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Spike2 程序


编辑

批导入"外来"文件格式
uBatchImport.s2s (22年9月)

uBatchImport.zip

你可以将许多外来数据格式导入Spike2。通过Spike2 File菜单上的Import可以互动地导入各个文件。但是,如果你有许多相同类型的文件要导入,这就变得很繁琐了。该脚本允许你导入指定文件夹中的所有用户自定义类型的文件。某些约束适用。例如,一些格式只能使用32位版本的Spike2来被导入。更多信息请参见"import foreign data file"下的在线帮助。

这个脚本要求Spike2 v8.04或更高版本。

改进:

  • DSI导入器现在能工作。
  • ADI LabChart
  • Lab streaming layer (*.xdf)
  • TDT 导入器已更新。
  • 增加了 Ponemah 和 Xltek-Neuroworks 导入器。(Spike2 8.08 及更高版本的用户)。

快速蜂音消除
HumRemoveExpress.s2s (18年1月)

HumRemExpress.zip

本脚本是一个流线型蜂音移除脚本,在使用CED Mains pulser 或相似设备记录了一个可靠的蜂音标签事件通道时可使用。请看视频演示。

若需要从一个包含蜂音的波形通道得到蜂音标签,你应该使用原始杂音消除脚本。

这个脚本要求Spike2 v7.20或更高版本。

杂音消除
HumRemove.s2s (18年2月)

HumRemove.zip

此脚本旨在通过消除电源相关干扰来改善生理记录的信噪比。这不是通过过滤,而是通过从原始数据中减去电源干扰估值并将结果存储在新通道中来完成。

这个升级后的脚本版本需要 Spike2 v7.20 或更高版本。

应至少使用 500Hz(最好是 5kHz 或以上)的取样率来记录波形。如果除了你的数据通道之外,还记录了清晰显示目前电源频率振荡的专用波形通道,则将获得最佳结果。这可能只是来自非屏蔽线的电源拾波。此脚本可使用此信号在每个电源周期开端生成正时记号的事件通道。然后,这些正时记号被用于计算要从每个波形中减去的电源干扰信号,以对其进行清理。

有关全部详细信息,请参阅 HumRemove.zip 文件中的数据表 Hum Remove.pdf。

将.smr文件转换成400通道big file 格式
Batch400.s2s (18年8月)

batch400.zip

一般Spike2时间视图可以拥有400个通道和高达2GB的容量。但是一个采样配置创建的通道数量默认为32。当用户的数据分析需要创建许多额外通道时,这个数量可能不够用。

此脚本能帮你将选定文件夹中的所有.smr 文件批量转换为400个通道的 big file 格式,这样就避免了在数据分析时没有可用通道的问题,同时用户文件还可以超出2GB大小限制。此脚本已经过严格测试,但不能担保完全不出错。在运行之前请备份您的数据!

动画显示数据文件
Add Tmk.s2s (17年1月)

AddTmk.zip

这个脚本允许你离线地将TextMarks添加到事件视图。你可以用它来在现有的基于盘的通道中添加或删除TextMarks或者创建新的TextMark通道。该脚本在脚本工具条上创建标签为Add Tmk的热键。点击该按钮或用其快捷键Alt+T来运行该脚本。主脚本对话框有Help按钮。点击该按钮来显示脚本的用户手册。

这个脚本要求Spike2 v6.18或更高版本。

用有色条来标记重要数据
MarkStates.s2s (16年9月)

MarkState.zip

这一脚本允许你在时间视图中创建‘状态’通道,并且使用它来用有色、带标签的条标记你的数据中的重要时间范围。当波形通道超过(或低于)用户定义的阈值时,这些条能够被自动添加,以标记片段。可替代地,你可以通过用鼠标进行点击和拖曳来手动地标记时间范围。

每个状态通道可以使用多达6种不同颜色和标签来标记不同类型的事件。脚本可以生成开始时间、状态持续时间和状态发生的次序的简单报告。

对Spike2 v 7.18 和 8.10进行了测试

时间平移事件数据
TimeshiftEvents.s2s (10年4月)

TimeShiftEvents.zip

这个脚本可以用来从当前选中的数据文件复制事件或标记时间到任何打开的数据文件中新建的永久性信道。脚本会创建两个光标来选择要复制的数据范围。你可以在新信道中设置数据的开始时间, 从而应用选择性的时间平移。Spike2目录的Data文件夹中有一个适当的示例数据文件Demo.smr

这个脚本要求Spike2 v5.21或更高版本。

离线插入事件系列
AddEvents.s2s (10年4月)

AddEvents.zip

这个脚本允许用户设置一个时间范围和刺激频率,以便在指定的间隔和时间范围内将事件添加到数据文件的新信道中。这个脚本还可以添加多个事件系列到同一个信道。

这个脚本还可以用来创建设定频率的脉冲串输出。将事件创建为数据文件中的事件信道后,可以用PlaySpikeTimes脚本将其载入输出序列器。

这个脚本要求Spike2 v5.21或更高版本。

用1到n给事件编号
StimNumber.s2s (10年4月)

StimNumber.zip

这个脚本可以用来给刺激事件、尖峰形状或标记一个编号。脚本会创建一个新的包含文本字符串的内存信道,其中第一个事件的时间为1。Spike2目录的Data文件夹中有一个适当的示例数据文件Demo.smr

这个脚本要求Spike2 v5.21或更高版本。

重新运行 Spike2 数据文件和视频,标记行为事件和状态
Ethogram.s2s (23年11月) 新!

Marking.zip

借助此脚本,您可针对随使用 s2video 创建的视频(内容通常是动物行为)一起记录的生理数据提供注释。您可按所需的速度回放视频和 Spike2 数据,并通过键盘在数据文件中标记重要行为。此脚本创建了“States”和“Events”两个通道来记录不同类别的行为。.

“States”用颜色编码的水平条标记,将从您按下相关按键时开始,并一直持续到您按下空格键或开始标记另一个状态。

“Event”通道简单地用颜色编码的 TextMarks 记录短暂行为的发生。“States”和“Events”也在“skyline”图中进行标记,其中每种行为类型用不同的水平表示(类似于睡眠研究中经常使用的睡眠图)。用于事件的“level”通道具有标准持续时间(0.2 秒)的短暂偏转。

您最多可以指定 26 个行为(对应于字母表中的每个字母),并为每个行为指定一个标签(最多 80 个字符)。 标签显示在“State”标记中,或者在鼠标指向“Event”标记时显示。

此脚本具有编辑工具,因此您可以校正行为谱通道中的错误,并生成汇总结果的表格。

您可以通过单击脚本工具栏上的按钮来查看和打印用户指南。

要求:Spike2 8.25 版或更高版本,以及 ug.s2s 库。

快速且可逆地编辑通道标题
ChanReName.s2s (23年8月) 改进!

ChanReName.zip

一些 Spike2 脚本,通常是处理存储在单个文件中的多个数据集的脚本,要求通道标题符合特定的命名方案,以便脚本识别要处理的通道。例如,处理来自多只动物的收缩压描记的脚本可能要求血压通道标题为 SBP: 1 到 SBP: n。

此脚本提供了一种快速的方法来重命名多个通道以满足分析脚本的要求,并可在之后恢复原始通道标题。一次最多可以重命名 20 个通道的标题。您必须再次运行脚本才能恢复原始标题。

该脚本会在脚本栏添加一个标有“ChRename”的热键,以便快速访问。

这个脚本要求Spike2 v7.20或更高版本。

脚本中的定准注释
Align Comments.s2s (15年8月)

AlignComments.zip

本脚本对脚本作者十分有用。对于包含常用、用户自定义的代码行,可以将其进行定准注释,从而增强了脚本的规划。

本脚本要求Spike2 6.04版或更高版本。

整理脚本布局
Script_Tidy.s2s (08年4月)

ScriptTidy.zip

本脚本对脚本作者十分有用。它增强了脚本的可读性,特别增长了那些有许多函数及程序的脚本。

可用选项包括:移除已声明但未使用的常量及变量并将函数及程序在主程序后按字母表顺序排列。运行此脚本最简便的方法就是通过使用Script Bar 上的按钮。

本脚本要求Spike2 6.04版或更高版本。该脚本同样可以使用GHutils.s2s (包括下载的)脚本文件中的函数。此文件必须放置在名为 include 的文件夹内,该文件夹位于包含您Spike2拷贝的目录下。

合并文件
MergeFiles.s2s (24年8月) 改进!

MergeFiles.zip

这个实用脚本允许你:

    li>将选定文件夹里面的所有时间视图合并为一个数据文件
  • 在打开的时间视图之间复制粘贴数据
  • 在时间视图中删除选定时间范围内的数据。

The download includes a .pdf user guide and also a plain text version that displays when you click on the GUIDE button on the script toolbar.

This script requires Spike2 version 7.17 or higher.

串接文件
Concatenate01.s2s (18年6月)

ConcatFiles.zip

本脚本意在用于合并用相同的采样配置以时间序列记录的数据文件的批处理。文件被端对端地连接,并且在一个记录的结尾和下一个记录的开头之间存在延迟时插入间隙。这意味着精确到最近秒数的时间轴得到保留。 在串接其中日期的时间和间隙的持续时间很重要的长期记录时,这是尤其重要的。

该脚本批量应用批次中第一个源文件的资源文件,以便在目标文件中保留虚拟通道、通道处理、通道显示顺序等。

更多的信息被包含在脚本自己的开头处的注释中。

与Spike2 版本8.05进行了测试。兼容Spik2 版本7.07 或更高版本。

删除范围
DeleteRanges04.s2s (17年11月)

DeleteRanges.zip

此脚本需要使用Spike2第7.07版或更高版本。您可以通过Spike2时间视图删除带标记的时间范围。使用Spike2 scripts文件夹中的TimeRanges.s2s脚本标记要删除的时间范围。然后运行此脚本以创建新编辑的数据文件。

原始数据将被保留。您可使用此脚本高亮被修改的数据,或移除刺激伪迹。

将 RealMarks 复制到 RealWave 通道
RmktoRWave.s2s (23年3月)

RmktoRWave.zip

通过创建一个使用 Rm() 或 Rmc() 表达式的虚拟通道,然后将该通道保存到磁盘通道,您可用交互方式创建存储在 RealMarks 中的数据的永久 RealWave 副本。但是,如果您有多个通道要处理,这将变得非常耗时。此脚本旨在加速完成该任务。

该脚本通过脚本栏按钮在当前视图上运行,可以处理单个通道或多个选定的 RealMark 通道。 单击主脚本对话框中的 Guide(指南)按钮可在日志视图中显示用户指南。

这个脚本要求Spike2 v8.24或更高版本。

移除超出或低于生理数据水平的伪影
UnClip.s2s (20年2月)

unclip.zip

许多类型的分析涉及检测超过阈值水平的事件。此阈值通常基于平均水平加上标准偏差的某个倍数。

如果数据受到伪影的影响,导致波形反复达到记录范围的极限,即“削波”,则平均值和标准偏差的测量会变得很棘手。这是使用遥测系统记录 EEG 或 ECG 时经常会遇到的问题。

此“no frills”(无修饰)脚本提供了缓解此问题的方法,即通过识别超出或低于用户所定义阈值的伪影,并以用户定义的基线水平替换伪影,从而针对受影响的通道生成一个 RealWave 版本。它应减少平均值和标准偏差测量的失真,并通过消除故障来使数据更容易观察。

Spike2 v7.19 或更高版本。

伪影成分特异性排除 (ACSR)
ACSR.s2s (23年2月)

ACSR.zip

这些脚本旨在减少生理记录中伪影的影响。在以下情况下,它们可能会有很大帮助:

  • 在整个记录过程中持续存在恒定水平的干扰信号。
  • 伪影可以单独记录。
  • They cannot be el它们不能通过常规屏蔽方法消除。

简而言之,这些脚本使用频谱分析来单独表征伪影信号(训练数据),并将其从包含伪影信号加生理数据的短重叠数据块频谱中减去。然后将这些修改后的频谱从频域逆转换回时域,并重新组合为原始受伪影影响波形的过滤版本。

该方法基于以下论文:

"A Novel Technique to Reject Artifact Components for Surface EMG Signals Recorded during Walking with TranscutaneousSpinal Cord Stimulation: A Pilot Study" by Kim et al., from Frontiers in Human Neuroscience, June 2021, Vol 15, Article 660583

该脚本包包括 4 个主要脚本以及多个脚本函数和示例库。

Spike2 v10.17 或更高版本的用户可以分别使用脚本 ACSRoffline.s2s 和 ACSRonline.s2s 以离线和在线的方式应用该方法。最新 Spike2 v8 和 v9 的用户可以使用较慢的版本 ACSR9offline.s2s 和 ACSR9online.s2s

ACSRinclude.s2s、ACSR9include.s2s、ug.s2s 和 ghutils.s2s 是主要脚本所需的脚本函数库。请将这些文件保存至您的 Documents/SpikeN 文件夹(其中 N 是版本号)中名为 include 的文件夹。或者,将它们与主要脚本保存在相同的文件夹中。

.zip 文件包括 .pdf 用户指南和数据文件 ACSRexample data.smrx(以及 .s2rx),您可以用来试用离线脚本。此文件包含 2 个通道的连续伪影(主要是电源嗡嗡声)以及 EMG 片段。此外,还提供了一个采样配置 ACSRtst.s2cx,可用于测试在线脚本。

消除事件信道人为干扰
debounce.s2s (09年7月)

debounce.zip

这个程序很简单,它通过将事件信道复制到另一事件信道上来进行清理,紧随上次事件后发生的干扰信息都被剔除掉。

移除emg通道中的ECG伪迹
ECGDelete 02.s2s & ECGdelete v5.s2s (20年4月)

ECGdelete.zip

此脚本通过消减基准噪声来减小emg记录中的ECG伪迹的尺寸。您需要录制专用的ECG通道和数据,作为标志伪迹位置的事件的来源,除非emg通道上的伪迹自身足够大,可实现可靠触发。

Zip文件包括2个脚本,ECGdelete01.s2s适用于Spike2第7.07版或更高版本;ECGdelete v5.s2s适用于Spike2第5.21和第6版。

消除人为激励
artrem.s2s & artrem6.s2s 16年3月

artrem.zip

消除数据信道的人为激励,用直线代替干扰信号以保持连续性。 伪迹可以通过从触发信道计时或通过光标位置找出。

下载文件中有更新版本,适用于使用Spike2 v6及更高版本的用户。对使用较早版本Spike2的用户,基础版本仍可下载。

修理故障
FeatureDetect.s2s (11年10月)

FixGlitch.zip

在版本7的脚本中,使用线性预测方式消除了波形和RealWave通道中的故障和人为影响。简单来说,就是脚本把故障任意一边的“错误”数据段替换成频谱结构相似的波形。

将结果文件转换成数据文件
RES2SMR.S2S (02年6月)

res2smr.zip

将结果文件数据重新转换成数据文件,从而可以用于专属于数据文件的用途。此功能要求Spike2第4版或更新版本。

在时间视图中处理事件信道
ProcEvts.s2s (17年1月)

ProcEvts.zip

使用这个程序,你可以:

  • 创建一个新的、包含波形或RealWave信道的波峰、波谷和水平交叉时间的标记信道。
  • .设置一个虚拟的窗口识别器,检测波形信道内符合用户自定义振幅范围的波峰或波谷。
  • 创建一个新的标记信道,手动添加标记,使用光标设置时间和对话框,输入额外的信息,如标记代码、TextMark或RealMark的值。
  • 通过组合从其他多个信道拷贝过来的项目创建一个新的信道。
  • 过添加新的标记、删除标记、或改变标记代码或与现有标记相关的TextMark或RealMark值,对原先存在的标记信道进行编辑。
  • 轻松去除因弹跳造成的虚假标记。
  • 此程序要求Spike2第5版或更高。

上面部分程序不是CED的成果,而是用户自己编写的。 如果您也写有程序,希望通过这个网页与大家分享,请告诉Simon Gray。 我们还提供了一些Signal 专用程序。

这些脚本储存为WinZip文件、myscript.zip, 显示为spike\scripts\myscript.s2s的地方除外。 这些文件与Spike2一起安装。spike代表你安装Spike2的目录。点击下面的描述行可以查看概要。然后你可以通过点击文件名开始下载;请检查收到的文件大小。

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主电网’蜂音’通常是复数且由主电网频率的奇数谐波组成,这样单纯使用高通或者陷波滤波器很难清除或抑制。HumRemoveExpress.s2s 是一个Spike2 版本 7 脚本,你可以离线使用它来消除大部分残留主电网干扰,使数据更清晰和便于分析。这个视频教程演示了如何使用脚本消除主电网蜂音。

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