uBatchImport.zip

Es ist möglich, viele fremde Datenformate in Spike2 zu importieren. Einzelne Dateien können interaktiv über Import im Spike2 File Menü importiert werden. Dies wird jedoch mühselig, wenn Sie viele Dateien des gleichen Typs importieren müssen. Das Skript ermöglicht Ihnen, alle Dateien eines benutzerdefinierten Typs in einen spezifischen Ordner zu importieren. Dabei gelten jedoch bestimmte Einschränkungen. Beispielsweise können manche Formate nur unter Verwendung der 32-Bit Version von Spike2 importiert werden. Weitere Informationen erhalten Sie bei der Online-Hilfe unter "import foreign data file".

Für dieses Script ist Spike2 v8.04 oder höher erforderlich.

Verbesserung:

• Der DSI-Importer funktioniert nun
• ADI LabChart
• Lab streaming layer (*.xdf)
• Der TDT-Importer wurde aktualisiert.
• Ponemah und Xltek - Neuroworks-Importer wurden hinzugefügt. (Benutzer von Spike2 8.08 und höher).

HumRemExpress.zip

Dieses Skript ist ein geschmeidiges Hum-Entfernungs-Skript, das benutzt wird, wenn Sie mit der CED Leitungsfrequenz-Impulsgeber oder einer ähnlichen Vorrichtung einen zuverlässigen Hum-Marker-Ereigniskanal aufgezeichnet haben. Siehe video präsentation.

Wenn sie einen Hum-Marker von einem Wellenformkanal, der Hum beinhaltet, ableiten wollen, sollten Sie das ursprüngliche HumRemove-Skript verwenden.

Für dieses Script ist Spike2 v7.20 oder höher erforderlich.

HumRemove.zip

Dieses Skript wurde entwickelt, um das Signal-Rausch-Verhältnis von physiologischen Aufnahmen durch Entfernen von netzbedingten Interferenzen zu verbessern. Dies erfolgt nicht durch Filterung, sondern durch Abzug einer geschätzten Netzinterferenz von den Rohdaten und Speicherung der Ergebnisse in einem neuen Kanal.

Diese aktualisierte Version des Skripts erfordert Spike2 v7.20 oder höher.

Wellenformen sind mit einer Samplingrate von mindestens 500 Hz und vorzugsweise 5 kHz oder höher zu erfassen. Die besten Ergebnisse werden erzielt, wenn ein dedizierter Wellenformkanal aufgenommen wird, der zusätzlich zu Ihren Datenkanälen eindeutig die fortlaufende Netzfrequenzoszillation anzeigt. Dies könnte schlichtweg die Netzaufnahme von einem ungeschirmten Kabel sein. Das Skript kann dieses Signal verwenden, um einen Ereigniskanal von Zeitmarken zu Beginn jedes Netzzyklus zu generieren. Diese Zeitmarken werden dann verwendet, um das Netzinterferenzsignal zu berechnen, das zur Bereinigung jeder Wellenform abgezogen wird.

Siehe das Datenblatt Hum Remove.pdf, das in der Datei HumRemove.zip enthalten ist, für sämtliche Details.

batch400.zip

Normale Spike2-Zeitansichten können bis zu 400 Kanäle und eine Größe von bis zu 2 GB haben. Die Standardanzahl mittels einer Sampling-Konfiguration erstellten Kanälen beträgt jedoch 32. Dies kann ggf. nicht ausreichend sein, wenn im Zuge der Datenanalyse viele zusätzliche Kanäle erstellt werden müssen.

Mit diesem Skript können Sie alle .smr-Dateien in einem ausgewählten Ordner in ein 400-Kanal-big file-Format als Stapel konvertieren, so dass Ihnen während der Analyse immer genügend Kanäle zur Verfügung stehen und die Datei die Größe von 2GB übersteigen kann. Dieses Skript wurde gründlich getestet. Eine Garantie gibt es jedoch nicht. Erstellen Sie vor Ausführung des Skripts ein Backup!

AddTmk.zip

Dieses Skript ermöglicht es Ihnen, offline TextMarks zu einer Zeitansicht hinzuzufügen. Sie können es verwenden, um TextMarks in einem bestehenden Disk-basierten Kanal hinzuzufügen oder zu löschen oder einen neuen TextMark-Kanal zu erstellen. Das Skript erstellt auf der Skriptleiste eine Tastenkombination mit der Bezeichnung Add Tmk Klicken Sie auf diese Schaltfläche oder verwenden Sie auf der Tastatur die TastenkombinationAlt+T, um das Skript ablaufen zu lassen. Der Hauptskriptdialog verfügt über eine Hilfe-Schaltfläche. Durch Klicken darauf wird die Bedienungsanleitung des Skripts angezeigt.

Für dieses Script ist Spike2 v6.18 oder höher erforderlich.

MarkState.zip

Dieses Skript ermöglicht Ihnen, einen "Status"-Kanal in einer Zeitansicht zu erstellen und zu verwenden, um signifikante Zeitbereiche in Ihren Daten mit farbigen, bezeichneten Leisten zu markieren. Diese Leisten können automatisch hinzugefügt werden, um Episoden zu kennzeichnen, wenn ein Wellenformkanal eine benutzerdefinierte Schwelle überschreitet (oder darunter zurückfällt). Alternativ können Sie Zeitbereiche manuell durch Klicken und Ziehen mit der Maus markieren.

Bis zu 6 verschiedene Farben und Labels können je Statuskanal zur Markierung der verschiedenen Ereignistypen verwendet werden. Das Skript kann einen einfachen Bericht der Einsetzzeiten und -dauern von Zuständen und die Reihenfolgen ihres Auftretens erstellen.

Geprüft mit Spike2 v 7.18 und 8.10

TimeShiftEvents.zip

Mit diesem Script lassen sich Ereignis- oder Marker-Zeiten aus einer aktuell ausgewählten Datendatei in einen neuen permanenten Kanal in einer beliebigen offenen Datendatei kopieren. Das Script erstellt zwei Cursor zum Auswählen des zu kopierenden Datenbereichs. Der Benutzer kann zudem eine optionale Zeitverschiebung anwenden, indem die Startzeit für die Daten in dem neuen Kanal eingestellt wird. Der Ordner Data in Ihrem Spike2-Verzeichnis enthält eine geeignete Beispiel-Datendatei, Demo.smr.

Für dieses Script ist Spike2 v5.21 oder höher erforderlich.

AddEvents.zip

Mit diesem Script kann der Benutzer einen Zeitbereich und eine Stimulationsfrequenz einstellen, um Ereignisse mit dem angegebenen Intervall und Zeitbereich in einen neuen Kanal in einer Datendatei einzufügen. Das Script ermöglicht zudem das Hinzufügen mehrerer Ereignisreihen zum gleichen Kanal.

Mit diesem Script ließen sich auch Impulsreihen mit einer festgelegten Frequenz erstellen und ausgeben. Nach Erstellen der Ereignisse als Ereigniskanal in der Datendatei könnte der Benutzer sie mit dem Script PlaySpikeTimes in den Ausgabe-Sequencer laden.

Für dieses Script ist Spike2 v5.21 oder höher erforderlich.

StimNumber.zip

Mit diesem Script lassen sich Stimulus-Ereignisse, Spitzenformen oder Marker mit einer Kennnummer versehen. Das Script erstellt einen neuen TextMark-Speicherkanal, der Zeichenketten enthält, angefangen mit 1 für die Zeit des ersten Ereignisses in dem Bereich. Der Ordner Data in Ihrem Spike2-Verzeichnis enthält eine geeignete Beispiel-Datendatei, Demo.smr.

Für dieses Script ist Spike2 v5.21 oder höher erforderlich.

Marking.zip

Mit diesem Skript können Sie physiologische Daten, die zusammen mit einem mit s2video erstellten Video (normalerweise Tierverhalten) aufgezeichnet wurden, mit Anmerkungen versehen. Sie können das Video und die Spike2-Daten in der gewünschten Geschwindigkeit wiedergeben und über die Tastatur signifikante Verhaltensweisen in der Datendatei markieren. Das Skript erstellt zwei Kanäle zur Aufzeichnung unterschiedlicher Verhaltenskategorien: „Zustände“ und „Ereignisse“.

Zustände sind mit farbcodierten horizontalen Balken markiert, die beginnen, wenn Sie die entsprechende Taste drücken, und so lange andauern, bis Sie die Leertaste drücken oder einen anderen Zustand starten.

Der Ereigniskanal zeichnet einfach das Auftreten kurzer Verhaltensweisen mit farbcodierten TextMarks auf. Sowohl Zustände als auch Ereignisse werden auch in „Skyline“-Diagrammen markiert, in denen jeder Verhaltenstyp durch eine andere Ebene dargestellt wird (analog zu den Hypnogrammen, die häufig in Schlafstudien verwendet werden). Der „Level“-Kanal für Ereignisse weist kurze Ausschläge mit einer Standarddauer (0,2 s) auf.

Sie können bis zu 26 Verhaltensweisen (eine pro Buchstabe des Alphabets) zusammen mit einer Bezeichnung für jedes Verhalten (bis zu 80 Zeichen) angeben. Die Bezeichnungen werden in Zustandsmarkierungen angezeigt oder wenn Sie mit der Maus auf eine Ereignismarkierung zeigen.

Das Skript verfügt über Bearbeitungswerkzeuge, mit denen Sie Fehler in den Ethogrammkanälen korrigieren können und generiert eine Tabelle mit einer Zusammenfassung der Ergebnisse.

Sie können ein Benutzerhandbuch anzeigen und ausdrucken, indem Sie auf eine Schaltfläche in der Skript-Symbolleiste klicken.

Anforderungen: Spike2 v 8.25 oder höher und die Bibliothek ug.s2s.

ChanReName.zip

Einige Spike2-Skripte, normalerweise solche, die mehrere in einer einzigen Datei gespeicherte Datensätze verarbeiten, erfordern, dass Kanaltitel einem bestimmten Benennungsschema entsprechen, damit das Skript erkennt, welche Kanäle verarbeitet werden sollen. Beispielsweise erfordern Skripte, die systolische Blutdruckkurven von mehreren Tieren verarbeiten, möglicherweise Blutdruckkanaltitel SBP: 1 bis SBP: n.

Dieses Skript bietet eine schnelle Möglichkeit, mehrere Kanäle entsprechend den Anforderungen eines Analyseskripts umzubenennen, um anschließend die ursprünglichen Kanaltitel wiederherzustellen. Bis zu 20 Kanäle können in einem einzigen Durchgang umbenannt werden. Sie müssen das Skript erneut ausführen, um die Originaltitel wiederherzustellen.

Das Skript fügt der Skriptleiste einen Hotkey mit der Bezeichnung „ChRename “ hinzu, um einen schnellen Zugriff zu ermöglichen.

Für dieses Script ist Spike2 v7.20 oder höher erforderlich.

AlignComments.zip

Dieses Script ist ein Hilfsprogramm für Script-Autoren. Es verbessert das Layout eines Scripts, indem es die Kommentare in Zeilen mit Code um den gleichen, benutzerdefinierten Abstand einrückt.

Für dieses Script ist Spike2 Version 6,04 oder höher erforderlich.

MergeFiles5.zip

Mit diesem Utility-Script können Sie:

• alle Zeitansichten in einem ausgewählten Ordner zu einer einzigen Datendatei zusammenfügen.
• Daten zwischen offenen Zeitansichten kopieren und einfügen.
• Daten aus ausgewählten Zeitbereichen in einer Zeitansicht löschen.

Eine ausführliche Benutzeranleitung finden Sie am Anfang des Scripts. Dieses Script funktioniert mit der neuesten Version 5 von Spike2. Eine Luxusversion ist im Standard-Skriptordner von Spike2 für Spike2 Version 6 und später enthalten.

ConcatFiles.zip

Dieses Skript dient der Zusammenführung von Dateistapeln, die in einer Zeitsequenz mit denselben Sampling-Konfigurationen aufgenommen wurden. Die Dateien werden nahtlos miteinander verbunden und Lücken werden eingefügt, wenn es eine Verzögerung zwischen dem Ende einer Aufnahme und dem Beginn der nächsten gibt. Dies bedeutet, dass eine auf die Sekunde genaue Zeitachse beibehalten wird. Dies ist insbesondere wichtig, wenn langfristige Aufnahmen konkateniert werden, bei denen die Tageszeit und die Dauer der Lücken von Bedeutung sind.

Das Skript gilt für die Ressourcendatei der ersten Quelldatei eines Stapels, um die virtuellen Kanäle, die Kanalprozesse, Kanalanzeigenreihenfolge usw. in der Zieldatei beizubehalten.

Informationen sind in den Anmerkungen zu Beginn des Skripts selbst enthalten.

Mit Spike2 v8.05 getestet. Kompatibel mit Spik2 v7.07 oder höher.

DeleteRanges.zip

Dieses Skript erfordert Spike2 v7.07 oder höher. Dies ermöglicht Ihnen, markierte Zeitbereiche von der Spike2 Zeitansicht zu löschen. Markieren Sie die auszuschneidenden Zeitbereiche unter Verwendung des TimeRanges.s2s Skripts in Ihrem Spike2 scripts Verzeichnis. Dann lassen Sie dieses Skript ablaufen, um eine neu bearbeitete Datendatei zu erstellen.

Die Originaldaten bleiben davon unberührt. Sie könnten dieses Skript verwenden, um "bearbeitete Hinterlegungen" Ihrer Daten zu generieren oder Stimulus-Artefakte zu entfernen.

RmktoRWave.zip

Sie können interaktiv eine permanente RealWave-Kopie der in RealMarks gespeicherten Daten erstellen, indem Sie einen virtuellen Kanal erstellen, der den Ausdruck Rm() oder Rmc() verwendet und diesen Kanal dann auf einem Festplattenkanal speichern. Dies kann jedoch zeitaufwändig werden, wenn Sie mehrere Kanäle verarbeiten müssen. Dieses Skript soll die Aufgabe beschleunigen.

Das Skript läuft in der aktuellen Ansicht über eine Schaltfläche in der Skriptleiste und kann einen einzelnen Kanal oder mehrere ausgewählte RealMark-Kanäle verarbeiten. Klicken Sie im Hauptskriptdialog auf die Schaltfläche „Anleitung (Guide)“, um das Benutzerhandbuch in der Protokollansicht anzuzeigen.

Dieses Skript erfordert Spike2 v8.24 oder höher.

unclip.zip

Bei vielen Analysetypen werden Ereignisse erkannt, die einen Schwellenwert über- oder unterschreiten. Dieser Schwellenwert basiert normalerweise auf dem Mittelwert + einem Vielfachen der Standardabweichung.

Das Messen des Mittelwerts und der Standardabweichung ist in Fällen schwierig, in denen die Daten von Artefakten betroffen sind, die dazu führen, dass die Wellenform wiederholt die Grenzen des Aufzeichnungsbereichs erreicht, d.h. "übersteuern". Dies ist ein Problem, das häufig auftritt, wenn Telemetriesysteme zur Aufzeichnung von EEG oder EKG verwendet werden.

Dieses "schnörkellose" Skript bietet eine Methode, um dieses Problem zu beheben, indem Artefakte identifiziert werden, die einen benutzerdefinierten Schwellenwert über- oder unterschreiten, und eine RealWave-Kopie des betroffenen Kanals erstellt wird, wobei die Artefakte durch einen benutzerdefinierten Basislevel ersetzt werden. Es sollte die Verzerrung von Mittelwert- und SD-Messungen verringern und die Daten für das Auge einfacher machen, indem Störungen beseitigt werden.

Dieses Skript erfordert Spike2 v7.19 oder höher.

ACSR.zip

Diese Skripte sollen die Auswirkungen von Artefakten in physiologischen Aufzeichnungen reduzieren. Sie können in den folgenden Situationen eine große Hilfe sein:

• Während der gesamten Aufnahme bleibt ein konstanter Pegel unerwünschter Signale bestehen.
• Die Artefakte können isoliert erfasst werden.
• Sie können durch die üblichen Abschirmungsmethoden nicht beseitigt werden.

Vereinfacht ausgedrückt verwenden die Skripte eine Spektralanalyse, um nur das Artefaktsignal (Trainingsdaten) zu charakterisieren und es von den Spektren kurzer überlappender Datenblöcke zu subtrahieren, die Artefakte und physiologische Daten enthalten. Diese modifizierten Spektren werden dann vom Frequenz- in den Zeitbereich zurücktransformiert und wieder zu einer gefilterten Version der ursprünglichen, von Artefakten betroffenen Wellenformen zusammengesetzt.

Die Methode basiert auf dem Paper:

"A Novel Technique to Reject Artifact Components for Surface EMG Signals Recorded during Walking with TranscutaneousSpinal Cord Stimulation: A Pilot Study" by Kim et al., from Frontiers in Human Neuroscience, June 2021, Vol 15, Article 660583

Das Paket umfasst vier Hauptskripte sowie mehrere Bibliotheken mit Skriptfunktionen und Beispielen.

Benutzer von Spike2 Version 10.17 oder höher können die Skripte ACSRoffline.s2s und ACSRonline.s2s verwenden, um die Methode offline bzw. online anzuwenden. Benutzer der neuesten Spike2 Version 8 und 9 können die langsameren Versionen ACSR9offline.s2s und ACSR9online.s2s verwenden.

ACSRinclude.s2s, ACSR9include.s2s, ug.s2s und ghutils.s2s sind Bibliotheken mit Skriptfunktionen, die von den Hauptskripten benötigt werden. Speichern Sie diese Dateien im Ordner „include“ in Ihrem Ordner Dokumente/SpikeN (wobei N eine Versionsnummer ist). Alternativ können Sie sie im selben Ordner wie die Hauptskripts aufbewahren.

Die ZIP-Datei enthält ein .pdf-Benutzerhandbuch und eine Datendatei ACSRexample data.smrx (und .s2rx ), die Sie zum Ausprobieren der Offline-Skripte verwenden können. Diese Datei enthält 2 Kanäle mit kontinuierlichen Artefakten (hauptsächlich Netzbrummen) sowie EMG-Episoden. Außerdem wird eine Samplingkonfiguration, ACSRtst.s2cx bereitgestellt, die das Testen der Online-Skripte ermöglicht.

debounce.zip

Diese Skripts differenzieren bzw. integrieren einen ausgewählten Bereich an Wellenformdaten. Das Ergebnis wird in einen Speicherkanal geleitet. Das Integral wird durch das Datenkanal-Sample-Intervall bemessen, so dass es Kanalbereichen entspricht.

ECGdelete.zip

Dieses Skript verringert die Größe von ECG Artefakte bei EMG-Aufzeichnungen durch Wegnahme des Rauschens. Sie müssen einen dedizierten ECG-Kanal entlang Ihrer Daten als Quelle für Ereignisse erfassen, die die Position der Artefakte kennzeichnen, sofern die Artefakte auf den EMG-Kanälen selbst groß genug für ein zuverlässiges Triggern sind.

Die zip-Datei enthält 2 Skripts, ECGdelete01.s2s - geeignet für die Verwendung mit Spike2 v7.07 oder höher - und ECGdelete v5.s2s - zur Verwendung mit Spike2 v5.21 und v6.

artrem.zip

Entfernt Stimulus-Artefakte aus Datenkanälen und ersetzt die Störsignale zur Erhaltung der Kontinuität durch eine gerade Linie. Artefakte lassen sich durch Timing von einem Trigger-Kanal oder durch Cursor-Positionen identifizieren.

Der Download beinhaltet nun eine aktualisierte Version für Benutzer von Spike2 v6 und höher. Die Basisversion ist für Benutzer von früheren Versionen von Spike2 noch erhältlich.

FixGlitch.zip

Dieses Skript der Version 7 ersetzt kleine Fehler oder Artefakten in einer Wellenform oder einem RealWave-Kanal mittels linearer Voraussage. Einfach gesagt: Das Skript ersetzt Segmente mit "schlechten" Daten durch eine Wellenform ähnlichen spektralen Inhalts aus den "guten" Daten auf beiden Seiten des Fehlers.

res2smr.zip

Konvertiert Daten aus Ergebnisdateien zurück in eine Datendatei, um Datendatei-spezifische Aufgaben auszuführen. Dies erfordert Spike2 Version 4 oder später.