uBatchImport.zip

Vous pouvez importer de nombreux formats de données étrangers dans Spike2. Les fichiers individuels peuvent être importés de manière interactive via la fonction Import du menu File de Spike2. Cela peut cependant devenir fastidieux si vous avez beaucoup de fichiers du même type à importer. Ce script vous permettra d'importer tous les fichiers d'un type défini par l'utilisateur vers un dossier spécifié. Certaines restrictions s'appliquent cependant. Certains formats ne peuvent pas, par exemple, être importés avec la version 32 bits de Spike2. Veuillez vous reporter à l'aide en ligne, section "Importation de fichiers de données étrangers" ("import foreign data file"), pour plus d'informations.

Ce script nécessite Spike2 v8.04 ou version ultérieure.

Amélioration :

• L'importateur DSI fonctionne désormais correctement
• ADI LabChart
• Lab streaming layer (*.xdf)
• L’importateur TDT a été mis à jour.
• Les importateurs Ponemah et Xltek -Neuroworks ont été ajoutés. (utilisateurs de Spike2 8.08 et versions supérieures).

HumRemExpress.zip

Ce script est un script de suppression de bourdonnement optimisé qui peut être utilisé lorsque vous avez enregistré un canal d'événement de marqueur fiable en utilisant le Générateur d'impulsions secteur ou un appareil similaire. Voir une video de demonstration.

Si vous devez dériver un marqueur de bourdonnement à partir d'un canal de forme d'onde affecté par un bourdonnement, utilisez le script d'origine Elimination du bruit d'alimentation

Ce script nécessite Spike2 v7.20 ou version ultérieure.

HumRemove.zip

Ce script est conçu pour améliorer le rapport signal/bruit des enregistrements physiologiques en supprimant les interférences liées à l’alimentation secteur. Cela est réalisé, non pas en filtrant, mais en soustrayant une estimation de l’interférence secteur des données brutes et en sauvegardant les résultats dans un nouveau canal.

Ce script nécessite Spike2 v 7.20 ou version ultérieure.

Les formes d’onde doivent être enregistrées avec une fréquence d’échantillonnage d’au moins 500 Hz et de préférence de 5 kHz ou plus. Pour des résultats optimaux, enregistrez un canal de forme d’onde dédié montrant clairement l’oscillation continue de la fréquence secteur, en plus de vos canaux de données. Cela pourra être tout simplement lié aux effets de l’alimentation secteur sur un câble non blindé. Le script peut utiliser ce signal pour générer un canal d’événement de marques temporelles au début de chaque cycle secteur. Ces marques temporelles sont ensuite utilisées pour calculer le signal d’interférence secteur à soustraire à chaque forme d’onde pour la nettoyer.

Reportez-vous à la fiche technique Hum Remove.pdf (incluse dans le fichier HumRemove.zip) pour plus de détails.

batch400.zip

Les vues temporelles de Spike2 peuvent comporter jusqu'à 400 canaux et avoir une taille allant jusqu'à 2 Go. Par défaut, une configuration d'échantillonnage génère 32 canaux. Cela ne sera toutefois pas toujours suffisant si l'analyse de vos données nécessite un grand nombre de canaux supplémentaires.

Ce script vous permet de convertir par lots tous les fichiers .smr se trouvant dans un dossier sélectionné au format big file 400 canaux, de manière à ce que vous ne soyez pas à court de canaux libres en cours d'analyse. Il permet également de porter la taille de votre fichier au-delà de la limite de 2 Go. Attention : bien que ce script ait fait l'objet de tests approfondis, il n'est assorti d'aucune garantie. Vous êtes donc vivement encouragé à sauvegarder vos données avant de l'exécuter !

AddTmk.zip

Ce script vous permet d'ajouter hors-ligne des annotations TextMarks à une vue temporelle. Vous pouvez l'utiliser pour ajouter ou supprimer des TextMarks dans un canal existant basé sur disque ou pour créer un nouveau canal TextMark. Le script crée un raccourci clavier nommé Add Tmk sur la barre de script. Cliquez sur ce bouton ou utilisez le raccourci clavier Alt+T pour exécuter le script. Le dialogue de script principal comporte un bouton Help. Cliquez dessus pour afficher le guide d'utilisation du script.

Ce script nécessite Spike2 v6.18 ou version ultérieure.

MarkState.zip

Ce script vous permet de créer un canal State dans une vue temporelle et de l'utiliser pour marquer des plages de temps significatives dans vos données, au moyen de barres de couleur et étiquetées. Ces barres peuvent être ajoutées automatiquement pour marquer des épisodes lorsqu’un canal de forme d'onde passe au dessus (ou en dessous) d’un seuil défini par l'utilisateur. Vous pouvez également marquer des plages de temps manuellement en cliquant et en faisant glisser la souris.

Vous pouvez utiliser jusqu'à 6 couleurs et étiquettes différentes par canal State pour marquer différents types d'événement. Le script peut générer un rapport succinct sur les temps de réaction et les durées des différents états, ainsi que sur l'ordre dans lequel ils se sont produits.

Testé avec Spike2 v 7.18 et 8.10

TimeShiftEvents.zip

Ce script peut être utilisé pour copier des temps d'événement ou de marqueur depuis un fichier de données sélectionné vers un nouveau canal permanent, cela dans n'importe quel fichier de données ouvert. Le script génère deux curseurs permettant de sélectionner la plage de données à copier et vous pouvez appliquer un décalage temporel optionnel en définissant le temps de départ pour les données dans le nouveau canal. Un fichier de données, Demo.smr, est inclus en exemple dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

AddEvents.zip

Ce script permet à l'utilisateur de définir une plage temporelle et une fréquence de stimulation pour l'ajout d'événements au sein d'un nouveau canal dans un fichier de données, cela à l'intervalle et sur la plage de temps ayant été spécifiés. Le script permet également d'ajouter des trains d'événements multiples au sein du même canal.

Ce script pourra également servir à créer des trains d'impulsion avec une fréquence spécifique en sortie. Une fois les événements créés en tant que canal d'événement dans le fichier de données, vous pourriez ensuite les charger dans le séquenceur de sortie au moyen du script PlaySpikeTimes.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

StimNumber.zip

TCe script peut être utilisé pour assigner un numéro d'identification à des événements de stimulus, formes de pointe ou marqueurs. Le script crée un nouveau canal de mémoire TextMark contenant des chaînes de texte commençant à 1 pour le temps du premier événement dans l'intervalle considéré. Un fichier de données, Demo.smr, est inclus en exemple dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

Marking.zip

Ce script vous permet d’annoter des données physiologiques ayant été enregistrées avec une vidéo (généralement d’un comportement animal) créée avec s2video. Vous pouvez repasser la vidéo et les données Spike2 à la vitesse souhaitée et marquer les comportements significatifs dans le fichier de données à partir de votre clavier. Le script crée deux canaux pour l’enregistrement de différentes catégories de comportement : States (États) et Events (Événements).

Les états sont marqués par des barres horizontales à codes couleur, qui commencent lorsque vous appuyez sur la touche correspondante et qui continuent jusqu’à ce que vous appuyiez sur la barre d’espace ou que vous lanciez un autre état.

Le canal Event enregistre simplement la survenance de comportements brefs à l’aide de marques de texte à codes couleur. Les états et les événements sont également marqués dans des graphiques de type « skyline » où chaque type de comportement est représenté par un niveau différent (par analogie avec les hypnogrammes souvent utilisés dans les études sur le sommeil). Le canal « level » pour les événements présente les déviations courtes d’une durée standard (0,2 s).

Vous pouvez spécifier jusqu’à 26 comportements (un pour chaque lettre de l’alphabet) ainsi qu’une étiquette pour chacun d’entre eux (jusqu’à 80 caractères). Les étiquettes s’affichent dans les marqueurs State ou lorsque vous pointez un marqueur Event avec la souris.

Le script offre des outils d’édition vous permettant de corriger les erreurs dans les canaux d’éthogramme et de générer un tableau de synthèse résumant les résultats.

Vous pouvez consulter et imprimer un guide de l’utilisateur en cliquant sur un bouton de la barre d’outils du script.

Requirements: Spike2 v 8.25 or higher, and the library ug.s2s.

ChanReName.zip

Certains scripts Spike2, s’agissant généralement de ceux qui traitent plusieurs ensembles de données stockés dans un seul fichier, exigent que les titres de canal correspondent à un schéma de dénomination spécifique afin que le script puisse reconnaître les canaux à traiter. Ainsi par exemple, les scripts qui traitent les traces de pression artérielle systolique de plusieurs animaux pourront nécessiter des titres de canal de pression artérielle SBP : de 1 jusqu’à SBP : n

Ce script offre un moyen rapide de renommer plusieurs canaux pour répondre aux exigences d’un script d’analyse et de restaurer par la suite les titres originaux des canaux. Jusqu’à 20 canaux peuvent ainsi être re-titrés en une seule fois. Le script doit être ré-exécuté pour rétablir les titres originaux.

Le script ajoute un raccourci clavier intitulé ChRename à la barre de script pour un accès rapide.

Ce script nécessite Spike2 v7.20 ou version ultérieure.

AlignComments.zip

Ce script est un utilitaire destiné aux programmeurs de script. Il améliore la présentation d'un script en alignant les commentaires présents sur des lignes contenant du code en appliquant un décalage commun, défini par l'utilisateur.

Ce script nécessite Spike2 version 6.04 ou ultérieure.

MergeFiles.zip

Ce script utilitaire vous permet de :

• Fusionner toutes les vues temporelles en un fichier de données unique, dans un dossier sélectionné à cet effet
• Copier et coller des données entre des vues temporelles ouvertes
• Supprimer des données des plages temporelles sélectionnées dans une vue temporelle

The download includes a .pdf user guide and also a plain text version that displays when you click on the GUIDE button on the script toolbar.

Ce script nécessite Spike2 version 7.17 ou ultérieure.

ConcatFiles.zip

Ce script permet de fusionner des lots de fichiers de données ayant été enregistrés dans une séquence de temps associée à une même configuration d'échantillonnage. Les fichiers sont joints bout-à-bout et des espaces sont insérés lorsqu'il y a un délai entre la fin d'un enregistrement et le début du suivant. Cela permet de préserver un axe temporel précis à la seconde près. Ceci est particulièrement important durant la concaténation d'enregistrements de longue durée, pour lesquels l'heure de la journée et la durée des intervalles sont importantes.

Le script applique le fichier de ressources au premier fichier source d’un lot de façon à conserver les canaux virtuels, les traitements de canal, l’ordre d’affichage des canaux, etc. dans le fichier de destination.

Vous trouverez de plus amples informations dans les commentaires insérés au début du script lui-même.

Testé avec Spike2 v8.05. Compatible avec Spik2 v7.07 ou version ultérieure.

DeleteRanges.zip

Ce script nécessite Spike2 v7.07 ou une version ultérieure. Il vous permet de supprimer des plages de temps marquées d'une vue temporelle de Spike2. Marquez les plages de temps à supprimer en utilisant le script TimeRanges.s2s dans votre dossier Spike2 scripts. Exécutez ensuite ce script pour créer un nouveau fichier de données modifié.

Les données d'origine restent intactes. Ce script pourrait également vous permettre de générer des « points saillants édités » de vos données ou pour supprimer des artefacts de stimulation.

RmktoRWave.zip

Vous pouvez créer une copie RealWave permanente des données stockées dans les RealMarks de manière interactive en créant un canal virtuel qui utilise l’expression Rm() ou Rmc(), puis en enregistrant ce canal sur un canal de disque. Cela prendra toutefois beaucoup de temps si vous avez plusieurs canaux à traiter. Ce script permet précisément d’accélérer cette tâche.

Le script fonctionne sur la vue actuelle via un bouton de la barre de script et peut traiter un ou plusieurs canaux RealMark sélectionnés. Cliquez sur le bouton Guide dans le dialogue principal du script pour afficher le guide de l’utilisateur dans la vue log.

Ce script nécessite Spike2 v8.24 ou une version ultérieure.

unclip.zip

De nombreux types d’analyse impliquent la détection d’événements dépassant un certain niveau seuil. Ce seuil est généralement basé sur le niveau moyen + un multiple de l’écart type.

La mesure de la moyenne et de l’écart type peut être délicate lorsque les données sont affectées par des artefacts à cause desquels la forme d’onde atteint de manière répétée les limites de la plage d’enregistrement (écrêtage). On rencontre souvent ce problème lorsqu’on utilise des systèmes de télémétrie pour enregistrer un EEG ou un ECG.

Ce script très simple offre une méthode permettant de limiter ce problème en identifiant les artefacts qui dépassent ou tombent en deçà d’un seuil défini par l’utilisateur et en faisant une copie RealWave du canal concerné, les artefacts étant remplacés par un niveau de référence défini par l’utilisateur. Cela permettre de réduire la distorsion des mesures de la moyenne et de la densité relative et faciliter la lecture des données en supprimant les erreurs.

Ce script nécessite Spike2 v7.19 ou une version ultérieure.

ACSR.zip

Ces scripts sont destinés à réduire l’impact des artefacts dans les enregistrements physiologiques. Ils peuvent être très utiles lorsque :

• un niveau constant de signaux non désirés persiste tout au long de l’enregistrement.
• Les artefacts peuvent être enregistrés de manière isolée.
• Ils ne peuvent pas être éliminés par les méthodes de blindage habituelles.

En termes simples, les scripts utilisent l’analyse spectrale pour caractériser le signal d’artefact seul (données d’entraînement) et pour le soustraire des spectres de blocs de données courts qui se chevauchent et qui contiennent à la fois des artefacts et des données physiologiques. Ces spectres modifiés sont ensuite transformés en sens inverse, du domaine des fréquences vers le domaine temporel, puis réassemblés en une version filtrée des formes d’onde originales affectées par les artefacts. La méthode est basé sur l’article suivant :

"A Novel Technique to Reject Artifact Components for Surface EMG Signals Recorded during Walking with TranscutaneousSpinal Cord Stimulation: A Pilot Study" par Kim et al, from Frontiers in Human Neuroscience, June 2021, Vol 15, Article 660583 (Une nouvelle technique pour rejeter les composantes d’artefact pour les signaux EMG de surface enregistrés pendant la marche avec la stimulation transcutanée de la moelle épinière) Le paquet comprend 4 scripts principaux ainsi que plusieurs bibliothèques de fonctions et d’exemples de scripts.

Les utilisateurs de Spike2 v10.17 ou version ultérieure. peuvent utiliser les scripts ACSRoffline.s2s et ACSRonline.s2s pour appliquer la méthode hors ligne ou en ligne respectivement. Les utilisateurs des versions de Spike2 v8 et v9 les plus récentes peuvent utiliser les versions plus lentes ACSR9offline.s2s et ACSR9online.s2s

ACSRinclude.s2s, ACSR9include.s2s, ug.s2s et ghutils.s2s sont des bibliothèques de fonctions de script requises par les scripts principaux. Enregistrez ces fichiers dans le dossier nommé include dans votre dossier Documents/SpikeN (où N est un numéro de version). Vous pouvez également les conserver dans le même dossier que les scripts principaux.

Le fichier .zip comprend un guide d’utilisation .pdf et un fichier de données ACSRexample data.smrx (et .s2rx) que vous pourrez utiliser pour tester les scripts hors ligne. Ce fichier contient 2 canaux d’artefacts continus (principalement le bourdonnement du secteur) ainsi que des épisodes EMG. Une configuration d’échantillonnage, ACSRtst.s2cx, est également fournie pour le test des scripts en ligne.

debounce.zip

Ce simple script se charge d'épurer une voie d'événement par copie sur une autre voie en ignorant tous les événements qui se produisent trop tôt après le dernier événement.

ECGdelete.zip

This script is designed to reduce the size of ECG artefacts in one or more EMG recordings by reference noise subtraction. You will need to record a dedicated ECG channel alongside your data as a source for Events marking the position of the artefacts unless the artefacts on the EMG channels themselves are sufficiently large for reliable triggering. The script may also be suitable for other situations where data is distorted by repetitive trains of very similar artifacts, e.g. artifacts caused by repetitive electrical stimulation.

Ce script nécessite la version 8.03 ou supérieure de Spike2

artrem.zip

Supprime les artefacts de stimulus dans les voies de données en les remplaçant par une ligne droite pour préserver la continuité. Les artéfacts peuvent être identifiés par chronométrage à partir d'un canal de déclenchement, ou en utilisant des positions de curseur.

Le téléchargement comprend désormais une version mise à jour pour les utilisateurs de Spike2 versions 6 et ultérieures. La version de base est toujours disponible pour les utilisateurs de versions antérieures de Spike2.

FixGlitch.zip

Ce script destiné à la version 7 remplace les pépins ou artefacts survenant sur un canal de forme d'onde ou RealWave en s'appuyant sur la prédiction linéaire. L'idée du script consiste (dans ses grandes lignes) à remplacer les segments de « mauvaises » données par une forme d'onde au contenu spectral similaire à celui des « bonnes » données de chaque côté du pépin.

res2smr.zip

Reconvertit les données de fichier résultat dans un fichier de données pour permettre une utilisation spécifique du fichier de données. Ceci nécessite Spike2 version 4 ou supérieure.