icEEG.zip

ICA odnosi się do grupy matematycznych metod rozdzielania próbkowanych sygnałów w statystycznie niezależne komponenty. Jest to bardzo użyteczne przy wydobywaniu podstawowych sygnałów z grupy nagrań, gdzie każdy poszczególny kanał zawiera nieznaną mieszankę sygnałów pochodzących z kilku podstawowych generatorów. Na przykład ICA oferuje rozwiązanie klasycznego "problemu z przyjęciem koktajlowym": czy można wydobyć pojedyncze głosy z gwaru konwersacji? ICA może to zrobić pod warunkiem, że dźwięk został nagrany z kilku różnych pozycji przy użyciu wielu mikrofonów.

ICA ma również zastosowanie w rejestracjach sygnałów fizjologicznych, w których do odbioru sygnałów stosuje się wiele elektrod, na przykład elektrodowe zapisy EEG, śródczaszkowe wieloelektrodowe zapisów EEG, powierzchniowe zapisy EMG lub rejestracje macierzami elektrodowymi w hodowli tkankowej. Co ważne, metoda ta może również oddzielać szum sieciowy i źródła zakłóceń elektrycznych od sygnałów pochodzenia fizjologicznego.

Cena, jaką płacisz za doskonałe rozdzielenie źródła sygnału, to utrata informacji o amplitudzie - wyniki są normalizowane. Jeśli jednak to ograniczenie jest dla Ciebie akceptowalne, ICA może być bardzo potężną, wartą zgłębienia formą analizy.

Pakiet obejmuje:

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji 9.

integrate01.zip

Zewnątrzkomórkowa aktywność multi-unit z nerwów obwodowych może być trudna do analizy ilościowej. Poszczególne spajki mogą nie być identyfikowalne ze względu na zbyt niski stosunek sygnału do szumu lub zbyt dużą liczbę, jednocześnie pojawiających się spajków. W takich przypadkach pomocne może być poddanie sygnału rektyfikacji i integracji w krótkim przedziale czasowym. W ten sposób aktywność zespołu komórek zostanie przetworzona do poziomu, który może odzwierciedlać zmieniające się odpowiedzi na bodziec. Ten skrypt działa zarówno on-, jak i off-line, na maksymalnie 4, próbkowanych w tym samym tempie, kanałach. Wprowadzając drobne zmiany w skrypcie, można zwiększyć liczbę przetwarzanych on-line kanałów

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji v7.17 lub wyższej.

medianvw.zip

Skrypt oblicza "medianę" wybranej krzywej pomiędzy dwoma kursorami, a wyniki podaje w tabeli umieszczanej w logu. Mediana jest środkowym punktem zakresu danych, tzn. połowa punktów danych ma niższe wartości, a połowa - wyższe wartości. Ten pomiar nie jest obecnie dostępny z poziomu okna dialogowego Cursor Regions.

Należy zauważyć, że obliczenie mediany może zająć dużą ilość czasu, gdy liczba punktów danych w wybranym zakresie jest duża.

Na 1 stronie skryptu znajduje się podręcznik użytkownika.

Ten skrypt wymaga Spike2 v7.20 lub wyższej.

GrandAverage.zip

Ten skrypt służy do tworzenia zbiorczych średnich z wielu wyników, tj. PSTH, histogramów interwałów, średnich przebiegów i widm mocy. Zarówno widok źródłowy, jak i docelowy może zawierać wiele kanałów. Dostępne są opcje przetwarzania ręcznego i przetwarzania wsadowego:

• Przetwarzanie wsadowe pozwala utworzyć zbiorczą średnią ze wszystkich wyników w folderze. Możesz dodać każdy kanał w plikach źródłowych do kanału o odpowiednim numerze w zbiorczej średniej. Alternatywnie możesz dodać wszystkie kanały w plikach źródłowych do wyznaczonego, pojedynczego kanału w zbiorczej średniej.
• Tryb ręczny: Tutaj możesz krok po kroku wybrać, który kanał w źródle chcesz dodać do którego kanału w docelowej zbiorczej średniej.

Każdy kanał w wielokanałowym widoku ze zbiorczymi średnimi ma swój własny licznik zawarty w komentarzu do kanału.

Podręcznik użytkownika znajduje się na stronach 1-3 w pliku skryptu.

Ten skrypt wymaga Spike2 v7.11 lub wyższej.

CrossChanCorrelation.zip

Ten skrypt tworzy liczne histogramy korelacji spajków dla wszystkich kombinacji spajków w danym kanale, które posiadają matrycę. Aktualnie pozwala on na 8 matryc spajków na kanał (w tym kod 0) podczas korelowania pomiędzy kanałami w pliku.

Skrypt jest kontrolowany z paska narzędzi, w którym użytkownik może otworzyć plik danych do analizy i kontrolować parametry korelacji, jak również ilość okien z wynikami wyświetlanymi jednocześnie. Odpowiedni plik przykładowy, Extracellular spikes.smr, znajduje się w folderze Data katalogu twojego Spike2.

Ten skrypt wymaga Spike2 v7.20 lub wyższej.

FeatureDetect.zip

Ten skrypt pozwala na interaktywne importowanie pików, miejscowych minimów lub przekroczeń progu w oparciu o wartość amplitudy definiowanej za pomocą pary horyzontalnych kursorów albo pojedynczego horyzontalnego kursora w przypadku przekroczenia progu.

Ten skrypt wykorzystuje procedurę bezczynności, która automatycznie uaktualnia kanał pamięciowy zawierający znaczniki zdarzeń, jeżeli użytkownik zmieni poziomy amplitud lub progów. Odpowiedni plik przykładowy, Blood pressure waveform.smr, znajduje się w folderze Data katalogu twojego Spike2.

Ten skrypt wymaga Spike2 v4.24 lub wyższej.

WMeasure.zip

Ten skrypt automatyzuje proces dokonywania pomiarów w licznych Obszarach Kursorów. Po prostu podaje się kanał źródłowy, typ pomiaru do wykonania oraz przedział czasu, w którym pomiary mają być wykonane. Na przykład można ustawić wykonywanie uśredniania krzywej w 30s binach. Wyniki mogą być wykreślone, jako RealMarka albo tabela w logu. Jako dalsze ulepszenie można ustawić kanał State i kody znaczników, aby bramkować analizę tylko do interesujących przedziałów czasu.

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji 6.06 lub wyższej.

GaborFitDemo.zip

Funkcja Gabora to sinusoida stłumiona funkcją Gaussa.

Ten skrypt pozwala dopasować funkcję Gabora do fizjologicznych danych. Przykładowym zastosowaniem może być wykrywanie oscylacyjnej aktywności neuronalnej w auto-korelogramach, np. Young i wsp. (1992). Skrypt generuje również dane testowe, które pozwolą Ci zapoznać się z procedurą dopasowywania.

Możesz również wykorzystać ten skrypt jako matrycę do dopasowywania innych funkcji za pomocą nieliniowej regresji, używając funkcji skryptowej FitNLUser().

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji v6.06 lub wyższej.

REFERENCJE
Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

RespRelease.zip

To archiwum zawiera skrypty, które pozwolą Ci na:

• Skalibrowanie pneumotachograph’u, rodzaju przepływomierza powszechnie używanego do rejestracji oddychania.
• Konwersję online wyjścia pneumotach na BTPS flow oraz BTPS volume.
• Analizę danych oddechowych.

Skrypt analizy respiracji pozwala Ci na:

• Odjęcie dryfu od zapisów objętości i przepływu.
• Mierzenie manewrów inspired capacity (IC) oraz forced vital capacity (FVC).
• Dokonywanie, oddech za oddechem, analizy wielu parametrów respiracji.
• Wykreślanie Flow-Volume loops.
• Wykreśl złożoną pętlę maksimum przepływ-objętość za pomocą skryptu: Loop Env.s2s
• Wykreśl i stabelaryzuj współczynnik nachylenia pętli Szczytowego Wydechowego Przepływu-Objętości
• Badanie ograniczeń przepływu podczas wysiłku, poprzez wykonywanie porównawczych pomiarów F-V loops.
• Wykreślanie Volume-Pressure loops.
• Pomiar elastycznych i oporowych składników wysiłku oddechowego.

Te skrypty wymagają Spike2 w wersji 8.09 lub wyższej.

To są wersje beta. Zgłoś błędy, prześlij sugestie i pomysły na dalsze rozwijanie oprogramowania na adres geoff@ced.co.uk

lvpanalysis.zip

W tym skrypcie Spike2 używamy fizjologicznych sygnałów ciśnienia lewej komory i tchawicy, uzyskanych jednocześnie przez cewnikowanie, w celu określenia interakcji między hemodynamiką serca a funkcją oddechową. Miary funkcji skurczowej i rozkurczowej są obliczane i rozdzielane na wdechową, wczesną fazę oddechową i późną fazę wydechową, aby scharakteryzować wpływ każdej fazy oddechowej na parametry funkcji lewej komory.

Ten skrypt wymaga Spike2 v10.01 lub wyższej.

hrbp.zip

Ta rodzina skryptów i konfiguracji próbkowania Spike2 v7 pozwala prowadzić długotrwałe zapisy ciśnienia krwi, tempa pracy serca i aktywności układu sympatycznego oraz analizować odruchy baroreceptorowe i zmienność bicia serca. Skrypty te można zastosować do wielu zwierząt laboratoryjnych i, jeżeli stosuje się system telemetryczny, pozwalają one na rejestrację z 8 zwierząt jednocześnie.

HRBP8b.s2s wydobywa z każdego zapisu ciśnienia krwi, skurczowe, rozkurczowe i średnie ciśnienie krwi oraz tempo pracy serca i oddychania. Dane z 8 zwierząt mogą być analizowane on- i off-line. Wyniki są zapisywane w sposób ciągły lub według grafika zdefiniowanego przez użytkownika, np. 10 minut na każdą godzinę. Dane mogą być automatycznie zapisywane do nowego pliku w regularnych odstępach (np. co 24 godziny), by uzyskać praktycznie ciągły zapis z dni lub tygodni.

MergeFiles.s2s /SplitFiles.s2s Te narzędziowe skrypty pozwalają połączyć automatycznie zapisywane pliki danych przed dalszą ich analizą oraz podzielić dane z różnych zwierząt do osobnych plików.

sBRG.s2s Ten skrypt offline oblicza czułość odruchu baroreceptorowego w oparciu o spontaniczne fluktuacje ciśnienia krwi.

SigFit.s2s Dopasowuje sigmoidy (4 i 5 parametrowe) do danych zawierających tempo pracy serca i ciśnienie krwi uzyskane w toku eksperymentów prowadzonych w stałych stanach.

HRV1.s2s Wykonuje analizę domen częstotliwości zmienności tempa pracy serca.

Poincaré s2s Wykonuje nieliniową analizę zmienności tempa pracy serca.

HRBPtable.s2s Generuje tabele wyników dogodne do dalszej analizy w arkuszach kalkulacyjnych.

Baro5.s2s Jest to biblioteka funkcji skryptowych wymagana przez skrypt SigFit.

Ta grupa skryptów wymaga Spike2 w wersji v7.12 lub wyższej.

hr_rrecg.zip

Ten skrypt offline generuje kanał częstotliwości rytmu serca (bpm) oraz kanał interwału RR (ms) na podstawie kanału EKG w bieżącym podglądzie czasu. Istnieje również opcja tworzenia tabeli częstotliwości rytmu serca i interwałów RR uderzenie po uderzeniu, wraz z markerami klawiatury i TextMarks (często używanymi do określenia czasu i szczegółów eksperymentalnych zabiegów). Skrypt zawiera krótki przewodnik użytkownika, który pojawia się po kliknięciu przycisku na pasku narzędzi.

Skrypt wymaga najnowszej wersji 8, v.9 lub v.10.

hr_bp.zip

Ten skrypt pozwala Ci na:

Utworzenie w swoim pliku danych dodatkowych kanałów na podstawie wykresu ciśnienia krwi. Dostępne dodatkowe kanały to: częstość akcji serca, odstęp między uderzeniami, ciśnienie rozkurczowe, ciśnienie skurczowe i puls.

Przetwarzanie pojedynczego zapisu ciśnienia krwi online lub wiele zapisów ciśnienia krwi offline.

Symulowanie nagrywania online, poprzez odtwarzanie za pomocą przycisku REPLAY, istniejącego podglądu czasu.

Wyświetlanie tabeli „aktualnych” statystyk ciśnienia krwi, która aktualizuje się co sekundę w trybie online lub podczas REPLAY.

Wygenerowanie w podglądzie siatki, tabeli czasów uderzeń i amplitud dla każdego kanału pochodnego. Istnieje również opcja dołączenia notatek eksperymentatora oraz informacji o czasie bodźca zapisanych w kanałach Keyboard i TextMark. Tabelę tę można zapisać lub wkleić do arkusza kalkulacyjnego w celu dalszej analizy.

Ten skrypt wymaga wersji 8.20 lub nowszej.

hrv.zip

Skrypt HRV_10 przeprowadza analizę w domenie częstotliwości interwału tętna (PI; z ang. pulse interval), a także zmienność skurczowego i rozkurczowego ciśnienia krwi.

Długie nagrania są dzielone na zdefiniowane przez użytkownika fragmenty z osobnymi widmami mocy dla każdego przedziału czasowego. Przebiegi HRV, przed wygenerowaniem wielokanałowego podglądu widma mocy, można edytować w celu usunięcia artefaktów.

Widma są dzielone na zdefiniowane przez użytkownika pasma VLF, LF i HF, a poziomy są zapisywane w źródłowym pliku danych i zestawione w arkuszu kalkulacyjnym.

Drugi skrypt HRV10 revu.s2s zapewnia wygodną metodę przeglądania istniejących plików danych.

Oba skrypty wymagają programu Spike2 v9.17 lub nowszego.

amphist.zip

Ten skrypt generuje histogram rozkładu amplitudy w kanale Waveform, Realwave lub Wavemark. Możliwy jest wybór kanału, zakresu czasu, zakresu amplitud i wielkości binów przy pomocy kombinacji ustawień kursorów i wpisów w oknach dialogowych. Wyniki mogą być wyświetlane w różnych formach, w tym pod postacią punktów, czasu i procent czasu w każdym binie. Przewodnik użytkownika jest zawarty w komentarzu znajdującym się w nagłówku skryptu.

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji 6.04 lub wyższej. Wykorzystuje on również funkcje zawarte w pliku skryptowym GHutils.s2s (znajduje się on w plikach do pobrania). Plik ten musi znajdować się w folderze o nazwie include, zlokalizowanym wewnątrz katalogu zawierającego Spike2.

SeparateTraces.zip

Ten skrypt weźmie wybrany kanał o wielu przebiegach danych WaveMark i utworzy w pliku danych dodatkowe kanały pamięciowe, z których każdy będzie zawierał pojedynczy przebieg kanału źródłowego. Użytkownik wybiera kanał i jego typ (stereotroda albo tetroda) w oknie dialogowym pojawiającym sie gdy skrypt zostanie uruchomiony. Odpowiedni plik przykładowy, Tetrode data.smr, znajduje się w pliku .Zip.

Ten skrypt wymaga Spike2 v5.21 lub wyższej.

surprise.zip

Skrypt ten wykrywa grupy zdarzeń w stosunku do zdarzeń o bardziej przypadkowym charakterze.

levelind.zip

W wielu aplikacjach duże znaczenie odgrywa znajomość taktowania i czasu trwania okresów, kiedy sygnał kanału analogowego przekraczał górną wartość graniczną określoną przez użytkownika, spadł poniżej dolnej wartości granicznej lub znajdował się pomiędzy tymi dwoma poziomami. Skrypt stanowi wygodny sposób wyświetlania i analizy liczby i czasu trwania poziomu wysokiego, pośredniego i niskiego stanu.

Skrypt ten pozwala na:

• Ustawienie poziomu górnej i dolnej wartości granicznej wybranego kanału analogowego.
• Utworzenie kanału wskaźnika poziomu w pliku danych z odstępami powyżej, poniżej i pomiędzy poziomami granicznymi wyznaczonymi przez kolorowe słupki.
• Wybór odpowiedniego kodu koloru dla stanu wysokiego, średniego i niskiego, na przykład czerwonego/bursztynowego/zielonego lub zielonego/bursztynowego /czerwonego w zależności od tego, czy wysoki lub niski poziom oznacza „optymalny" lub "preferowany" zakres.
• Rysowanie indywidualnego stanu lub wszystkich trzech stanów jako funkcji czasu.
• Wyświetlanie czasu trwania każdego stanu jako wykresu słupkowego.
• Generowanie raportu nadającego się do analizy przy zastosowaniu arkusza kalkulacyjnego.
• Wykorzystuje typowe funkcje obsługi i analizy danych programu Spike2 w trakcie wykonywania skryptu.

Wymagane oprogramowanie:

Do funkcjonowania tego skryptu potrzebny jest program Spike 2 w wersji 5.09 lub wyższej.

qpsth.zip

Skrypt rejestruje sygnały wyzwalające i reakcje. Tworzy widok wyniku PSTH oraz dokonuje syntezy, tworząc łączny obraz. Proces ten jest przeprowadzany w czasie rzeczywistym, w miarę pobierania danych. Definiowane są dwa kanały kanał sygnału wyzwalającego i kanał zdarzeń reakcji.

IF_distr.zip

Ten skrypt tworzy histogram rozkładu chwilowych częstotliwości zdarzeń, Markerów, RealMarków lub WaveMarków w widoku czasu Spike2. Może to być przydatne do wykreślania rozkładów częstotliwości ciągów impulsów nerwowych w odpowiedzi na różne warunki eksperymentalne.

Skrypt wymaga Spike2 w wersji 8.03 lub nowszej.

RatSleepAuto.zip

Skrypt przypisuje klasyfikację snu (Wake, NREM, REM i Doubt) w oparciu o hipokampalne EEG i karkowy EMG. Wykorzystuje metodę Costa-Miserachs et al. (2003). Skrypt zawiera krótki poradnik użytkownika, który powinien być przeczytany w połączeniu z oryginalnym artykułem. Plik zip zawiera plik danych, który pokazuje typowe wyniki i może służyć do testowania skryptu.

Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet. J.Neurosci Methods 130:93-101

Skrypt wymaga Spike2 w wersji 8.03 lub nowszej.

osd4.zip

Skrypt jest przeznaczony do klasyfikacji on-line faz snu u szczurów, myszy lub kurcząt. Sen jest dzielony na okresy WAKE, NREM i REM w oparciu o zapis jednego kanału EEG i jednego kanału EMG dla każdego zwierzęcia. Skrypt może generować zdefiniowane przez użytkownika wzorce pulsów, gdy zostanie wykryta określona faza snu (np. REM). Pulsy te nadają się na przykład do kontrolowania lasera podczas eksperymentów optogenetycznych.

Skrypt jest również wygodnym narzędziem do prostszych zastosowań, takich jak klasyfikacja off-line faz snu lub wykreślanie mocy widma EEG w 4 pasmach częstotliwości.

Rejestracja więcej niż 2 zwierząt jednocześnie wymaga rozdzielacza (CED 2805 DIO-8) lub wykonanego samodzielnie specjalnego kabla pozwalającego połączyć się z cyfrowymi wejściami i wyjściami na tylnym panelu interfejsu 1401.

Skrypt wymaga Spike2 w wersji 8.08 lub nowszej.

sleepscore 706.zip

Skrypt ten pozwala na wykonywanie następujących zadań:

• Podziel podgląd czasu Spike2 na okresy o określonej długości..
• Przejrzyj dane i przypisz okresy do faz snu (lub innych zdefiniowanych przez użytkownika kategorii)..
• Zaznacz zdefiniowane przez użytkownika zdarzenia, takie jak bezdechy i wzbudzenia..
• Epochs i Events są pokazywane jako stany w kanale TextMark, a różne fazy i zdarzenia są reprezentowane przez kod kolorów..
• Zaznaczaj Events i fazy snu pod kontrolą myszki, używając metody przesuń i upuść..
• Optionally display trend plots of EEG spectral power in user-defined bands and Theta: Delta ratio.
• Możesz wyświetlić pasmowe widmo EEG wybranego okresu..
• Możesz wyświetlić hipnogram, w którym każda faza snu jest reprezentowana przez poziom..
• Generuj raport nadający się do dalszej analizy w arkuszu kalkulacyjnym.

Wymagane oprogramowanie:

Do funkcjonowania tego skryptu potrzebny jest program Spike 2 w wersji 8.03 lub wyższej.

PiBrept.zip

Skrypt ten działa na plikach danych, które zawierają jeden lub więcej kanałów EEG i kanał znaczników fazy snu (kanał stanu z fazami zaznaczonymi słupkami o różnych kolorach).

Można tworzyć wiele kanałów spektralnych EEG, pokazujących moc EEG w danym zakresie, częstotliwość dominującą lub krawędź widma. Następnie skrypt generuje tabelę wyników pokazującą charakterystykę widmową każdego kolejnego epizodu, zdefiniowanych przez użytkownika faz snu (na przykład NREM) podczas długotrwałego zapisu. Pozwala to na ilościowe określenie zachodzących w czasie zmian charakterystyki widmowej i efektów stymulacji optogenetycznej lub innej. Tabela generuje podsumowanie co godzinę lub co ustalony przedział czasowy, dzięki czemu można łatwiej zaobserwować trendy.

Istnieje opcja "bramkowania" wyników, to jest uwzględniania lub wykluczania danych, które mieszczą się w przedziale czasowym wokół znaczników we wskazanym kanale. Oznacza to, że możesz na przykład wykluczyć wszystkie dane podczas stymulacji lub włączyć dane dla określonego zakresu czasu po stymulacji.

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji 8.12 lub wyższej.

ssmla.zip

Ten skrypt generuje klasyfikację faz snu dla szczura lub myszy na podstawie jednego kanału EEG i jednego kanału EMG z mięśnia szyi.

Skrypt dzieli dane na krótkie segmenty i pozwala ocenić podzbiór tych epizodów za pomocą wizualnej inspekcji, jako WAKE, NREM, REM lub UNCLEAR. Wyniki te są zakodowane kolorem w pliku danych w kanale State. Służą one jako 'zestaw uczący' dla algorytmu uczenia maszynowego, który następnie klasyfikuje pozostałe epizody, tak by najlepiej dopasować je do kryteriów uczenia i zwraca wyniki zakodowane kolorem w drugim kanale State.

Skrypt, dla pełnej funkcjonalności, wymaga Spike2 w wersji 10.04 lub nowszej.
Aby korzystać z funkcji uczenia maszynowego, musi być obecna, skonfigurowana jako serwer automatyzacji 64-bitowa wersja Matlaba z toolboxem Signal Processing.

Skrypt zawiera szczegółową instrukcję obsługi, która zawiera instrukcje dotyczące konfiguracji komunikacji z Matlabem. Dalsze szczegóły dotyczące ‘Troubleshooting the Matlab connection’ są dostępne w pomocy online Spike2.

Ten skrypt jest oparty na oprogramowaniu dostarczonym przez Henna-Kaisa Wigren i współpracowników z Instytutu Biomedycyny w Helsinkach.

ssevtsimport.zip

Jest to wieloetapowy proces.

Możesz wyeksportować dane falowe jako European data format (.edf), a następnie importować plik .edf do Spike2, by je dalej analizować. Dane dotyczące faz snu oraz początku i czasu trwania ręcznie klasyfikowanych zdarzeń – ruchów oczu, bezdechów itp., są jednak zapisywane do pliku zasobów (format .xml), którego nie można wczytać bezpośrednio do Spike2.

Konwertuj plik .xml do formatu .txt kopiując, przez Clipboard, plik zasobów Profusion™ z okna przeglądarki sieciowej do prostego edytora tekstu takiego, jak Notepad™, a następnie zapisz go. Teraz, przy pomocy tego skryptu, możesz importować fazy snu i informacje o zdarzeniach z pliku testowego do odpowiedniego pliku danych Spike2.

Ten skrypt importuje dane zapisane w formacie CMPPSGSCOREDATA.

Instrukcja użytkownika jest zawarta w komentarzach na początku pliku skryptu.

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji 7.17 lub wyższej.

ssevtsimport2.zip

Ten skrypt działa podobnie do poprzedniego. Jest on jednak przewidziany do importowania plików tekstowych utworzonych z plików .xml w formacie Compumedics CMPSTUDYCONFIG.

W komentarzach, na początku skryptu, znajduje się podręcznik użytkownika.

Skrypt ten jest oparty na skrypcie stworzonym przez Dwayne’a Mann’a z Departamentu Inżynierii Biomedycznej, Uniwersytetu w Queensland (Australia). Jeżeli skrypt będzie u Ciebie działał to jest to zasługa Dwayne’a, a jeśli nie zadziała to proszę winić mnie (GH).

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji v7.10 lub wyższej.

ssimpsomno.zip

Jest to wieloetapowy proces.

Możesz wyeksportować dane falowe jako European data format (.edf), a następnie importować plik .edf do Spike2, by je dalej analizować. Dane dotyczące faz snu są jednak zapisywane do pliku zasobów (format .xml), którego nie można wczytać bezpośrednio do Spike2.

Konwertuj plik .xml do formatu .txt kopiując, przez Clipboard, plik zasobów Somnologica™ z okna przeglądarki sieciowej do prostego edytora tekstu takiego, jak Notepad™, a następnie zapisz go. Teraz, przy pomocy tego skryptu, możesz importować fazy snu i informacje o zdarzeniach z pliku testowego do odpowiedniego pliku danych Spike2.

Instrukcja użytkownika jest zawarta w komentarzach na początku pliku skryptu.

Ten skrypt był testowany na Spike2 w wersji 7.17 i 8.08.

textssimp.zip

Ten skrypt konwertuje listę faz snu zawartą w pliku tekstowym na kanał faz snu oznaczonych kolorem.

Jest przeznaczony do radzenia sobie z sytuacją, w której sygnał ciągły, ale nie fazy snu mogą być importowane do Spike2 z obcego formatu danych. Plik tekstowy do zaimportowania może zawierać wiele kolumn czasów, mocy spektralnych itp. Jednak skrypt odczytuje tylko 1 określoną kolumnę, która zawiera listę etykiet faz snu, takich jak W, R, NREM itp.

Musisz tylko określić czas trwania okresu snu i czas rozpoczęcia pierwszej epoki. Skrypt zakłada, że wszystkie epoki w tabeli są ciągłe i mają taki sam czas trwania.

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji v7.17 lub wyższej.

hypnoch.zip

Skrypty do klasyfikacji faz snu w programie Spike2 oznaczają fazy snu jako kanał 'state' kodowany kolorem. Ten skrypt offline pozwala na utworzenie kanału hypnogramu na podstawie kanału faz snu. Tutaj fazy snu są reprezentowane różnymi poziomami w wykresie horyzontalnym. Skrypt tworzy skrót klawiszowy na Script Bar dla szybkiego dostępu i posiada instrukcję użytkownika, która jest wyświetlana po naciśnięciu przycisku Help w oknie dialogowym Setup. Możesz wybrać, które poziomy odpowiadają każdemu ze stanów snu w zakresie od -1 do 9.

Skrypt wymaga Spike2 w wersji 8.25 lub wyższej.

sleepspindle.zip

Ten skrypt jest przeznaczony do wykrywania zdarzeń, takich jak napady padaczkowe lub wrzeciona senne w zapisach EEG. Zdarzenia te mogą być niewielkie i zmienne, dlatego ich wykrywanie nie jest trywialnym zadaniem. Ten skrypt próbuje tego dokonać wykorzystując wieloetapową strategię.

1. Bursts of EEG activity within a user-defined spectral band above a user-defined threshold power are marked with coloured bars in a 'state' channel. Bursts in the range 12-15 Hz are characteristic of sleep spindles but you can choose the frequency band that best suits your data. You can exclude events that are too short or too long and amalgamate events that are close together.
2. Manual editing. The script provides tools for you to navigate the data file, deleting spindle candidates that fail the ‘eyeball test’, add events that were missed and amalgamate events that belong together. The waveform of candidate sleep spindles is highlighted during editing (red trace) to make visual assessment easier.
3. During editing, there are also an options to display the power spectrum of the current sleep spindle and to subdivide the detected events into up to 8 sub-types, each with a different marker colour and code. Sub-types can be assigned manually or automatically based on spectral power in the spindle band or spindle duration.
4. The data file can be subdivided into epochs and you can plot and/or tabulate spindle counts per epoch and spindle durations for each sub-type.
5. The script includes a user guide that displays when you click on a toolbar button.

Zdarzenia są oznaczane jako kolorowe paski w źródłowym pliku danych, a wyniki można zestawić w arkuszu kalkulacyjnym i wykreślić jako liczbę zdarzeń i czas trwania zdarzenia na epokę.

Wymagania: Spike2 v8.24 lub nowszy. Biblioteka ug.s2s. Skopiuj ten plik do folderu include w Documents/SpikeN lub trzymaj go w tym samym folderze co główny skrypt.

OKR 03.zip

The optokinetic response (OKR) of larval zebrafish constitutes a potentially useful model for the study of neurological diseases affecting vertebrate oculomotor function. OKR can be measured via a video system e.g. Scheetz et al 2018 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5708171/ ) and the results can be imported into Spike2 for further analysis with this script. The script may also prove useful for measuring OKR of other species recorded using alternative methods and sampled directly using Spike2 and a 1401 interface.

The script measures 6 aspects of the response to a visual grating moving at a range of angular velocities. They are: amplitude and slope of the fast and slow phases of saccades, frequency of saccades and reflex gain. The measurements are plotted in the source data file and can be tabulated in spreadsheet format.

The script has a detailed user guide and we provide an example data file and example results so you can familiarise yourself with script operation.

Skrypt wymaga Spike2 w wersji 10.21 lub wyższej.