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Spike2 程序


编辑

批导入"外来"文件格式
uBatchImport.s2s (18年8月)

uBatchImport.zip

你可以将许多外来数据格式导入Spike2。通过Spike2 File菜单上的Import可以互动地导入各个文件。但是,如果你有许多相同类型的文件要导入,这就变得很繁琐了。该脚本允许你导入指定文件夹中的所有用户自定义类型的文件。某些约束适用。例如,一些格式只能使用32位版本的Spike2来被导入。更多信息请参见"import foreign data file"下的在线帮助。

这个脚本要求Spike2 v8.04或更高版本。

改进:

  • DSI导入器现在能工作。
  • 增加了 Ponemah 和 Xltek-Neuroworks 导入器。(Spike2 8.08 及更高版本的用户)。

快速蜂音消除
HumRemoveExpress.s2s (18年1月)

HumRemExpress.zip

本脚本是一个流线型蜂音移除脚本,在使用CED Mains pulser 或相似设备记录了一个可靠的蜂音标签事件通道时可使用。请看视频演示。

若需要从一个包含蜂音的波形通道得到蜂音标签,你应该使用原始杂音消除脚本。

这个脚本要求Spike2 v7.20或更高版本。

杂音消除
HumRemove.s2s (18年2月)

HumRemove.zip

此脚本旨在通过消除电源相关干扰来改善生理记录的信噪比。这不是通过过滤,而是通过从原始数据中减去电源干扰估值并将结果存储在新通道中来完成。

这个升级后的脚本版本需要 Spike2 v7.20 或更高版本。

应至少使用 500Hz(最好是 5kHz 或以上)的取样率来记录波形。如果除了你的数据通道之外,还记录了清晰显示目前电源频率振荡的专用波形通道,则将获得最佳结果。这可能只是来自非屏蔽线的电源拾波。此脚本可使用此信号在每个电源周期开端生成正时记号的事件通道。然后,这些正时记号被用于计算要从每个波形中减去的电源干扰信号,以对其进行清理。

有关全部详细信息,请参阅 HumRemove.zip 文件中的数据表 Hum Remove.pdf。

将.smr文件转换成400通道big file 格式
Batch400.s2s (18年8月)

batch400.zip

一般Spike2时间视图可以拥有400个通道和高达2GB的容量。但是一个采样配置创建的通道数量默认为32。当用户的数据分析需要创建许多额外通道时,这个数量可能不够用。

此脚本能帮你将选定文件夹中的所有.smr 文件批量转换为400个通道的 big file 格式,这样就避免了在数据分析时没有可用通道的问题,同时用户文件还可以超出2GB大小限制。此脚本已经过严格测试,但不能担保完全不出错。在运行之前请备份您的数据!

动画显示数据文件
Add Tmk.s2s (17年1月)

AddTmk.zip

这个脚本允许你离线地将TextMarks添加到事件视图。你可以用它来在现有的基于盘的通道中添加或删除TextMarks或者创建新的TextMark通道。该脚本在脚本工具条上创建标签为Add Tmk的热键。点击该按钮或用其快捷键Alt+T来运行该脚本。主脚本对话框有Help按钮。点击该按钮来显示脚本的用户手册。

这个脚本要求Spike2 v6.18或更高版本。

用有色条来标记重要数据
MarkStates.s2s (16年9月)

MarkState.zip

这一脚本允许你在时间视图中创建‘状态’通道,并且使用它来用有色、带标签的条标记你的数据中的重要时间范围。当波形通道超过(或低于)用户定义的阈值时,这些条能够被自动添加,以标记片段。可替代地,你可以通过用鼠标进行点击和拖曳来手动地标记时间范围。

每个状态通道可以使用多达6种不同颜色和标签来标记不同类型的事件。脚本可以生成开始时间、状态持续时间和状态发生的次序的简单报告。

对Spike2 v 7.18 和 8.10进行了测试

时间平移事件数据
TimeshiftEvents.s2s (10年4月)

TimeShiftEvents.zip

这个脚本可以用来从当前选中的数据文件复制事件或标记时间到任何打开的数据文件中新建的永久性信道。脚本会创建两个光标来选择要复制的数据范围。你可以在新信道中设置数据的开始时间, 从而应用选择性的时间平移。Spike2目录的Data文件夹中有一个适当的示例数据文件Demo.smr

这个脚本要求Spike2 v5.21或更高版本。

离线插入事件系列
AddEvents.s2s (10年4月)

AddEvents.zip

这个脚本允许用户设置一个时间范围和刺激频率,以便在指定的间隔和时间范围内将事件添加到数据文件的新信道中。这个脚本还可以添加多个事件系列到同一个信道。

这个脚本还可以用来创建设定频率的脉冲串输出。将事件创建为数据文件中的事件信道后,可以用PlaySpikeTimes脚本将其载入输出序列器。

这个脚本要求Spike2 v5.21或更高版本。

用1到n给事件编号
StimNumber.s2s (10年4月)

StimNumber.zip

这个脚本可以用来给刺激事件、尖峰形状或标记一个编号。脚本会创建一个新的包含文本字符串的内存信道,其中第一个事件的时间为1。Spike2目录的Data文件夹中有一个适当的示例数据文件Demo.smr

这个脚本要求Spike2 v5.21或更高版本。

脚本中的定准注释
Align Comments.s2s (15年8月)

AlignComments.zip

本脚本对脚本作者十分有用。对于包含常用、用户自定义的代码行,可以将其进行定准注释,从而增强了脚本的规划。

本脚本要求Spike2 6.04版或更高版本。

整理脚本布局
Script_Tidy.s2s (08年4月)

ScriptTidy.zip

本脚本对脚本作者十分有用。它增强了脚本的可读性,特别增长了那些有许多函数及程序的脚本。

可用选项包括:移除已声明但未使用的常量及变量并将函数及程序在主程序后按字母表顺序排列。运行此脚本最简便的方法就是通过使用Script Bar 上的按钮。

本脚本要求Spike2 6.04版或更高版本。该脚本同样可以使用GHutils.s2s (包括下载的)脚本文件中的函数。此文件必须放置在名为 include 的文件夹内,该文件夹位于包含您Spike2拷贝的目录下。

合并文件
MergeFiles5.s2s (17年1月)

MergeFiles5.zip

这个实用脚本允许你:

    li>将选定文件夹里面的所有时间视图合并为一个数据文件
  • 在打开的时间视图之间复制粘贴数据
  • 在时间视图中删除选定时间范围内的数据。
脚本开头的备注里包含完整的用户指南。 该脚本可在最新的Spike2第5版里运行。Spike2第6版及更高版本的用户可以在脚本文件夹里找到该脚本的“豪华”版。

串接文件
Concatenate01.s2s (18年6月)

ConcatFiles.zip

本脚本意在用于合并用相同的采样配置以时间序列记录的数据文件的批处理。文件被端对端地连接,并且在一个记录的结尾和下一个记录的开头之间存在延迟时插入间隙。这意味着精确到最近秒数的时间轴得到保留。 在串接其中日期的时间和间隙的持续时间很重要的长期记录时,这是尤其重要的。

该脚本批量应用批次中第一个源文件的资源文件,以便在目标文件中保留虚拟通道、通道处理、通道显示顺序等。

更多的信息被包含在脚本自己的开头处的注释中。

与Spike2 版本8.05进行了测试。兼容Spik2 版本7.07 或更高版本。

删除范围
DeleteRanges04.s2s (17年11月)

DeleteRanges.zip

此脚本需要使用Spike2第7.07版或更高版本。您可以通过Spike2时间视图删除带标记的时间范围。使用Spike2 scripts文件夹中的TimeRanges.s2s脚本标记要删除的时间范围。然后运行此脚本以创建新编辑的数据文件。

原始数据将被保留。您可使用此脚本高亮被修改的数据,或移除刺激伪迹。

移除超出或低于生理数据水平的伪影
UnClip.s2s (20年2月)

unclip.zip

许多类型的分析涉及检测超过阈值水平的事件。此阈值通常基于平均水平加上标准偏差的某个倍数。

如果数据受到伪影的影响,导致波形反复达到记录范围的极限,即“削波”,则平均值和标准偏差的测量会变得很棘手。这是使用遥测系统记录 EEG 或 ECG 时经常会遇到的问题。

此“no frills”(无修饰)脚本提供了缓解此问题的方法,即通过识别超出或低于用户所定义阈值的伪影,并以用户定义的基线水平替换伪影,从而针对受影响的通道生成一个 RealWave 版本。它应减少平均值和标准偏差测量的失真,并通过消除故障来使数据更容易观察。

Spike2 v7.19 或更高版本。

消除事件信道人为干扰
debounce.s2s (09年7月)

debounce.zip

这个程序很简单,它通过将事件信道复制到另一事件信道上来进行清理,紧随上次事件后发生的干扰信息都被剔除掉。

移除emg通道中的ECG伪迹
ECGDelete 02.s2s & ECGdelete v5.s2s (20年4月)

ECGdelete.zip

此脚本通过消减基准噪声来减小emg记录中的ECG伪迹的尺寸。您需要录制专用的ECG通道和数据,作为标志伪迹位置的事件的来源,除非emg通道上的伪迹自身足够大,可实现可靠触发。

Zip文件包括2个脚本,ECGdelete01.s2s适用于Spike2第7.07版或更高版本;ECGdelete v5.s2s适用于Spike2第5.21和第6版。

消除人为激励
artrem.s2s & artrem6.s2s 16年3月

artrem.zip

消除数据信道的人为激励,用直线代替干扰信号以保持连续性。 伪迹可以通过从触发信道计时或通过光标位置找出。

下载文件中有更新版本,适用于使用Spike2 v6及更高版本的用户。对使用较早版本Spike2的用户,基础版本仍可下载。

修理故障
FeatureDetect.s2s (11年10月)

FixGlitch.zip

在版本7的脚本中,使用线性预测方式消除了波形和RealWave通道中的故障和人为影响。简单来说,就是脚本把故障任意一边的“错误”数据段替换成频谱结构相似的波形。

将结果文件转换成数据文件
RES2SMR.S2S (02年6月)

res2smr.zip

将结果文件数据重新转换成数据文件,从而可以用于专属于数据文件的用途。此功能要求Spike2第4版或更新版本。

在时间视图中处理事件信道
ProcEvts.s2s (17年1月)

ProcEvts.zip

使用这个程序,你可以:

  • 创建一个新的、包含波形或RealWave信道的波峰、波谷和水平交叉时间的标记信道。
  • .设置一个虚拟的窗口识别器,检测波形信道内符合用户自定义振幅范围的波峰或波谷。
  • 创建一个新的标记信道,手动添加标记,使用光标设置时间和对话框,输入额外的信息,如标记代码、TextMark或RealMark的值。
  • 通过组合从其他多个信道拷贝过来的项目创建一个新的信道。
  • 过添加新的标记、删除标记、或改变标记代码或与现有标记相关的TextMark或RealMark值,对原先存在的标记信道进行编辑。
  • 轻松去除因弹跳造成的虚假标记。
  • 此程序要求Spike2第5版或更高。

上面部分程序不是CED的成果,而是用户自己编写的。 如果您也写有程序,希望通过这个网页与大家分享,请告诉Simon Gray。 我们还提供了一些Signal 专用程序。

这些脚本储存为WinZip文件、myscript.zip, 显示为spike\scripts\myscript.s2s的地方除外。 这些文件与Spike2一起安装。spike代表你安装Spike2的目录。点击下面的描述行可以查看概要。然后你可以通过点击文件名开始下载;请检查收到的文件大小。

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主电网’蜂音’通常是复数且由主电网频率的奇数谐波组成,这样单纯使用高通或者陷波滤波器很难清除或抑制。HumRemoveExpress.s2s 是一个Spike2 版本 7 脚本,你可以离线使用它来消除大部分残留主电网干扰,使数据更清晰和便于分析。这个视频教程演示了如何使用脚本消除主电网蜂音。

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