligne à mesure de l'échantillonnage des données. Deux voies sont définies : une voie de déclenchement et une voie de d'événement de réponse.

IF_distr.zip

Ce script crée un histogramme de la distribution des fréquences instantanées pour des événements, marqueurs, RealMarks ou Wavemarks dans une vue temporelle de Spike2. Cela pourra être utile pour tracer les distributions de fréquences de trains d’impulsions nerveuses en réponse à diverses conditions expérimentales.

Ce script nécessite Spike2 version 8.03 ou supérieure.

RatSleepAuto.zip

Ce script assigne des scores de sommeil (Wake, NREM, REM et Doubt) en fonction des enregistrements d'électroencéphalogramme EEG et d'électromyographie nucale. Il applique la méthode de Costa-Miserachs et al (2003). Le script inclut un guide utilisateur succinct, à lire en conjonction avec l'article originel. Le fichier zip inclut un fichier de données qui montre des résultats typiques et peut être utilisé pour tester le script.

Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet. J.Neurosci Methods 130:93-101

Configuration logicielle requise :

Ce script nécessite Spike2 version 8.03 ou une version ultérieure.

osd4.zip

Ce script est conçu pour la notation des stades de sommeil en ligne chez le rat, le souris ou le poussin. Le sommeil est divisé en différentes phases (WAKE, NREM, REM) sur la base des enregistrements effectués sur un canal EEG et un canal EMG par animal. Le script peut générer des séquences d'impulsions de sortie définies par l'utilisateur lorsqu'un stade de sommeil cible (REM, par exemple) est détecté. Ces impulsions sont compatibles avec le contrôle d'un laser dans des études optogénétiques.

Le script permet également de prendre en charge des applications simples telles que la notation des stades de sommeil hors ligne ou le tracé de spectres de puissance EEG, avec jusqu'à 4 bandes de fréquence hors ligne.

L'enregistrement simultané de plus de 2 animaux nécessite une boîte de dérivation (CED 2805 DIO-8) ou un câble fabriqué sur mesure pour connecter les entrées et sorties numériques sur le panneau arrière d'une interface 1401.

Ce script nécessite Spike2 version 8.08 ou supérieure.

sleepscore 706.zip

Ce script vous permet d'effectuer les tâches suivantes :

• Subdiviser une vue temporelle Spike2 en époques de la longueur désirée.
• Inspecter les données et attribuer des époques aux phases de sommeil (ou à d'autres catégories définies par l'utilisateur).
• Marquer les " événements " définis par l'utilisateur (apnées et réveils, par exemple).
• Les époques et événements sont présentés comme des états dans les canaux TextMark, les différents événements et phases étant représentés par un code couleur.
• Marquer les événements et les phases de sommeil par cliquer-glisser de la souris.
• Optionally display trend plots of EEG spectral power in user-defined bands and Theta: Delta ratio.
• Afficher des spectres de puissance EEG en bande pour une époque particulière (option).
• Afficher un hypnogramme représentant chaque phase de sommeil par un niveau (option).
• Générer un rapport qui permettra une analyse approfondie avec un logiciel tableur.

Logiciel nécessaire :

Ce script nécessite Spike2 version 8.03 ou supérieure.

PiBrept.zip

Ce script fonctionne sur des fichiers de données contenant un ou plusieurs canaux EEG et un canal de marqueur d'état de veille (un canal d'état contenant des états de vigilance marqués par des barres de couleurs différentes).

Vous pouvez créer plusieurs canaux spectraux EEG, affichant la bande de puissance EEG, la fréquence dominante ou le front de fréquence spectrale. Le script génère ensuite une table de résultats indiquant les caractéristiques spectrales de chaque épisode successif d'un état de sommeil défini par l'utilisateur (NREM, par exemple) durant un enregistrement de longue durée. Cela vous permet de quantifier les changements dans la caractéristique spectrale avec le temps ainsi que les effets de la stimulation optogénétique ou autre. Le tableau génère un résumé toutes les heures (ou selon un autre intervalle de temps de votre choix) afin que les tendances puissent être identifiées plus facilement.

Il existe une option permettant d'appliquer un 'gate' aux résultats, c'est-à-dire d'inclure ou d'exclure des données situées dans une plage de temps autour des marqueurs d'un canal désigné. Cela vous permet, par exemple, d'exclure toutes les données pendant la stimulation, ou d'inclure des données sur une plage de temps spécifiée après la stimulation.

Ce script nécessite Spike2 v8.12 ou une version ultérieure.

ssmla.zip

Ce script génère des scores de sommeil pour un rat ou une souris à partir d’un canal EEG et d’un canal EMG (muscle du cou).

Le script subdivise les données en courts segments et vous permet d’évaluer un sous-ensemble de ces phases par inspection visuelle en tant que WAKE, NREM, REM ou UNCLEAR. Ces scores sont marqués dans le fichier de données dans un canal d’État à code couleur. Ils servent de « données d’apprentissage » pour un algorithme d’apprentissage automatique, qui classe les phases restantes de façon à qu’elles correspondent au mieux aux critères d’apprentissage et renvoie les résultats dans un deuxième canal d’état à code couleur.

Le script nécessite Spike2 v 10.04 ou plus pour une fonctionnalité complète.
Pour utiliser la fonction d’apprentissage automatique, une version 64 bits de Matlab avec la boîte à outils de traitement du signal doit être présente et configurée en tant que serveur d’automatisation.

Le script inclut un guide de l’utilisateur détaillé, avec notamment des instructions sur la configuration de la communication avec Matlab. En cas de problème concernant la connexion Matlab, vous trouverez aussi de plus amples informations dans l’aide en ligne de Spike2.

Ce script est basé sur un logiciel développé par Henna-Kaisa Wigren et des collaborateurs de l’Institut de biomédecine d’Helsinki.

ssevtsimport.zip

Ceci est un processus en plusieurs étapes.

Vous pouvez exporter les données de forme d'onde au format européen (.edf), puis importer le fichier .edf dans Spike2 en vue d'analyses complémentaires. Toutefois, les données sur les états de sommeil et le début/la durée des événements marqués manuellement (mouvements oculaires, apnées etc.) sont sauvegardées dans un fichier de ressources (format .xml) qui ne peut pas être lu directement par Spike2.

Vous devez donc d'abord convertir le fichier .xml au format .txt, en copiant/collant le fichier de ressources Profusion™ du navigateur Web vers un simple éditeur de texte de type Notepad™, puis en l'enregistrant. Vous pouvez ensuite exporter les informations de stade de sommeil et d'événement du fichier texte vers le fichier de données Spike2 correspondant, en utilisant ce script.

Ce script permet d'importer des données sauvegardées au format CMPPSGSCOREDATA.

Vous trouverez un guide de l'utilisateur dans les commentaires insérés au début du script.

Ce script nécessite Spike2 v7.17 ou une version ultérieure.

ssevtsimport2.zip

Ce script fonctionne de manière similaire au script précédent. Il est cependant destiné à l'importation de fichiers texte créés à partir de fichiers .xml au format Compumedics CMPSTUDYCONFIG.

Vous trouverez un guide de l'utilisateur dans les commentaires insérés au début du script.

Ce script est basé sur un script proposé par Dwayne Mann, spécialiste de génie biomédical de l'Université de Queensland. Si le script vous est utile, alors c'est grâce à lui. S'il ne fonctionne pas pour vous, c'est probablement de ma faute (GH).

Ce script nécessite Spike2 v7.10 ou une version ultérieure.

ssimpsomno.zip

Ceci est un processus en plusieurs étapes.

Vous pouvez exporter les données de forme d'onde au format européen (.edf), puis importer le fichier .edf dans Spike2 en vue d'analyses complémentaires. Toutefois, les données sur les états de sommeil sont sauvegardées dans un fichier de ressources (format .xml) qui ne peut pas être lu directement par Spike2.

Vous devez donc d'abord convertir le fichier .xml au format .txt, en copiant/collant le fichier de ressources Somnologica™ du navigateur Web vers un simple éditeur de texte de type Notepad™, puis en l'enregistrant. Vous pouvez ensuite exporter les informations de stade de sommeil du fichier texte vers le fichier de données Spike2 correspondant, en utilisant ce script.

Vous trouverez un guide de l'utilisateur dans les commentaires insérés au début du script.

Ce script a été testé avec Spike2 v7.17 et 8.08.

textssimp.zip

Ce script convertit une liste de phases de sommeil contenue dans un fichier texte en un canal d’états de sommeil codés par couleur dans une vue temporelle.

Il sera très utile dans des situations où il n’est possible d’importer que des données de forme d’onde, et non pas des phases de sommeil, dans Spike2 à partir d’un format de données étranger. Le fichier texte à importer peut contenir de multiples colonnes de temps, spectres de puissance, etc. Le script ne lit toutefois qu’une seule colonne spécifiée contenant une liste d’étiquettes de phase de sommeil (W, R, NREM, etc.).

Il vous suffit de spécifier la durée d’une phase de sommeil et l’heure de début de la première époque. Le script suppose que toutes les époques de la table sont contiguës et de durée égale.

Ce script nécessite Spike2 v7.17 ou une version ultérieure.

hypnoch.zip

La plupart des scripts de notation des stades de sommeil de Spike2 indiquent les états de sommeil sous la forme d’un canal codé par couleur. Ce script hors ligne vous permet de créer un canal d’hypnogramme basé sur un canal d’état de sommeil. Les états de sommeil sont ici représentés par les différents niveaux d’une ligne d’horizon. Le script crée un raccourci clavier dans la barre de script pour un accès rapide, et un guide de l’utilisateur s’affiche lorsque vous appuyez sur le bouton d’aide dans le dialogue de configuration. Vous pouvez choisir les niveaux correspondant à chaque état de sommeil dans une fourchette de -1 à 9.

Ce script nécessite Spike2 version 8.25 ou une version ultérieure.

sleepspindle.zip

Ce script est destiné à la détection d’événements tels que les convulsions ou les fuseaux de sommeil dans les enregistrements EEG. Ces événements peuvent être petits et variables, ce qui fait de leur détection automatique une tâche assez complexe. Ce script tente de procéder à une telle détection en appliquant une stratégie en plusieurs étapes.

1. Bursts of EEG activity within a user-defined spectral band above a user-defined threshold power are marked with coloured bars in a 'state' channel. Bursts in the range 12-15 Hz are characteristic of sleep spindles but you can choose the frequency band that best suits your data. You can exclude events that are too short or too long and amalgamate events that are close together.
2. Manual editing. The script provides tools for you to navigate the data file, deleting spindle candidates that fail the ‘eyeball test’, add events that were missed and amalgamate events that belong together. The waveform of candidate sleep spindles is highlighted during editing (red trace) to make visual assessment easier.
3. During editing, there are also an options to display the power spectrum of the current sleep spindle and to subdivide the detected events into up to 8 sub-types, each with a different marker colour and code. Sub-types can be assigned manually or automatically based on spectral power in the spindle band or spindle duration.
4. The data file can be subdivided into epochs and you can plot and/or tabulate spindle counts per epoch and spindle durations for each sub-type.
5. The script includes a user guide that displays when you click on a toolbar button.

Les événements sont marqués par des barres de couleur dans le fichier de données source et les résultats peuvent être tabulés dans une feuille de calcul et représentés sous forme de nombre d’événements et de durée d’événement par époque.

Configuration requise : Spike2 v8.24 ou version ultérieure. Bibliothèque ug.s2s. Copiez ce fichier dans le dossier include de Documents/SpikeN ou conservez-le dans le même dossier que le script principal.

levelstostates.zip

This script allows you to quickly perform the following tasks:

1. create a state channel based on a level channel
2. create a level channel based on a state channel
3. create a level channel based on a waveform channel
4. create a waveform based on a level channel
5. flip the polarity of a level channel

You can click the Help button on the script toolbar to display a concise user guide

The scipt is intended for use in conjunction with the sleep spindle detection script (SleepSpindle.s2s) for marking sleep spindles or seizures in EEG data. However, you may find other applications for it.

Ce script nécessite Spike2 version 7.20 ou une version ultérieure.

OKR 03.zip

The optokinetic response (OKR) of larval zebrafish constitutes a potentially useful model for the study of neurological diseases affecting vertebrate oculomotor function. OKR can be measured via a video system e.g. Scheetz et al 2018 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5708171/ ) and the results can be imported into Spike2 for further analysis with this script. The script may also prove useful for measuring OKR of other species recorded using alternative methods and sampled directly using Spike2 and a 1401 interface.

The script measures 6 aspects of the response to a visual grating moving at a range of angular velocities. They are: amplitude and slope of the fast and slow phases of saccades, frequency of saccades and reflex gain. The measurements are plotted in the source data file and can be tabulated in spreadsheet format.

The script has a detailed user guide and we provide an example data file and example results so you can familiarise yourself with script operation.

Ce script nécessite Spike2 version 10.21 ou une version ultérieure.