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Spike2 Scripts


Analysen

Unabhängige Komponentenanalyse (Independent Component Analysis – ICA)
ICA15a.s2s & ICAutils.s2s (01/19)

icEEG.zip

Die ICA bezieht sich auf eine Gruppe mathematischer Methoden zur Trennung gesampelter Wellenformen in statistisch unabhängige Komponenten. Sie ist sehr nützlich, um die einer Gruppe von Aufnahmen zugrunde liegenden Signale zu extrahieren, bei denen jeder individuelle Kanal eine unbekannte Mischung von Signalen verschiedener zugrunde liegender Generatoren ist. ICA bietet beispielsweise eine Lösung für das klassische "Cocktail-Party-Problem": Kann man einzelne Stimmen aus einem Gesprächsgewirr entflechten? ICA ist dazu in der Lage, vorausgesetzt, dass das Geräusch von verschiedenen Positionen aus mit mehreren Mikrofonen aufgenommen wurde.

ICA kann auch in physiologischen Aufnahmesituationen eingesetzt werden, bei denen mehrere Elektroden verwendet werden, um die zugrunde liegenden Signale aufzunehmen, z. B. Kopfhaut-EEG-Elektroden, intrakranielle Multi-Elektroden-EEG-Aufzeichnungen, Oberflächen EMG-Aufnahmen oder Elektroden-Arrays in einer Gewebekultur. Wichtig ist dabei, dass die Methode ebenfalls Netzbrummen und Quellen elektrischer Interferenzen von Signalen physiologischen Ursprungs trennen kann.

Der Preis für die exzellente Signalquellentrennung besteht in dem Verlust von Amplitudeninformationen - die Ergebnisse werden normalisiert. Wenn Sie diese Einschränkung hinnehmen können, kann ICA eine sehr leistungsstarke Analyseoption sein, die sich lohnt.

Das Paket umfasst:

ICA15a.s2s and ICAutils.s2s Hauptskript und Bibliothek von Skriptfunktionen
ICA15a guide.pdf Bedienungsanleitung für das Skript.
bssguide.pdf Eine Einführung in die Mathematik, die ICA zugrunde liegt
Sampled Sounds.smrx / .s2rx Beispieldaten, die eine Reihe von verflochtenen Musical-Stücken enthalten
icEEG example.smrx /s2rx Beispieldaten von 3 intrakraniellen EEG-Elektroden-Arrays, die durch Netzbrummen stark beeinträchtigt sind

Das Skript erfordert Spike2 Version 9.

Wellenformen berichtigen und integrieren
Integrate 01.s2s (06/16)

integrate01.zip

Extrazelluläre mehrfache Aktivitäten von peripheren Nerven können schwierig zu quantifizieren sein. Einzelne Einheiten sind ggf. nicht identifizierbar, da das Signal-Rausch-Verhältnis zu gering ist oder zu viele Einheiten gleichzeitig aktiviert sind. Unter diesen Umständen kann es hilfreich sein, das Signal über einen kurzen Zeitraum zu berichtigen und zu integrieren, um die Aktivitäten eines Ensembles von Einheiten auf eine Ebene zu konvertieren, welche die sich ändernden Responses auf Stimuli anzeigt. Dieses Skript arbeitet on- oder offline auf bis zu 4 Quellkanälen bei derselben Rate. Sie können die Anzahl der online verarbeiteten Kanäle durch kleinere Bearbeitungen des Skripts erhöhen.

Das Skript wurde mit Spike2 v7.17 oder höher getestet.

Medianwert einer Wellenform
DoMedian01.s2s (12/18)

medianvw.zip

Dieses Skript berechnet den Medianwert einer ausgewählten Wellenform zwischen zwei Cursorn und Tabellenergebnissen in der Log-Ansicht. Der Median ist der Mittelpunkt des Datenbereichs, d. h. die Hälfte der Datenpunkte sind niedrigere und die andere Hälfte sind höhere Werte. Diese Messung ist derzeit nicht aus dem Cursor Regions-Dialog verfügbar.

Beachten Sie, dass die Berechnung des Medians eine beachtliche Zeit in Anspruch nehmen könnte, wenn die Anzahl der Datenpunkte in dem gewählten Bereich zu groß ist.

Es gibt eine Bedienungsanleitung auf Seite 1 der Skriptdatei.

Für dieses Script ist Spike2 v7.20 oder höher erforderlich.

Gesamtdurchschnitt
GrandAv 02a.s2s (12/18)

GrandAverage.zip

Verwenden Sie dieses Skript zum Aufbau von Durchschnittsansichten aus mehreren Ergebnisansichten, d. h. PSTHs, Intervallhistogramme, Wellenformdurchschnitten und Leistungsspektren. Sowohl Quell- als auch Zielansichten können mehrere Kanäle enthalten. Es gibt manuelle und Batch-Verarbeitungsoptionen:

  • Die Batch-Verarbeitung ermöglicht Ihnen die Erstellung eines Gesamtmittels in den Ergebnisansichten eines Verzeichnisses. Sie können jeden Kanal in den Quelldateien zu den entsprechenden Kanalnummern im Gesamtmittel hinzufügen. Alternativ können Sie alle Kanäle in den Quelldateien zu einem benannten Einzelkanal im Gesamtmittel hinzufügen.
  • Manueller Modus: Hier können Sie Schritt für Schritt auswählen, welcher Kanal in der Quelle zu welchem Kanal im Zielgesamtmittel hinzugefügt wird.

Jeder Kanal in einer Mehrkanal-Gesamtmittel-Ansicht verfügt über eine eigene Sweep-Zählung im Kanalkommentar.

Die Bedienungsanleitung ist auf den Seiten 1-3 der Skriptdatei.

Für dieses Script ist Spike2 v7.11 oder höher erforderlich.

Mehrere kanalübergreifende Korrelationen
CrossChanCorrelation.s2s (09/07)

CrossChanCorrelation.zip

Dieses Script generiert Mehrfachspitzen-Korrelationshistogramme für alle Kombinationen von Spitzenvorlagen in einem Kanal. Es verarbeitet gegenwärtig bis zu 8 Spitzenvorlagen pro Kanal (einschließlich Code 0) für das Korrelieren zwischen Kanälen in der Datei.

Das Script wird über eine Symbolleiste gesteuert. Der Benutzer kann eine Datendatei für die Analyse öffnen und die Parameter für die Korrelation sowie die Anzahl der jeweils gleichzeitig angezeigten Korrelations-Ergebnisansichten steuern. Der Ordner Data in Ihrem Spike2-Verzeichnis enthält eine geeignete Beispiel-Datendatei, Extracellular spikes.smr.

Für dieses Script ist Spike2 v4.24 oder höher erforderlich.

Erkennen interaktiver Features
FeatureDetect.s2s (05/10)

FeatureDetect.zip

Das Script ermöglicht dem Benutzer das interaktive Importieren von Spitzen, Tälern oder Schwellenüberschreitungen auf Grundlage eines Amplitudenwerts, der mit einem Paar horizontaler Cursor, bzw. einem einzigen horizontalen Cursor als eine Schwellenüberschreitung, definiert wurde.

Das Script verwendet eine Leerlaufroutine, die den Speicherkanal mit den Ereignis-Markern automatisch aktualisiert, wenn der Benutzer die Amplituden oder Schwellenpegel verändert. Der Ordner Data in Ihrem Spike2-Verzeichnis enthält eine geeignete Beispiel-Datendatei, Blood pressure waveform.smr.

Für dieses Script ist Spike2 v4.24 oder höher erforderlich.

Automatisierte Messung von Cursor Regions
WMeasure.s2s (01/17)

WMeasure.zip

Dieses Script automatisiert das wiederholte Erfassen von Cursor Region-Werten. Sie definieren einfach den Quellkanal, die Art des zu erfassenden Messwerts und den gewünschten Zeitraum. So könnten Sie z.B. festlegen, dass das Mittel einer Wellenform in 30-Sek.-Bins gemessen werden soll (d.h. die Wellenform wird in Abschnitte von 30 Sekunden unterteilt). Das Ergebnis lässt sich als RealMark plotten oder im Log tabulieren. Als weitere Verfeinerung könnten Sie zudem einen State Channel und Marker-Codes definieren, um die Analyse auf bestimmte Zeitbereiche auszurichten.

Für dieses Script ist Spike2 Version 6.06 oder höher erforderlich.

Eine Gabor-Funktion anpassen
GaborFitDemo.s2s (05/09)

GaborFitDemo.zip

Die Gabor-Funktion ist eine Sinuswelle, die durch eine Gauß-Funktion gedämpft ist.

Dieses Script bietet die Möglichkeit, eine Gabor-Funktion an physiologische Daten anzupassen. Eine mögliche Anwendung wäre die Erkennung schwingender neuronaler Aktivität in Auto-Korrelogrammen, z.B. Young et al (1992). Das Script generiert auch Testdaten, die Sie verwenden können, um sich mit dem Verfahren der Kurvenanpassung vertraut zu machen.

Sie könnten das Script auch als Vorlage für die Anpassung anderer Funktion durch nichtlineare Regression mit der Script-Funktion [ FitNLUser() ] benutzen.

Für dieses Script ist Spike2 Version 6.06 oder höher erforderlich.

REFERENZ
Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

Atmungsdaten aufzeichnen und analysieren
Resp 80t.s2s (01/21) Verbessert!

RespRelease.zip

Dieses Archiv enthält Scripts für folgende Aufgaben:

  • Kalibrieren eines [ pneumotachograph ] – die Art von Strömungsmesser, die am häufigsten zum Aufzeichnen der Atmung verwendet wird.
  • Umwandeln der Ausgabe vom [ pneumotach. ] zu [ BTPS flow ] und [ BTPS volume ] online.
  • Analysieren von Atmungsdaten.
Das Script zur Atmungsanalyse ermöglicht Folgendes:
  • Entfernen von Drift von Volumen- und Strömungsspuren.
  • Messen von [ inspired capacity (IC) ]- und [ forced vital capacity (FVC) ]-Manövern.
  • Durchführen von Analysen für viele Atemparameter Atemzug für Atemzug.
  • Plotten von [ Flow-Volume loops ].
  • Plot a composite maximal flow-volume loop using the script: Loop Env.s2s
  • Zeichnen und tabulieren Sie das Steigungsverhältnis der maximal abgelaufenen Durchfluss-Volumen-Schleifen
  • Untersuchen von Durchflussbehinderungen bei körperlicher Belastung durch Vergleichsmessungen von [ F-V loops ].
  • Plotten von [ Volume-Pressure loops ].
  • Messen elastischer und resistiver Komponenten der Atemarbeit.
Das Archiv enthält zudem Benutzeranleitungen, Beispiel-Datendateien und –Abtastkonfigurationen, die den Einstieg erleichtern sollten. Für diese Scripts ist Spike2 Version 8.09 oder höher erforderlich

Es handelt sich um Beta-Versionen. Bitte senden Sie Ihre Fehlerberichte und Anregungen für die Weiterentwicklung an geoff(at)ced.co.uk

LVP-Analyse bzw. -Phasen
LVP_Analysis_Resp Phases.s2s (06/21) Neu!

lvpanalysis.zip

In diesem Spike2-Skript verwenden wir physiologische Drucksignale des linken Ventrikels und der Luftröhre, die gleichzeitig durch Katheterisierung gewonnen werden, um die Wechselwirkungen zwischen kardialer Hämodynamik und Atemfunktion zu bestimmen. Messwerte der systolischen und diastolischen Funktion werden berechnet und in inspiratorischeund frühe exspiratorische Phasen und späte exspiratorische Atmungsphasen unterteilt, um die Wirkung jeder Atmungsphase auf Parameter der linken Ventrikelfunktion zu bestimmen.

Das Skript wurde mit Spike2 v10.01 oder höher getestet.

Online/Offline-Messung anhand einer Blutdruckmesskurve
HRBP8b.s2s (11/13)

hrbp_8.zip

Diese Familie der Spike2 v7-Skripte und Samplingkonfigurationen ermöglicht die Durchführung von Langzeitaufzeichnungen von Blutdruck, Herzfrequenz und Sympathikusaktivität und die Analyse der Barorezeptorreflexe und der Herzfrequenzvariabilität. Die Skripts können bei verschiedenen Labortieren angewandt werden und Daten von bis zu 8 Tieren können gleichzeitig aufgezeichnet werden, sofern der Einsatz zusammen mit telemetrischen Systemen stattfindet.

HRBP8b.s2s leitet den systolischen, diastolischen und mittleren Blutdruck sowie die Herz- und Atemfrequenz von der jeweiligen Blutdruckkurve ab. Daten von bis zu 8 Tieren können on- oder offline analysiert werden. Die Ergebnisse können permanent oder gemäß einer benutzerdefinierte Vorgabe, z.B. 10 Minuten pro Stunde, aufgezeichnet werden. Die Daten können in einer neuen Datei in regelmäßigen Intervallen (z.B. alle 24 Std.) automatisch gespeichert werden, um permanente Aufzeichnungen über Tage und Wochen zu erhalten.

MergeFiles.s2s /SplitFiles.s2s Diese Utility-Skripts ermöglichen Ihnen, automatisch gespeicherte Datendateien end-to-end zusammenzufügen, bevor weitere Analysen durchgeführt werden und und Daten, die verschiedenen Tieren zuzuordnen sind, in gesonderte Datendateien aufzuteilen.

sBRG.s2s Dieses Offline-Skript berechnet die Empfindlichkeit der Barorezeptorreflexe auf Grundlage spontaner Blutdruck-Fluktuationen.

SigFit.s2s Passt sigmoidale Kurven (4 und 5 Parameter) an Herzfrequenz- und Blutdruckdaten an, die aus Versuchen mit stationärem Zustand herrühren.

HRV1.s2s Führt Frequenzbereichsanalyse der Herzfrequenzvariabilität durch.

Poincaré s2s Führt nicht lineare Analyse der Herzfrequenzvariabilität durch.

HRBPtable.s2s Generiert Ergebnistabellen, die für die weitere Analyse mit Spreadsheet-Software geeignet ist.

Baro5.s2s Dies ist eine Bibliothek von Skriptfunktionen, die von dem SigFit Skript gefordert werden.

Diese Familie von Spike 2 Skripts erfordert v7.12 oder höher.

Blutdruckanalyse
HR_BP.s2s (05/21) Verbessert!

hr_bp.zip

Mit diesem Skript können Sie:

Zusätzliche Kanäle in Ihrer Datendatei, die aus einer Blutdruckkurve abgeleitet wurden, erstellen. Die zusätzlichen verfügbaren Kanäle sind: Herzfrequenz, Inter-Beat-Intervall (IBI), diastolischer BP, systolischer BP und Puls-BP.

Verarbeiten Sie eine einzelne BP-Kurve online oder mehrere BP-Kurven offline.

Simulieren Sie die Online-Aufzeichnung, indem Sie eine vorhandene Zeitansicht mit der Schaltfläche REPLAY wiedergeben.

Zeigen Sie eine Tabelle der "aktuellen" Blutdruckstatistiken an, die jede Sekunde online oder während der Wiedergabe (REPLAY) aktualisiert werden.

Erzeugen Sie eine Tabelle mit Frequenzen und Amplituden für jeden abgeleiteten Kanal in einer Rasteransicht. Diese Tabelle kann zur weiteren Analyse gespeichert oder in eine Tabellenkalkulationssoftware eingefügt werden.

Dieses Skript erfordert v8.20 oder höher.

Amplitudenhistogramm
amphist.s2s (06/07)

amphist.zip

Dieses Script generiert ein Histogramm der Amplitudenverteilung aus einem Wellenform-, RealWave- oder WaveMark-Kanal. Durch eine Kombination von Cursor-Ziehen und Dialogeingaben lassen sich Kanal, Zeitbereich, Amplitudenbereich und Bin-Größe auswählen. Das Ergebnis kann in verschiedenen Formen dargestellt werden, darunter als Anzahl von Punkten, Zeit und prozentuale Zeit pro Amplituden-Bin. Eine ausführliche Benutzeranleitung finden Sie in den Kommentaren am Anfang des Scripts.

Für dieses Script ist Spike2 Version 6,04 oder höher erforderlich. Es verwendet außerdem Funktionen aus der Script-Datei GHutils.s2s (im Download inbegriffen). Diese Datei muss in einen Ordner namens include kopiert werden, der sich im gleichen Verzeichnis befindet wie Ihre Kopie von Spike2.

Trennen von Spuren aus Stereotroden- und Tretroden-Kanälen
SeparateTracesNEW.s2s (09/13)

SeparateTraces.zip

Dieses Script verarbeitet einen ausgewählten Kanal mit Mehrfachspur-WaveMark-Daten und erstellt zusätzliche Speicherkanäle in der Datendatei, die jeweils eine einzige Spur aus dem Quellkanal enthalten. Über einen Dialog, der bei Ausführen des Scripts zur Verfügung steht, wählt der Benutzer den Kanal und Typ (Stereotrode oder Tetrode) aus. Die Zip-Datei enthält eine geeignete Beispiel-Datendatei, Tetrode data.smr.

Für dieses Script ist Spike2 v5.21 oder höher erforderlich.

Erfassen von Event-Bursts mit Poisson Surprise
SURPRISE.S2S (05/98)

surprise.zip

Dieses Skript erfaßt Event-Häufungen vor einem Hintergrund von willkürlicheren Ereignissen. Auf Seite 6 des Juni-Newsletters von CED wird auf Kopien dieses Skripts verwiesen.

Verbesserte Burst-Analyse
bursts.s2s (08/18)

bursts.zip

Schaffung von Level-Kanälen in einer Datendatei, die Gruppen von Events, Markern oder Wavemarks markieren. Einzeichnen von Burst-Dauer, Inter-Burst-Intervall, Burst-Periode oder Events /Burst ÷ Zeit.

Schaffung zusätzlicher Kanäle, die Burstrate, Burst-Einsetzzeiten und Events innerhalb von Bursts und Events, die nicht in Bursts erfolgen, zeigen.

Erstellen einer Tabelle von Burst-Statistiken, die zur weiteren Analyse einfach in ein Spreadsheet kopiert werden können.

Dieses Skript ist löst w_bursts.s2s im Spike2 Skripts-Ordner ab. Eine ausführliche Gebrauchsanleitung siehe begleitendes Datenblatt Bursts.pdf.

Level-Indikator
Level indicator v1.02.s2s (09/10)

levelind.zip

Bei vielen Applikationen ist es wichtig, das Timing und die Dauer von Perioden zu kennen, wenn der Level eines Wellenformkanals eine benutzerdefinierte obere Schwelle überschritt, unter eine untere Schwelle fiel oder zwischen diesen Levels lag. Dieses Skript betet eine günstige Methode zur Anzeige und Analyse der Anzahl und Dauer der Zustände High, Intermediate und Low.

Das Skript ermöglicht Ihnen Folgendes:

  • Festlegung eines oberen und unteren Schwellen-Levels am gewählten Wellenformkanal.
  • Erstellen eines Level-Indikator-Kanals in der Datendatei mit Perioden über, unter und zwischen den Schwellen-Levels (durch farbige Balken bezeichnet).
  • Wahl eines geeigneten Farbcodes für die Zustände High, Intermediate und Low, z. B. rot/gelb/grün oder grün/gelb/rot, je nachdem, ob der Level High oder Low den ‚optimalen" oder ‚bevorzugten" Bereich darstellt.
  • Einzeichnen der Dauer eines individuellen Zustands oder aller 3 Zustände als eine Funktion der Zeit.
  • Anzeige der Verteilung von Dauern jedes Zustands als Balkendiagramm.
  • Erstellen eines Berichts, der sich für die weitere Analyse mit Spreadsheet-Software eignet.
  • Verwendung der normalen Datenmanipulations- und Analysefunktionen von Spike2 während des Skript-Betriebs.

Software-Voraussetzungen:

Dieses Skript erfordert Spike2 Version 5.09 oder höher.

PSTH-Protokollierung und Integration
QPSTH2.S2S (12/98)

qpsth.zip

Dieses Skript erfaßt Auslöse- und Reaktionssignale. Es erzeugt eine PSTH-Ergebnisansicht und integriert diese zur Erstellung einer kumulativen Anzeige. Dies erfolgt online während der Datenerfassung. Zwei Kanäle werden definiert: ein Trigger-Kanal und ein Response-Event-Kanal.

Histogramme momentaner Frequenzen von Ereignissen/Markern in einer Zeitansicht.
IF_distr01.s2s (02/18)

IF_distr.zip

Dieses Skript erstellt ein Histogramm zur Verteilung der momentanen Frequenzen von Ereignissen, Markern, RealMarks oder WaveMarks in einer Spike2 Ansicht. Es kann nützlich sein, die Frequenzverteilungen von Nervenimpulszügen als Reaktion unter verschiedenen experimentellen Bedingungen grafisch darzustellen.

Dieses Skript erfordert Spike2 Version 8.01 oder höher.

Automatische Schlafstadium-Bestimmung bei Ratten
Rat Sleep Auto.s2s (09/21) Verbessert!

RatSleepAuto.zip

Dieses Script weist Schlafwerte zu (Wake, NREM, REM und Doubt), basierend auf Hippocampus-EEG und Nacken-EMG. Es implementiert die Methode von Costa-Miserachs et al (2003) und enthält eine kurze Benutzeranleitung, die in Verbindung mit dem Originalartikel gelesen werden sollte. Die ZIP-Datei enthält eine Datendatei, die typische Ergebnisse zeigt und zum Testen des Skripts verwendet werden kann.

Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet. J.Neurosci Methods 130:93-101

Für dieses Script ist Spike2 Version 8.03 oder höher erforderlich.

Online-Schlafbewertungssystem für bis 4 Tiere
OSD4.s2s (07/21) Verbessert!

osd4.zip

Dieses Skript dient der Online-Klassifizierung in Schlafstufen bei Ratten, Mäusen oder Hühnern. Der Schlaf ist unterteilt in die Epochen WAKE, NREM oder REM-Phase auf Grundlage der Aufzeichnungen eines EEG- und EMG-Kanals pro Tier. Das Skript kann benutzerdefinierte Muster von Ausgabeimpulsen erzeugen, wenn eine Ziel-Schlafstufe (z.B. REM) erkannt wurde. Diese Impulse sind zur Steuerung eines Lasers in optogenetischen Studien geeignet.

Das Skript ist auch für einfachere Anwendungen geeignet wie z.B. Offline-Klassifizierung in Schlafstufen, Zählung von EEG-Leistungsspektren in bis zu 4 Frequenzbändern offline.

Die Aufzeichnung von mehr als 2 Tieren gleichzeitig erfordert eine Break-out-box (CED 2805 DIO-8) ) oder ein selbstgefertigtes maßgearbeitetes Kabel zwecks Anschluss an die digitalen Ein- und Ausgänge auf dem rückwärtigen Panel der 1401-Schnittstelle.

Für dieses Script ist Spike2 Version 8.08 oder höher erforderlich.

Sleepscore
sleepscore 705.s2s (09/17)

sleepscore.zip

Dieses Skript ermöglicht Ihnen die Durchführung folgender Aufgaben:

  • Unterteilen Sie eine Spike2-Zeitansicht in Epochen der gewünschten Länge.
  • Prüfen Sie die Daten und weisen Sie den Schlafstufen Epochen zu (oder andere benutzerdefinierte Kategorien).
  • Markieren Sie benutzerdefinierte "Ereignisse" wie z. B. Apnoen und Erregungen.
  • Epochen und Ereignisse sind als Zustände in TextMark-Kanälen mit verschiedenen Stufen und Ereignissen durch einen Farbcode wiedergegeben.
  • Markieren Sie Ereignisse und Schlafstufen durch Mausbedienung durch Drag-and-Drop.
  • Optionale Darstellung der "Skyline" Plots der EEG-Leistung in benutzerfreundlichen Bereichen.
  • Optionale Darstellung gebündelter EEG-Leistungsspektren einer ausgewählten Epoche.
  • Optionale Darstellung eines Hypnogramms, in dem jede Schlafstufe durch eine Ebene wiedergegeben wird.
  • Generieren Sie einen Bericht, der für die weitere Analyse mit Spreadsheet-Software geeignet ist.

Software-Voraussetzungen:

Dieses Skript erfordert Spike2 Version 7.10 oder höher.

Tabellierung von schlafzustandsbezogenen EEG-Spektraleigenschaften
PiB rept 06a.s2s (10/17)

PiBrept.zip

Dieses Skript funktioniert bei Dateien, die einen oder mehrere EEG-Kanäle und einen Schlafzustands-Markerkanal enthalten (ein Statuskanal mit Vigilanzzuständen, die durch verschiedenfarbige Streifen markiert sind).

Man kann verschiedene EEG-Spektralkanäle erstellen, EEG-Power-in-Band, dominante Frequenz oder Spektrale Eckfrequenzen anzeigen. Das Skript generiert dann eine Ergebnistabelle, die spektralen Eigenschaften jeder sukzessiven Episode eines benutzerdefinierten Schlafzustands (z. B. NREM) während einer langfristigen Aufzeichnung anzeigt. Dies ermöglicht Ihnen, die Änderungen bei spektralen Eigenschaften mit der Zeit und den Auswirkungen oder sonstiger Stimulation zu quantifizieren. Die Tabelle generiert für jede Stunde oder einen Zeitintervall Ihrer Wahl eine Zusammenfassung, so dass Trends einfacher identifiziert werden können.

Es gibt eine Option zur “Ansteuerung” der Ergebnisse, d. h., um Daten einzuschließen oder auszuschließen, die in den Zeitbereich rund um die Marker in einem benannten Kanal fallen. Dies bedeutet, dass Sie z. B. alle Daten während der Stimulation ausschließen oder Daten für einen spezifischen Zeitbereich nach Stimulation mit einschließen können.

Dieses Skript erfordert Spike2 v8.12 oder höher.

Schlaf-Staging mithilfe eines maschinellen Lernalgorithmus
autoscore-1.81.s2s (11/21)

ssmla.zip

Dieses Skript generiert Schlafwerte für eine Ratte oder Maus basierend auf einem EEG-Kanal und einem EMG-Kanal von einem Nackenmuskel.

Das Skript unterteilt die Daten in kurze Segmente und ermöglicht es Ihnen, eine Teilmenge dieser Epochen durch visuelle Inspektion als WAKE, NREM, REM oder UNCLEAR zu bewerten. Diese Scores werden in der Datendatei in einem farbkodierten Statuskanal markiert. Sie dienen als „Trainingsdaten“ für einen maschinellen Lernalgorithmus, der die verbleibenden Epochen so klassifiziert, dass sie den Trainingskriterien am besten entsprechen, und die Ergebnisse in einem zweiten farbcodierten Statuskanal zurückgibt.

Anforderungen:

Das Skript benötigt Spike2 v 9.02 oder höher für die volle Funktionalität. Es sollte auch mit Spike2 v8.20 oder höher funktionieren, aber einige kleinere Funktionen werden fehlen.
Um die maschinelle Lernfunktion nutzen zu können, muss eine 64-Bit-Version von Matlab mit signalverarbeitender Toolbox vorhanden und als Automatisierungsserver eingerichtet sein.

Das Skript enthält ein detailliertes Benutzerhandbuch, das Anweisungen zum Einrichten der Kommunikation mit Matlab enthält. Weitere Details zur „Fehlerbehebung bei der Matlab-Verbindung“ ('Troubleshooting the Matlab connection') finden Sie in der Spike2-Online-Hilfe.

Dieses Skript basiert auf Software, die von Henna-Kaisa Wigren und Mitarbeitern des Instituts für Biomedizin in Helsinki beigesteuert wurde.

Daten von einem Compumedics Profusion™ Schlafbewertungssystem importieren
SS andEvts Import.s2s (04/16)

ssevtsimport.zip

Dies ist ein mehrstufiger Prozess.

Sie können die Wellenformdaten im European data format (.edf) exportieren und anschließend die .edf Datei in Spike2 zur weiteren Analyse importieren. Daten zu den Schlafzuständen und das Einsetzen und die Dauer von manuell bewerteten Ereignissen, wie z. B. Augenbewegungen, Atemstillständen usw., werden in einer Ressourcendatei (.xml Format) gespeichert und können nicht direkt von Spike2 gelesen werden.

Konvertieren Sie die .xml Datei in das .txt Format, indem Sie die Profusion™ Ressourcendatei vom Webbrowser-Fenster über die Zwischenablage in einen einfachen Texteditor, wie z. B. Notepad™, kopieren und speichern. Sie können dann die Schlafstufe und die Ereignisinformationen unter Verwendung dieses Skripts von der Textdatei in die Spike2 Datei importieren.

Dieses Skript importiert im CMPPSGSCOREDATA Format gespeicherte Daten.

Es gibt eine Bedienungsanleitung zu den Kommentaren zu Beginn der Skriptdatei.

Dieses Skript erfordert Spike2 v7.17 oder höher.

Daten von einem Compumedics Profusion™ Schlafbewertungssystem 2 importieren
SS -Evts Import 2.s2s (06/16)

ssevtsimport2.zip

Dieses Skript funktioniert auf gleichartige Weise wie das vorherige Skript. Es wird jedoch beabsichtigt, von .xml Dateien erzeugte Textdateien im Compumedics CMPSTUDYCONFIG Format zu importieren.

Es gibt eine Bedienungsanleitung zu den Kommentaren zu Beginn der Skriptdatei.

Dieses Skript basiert auf einem Skript, das von Dwayne Mann, Biomedical Engineering, Universität Queensland, beigetragen wurde. Wenn es funktioniert, können Sie ihm danken; wenn nicht, können Sie mich (GH) dafür verantwortlich machen.

Dieses Skript erfordert Spike2 v7.10 oder höher.

Daten von einem Somnologica™ Schlafbewertungssystem importieren
SS_imp_Somno.s2s (04/16)

ssimpsomno.zip

Dies ist ein mehrstufiger Prozess.

Sie können die Wellenformdaten im European data format (.edf) exportieren und anschließend die .edf Datei in Spike2 zur weiteren Analyse importieren. Daten zu Schlafstufen werden jedoch in einer Ressourcendatei (.xml Format) gespeichert, die nicht direkt von Spike 2 gelesen werden kann.

Konvertieren Sie die .xml Datei in das .txt Format, indem Sie die Somnologica™ Ressourcendatei vom Webbrowser-Fenster über die Zwischenablage in einen einfachen Texteditor, wie z. B. Notepad™, kopieren und speichern. Sie können dann die Schlafstufeninformationen unter Verwendung dieses Skripts von der Textdatei in die Spike2 Datei importieren.

Es gibt eine Bedienungsanleitung zu den Kommentaren zu Beginn der Skriptdatei.

Das Skript wurde mit Spike2 v7.17 und 8.08 getestet.

Schlafstufen aus einer Textdatei importieren
Text-SS_Imp.s2s (06/19)

textssimp.zip

Dieses Skript konvertiert eine Liste von Schlafstufen in eine Textdatei in einem Kanal von farbkodierten Schlafstufen in einer Zeitansicht.

Es ist beabsichtigt mit der Situation umzugehen, in der Wellenformdaten aber keine Schlafstufen aus einem fremden Dateiformat in Spike2 importiert werden. Die zu importierende Textdatei enthält möglicherweise mehrere Spalten für Zeit, spektrale Leistung etc.. Das Skript liest jedoch nur 1 bezeichnete Spalte, die eine Liste an Schlafstufen-Kennzeichnungen wie z.B. W, R, NREM etc. enthält.

Sie müssen jedoch nur die Dauer einer Schlafstufe und die Startzeit der ersten Epoche festlegen. Das Skript setzt voraus, dass alle Epochen in der Tabelle fortlaufend und von derselben Dauer sind.

Dieses Skript erfordert Spike2 v7.17 oder höher.

Schlafspindel / Anfallerfassung
SleepSpindle 04.s2s (03/20) Verbessert!

sleepspindle.zip

Schlafspindeln sind kurze Ausschläge von 12-15Hz-Schwingungen im EEG während des Slow-Wave-Schlafs. Sie ereignen sich bei allen getesteten Säugetieren und sollen in der sensorischen Verarbeitung und der Konsolidierung von Langzeiterinnerungen eine Rolle spielen. Insofern gibt es ein hohes Forschungsinteresse an den Folgen des Lernens, des Gedächtnisabrufs und pharmakologischer Wirkstoffe auf die Häufigkeit von Schlafspindeln.

Schlafspindeln sind relativ klein und einigermaßen variabel und deshalb ist die automatische Erfassung keine triviale Aufgabe.

Dieses Skript erledigt diese Aufgabe versuchsweise, indem es Ausschläge der EEG-Leistung im betreffenden Frequenzbereich, der eine benutzerdefinierte Schwelle übersteigt, erfasst. Diese Ausschläge werden dann geprüft, um Episoden auszuschließen, die kürzer als eine benutzerdefinierte Dauer (gewöhnlich 0,5s) sind oder um Ausschläge, die nahe beieinander liegen, in einem einzigen Ereignis zusammenzufassen.

Es gibt auch Optionen, spindelähnliche Ereignisse, die eine eingestellte Dauer oder einen Schwellenleistungswert überschreiten, auszuschließen.

Die Ergebnisse können auch so aufbereitet werden, dass sie nur spindelähnliche Ereignisse, die sich in einem bestimmten Schlafzustand ereignen, einschließen.

Die Flexibilität beim Einrichten dieser Parameter bedeutet, dass das Skript auch beim Erfassen anderer Merkmale wie Anfälle nützlich sein kann.

Das Skript kann mehrere EEG-Kanäle in einer Zeitansicht verarbeiten. Die erfassten Merkmale werden als farbige Streifen in State(Zustand)-Kanälen gekennzeichnet. Sie können auch die Ergebnisse in einem Tabellenblatt ausdrucken oder die Spindelzählung oder -dauer pro Epoche darstellen.

Dieses Skript erfordert Spike2 v8.16 oder höher.

Mittelwert und mittlere Abweichung
mean_angle.s2s (10/05)

mean_angle.zip

Aufgabe dieses Scripts ist die Berechnung des Mittelwerts und der mittleren Abweichung von einem Satz Winkel (oder anderer Variablen), die per Textdatei eingegeben werden. Zudem wird der Rayleighsche Gleichförmigkeitstest ausgeführt, der überprüft, ob die Verteilung der Winkel maßgeblich von der Gleichförmigkeit abweicht. Der Download umfasst das Script sowie zwei Testdateien.

Aktivität aus Video
Activity from Video.s2s (03/20) Neu!

activity_video.zip

Dieses Skript konvertiert Bewegungen in einem Video, die mit der Spike2-Multimedia-Funktion aufgenommen wurden, in bis zu sechs "Aktivitäts"-Nachverfolgungen in der entsprechenden Zeitansicht und protokolliert Bewegungen in verschiedenen benutzerdefinierten Frame-Bereichen. Das Skript dient zum Protokollieren der Aktivität von Ratten, Mäusen oder Vögeln in benachbarten Käfigen, die von oben mit einer einzigen Webcam aufgezeichnet wurden, während andere physiologische Signale (EEG, EMG usw.) protokolliert werden. Die Aktivitätsnachverfolgung kann als Teil der Eingabe für einen halbautomatischen Schlaf-Staging-Prozess (z.B. OSD4.s2s) verwendet werden.

Das Skript versucht nicht, sich bewegende Objekte zu verfolgen. Es interpretiert einfach Änderungen des Graustufenwerts des jeweiligen Pixels zwischen Frames als bewegungsbedingt, anstatt beispielsweise durch flackernde Lichter bedingt. Obwohl dieser Ansatz vereinfacht und qualitativ ist, sollte er einen angemessenen Bewegungsindikator in relativ homogenen Umgebungen liefern.

Das Skript funktioniert mit AVI- und MP4-Videodateien und benötigt Spike2 v10.02 für die volle Funktionalität. Es sollte mit einigen geringfügigen Einschränkungen in Spike2 Version 9.10 funktionieren

Manche dieser Skripts stammen von Anwendern, und nicht vom CED-Team. Wenn auch Sie ein Skript haben, das Sie anderen Anwendern über diese Seite zugänglich machen möchten, wenden Sie sich an Simon Gray. Wir haben auch einige Skripts für Signal.

Diese Scripts werden als WinZip-Dateien myscript.zip gespeichert außer wenn sie als spike\scripts\myscript.s2s. angezeigt werden. Diese Dateien wurden mit Spike2 installiert, und spike steht für das Verzeichnis, in dem Sie Spike2 installierten. Siehe die Zusammenfassungen durch Klicken auf die Beschreibungszeile (unten). Dann können Sie sie durch Klicken auf den Dateinamen herunterladen; bitte überprüfen Sie die erhaltene Größe.

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‘Brummen’ durch Störungen beim Netzempfang ist oft komplex und setzt sich aus ungeraden Obertönen der Netzfrequenz zusammen. Dadurch wird das Entfernen bzw. Unterdrücken mit einem Hochpassfilter oder einer Netzpasssperre stark erschwert. HumRemoveExpress.s2s ist ein Skript von Spike2 der Version 7, das Sie offline nutzen können, um einen Großteil der restlichen Netzstörungen herauszufiltern. So lassen sich Ihre Daten weit besser darstellen und leichter analysieren. Diese Video-Anleitung zeigt wie man mit dem Skript Brummen aufgrund von Netzstörungen entfernt.

Cambridge Electronic Design Limited

Registriert in England: 00972132

Sitz der Gesellschaft:

  • Cambridge Electronic Design Limited,
  • Technical Centre,
  • 139 Cambridge Road,
  • Milton,
  • Cambridge CB24 6AZ
  • ENGLAND.

VAT: GB 214 2617 96

Herstellerregistrierungsnummer: WEE/BD0050TZ

Verkaufsbedingungen

Für unsere US-Kunden können wir das Steuerformular W-8BEN bereitstellen, mit dem wir als britisches Unternehmen identifiziert werden.

DUNS: 219151016
CAGE/NCAGE: KB797
NAICS: 423490
Warencodes
Hardware: 84716070
Software: 85234945
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per e-mail:

info@ced.co.uk

per Post:
  • Cambridge Electronic Design Limited,
  • Technical Centre,
  • 139 Cambridge Road,
  • Milton,
  • Cambridge CB24 6AZ
  • ENGLAND.
Telefonisch:

(Int.+44) (0)1223 420186

Aus Nordamerika:

1 800 345 7794

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