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Spike2 Scripts


Bearbeitung

Batchimport von "fremden" Dateiformaten
uBatchImport.s2s (08/18)

uBatchImport.zip

Es ist möglich, viele fremde Datenformate in Spike2 zu importieren. Einzelne Dateien können interaktiv über Import im Spike2 File Menü importiert werden. Dies wird jedoch mühselig, wenn Sie viele Dateien des gleichen Typs importieren müssen. Das Skript ermöglicht Ihnen, alle Dateien eines benutzerdefinierten Typs in einen spezifischen Ordner zu importieren. Dabei gelten jedoch bestimmte Einschränkungen. Beispielsweise können manche Formate nur unter Verwendung der 32-Bit Version von Spike2 importiert werden. Weitere Informationen erhalten Sie bei der Online-Hilfe unter "import foreign data file".

Für dieses Script ist Spike2 v8.04 oder höher erforderlich.

Verbesserung:

  • Der DSI-Importer funktioniert nun
  • Ponemah und Xltek - Neuroworks-Importer wurden hinzugefügt. (Benutzer von Spike2 8.08 und höher).

Hum Remove Express
HumRemoveExpress.s2s (01/18)

HumRemExpress.zip

Dieses Skript ist ein geschmeidiges Hum-Entfernungs-Skript, das benutzt wird, wenn Sie mit der CED Leitungsfrequenz-Impulsgeber oder einer ähnlichen Vorrichtung einen zuverlässigen Hum-Marker-Ereigniskanal aufgezeichnet haben. Siehe video präsentation.

Wenn sie einen Hum-Marker von einem Wellenformkanal, der Hum beinhaltet, ableiten wollen, sollten Sie das ursprüngliche HumRemove-Skript verwenden.

Für dieses Script ist Spike2 v7.20 oder höher erforderlich.

Hum entfernen
HumRemove.s2s (02/18)

HumRemove.zip

Dieses Skript wurde entwickelt, um das Signal-Rausch-Verhältnis von physiologischen Aufnahmen durch Entfernen von netzbedingten Interferenzen zu verbessern. Dies erfolgt nicht durch Filterung, sondern durch Abzug einer geschätzten Netzinterferenz von den Rohdaten und Speicherung der Ergebnisse in einem neuen Kanal.

Diese aktualisierte Version des Skripts erfordert Spike2 v7.20 oder höher.

Wellenformen sind mit einer Samplingrate von mindestens 500 Hz und vorzugsweise 5 kHz oder höher zu erfassen. Die besten Ergebnisse werden erzielt, wenn ein dedizierter Wellenformkanal aufgenommen wird, der zusätzlich zu Ihren Datenkanälen eindeutig die fortlaufende Netzfrequenzoszillation anzeigt. Dies könnte schlichtweg die Netzaufnahme von einem ungeschirmten Kabel sein. Das Skript kann dieses Signal verwenden, um einen Ereigniskanal von Zeitmarken zu Beginn jedes Netzzyklus zu generieren. Diese Zeitmarken werden dann verwendet, um das Netzinterferenzsignal zu berechnen, das zur Bereinigung jeder Wellenform abgezogen wird.

Siehe das Datenblatt Hum Remove.pdf, das in der Datei HumRemove.zip enthalten ist, für sämtliche Details.

Konvertierung von .smr files in das 400-Kanal-big file-Format
Batch400.s2s (08/18)

batch400.zip

Normale Spike2-Zeitansichten können bis zu 400 Kanäle und eine Größe von bis zu 2 GB haben. Die Standardanzahl mittels einer Sampling-Konfiguration erstellten Kanälen beträgt jedoch 32. Dies kann ggf. nicht ausreichend sein, wenn im Zuge der Datenanalyse viele zusätzliche Kanäle erstellt werden müssen.

Mit diesem Skript können Sie alle .smr-Dateien in einem ausgewählten Ordner in ein 400-Kanal-big file-Format als Stapel konvertieren, so dass Ihnen während der Analyse immer genügend Kanäle zur Verfügung stehen und die Datei die Größe von 2GB übersteigen kann. Dieses Skript wurde gründlich getestet. Eine Garantie gibt es jedoch nicht. Erstellen Sie vor Ausführung des Skripts ein Backup!

Anmerkungen zu einer Datei
Add Tmk.s2s (01/17)

AddTmk.zip

Dieses Skript ermöglicht es Ihnen, offline TextMarks zu einer Zeitansicht hinzuzufügen. Sie können es verwenden, um TextMarks in einem bestehenden Disk-basierten Kanal hinzuzufügen oder zu löschen oder einen neuen TextMark-Kanal zu erstellen. Das Skript erstellt auf der Skriptleiste eine Tastenkombination mit der Bezeichnung Add Tmk Klicken Sie auf diese Schaltfläche oder verwenden Sie auf der Tastatur die TastenkombinationAlt+T, um das Skript ablaufen zu lassen. Der Hauptskriptdialog verfügt über eine Hilfe-Schaltfläche. Durch Klicken darauf wird die Bedienungsanleitung des Skripts angezeigt.

Für dieses Script ist Spike2 v6.18 oder höher erforderlich.

Signifikante Daten mit farbigen Leisten markieren
MarkStates.s2s (09/16)

MarkState.zip

Dieses Skript ermöglicht Ihnen, einen "Status"-Kanal in einer Zeitansicht zu erstellen und zu verwenden, um signifikante Zeitbereiche in Ihren Daten mit farbigen, bezeichneten Leisten zu markieren. Diese Leisten können automatisch hinzugefügt werden, um Episoden zu kennzeichnen, wenn ein Wellenformkanal eine benutzerdefinierte Schwelle überschreitet (oder darunter zurückfällt). Alternativ können Sie Zeitbereiche manuell durch Klicken und Ziehen mit der Maus markieren.

Bis zu 6 verschiedene Farben und Labels können je Statuskanal zur Markierung der verschiedenen Ereignistypen verwendet werden. Das Skript kann einen einfachen Bericht der Einsetzzeiten und -dauern von Zuständen und die Reihenfolgen ihres Auftretens erstellen.

Geprüft mit Spike2 v 7.18 und 8.10

Zeitliches Verschieben von Ereignisdaten
TimeshiftEvents.s2s (04/10)

TimeShiftEvents.zip

Mit diesem Script lassen sich Ereignis- oder Marker-Zeiten aus einer aktuell ausgewählten Datendatei in einen neuen permanenten Kanal in einer beliebigen offenen Datendatei kopieren. Das Script erstellt zwei Cursor zum Auswählen des zu kopierenden Datenbereichs. Der Benutzer kann zudem eine optionale Zeitverschiebung anwenden, indem die Startzeit für die Daten in dem neuen Kanal eingestellt wird. Der Ordner Data in Ihrem Spike2-Verzeichnis enthält eine geeignete Beispiel-Datendatei, Demo.smr.

Für dieses Script ist Spike2 v5.21 oder höher erforderlich.

Einfügen von Ereignisreihen offline
AddEvents.s2s (04/10)

AddEvents.zip

Mit diesem Script kann der Benutzer einen Zeitbereich und eine Stimulationsfrequenz einstellen, um Ereignisse mit dem angegebenen Intervall und Zeitbereich in einen neuen Kanal in einer Datendatei einzufügen. Das Script ermöglicht zudem das Hinzufügen mehrerer Ereignisreihen zum gleichen Kanal.

Mit diesem Script ließen sich auch Impulsreihen mit einer festgelegten Frequenz erstellen und ausgeben. Nach Erstellen der Ereignisse als Ereigniskanal in der Datendatei könnte der Benutzer sie mit dem Script PlaySpikeTimes in den Ausgabe-Sequencer laden.

Für dieses Script ist Spike2 v5.21 oder höher erforderlich.

Nummerieren von Ereignissen von 1 bis n
StimNumber.s2s (04/10)

StimNumber.zip

Mit diesem Script lassen sich Stimulus-Ereignisse, Spitzenformen oder Marker mit einer Kennnummer versehen. Das Script erstellt einen neuen TextMark-Speicherkanal, der Zeichenketten enthält, angefangen mit 1 für die Zeit des ersten Ereignisses in dem Bereich. Der Ordner Data in Ihrem Spike2-Verzeichnis enthält eine geeignete Beispiel-Datendatei, Demo.smr.

Für dieses Script ist Spike2 v5.21 oder höher erforderlich.

Kommentare in einem Script ausrichten
Align Comments.s2s (08/15)

AlignComments.zip

Dieses Script ist ein Hilfsprogramm für Script-Autoren. Es verbessert das Layout eines Scripts, indem es die Kommentare in Zeilen mit Code um den gleichen, benutzerdefinierten Abstand einrückt.

Für dieses Script ist Spike2 Version 6,04 oder höher erforderlich.

Layout eines Scripts ordnen
Script_Tidy.s2s (04/08)

ScriptTidy.zip

Dieses Script ist ein Hilfsprogramm für Script-Autoren. Es verbessert die Lesbarkeit von Scripts (vor allem bei längeren Scripts mit vielen Funktionen und Prozeduren).

Verfügbare Optionen sind u.a. das Entfernen von Konstanten und Variablen, die zwar vereinbart, aber nicht ausgeführt wurden, sowie das Sortieren von Funktionen und Prozeduren in einer alphabetischen Liste nach dem Hauptprogramm. Am einfachsten lässt sich dieses Script per Schaltfläche auf der Script-Symbolleiste ausführen.

Für dieses Script ist Spike2 Version 6,04 oder höher erforderlich. Es verwendet außerdem Funktionen aus der Script-Datei GHutils.s2s (im Download inbegriffen). Diese Datei muss in einen Ordner namens include kopiert werden, der sich im gleichen Verzeichnis befindet wie Ihre Kopie von Spike2.

Verbinden von Dateien
MergeFiles5.s2s (01/17)

MergeFiles5.zip

Mit diesem Utility-Script können Sie:

  • alle Zeitansichten in einem ausgewählten Ordner zu einer einzigen Datendatei zusammenfügen.
  • Daten zwischen offenen Zeitansichten kopieren und einfügen.
  • Daten aus ausgewählten Zeitbereichen in einer Zeitansicht löschen.

Eine ausführliche Benutzeranleitung finden Sie am Anfang des Scripts. Dieses Script funktioniert mit der neuesten Version 5 von Spike2. Eine Luxusversion ist im Standard-Skriptordner von Spike2 für Spike2 Version 6 und später enthalten.

Dateien konkatenieren
Concatenate01.s2s (06/18)

ConcatFiles.zip

Dieses Skript dient der Zusammenführung von Dateistapeln, die in einer Zeitsequenz mit denselben Sampling-Konfigurationen aufgenommen wurden. Die Dateien werden nahtlos miteinander verbunden und Lücken werden eingefügt, wenn es eine Verzögerung zwischen dem Ende einer Aufnahme und dem Beginn der nächsten gibt. Dies bedeutet, dass eine auf die Sekunde genaue Zeitachse beibehalten wird. Dies ist insbesondere wichtig, wenn langfristige Aufnahmen konkateniert werden, bei denen die Tageszeit und die Dauer der Lücken von Bedeutung sind.

Das Skript gilt für die Ressourcendatei der ersten Quelldatei eines Stapels, um die virtuellen Kanäle, die Kanalprozesse, Kanalanzeigenreihenfolge usw. in der Zieldatei beizubehalten.

Informationen sind in den Anmerkungen zu Beginn des Skripts selbst enthalten.

Mit Spike2 v8.05 getestet. Kompatibel mit Spik2 v7.07 oder höher.

Bereiche Löschen
DeleteRanges04.s2s (11/17)

DeleteRanges.zip

Dieses Skript erfordert Spike2 v7.07 oder höher. Dies ermöglicht Ihnen, markierte Zeitbereiche von der Spike2 Zeitansicht zu löschen. Markieren Sie die auszuschneidenden Zeitbereiche unter Verwendung des TimeRanges.s2s Skripts in Ihrem Spike2 scripts Verzeichnis. Dann lassen Sie dieses Skript ablaufen, um eine neu bearbeitete Datendatei zu erstellen.

Die Originaldaten bleiben davon unberührt. Sie könnten dieses Skript verwenden, um "bearbeitete Hinterlegungen" Ihrer Daten zu generieren oder Stimulus-Artefakte zu entfernen.

Entfernen Sie Artefakte, die über oder unter dem Niveau der physiologischen Daten liegen
UnClip.s2s (02/20)

unclip.zip

Bei vielen Analysetypen werden Ereignisse erkannt, die einen Schwellenwert über- oder unterschreiten. Dieser Schwellenwert basiert normalerweise auf dem Mittelwert + einem Vielfachen der Standardabweichung.

Das Messen des Mittelwerts und der Standardabweichung ist in Fällen schwierig, in denen die Daten von Artefakten betroffen sind, die dazu führen, dass die Wellenform wiederholt die Grenzen des Aufzeichnungsbereichs erreicht, d.h. "übersteuern". Dies ist ein Problem, das häufig auftritt, wenn Telemetriesysteme zur Aufzeichnung von EEG oder EKG verwendet werden.

Dieses "schnörkellose" Skript bietet eine Methode, um dieses Problem zu beheben, indem Artefakte identifiziert werden, die einen benutzerdefinierten Schwellenwert über- oder unterschreiten, und eine RealWave-Kopie des betroffenen Kanals erstellt wird, wobei die Artefakte durch einen benutzerdefinierten Basislevel ersetzt werden. Es sollte die Verzerrung von Mittelwert- und SD-Messungen verringern und die Daten für das Auge einfacher machen, indem Störungen beseitigt werden.

Dieses Skript erfordert Spike2 v7.19 oder höher.

Artefakte aus einem Event-Kanal löschen
debounce.s2s (07/09)

debounce.zip

Diese Skripts differenzieren bzw. integrieren einen ausgewählten Bereich an Wellenformdaten. Das Ergebnis wird in einen Speicherkanal geleitet. Das Integral wird durch das Datenkanal-Sample-Intervall bemessen, so dass es Kanalbereichen entspricht.

ECG Artefakte von EMG-Kanälen entfernen
ECGDelete 02.s2s & ECGdelete v5.s2s (04/20)

ECGdelete.zip

Dieses Skript verringert die Größe von ECG Artefakte bei EMG-Aufzeichnungen durch Wegnahme des Rauschens. Sie müssen einen dedizierten ECG-Kanal entlang Ihrer Daten als Quelle für Ereignisse erfassen, die die Position der Artefakte kennzeichnen, sofern die Artefakte auf den EMG-Kanälen selbst groß genug für ein zuverlässiges Triggern sind.

Die zip-Datei enthält 2 Skripts, ECGdelete01.s2s - geeignet für die Verwendung mit Spike2 v7.07 oder höher - und ECGdelete v5.s2s - zur Verwendung mit Spike2 v5.21 und v6.

Stimulus-Artefakte entfernen
artrem.s2s & artrem6.s2s 03/16

artrem.zip

Entfernt Stimulus-Artefakte aus Datenkanälen und ersetzt die Störsignale zur Erhaltung der Kontinuität durch eine gerade Linie. Artefakte lassen sich durch Timing von einem Trigger-Kanal oder durch Cursor-Positionen identifizieren.

Der Download beinhaltet nun eine aktualisierte Version für Benutzer von Spike2 v6 und höher. Die Basisversion ist für Benutzer von früheren Versionen von Spike2 noch erhältlich.

Behebung kleinerer Fehler
FeatureDetect.s2s (10/11)

FixGlitch.zip

Dieses Skript der Version 7 ersetzt kleine Fehler oder Artefakten in einer Wellenform oder einem RealWave-Kanal mittels linearer Voraussage. Einfach gesagt: Das Skript ersetzt Segmente mit "schlechten" Daten durch eine Wellenform ähnlichen spektralen Inhalts aus den "guten" Daten auf beiden Seiten des Fehlers.

Ergebnisdatei in Datendatei konvertieren
RES2SMR.S2S (06/02)

res2smr.zip

Konvertiert Daten aus Ergebnisdateien zurück in eine Datendatei, um Datendatei-spezifische Aufgaben auszuführen. Dies erfordert Spike2 Version 4 oder später.

Event-Kanäle in einer Zeitansicht verarbeiten
ProcEvts.s2s (01/17)

ProcEvts.zip

Hierbei handelt es sich um ein Allzweck-Skript, das sich für das Erstellen und Bearbeiten von Event-, Level-, Marker-, TextMark-, RealMark- und WaveMark-Kanälen in einer Zeitansicht eignet.

Anhand dieses Skripts können Sie:

  1. Einen neuen Marker-Kanal erstellen, der die Zeiten von Peaks, Troughs und Level Crossings in einem Wellenform- oder RealWave-Kanal speichert.
  2. Einen virtuellen Fenster-Diskriminator einrichten, um Peaks oder Troughs in einem Wellenformkanal, die innerhalb eines benutzerdefinierten Amplitudenbereichs liegen, festzustellen.
  3. Einen neuen Marker-Kanal erstellen und Marker manuell hinzufügen, anhand eines Cursors, um die Zeit und Dialoge zur Eingabe zusätzlicher Informationen - z.B. Markercodes, Text- oder Real-Mark-Werte - festzulegen.
  4. Einen neuen Kanal erstellen, indem Gruppen von aus mehreren anderen Kanälen kopierten Elementen kombiniert werden.
  5. Bereits existierende Marker-Kanäle bearbeiten, entweder durch Hinzufügen neuer Marker, ihr Löschen oder durch Ändern der Markercodes, Text- oder Real-Mark-Werte, die mit existierenden Markern assoziiert sind.
  6. Unerwünschte, durch Schalterprellen verursachte Marker einfach eliminieren.
Dieses Skript erfordert Spike 2 Version 5 oder höher.

Manche dieser Skripts stammen von Anwendern, und nicht vom CED-Team. Wenn auch Sie ein Skript haben, das Sie anderen Anwendern über diese Seite zugänglich machen möchten, wenden Sie sich an Simon Gray. Wir haben auch einige Skripts für Signal.

Diese Scripts werden als WinZip-Dateien myscript.zip gespeichert außer wenn sie als spike\scripts\myscript.s2s. angezeigt werden. Diese Dateien wurden mit Spike2 installiert, und spike steht für das Verzeichnis, in dem Sie Spike2 installierten. Siehe die Zusammenfassungen durch Klicken auf die Beschreibungszeile (unten). Dann können Sie sie durch Klicken auf den Dateinamen herunterladen; bitte überprüfen Sie die erhaltene Größe.

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‘Brummen’ durch Störungen beim Netzempfang ist oft komplex und setzt sich aus ungeraden Obertönen der Netzfrequenz zusammen. Dadurch wird das Entfernen bzw. Unterdrücken mit einem Hochpassfilter oder einer Netzpasssperre stark erschwert. HumRemoveExpress.s2s ist ein Skript von Spike2 der Version 7, das Sie offline nutzen können, um einen Großteil der restlichen Netzstörungen herauszufiltern. So lassen sich Ihre Daten weit besser darstellen und leichter analysieren. Diese Video-Anleitung zeigt wie man mit dem Skript Brummen aufgrund von Netzstörungen entfernt.

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