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Spike2のスクリプト


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「外国の」ファイル形式のバッチ・インポート
uBatchImport.s2s (18年8月)

uBatchImport.zip

多くの外国のデータ形式を Spike2 にインポートすることができます。個々のファイルは、Spike2 の File メニューにある Import を使ってインタラクティブにインポートできます。しかし、インポートする同じ形式のファイルがたくさんある場合には、時間がかかりうんざりしてきます。このスクリプトを使うことにより、指定されたフォルダ内にあるユーザー定義の形式の全ファイルをインポートできるようになります。一定の制限が適用されます。例えば、Spike2 の 32 ビット版でしかインポートできない形式もあります。詳細は、「外国のデータ・ファイルのインポート」にあるオンライン・ヘルプをご覧ください。

このスクリプトでは、Spike2 v8.04 以降が必要です。

改良:

  • 現在、DSI インポーターは作動します。
  • PonemahとXltek -Neuroworksインポーターが追加されました(Spike2 v8.08、あるいはそれ以降のバージョンをお使いのユーザ向けです)。

ハム音の除去 簡易版
HumRemoveExpress.s2s (18年1月)

HumRemExpress.zip

Tこのスクリプトは、CED の主電源パルス・ボックスまたは類似の装置を使って信頼できるハム音マーカー・イベント・チャンネルを記録したときに使用する簡素化されたハム音の除去スクリプトです。ビデオ デモを参照してください。

ハム音を含む波形チャンネルからハム・マーカーを引き出さなければならない場合は、オリジナルのハム音の除去スクリプトを使用してください。

このスクリプトでは、Spike2 v7.20 以降が必要です。

ハム音の除去
HumRemove.s2s (18年2月)

HumRemove.zip

本スクリプトは電源関連の干渉を除去することで、生理学的な記録の信号雑音比を改善するために作成されました。これはフィルタリングによってではなく、未加工のデータから電源による干渉の推定値を引き、新しいチャンネルに保存することで改善します。

このアップグレード版のスクリプトの使用には、Spike2 のバージョン 7.20、あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

波形の記録には最低でも500Hz、できれば5kHzよりも高いサンプリング・レートを使用してください。データ・チャンネルだけでなく、電源の周波数振動を継続して明確に示す専用の波形チャンネルを記録することで最適な結果が得られます。これは単にシールド保護されていないケーブルから電源をピックアップすることでも可能です。本スクリプトは、この信号を使って各電源サイクルの始まりのタイム・マークのイベント・チャンネルを生成することができます。これらのタイム・マークを使用して、電源の干渉信号を計算し、各波形から引き、クリーンな波形にします。

詳細全体については、データシートである、「Hum Remove.pdf」を参照してください。

.smr ファイルを 400 チャンネルの big file 形式に変換
Batch400.s2s (18年8月)

batch400.zip

通常の Spike2 タイム・ビューの容量は、最大チャンネル数 400、最大サイズ 2 GB です。しかし、サンプリング設定で作成されるデフォルトのチャンネル数は 32 です。データ解析で多数の追加チャンネルの作成が必要となる場合には足りないこともあります。

このスクリプトを使うことによって、解析中に使えるチャンネルが不足しないように、また、限界の 2GB を超えるファイルサイズにできるように、選択されたフォルダ内の全 .smr ファイルを 400 チャンネルの big file 形式にバッチ変換することが可能です。このスクリプトには入念なテストが行われています。ただし、動作保証はできませんので、実行する前にデータのバックアップを取ってください!

データ・ファイルに注釈をつける
Add Tmk.s2s (17年1月)

AddTmk.zip

Tスクリプトを使ってオフラインでタイム・ビューに TextMark を付加することができます。また、既存のディスクベースのチャンネル内での TextMark の追加や削除、またはTextMark チャンネルの新規作成も可能です。本スクリプトは、Script Bar上にAdd Tmkとラベル付けされたホットキーを作成します。このボタンのクリック、あるいはキーボード・ショートカットAlt+Tで、スクリプトを実行することができます。スクリプト・ダイアログのメイン画面にはHelpボタンがあり、このボタンをクリックすると、スクリプトのユーザ・ガイドが表示されます。

このスクリプトでは、Spike2 v6.18 以降が必要です

重要なデータに色付きのバーで印をつける
MarkStates.s2s (16年9月)

MarkState.zip

本スクリプトを使い、タイム・ビュー内で ‘ステート’ チャンネルを作成し、そのチャンネルを使ってデータ内の重要な時間の範囲にカラーラベルが付いたバーで印をつけることができます。波形チャンネルがユーザが定義した閾値を超えた(あるいは下回った)際に、これらのバーを自動的に付加しエピソードに印をつけることができます。あるいはマウスでクリックし、ドラッグすることで、手動でも時間の範囲に印をつけることができます。

本スクリプトを使い、タイム・ビュー内で ‘ステート’ チャンネルを作成し、そのチャンネルを使ってデータ内の重要な時間の範囲にカラーラベルが付いたバーで印をつけることができます。波形チャンネルがユーザが定義した閾値を超えた(あるいは下回った)際に、これらのバーを自動的に付加しエピソードに印をつけることができます。あるいはマウスでクリックし、ドラッグすることで、手動でも時間の範囲に印をつけることができます。

Spike2 の 7.18 版ならびに 8.10 版で試験済みです。

イベント・データのタイムシフト
TimeshiftEvents.s2s (10年4月)

TimeShiftEvents.zip

このスクリプトを使用して、イベントまたはマーカー時間を現在選択しているデータファイルから開いているデータファイルの新しい永久的なチャンネルにコピーすることができます。 スクリプトでコピーするデータ範囲を選択するための新しいカーソルが作成されます。新しいチャンネルのデータの開始時間を設定してオプションのタイムシフトを適用できます。 適する例のデータファイル、Demo.smr、が Spike2 ディレクトリの Data フォルダに含まれています。

このスクリプトでは、Spike2 v5.21 以降が必要です。

イベント列のオフライン挿入
AddEvents.s2s (10年4月)

AddEvents.zip

このスクリプトで、ユーザーが、指定した間隔と時間範囲でデータファイルのイベントを新しいチャンネルに追加するための刺激の時間範囲と周波数を設定することができます。 スクリプトでまた、複数のイベント列を同一チャンネルに追加することも可能です。

さらに、このスクリプトを使用して、出力用に設定した周波数でパルス列を作成することもできます。データファイルにイベント・チャンネルとしてイベントが作成されると、PlaySpikeTimes スクリプトを使用してイベントを出力シーケンスに読み込むことが可能となります。

このスクリプトでは、Spike2 v5.21 以降が必要です。

番号付きイベント 1 ~ n
StimNumber.s2s (10年4月)

StimNumber.zip

このスクリプトを使用して、刺激イベント、スパイク形状またはマーカーに認識番号を与えることができます。スクリプトで、範囲内の最初のイベントの時間に 1 から始まるテキスト・ストリングを保持する新しい TextMark メモリー・チャンネルが作成されます。適する例のデータファイル、Demo.smr、が Spike2 ディレクトリの Data フォルダに含まれています。

このスクリプトでは、Spike2 v5.21 以降が必要です。

スクリプト内のコメントの整列
Align Comments.s2s (15年8月)

AlignComments.zip

このスクリプトはスクリプト・ライター用のユーティリティです。行の注釈を共通の、ユーザー定義のオフセットに整列させることによりスクリプトのレイアウトが改善されます。

このスクリプトには、Spike2 バージョン 6.04 またはそれ以降が必要です。

スクリプトのレイアウトの整頓
Script_Tidy.s2s (08年4月)

ScriptTidy.zip

このスクリプトはスクリプト・ライター用のユーティリティです。スクリプト、特に多くの機能と手順説明が含まれた長いものの場合に、読みやすさを改善することができます。

利用できるオプションには以下が含まれます:宣言されているが使用されていない定数と変数の削除、および主要プログラム終了後の機能と手順説明のアルファベット順への並び替え。このスクリプトを実行する最も便利な方法は、スクリプト・バーのボタンを使用することです。

このスクリプトには、Spike2 バージョン 6.04 またはそれ以降が必要です。このスクリプトは、スクリプト・ファイル GHutils.s2s の機能も使用します(ダウンロードに含まれています)。このファイルは、Spike2 のコピーを収納しているディレクトリ内にあるinclude と呼ばれるフォルダの場所に配置する必要があります。

ファイルの結合
MergeFiles5.s2s (17年1月)

MergeFiles5.zip

このユーティリティ・スクリプトを使用すると以下のことが可能になります。

  • 選択したフォルダ内のタイム・ビュー全部を1つのデータ・ファイルに結合する
  • 開いたタイム・ビュー間でデータをコピーして貼り付ける
  • タイム・ビュー内で選択した時間範囲からデータを削除する
詳細なユーザー手順説明がスクリプトの最初のコメント・セクションに含まれています。 このスクリプトは、最新の Spike2 バージョン 5 で作動します。「デラックス」バージョンが Spike2 v 6 および以降のユーザー用のスクリプト・フォルダで利用可能です。

ファイルの連結
Concatenate01.s2s (18年6月)

ConcatFiles.zip

このスクリプトは、同じサンプリング設定を使ってタイム・シーケンスで記録されたデータ・ファイルのバッチをマージすることを意図しています。ファイルは端と端でつなげられ、1 つの記録の終了と次の記録の開始の間に遅延がある場合はギャップが挿入されます。すなわち、秒単位まで正確な時間軸が維持されるということです。これは、1 日の時間帯とギャップの持続時間が重要となる長期にわたる記録を連結する際に特に重要です。

本スクリプトは、Virtual チャンネル、チャンネル・プロセス、チャンネル表示順序などを作成先のファイルで維持するために、バッチ内の最初のソース・ファイルのリソース・ファイルを適用します。

他の情報は、スクリプト自体の最初にあるコメントに含まれています。

Spike2 v8.05 でテスト済み。Spik2 v7.07 以降と互換性あり。

範囲の削除
DeleteRanges04.s2s (17年11月)

DeleteRanges.zip

このスクリプトには、Spike2 バージョン 7.07 またはそれ以降が必要です。これによって Spike2 のタイム・ビューからマークを付けた時間範囲を削除することができます。Spike2 のscripts フォルダ内の TimeRanges.s2s スクリプトを使用して、切り取る時間範囲にマークを付けます。次に、このスクリプトを実行して、編集済みの新しいデータ・ファイルを作成します。

元のデータは、手つかずのままです。このスクリプトを使用して、データの「編集済みの強調箇所」を生成したり、刺激アーティファクトを削除したりできます。

生理学的データの基準線の上下に生じるアーティファクトの除去
UnClip.s2s (20年2月)

unclip.zip

閾値を超えたイベントを検出する分析には多くの種類があります。通常、この閾値は平均値に標準偏差の倍数を加えた値を基にします。

平均値と標準偏差値の計測を行う際、例えば「クリッピング」のように、波形が繰り返し記録範囲の限界値に達し、そのことが原因でアーティファクトがデータに影響を及ぼすことがあるので注意が必要です。これはEEGあるいはECGを記録するためにテレメトリー・システムを使用する際に頻繁に起こる問題です。.

この「実用本位の」スクリプトは、ユーザーが設定した閾値を上回る、あるいは下回るアーティファクトを特定し、ユーザーが定義した基準値で置き換えたアーティファクトを使って影響を受けたチャンネルのRealWaveコピーを作ることで、この問題を緩和する方法を提供しています。こうすることで、平均値と標準偏差測定の歪みを削減し、またグリッチも除去し、データを見やすくしています。

本スクリプトの使用には、Spike2 v7.19あるいはそれ以降のバージョンが必要です。

イベント・チャンネルから不自然なデータの削除
debounce.s2s (09年7月)

debounce.zip

このシンプルなスクリプトは、イベント・チャンネルを別のイベント・チャンネルへコピーすることによってイベント・チャンネルを掃除し、最後のイベントの直後に発生したすべてのイベントを無視します。

emg チャンネルからの ECG アーティファクトの削除
ECGDelete 02.s2s & ECGdelete v5.s2s (20年4月)

ECGdelete.zip

このスクリプトで、emg 記録の ECG アーティファクトが基準ノイズ減算によって低減されます。使用データと一緒にアーティファクトの位置をマークするイベントのソースとして専用の ECG チャンネルを記録する必要があります(emg チャンネルのアーティファクト自体が信頼できるトリガーとして十分大きい場合を除きます)。

この zip ファイルには、Spike2 v7.07 およびそれ以降との併用に適する ECGdelete01.s2s と Spike2 v5.21 および v6 と併用できる ECGdelete v5.s2s のスクリプト 2 つが含まれています。

不自然な刺激の削除
artrem.s2s & artrem6.s2s 16年3月

artrem.zip

データ・チャンネルから不自然な刺激を削除し、不自然な部分を直線に置き換えて連続性を保ちます。 アーチファクはトリガー・チャンネルからのタイミングによってまたはカーソルの位置によって識別することができます。

このダウンロードには、 Spike2 v6 および以降のユーザー用の更新済みバージョンが含まれています。この基本バージョンは、Spike2 の初期バージョンのユーザーを対象に現在も使用可能です。

不具合の訂正
FeatureDetect.s2s (11年10月)

FixGlitch.zip

このバージョン 7 のスクリプトでは、Waveform または RealWave チャンネルの不具合やアーチファクトは、線形予測 を使用して置き換えられています。簡単に言えば、スクリプトによって、 「不正」なデータのセグメントは、不具合のいずれかの側に位置する「正しい」データの同様なスペクトル内容の波形で置き換えられるということです。

結果ファイルのデータファイルへの変換
RES2SMR.S2S (02年6月)

res2smr.zip

結果データファイルをデータファイルに変換し直し、データファイルの特定用途を可能にします。これには Spike2 バージョン 4 が必要です。

タイム表示におけるプロセスイベントチャンネル
ProcEvts.s2s (17年1月)

ProcEvts.zip

タイム表示でイベント、レベル、マーカー、TextMark、RealMark及びWaveMarkチャンネルを作成編集するのに便利な一般目的用スクリプトです。

このスクリプトを使用することにより、以下の操作が可能になります。

  • ピークのタイム、レベルクロッシングを保持する新しいマーカーチャンネルを谷間及び波形またはRealWaveチャンネルで作成します。
  • バーチャルウィンドウ弁別器をセットアップし、ユーザー定義の振幅範囲内にある波形チャンネルのピークまたは谷間を検出します。
  • カーソルを使って追加情報(例:マーカーコード、Text-またはReal-Mark数値)を入力するために時間とディアログを設定し、新しいマーカーチャンネルを作成して手動でマーカーを加えます。
  • 他のいくつかのチャンネルからコピーしたアイテムのグループを組み合わせることによって新しいチャンネルを作成します。
  • 新しいマーカーを加えるか、それらを削除するか、またはマーカーコード、既存マーカーに関連したText-あるいはReal-Mark数値を変更することにより、既存のマーカーチャンネルを編集します。
  • スイッチの跳ね返りで引き起こされた正しくないマーカーを簡単に削除します。
このスクリプトはSpike2バージョン5またはそれ以降が必要です。

これらのスクリプトのいくつかは CED チームというよりユーザーから送られて来ました。 もしあなたがこのページを通して仲間の使用者に申し出たいスクリプトを持っているなら、どうか(Simon Gray) にお伝えください。 ダウンロード可能スクリプトのあるスクリプト記述についての最新記事と 科学製品 スクリプト・ページもご覧ください。 同じくSignal にいくつかのスクリプトを提供します。

Tこれらのスクリプトは、WinZip ファイル、myscript.zip, として保存されています。ただし、spike\scripts\myscript.s2s と表示されている場合は除きます。これらファイルはSpike2でインストールされ、spikeとはSpike2をインストールしたディレクトリを表します。下の説明ラインをクリックして概略の項をご覧ください。 ファイル名をクリックするとダウンロードすることができます。受け取ったサイズをチェックしてください。

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主電源の「ハム音」は複雑なことが多く、主電源周波数の奇数次調波で構成されていて、高域濾波フィルターやノッチ・フィルターを使用するだけで除去または抑制するのは非常に困難です。 HumRemoveExpress.s2s は Spike2 バージョン 7 のスクリプトで、残っている主電源の干渉の大部分を取り除くのにオフラインで使用でき、データをはるかに見やすいものとし、より簡単に解析できるようにします。 このビデオ・チュートリアルは、スクリプトを使って主電源のハム音を除去する方法をご紹介します。

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