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Programación para Spike2
Análisis
Análisis de Componentes Independientes (ICA)
ICA15a.s2s & ICAutils.s2s (01/19)
ICA se refiere a un grupo de métodos matemáticos que se emplean para separar formas de onda muestreadas en componentes independientes desde el punto de vista estadístico. Es muy útil para extraer las señales subyacentes de un grupo de grabaciones en las que cada canal individual es una mezcla desconocida de señales de varios generadores subyacentes. Por ejemplo, ICA ofrece una solución al clásico "Problema de la fiesta de cóctel": ¿Es posible separar voces individuales de una conversación bulliciosa? ICA puede hacer esto siempre y cuando el sonido hubiese sido grabado desde posiciones diferentes utilizando varios micrófonos.
ICA también puede emplearse en situaciones de grabaciones fisiológicas en las que se usan varios electrodos para grabar las señales subyacentes, por ejemplo, electrodos de EEG en el cuero cabelludo, grabaciones de EEG con varios electrodos intracraneales, grabaciones de EMG superficiales o conjuntos de electrodos en un cultivo tisular. Hay que destacar que el método también puede separar los zumbidos de la red eléctrica y las fuentes de interferencia eléctrica de las señales de origen fisiológico.
El precio que hay que pagar por esta excelente separación de la fuente de la señal es la pérdida de la información de amplitud porque se normalizan los resultados. Sin embargo, aceptando esta limitación, ICA puede ser una forma muy potente para analizar y realizar investigaciones valiosas.
El paquete incluye:
| ICA15a.s2s and ICAutils.s2s | El script principal y la biblioteca de funciones de script |
| ICA15a guide.pdf | La guía del usuario del script |
| bssguide.pdf | Una introducción a las matemáticas subyacentes a ICA |
| Sampled Sounds.smrx / .s2rx | Datos de ejemplo que contienen varias pistas musicales mezcladas |
| icEEG example.smrx /s2rx | Datos de ejemplo de 3 conjuntos de electrodos de EEG intracraneales extremadamente contaminados con el zumbido de la red eléctrica |
Este script requiere de Spike2, versión 9.
Rectificación e integración de formas de onda
Integrate 01.s2s (06/16)
La actividad multiunitaria extracelular de los nervios periféricos puede ser difícil de cuantificar. Es posible que no puedan identificarse las unidades individuales debido a que la relación de señal-ruido es demasiado baja o porque se activan al mismo tiempo muchas unidades. En estas circunstancias, puede ser de utilidad rectificar e integrar la señal en un margen de tiempo corto para convertir la actividad de un grupo de unidades a un nivel tal que se puedan indicar cambios de respuestas a los estímulos. El script funciona en o fuera de línea con hasta 4 canales de origen muestreados a la misma frecuencia. Puede incrementar el número de canales procesados en línea realizando cambios menores al script.
Este script se ha probado con Spike2 v7.17 o una versión mayor.
Valor medio de una forma de onda
DoMedian01.s2s (12/18)
Este script calcula el valor de la 'mediana' de una forma de onda seleccionada entre dos cursores y tabula los resultados en la vista del registro. La mediana es el punto central del rango de datos, es decir, la mitad de los puntos de datos que están debajo y la mitad de los valores que están encima. Esta medida no está actualmente disponible en el diálogo Cursor Regions.
Tenga en cuenta que el cálculo de la mediana puede demorarse mucho cuando el número de puntos de datos en el rango elegido es elevado.
Hay una guía del usuario en la página 1 del archivo de script. Este manuscrito requiere Spike2 v7.20 o superior.
Gran Promedio
GrandAv 02a.s2s (12/18)
Use este script para construir vistas de medias a partir de vistas de resultados múltiples, es decir, PSTH, histograma de intervalos, medias de forma de onda, y espectro de potencia. Las vistas de origen y de destino pueden contener varios canales. Hay opciones de procesamiento manual y por lotes:
- El procesamiento por lotes le permite crear una gran media de todas las listas de resultados en una carpeta. Puede agregar cada canal en los archivos de origen al número de canal correspondiente en la gran media. Como alternativa, puede agregar todos los canales de los archivos de origen a un solo canal nominado en la gran media.
- Modo manual: En este modo, puede elegir paso a paso qué canal del origen puede agregar a qué canal en la gran media de destino.
Cada canal en una vista de la gran media de multicanal tiene su propio recuento de barrido en el comentario del canal.
La guía del usuario se encuentra en las páginas 1 a 3 del archivo de script.
Este manuscrito requiere Spike2 v7.11 o superior.
Correlaciones de canal de cruce múltiple
CrossChanCorrelation.s2s (06/22)
Este manuscrito genera histogramas de correlación pico múltiples para todas las combinaciones de picos modelados en un canal. Actualmente permite hasta 8 plantillas pico por canal (incluye el código 0) para correlacionar entre los canales en el fichero.
El manuscrito está controlado desde una barra de herramientas con la que el usuario puede abrir un fichero de datos para analizar y controlar los parámetros de la correlación y también el número de vistas de resultados que visualizar cada vez. Se incluye un ejemplo adecuado de fichero de datos Extracellular spikes.smr, en la carpeta Datos del directorio de su Spike2.
Este manuscrito requiere Spike2 v7.20 o superior.
Detección de la característica interactiva
FeatureDetect.s2s (05/10)
Este manuscrito permite al usuario importar de forma interactiva picos, depresiones o cruces de umbral basados en un valor de amplitud definido con un par de cursores horizontales o con un solo cursor horizontal utilizado como cruce de umbral.
El manuscrito utiliza una rutina inactiva que automáticamente actualiza el canal de memoria que contiene los marcadores de evento si el usuario ajusta las amplitudes o los niveles de umbral. Se incluye un ejemplo de fichero de datos adecuado, Blood pressure waveform.smr, en la carpeta Datos del directorio de su Spike2.
Este manuscrito requiere Spike2 v4.24 o superior.
Mediciones automáticas de Cursor Regions
WMeasure.s2s (01/17)
Este manuscrito automatiza el proceso de toma de mediciones del tipo de Cursor Regions. Simplemente, especifique el canal fuente, el tipo de mediciones que tomar y el rango de tiempo sobre el cual desea tomarlas. Por ejemplo, se puede especificar la media de una forma de onda a medir en depósitos de 30 s. Los resultados se pueden trazar como RealMark o tabularse en el registro. Como refinamiento adicional, se puede especificar un canal de State y códigos de marcador para dirigir el análisis a los rangos de tiempo que le interesan.
Este manuscrito requiere Spike2 v 6.06 o superior.
Instalación de una función Gabor
GaborFitDemo.s2s (05/09)
La función Gabor es una onda sinusoidal amortiguada por una función Gaussian.
Este manuscrito le permite instalar una función Gabor en los datos fisiológicos. Un ejemplo de la aplicación podría ser detectar la actividad neural oscilatoria en correlogramas automáticos, p.ej., Young et al (1992). El manuscrito también genera los datos de prueba que se pueden utilizar para familiarizarse con el procedimiento de ajuste de curva.
También puede utilizar este manuscrito como plantilla para ajustar otras funciones por regresión no lineal utilizando la función de manuscrito [ FitNLUser() ].
Este manuscrito requiere Spike2 v6.06 o superior.
REFERENCIA
Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474
Registro y análisis de los datos respiratorios
Resp 80t.s2s (01/21)
Este archivo contiene manuscritos que le permiten:
- Calibrar un [ pneumotachograph ], el tipo de flujómetro utilizado para registrar la respiración.
- Convertir la salida del [ pneumotach. ] en salida [ BTPS flow ] y [ BTPS volume ] online.
- Analizar los datos respiratorios.
- Restar la deriva de las trazas de volumen y de flujo.
- Medir las maniobras [ inspired capacity (IC) ] y [ forced vital capacity (FVC) ].
- Realizar el análisis de respiración por respiración de muchos parámetros respiratorios.
- Trazar [ Flow-Volume loops ].
- Trace un bucle de flujo-volumen máximo compuesto utilizando el script: Loop Env.s2s
- Trazar y tabular la relación de pendiente de los bucles de Maximal Expired Flow-Volume
- Investigar la limitación del flujo durante el ejercicio haciendo mediciones comparativas de [ F-V loops ].
- Trazar [ Volume-Pressure loops ].
- Medir los componentes elásticos y resistivos del Trabajo de Respiración.
Son versiones beta. Envíe sus informes de defectos e ideas de desarrollo futuro a geoff(at)ced.co.uk
Fases de respuesta de análisis de LVP
LVP_Analysis_Resp Phases.s2s (06/21)
En este script de Spike2, utilizamos las señales fisiológicas de presión del ventrículo izquierdo y la tráquea, obtenidas simultáneamente por cateterismo, para determinar las interacciones entre la hemodinámica cardíaca y la función respiratoria. Las métricas de la función sistólica y diastólica se calculan y se separan en las fases inspiratoria, espiratoria temprana y espiratoria tardía de la respiración para caracterizar el efecto de cada fase respiratoria con base en los parámetros de la función del ventrículo izquierdo.
Este manuscrito requiere Spike2 v10.01 o superior.
Medición en/fuera de línea de una traza de presión sanguínea
HRBP.s2s (11/13)
Esta serie de scripts y configuraciones de muestreo de Spike2 v7 le permiten efectuar registros prolongados de presión sanguínea, frecuencia cardíaca y actividad simpática, también permiten analizar la variabilidad de los reflejos barorreceptores y la frecuencia cardíaca. Los scripts son idóneos para usar con una gama de animales de laboratorio y pueden registrar simultáneamente los datos de hasta 8 animales cuando se usan con sistema de telemetría.
HRBP8b.s2s obtiene los valores de presión sanguínea sistólica, diastólica y media, frecuencia cardíaca y frecuencia respiratoria de cada traza de presión sanguínea. Los datos de hasta 8 animales se pueden analizar en línea o fuera de línea. Los resultados se registran continuamente o según un programa definido por el usuario, p. ej. 10 minutos por hora. Los datos se pueden guardar automáticamente en un nuevo archivo en intervalos regulares (p. ej. cada 24 horas) para realizar virtualmente grabaciones continuas durante días o semanas.
MergeFiles.s2s/SplitFiles.s2s Estos scripts utilitarios le permiten unir archivos completos de datos guardados automáticamente para realizar análisis ulteriores y dividir datos relacionados con animales diferentes en archivos de datos separados.
sBRG.s2s Este script fuera de línea calcula la sensibilidad del reflejo barorreceptor con base en las fluctuaciones espontáneas de la presión sanguínea.
SigFit.s2s Ajusta las curvas sigmoides (4 y 5 parámetros) a los datos de frecuencia cardíaca y presión sanguínea obtenidos a través de experimentos de estado de equilibrio.
HRV1.s2s Efectúa análisis de dominio de frecuencia de la variabilidad de frecuencia cardíaca.
Poincaré s2s Efectúa análisis no lineales de la variabilidad de la frecuencia cardíaca.
HRBPtable.s2s Genera tablas de resultados, idóneas para análisis ulteriores con software de hojas de cálculo.
Baro5.s2s Es una biblioteca de funciones de scripts, necesarias para el script SigFit.
Esta familia de scripts de Spike 2 precisa de la versión v7.12 o superior.
Trazar la frecuencia cardíaca y el intervalo RR sobre un ECG
HR_RRecg.s2s (08/23) ¡Nuevo!
Este script fuera de línea genera un canal de frecuencia cardíaca (bpm) y un canal de intervalo RR (ms) con base en un canal ECG en la vista de tiempo actual. También hay una opción para crear una tabla de frecuencia cardíaca e intervalos RR latido a latido, junto con marcadores de teclado y TextMarks (-a menudo utilizados para indicar el tiempo y los detalles de los tratamientos experimentales). El script incluye una breve guía del usuario que se visualiza al hacer clic en un botón de la barra de herramientas.
El script requiere la última versión 8, v.9 o v.10 de Spike2.
Análisis de presión arterial
HR_BP.s2s (07/23) Mejorado!
Este script le permite:
Crear canales adicionales en su archivo de datos obtenidos mediante una traza de la presión arterial. Los canales adicionales disponibles son: Frecuencia cardíaca, intervalo entre latidos, pa diastólica, pa sistólica y pa del pulso.
Procesar una sola traza de pa en línea o varios trazas de pa fuera de línea.
Simular el registro en línea reproduciendo una vista de tiempo existente con el botón REPLAY.
Mostrar una tabla de estadísticas de presión arterial "actual" que se actualiza cada segundo en línea o durante REPLAY.
Generar una tabla de tiempos y amplitudes de latidos para cada canal derivado en una vista de cuadrícula. También existe la opción de incluir las notas del experimentador y la información de sincronización del estímulo almacenada en los canales Keyboard marker y TextMark. Esta tabla se puede guardar o pegar en una hoja de cálculo para realizar un análisis ulterior.
Este script requiere v8.20 o superior.
Análisis de la variabilidad de la frecuencia cardíaca y de la presión sanguínea
HRV1.s2s (03/23)
El script HRV_10 realiza el análisis del dominio de frecuencia del intervalo de pulso (PI) y también la variabilidad de la presión sanguínea sistólica y diastólica.
Las grabaciones de larga duración se subdividen en épocas definidas por el usuario con espectros de potencia independientes para cada intervalo de tiempo. Las formas de onda de HRV pueden editarse para excluir los artefactos antes de generar las vistas del espectro de potencia multicanal.
Los espectros se subdividen en bandas VLF, LF y HF definidas por el usuario y los niveles se trazan en el archivo de datos de origen y se tabulan en una hoja de cálculo.
Un segundo script HRV10 revu.s2s proporciona un método conveniente para revisar los archivos de datos existentes.
Ambos scripts requieren Spike2 v9.17 o superior.
Histograma de amplitud
amphist.s2s (06/07)
Este manuscrito genera un histograma de distribución de amplitud desde un canal de Waveform, RealWave o WaveMark. Se puede seleccionar el canal requerido, el rango de tiempo, el rango de amplitud y el tamaño de recipiente utilizando una combinación de entradas de arrastre del cursor y de diálogos. Los resultados se pueden visualizar en varias formas que incluyen el número de puntos, el tiempo y el porcentaje de tiempo en cada recipiente de amplitud. Se incluye una guía del usuario en los comentarios que se encuentran en el encabezamiento del manuscrito.
Este manuscrito requiere Spike2 versión 6,04 o superior. También utiliza las funciones en el archivo de manuscrito GHutils.s2s (incluido en la descarga). Este archivo se debe ubicar en una carpeta llamada include, situada dentro del directorio que contiene su copia de Spike2.
Separa las trazas de los canales estereotrodo y tetrodo
SeparateTracesNEW.s2s (09/13)
Este manuscrito toma un canal seleccionado de datos de traza múltiple WaveMark para crear canales de memoria adicionales en el fichero de datos, cada uno contiene una traza individual del canal fuente. El usuario selecciona el canal y el tipo (estereotrodo o tetrodo) de un diálogo cuando el manuscrito está ejecutando. Se incluye un ejemplo de fichero de datos adecuado, Tetrode data.smr, en el fichero .Zip.
Este manuscrito requiere Spike2 v5.21 o superior.
Detectar ráfagas de eventos usando Poisson Surprise
SURPRISE.S2S (05/98)
Este manuscrito detecta ráfagas de eventos en comparación con unas referencias de más eventos aleatorios.
Análisis de ráfaga mejorados
bursts.s2s (08/18)
Crea canales de nivel en un archivo de datos que marca grupos de Eventos, Marcadores o Wavemarks. Traza la duración de la ráfaga, el intervalo entre ráfagas, el período de ráfagas o eventos /ráfaga contra el tiempo.
Crea canales adicionales mostrando la tasa de la ráfaga, los tiempos de iniciación de la ráfaga, y los eventos dentro de la ráfaga y eventos que no están dentro de ráfagas.
Genera una tabla de estadística de ráfaga que puede ser rápidamente copiada en una hoja de cálculo para su análisis posterior.
Se intenta que este manuscrito sustituya al w_bursts.s2s situado en la carpeta de manuscritos de spike2. Véase la hoja de datos que le acompaña Bursts.pdf para una guía de usuario detallada.
Indicador de nivel
Level indicator v1.02.s2s (09/10)
Para muchas aplicaciones, es importante conocer el cronometraje y la duración de los períodos cuando el nivel de un canal de forma de onda exceda un umbral superior definido por el usuario, caiga por debajo de un umbral más bajo o esté entre estos dos niveles. Este manuscrito proporciona un método conveniente de visualizar y analizar el número y la duración de los estados alto, intermedio y bajo.
El manuscrito le permite hacer lo siguiente:
- Configurar un nivel de umbral superior e inferior en el canal de forma de onda seleccionada.
- Crear un canal indicador de nivel en el archivo de datos con períodos superior, inferior y entre los niveles de umbral denotados por las barras de color.
- Elegir un código de color apropiado para los estados alto, medio y bajo, p.ej., rojo/ámbar/verde o verde/ámbar/rojo, según que el nivel alto o el nivel bajo represente la gama ’óptima’ o la ’preferida’.
- Trazar la duración de un estado individual o los 3 estados como función de tiempo.
- Mostrar la distribución de las duraciones de cada estado como gráfico de barras.
- Generar un informe adecuado de análisis adicional con software de hoja de cálculo.
- Utilizar la manipulación de datos normal y las características de análisis de Spike2 durante la operación de manuscrito.
Requisitos de software:
Este manuscrito requiere la versión 5.09 de Spike2 o superior.
Registro e integración PSTH
QPSTH2.S2S (12/98)
Este manuscrito registra señales de activación y respuesta. Crea una visualización de resultado PSTH y la integra para producir una pantalla acumulativa. Esto se hace en línea conforme se comprueban los datos. Se definen dos canales: un canal de accionamiento y un canal de evento de respuesta.
Histogramas de frecuencias instantáneas de eventos/marcadores en una vista de tiempo
IF_distr01.s2s (02/18)
Este script crea un histograma de la distribución de frecuencias instantáneas de eventos, Markers, RealMarks o WaveMarks en una vista de tiempo Spike2. Puede ser útil para trazar las distribuciones de frecuencia de trenes de impulsos nerviosos en respuesta a diferentes condiciones experimentales.
Este manuscrito requiere la versión 8.03 de Spike2 o superior.
Graduación automática de dormir para ratas
Rat Sleep Auto.s2s (09/21)
Este manuscrito asigna puntuaciones de inactividad (Wake, NREM, REM y Doubt) basadas en las grabaciones de hippocampal EEG y nuchal EMG. Implementa el método de Costa-Miserachs et al (2003). El manuscrito incluye una guía breve del usuario que deberá leerse en conjunción con el artículo original. El archivo zip incluye un archivo de datos que muestra los resultados típicos y se puede utilizar para probar el script.
Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet (Etapas del proceso automático de dormir en ratas con una hoja de cálculo estándar). Métodos de J.Neurosci 130:93-101
Este manuscrito requiere la versión de Spike2 8.03 o superior.
Evaluación en línea del sueño para un máximo de 4 animales
OSD4.s2s (07/21)
Este script sirve para la separación por etapas en línea del sueño de ratas, ratones o pollos. El sueño se divide en fases de sueño WAKE (DESPIERTO), NREM o REM con base en las grabaciones de un canal EEG y uno EMG por animal. El script puede generar patrones de impulsos de salida definidos por el usuario al detectar una fase objetivo de sueño (por ejemplo, REM). Estos impulsos son idóneos para controlar un láser en estudios optogenéticos.
El script también es idóneo para aplicaciones más simples, p. ej., separar por etapas fuera de línea del sueño o trazar la potencia espectral EEG en hasta 4 bandas de frecuencia fuera de línea.
Grabar más de 2 animales simultáneamente requiere una caja de conexiones aparte (CED 2805 DIO-8) o un cable a la medida hecho en casa para poder conectar entradas y salidas digitales en el panel posterior de una interfaz 1401.
Este manuscrito requiere la versión de Spike2 8.08 o superior.
Sleepscore (Registro durmiente)
sleepscore 706.s2s (12/24) Mejorado!
Este manuscrito le permite realizar las siguientes tareas:
- Subdivide una vista de tiempo de Spike2 en épocas de la longitud deseada.
- Inspecciona los datos y asigna épocas a las etapas de dormir (o a otras categorías definidas por el usuario).
- Marca ‘Eventos’ definidos por el usuario como apneas y despertar.
- Las Épocas y los Eventos se muestran como estados en los canales TextMark y las diferentes etapas y eventos están representados por un código de color.
- Marca los Eventos y las etapas de dormir bajo control del ratón utilizando un método de arrastrar y dejar.
- Optionally display trend plots of EEG spectral power in user-defined bands and Theta: Delta ratio.
- Muestra opcionalmente los espectros de potencia bandeada de EEG de una época seleccionada.
- Muestra opcionalmente un hipnograma en el que cada estado de dormir está representado por un nivel.
- Genera un informe adecuado para el análisis adicional con el software de hoja de cálculo.
Requisitos de software:
Este manuscrito requiere la versión 8.03 de Spike2 o superior.
Cambios de tabulación relacionados con el estado de sueño en las características espectrales de EEG
PiB rept 06a.s2s (10/17)
Este script funciona en los archivos de datos que contienen uno o varios canales EEG y un canal de marcador de estado de sueño (un canal de estado con estados de vigilancia marcados mediante barras de colores diferentes).
Puede crear varios canales espectrales EEG, para mostrar la banda de entrada de potencia EEG, la frecuencia dominante o el borde espectral. Posteriormente, el script genera una tabla de resultados que muestra las características espectrales de cada episodio sucesivo de un estado de sueño definido por el usuario (p. ej. NREM) durante una grabación prolongada. Esto le permite cuantificar los cambios de las características espectrales con el tiempo y los efectos de la estimulación optogénica o de otro tipo. La tabla genera un resumen cada hora o intervalo de tiempo que elija para poder identificar más fácilmente las tendencias.
Hay una opción para "filtrar" los resultados, es decir, incluir o excluir los datos que están en un rango de tiempo alrededor de marcadores en un canal nominado. Con esto, puede, por ejemplo, excluir todos los datos durante la estimulación o incluir los datos durante un rango de tiempo específico después de la estimulación.
Este script necesita Spike2 v8.12 o una versión posterior.
Estadificación del sueño mediante un algoritmo de aprendizaje automático
autoscore-1.86.s2s (12/23) Mejorado!
Este script genera calificaciones del sueño de una rata o ratón basándose en un canal de EEG y un canal de EMG de un músculo del cuello.
El script subdivide los datos en segmentos cortos y le permite calificar un subconjunto de estos momentos mediante la inspección visual como WAKE, NREM, REM o UNCLEAR. Estas calificaciones se marcan en el archivo de datos en un canal de estado codificado por colores. Sirven como 'datos de entrenamiento' para un algoritmo de aprendizaje automático que clasifica los momentos restantes para que coincidan mejor con los criterios de entrenamiento y retorna los resultados en un segundo canal de estado codificado por colores.
Requisitos:
El script requiere Spike2 v 10.04 o superior para una funcionalidad completa.
Para utilizar la función de aprendizaje automático, debe estar presente una versión de Matlab de 64 bits con una caja de herramientas de procesamiento de señales y configurarse como un servidor de automatización.
El script tiene una guía de usuario detallada que incluye las instrucciones sobre cómo configurar la comunicación con Matlab. La información adicional sobre la 'Troubleshooting the Matlab connection' se puede obtener a través de la ayuda en línea de Spike2.
Este script se basa en el software aportado por Henna-Kaisa Wigren y colaboradores del Institute of Biomedicine, Helsinki.
Importación de datos de un sistema de evaluación del sueño Compumedics Profusion™
SS andEvts Import.s2s (04/16)
Este es un proceso de varias fases.
Puede exportar los datos de forma de onda en el Formato europeo de datos (.edf) y posteriormente importar el archivo .edf en Spike2 para realizar análisis ulteriores. Sin embargo, los datos sobre los estados de sueño, el inicio y la duración de los eventos valorados en forma manual: movimientos de los ojos, apneas, etc. se almacenan en un archivo de recursos (en formato .xml) que no puede leerse directamente a través de Spike2.
Convierta el archivo .xml en formato .txt copiando el archivo de recursos de Profusion™ desde una ventana del explorador web a un editor de texto simple, por ejemplo, Notepad™, a través del portapapeles y guárdelo. Posteriormente, puede importar la información del estado y el evento de sueño del archivo de texto en el archivo de datos de Spike2 utilizando este script.
Este script importa los datos guardados en formato CMPPSGSCOREDATA.
Hay una guía del usuario en los comentarios al inicio del archivo del script.
Este script necesita Spike2 v7.17 o una versión posterior.
Importación de datos de un sistema 2 de evaluación del sueño Compumedics Profusion™
SS -Evts Import 2.s2s (06/16)
Este script funciona de manera similar al script anterior. Sin embargo, está ideado para importar archivos de texto creados a partir de archivos .xml en el formato CMPSTUDYCONFIG de Compumedics.
Hay una guía del usuario en los comentarios al inicio del archivo del script.
Este script se basa en uno aportado por Dwayne Mann, Ingeniería biomédica, Universidad de Queensland. Si es apropiado para su caso, pueden agradecerle, en caso contrario, me pueden echar la culpa (GH).
Este script necesita Spike2 v7.10 o una versión posterior.
Importación de datos de un sistema de evaluación del sueño Somnologica™
SS_imp_Somno.s2s (04/16)
Este es un proceso de varias fases.
Puede exportar los datos de forma de onda en el Formato europeo de datos (.edf) y posteriormente importar el archivo .edf en Spike2 para realizar análisis ulteriores. Sin embargo, los datos de las fases del sueño se almacenan en un archivo de recursos (en formato .xml) que no puede leerse directamente a través de Spike2.
Convierta el archivo .xml en formato .txt copiando el archivo de recursos de Somnologica™ desde una ventana del explorador web a un editor de texto simple, por ejemplo, Notepad™, a través del portapapeles y guárdelo. Posteriormente, puede importar la información del estado de sueño del archivo de texto en el archivo de datos correspondiente de Spike2 utilizando este script.
Hay una guía del usuario en los comentarios al inicio del archivo del script.
Este script se ha probado con Spike2 v7.17 y 8.08.
Importar fases de sueño desde un archivo de texto
Text-SS_Imp.s2s (06/19)
Este script convierte una lista de fases de sueño en un archivo de texto en un canal de estados de sueño codificados por color en una vista de tiempo.
Está previsto para hacer frente a las situaciones en las que los datos de forma de onda y no de las fases de sueño, pueden importarse a Spike2 desde un formato de datos desconocido. El archivo de texto a importar puede contener varias columnas de tiempos, potencias espectrales, etc. Sin embargo, el script solo lee 1 columna específica que contiene una lista de etiquetas de fases de sueño, por ejemplo, W, R, NREM etc.
Solo hay que especificar la duración de la fase de sueño y la hora de inicio del primer tiempo de análisis. El script asume que todos los tiempos de análisis de la tabla son contiguos y de igual duración.
Este script necesita Spike2 v7.17 o una versión posterior.
Crear un hipnograma de un canal de 'estado' de sueño
HypnoCh.s2s (08/23) ¡Nuevo!
La mayoría de los scripts de calificación de sueño de Spike2 marcan los estados de sueño como un canal de 'estado' codificado por colores. Este script fuera de línea le permite crear un canal de hipnograma con base en un canal de estado de sueño. Aquí, los estados de sueño se representan por niveles diferentes de un trazado de línea del horizonte. El script crea una tecla de acceso rápido en la Barra de Script para acceder rápidamente y tiene una guía de usuario que aparece al pulsar el botón Help en el diálogo Setup. Puede elegir qué niveles corresponden a cada estado de sueño en el rango de -1 a 9.
El script requiere Spike2 versión 8.25 o superior.
Huso del sueño / detección de ataque
SleepSpindle.s2s (02/25) Mejorado!
Este script está previsto para detectar eventos como convulsiones o husos de sueño en grabaciones de EEG. Estos eventos pueden ser pequeños y variables, por lo que detectarlos no es una tarea fácil. Este script lo intenta utilizando una estrategia de varias fases.
- Bursts of EEG activity within a user-defined spectral band above a user-defined threshold power are marked with coloured bars in a 'state' channel. Bursts in the range 12-15 Hz are characteristic of sleep spindles but you can choose the frequency band that best suits your data. You can exclude events that are too short or too long and amalgamate events that are close together.
- Manual editing. The script provides tools for you to navigate the data file, deleting spindle candidates that fail the ‘eyeball test’, add events that were missed and amalgamate events that belong together. The waveform of candidate sleep spindles is highlighted during editing (red trace) to make visual assessment easier.
- During editing, there are also an options to display the power spectrum of the current sleep spindle and to subdivide the detected events into up to 8 sub-types, each with a different marker colour and code. Sub-types can be assigned manually or automatically based on spectral power in the spindle band or spindle duration.
- The data file can be subdivided into epochs and you can plot and/or tabulate spindle counts per epoch and spindle durations for each sub-type.
- The script includes a user guide that displays when you click on a toolbar button.
Los eventos se marcan como barras de colores en el archivo de datos de origen y los resultados pueden tabularse en una hoja de cálculo y representarse gráficamente como un recuento de eventos y duración de eventos por época.
Requisitos: Spike2 v8.24 o superior. La biblioteca ug.s2s. Copie este archivo a la carpeta include en Documents/SpikeN o manténgalo en la misma carpeta que el script principal.
Convert levels to states and vice versa
Lv_St_Wv.s2s (02/25) ¡Nuevo!
This script allows you to quickly perform the following tasks:
- create a state channel based on a level channel
- create a level channel based on a state channel
- create a level channel based on a waveform channel
- create a waveform based on a level channel
- flip the polarity of a level channel
You can click the Help button on the script toolbar to display a concise user guide
The scipt is intended for use in conjunction with the sleep spindle detection script (SleepSpindle.s2s) for marking sleep spindles or seizures in EEG data. However, you may find other applications for it.
El script requiere Spike2 versión 7.20 o superior.
Optokinetic responses of larval zebrafish
OKR 03.s2s (10/24) Mejorado!
The optokinetic response (OKR) of larval zebrafish constitutes a potentially useful model for the study of neurological diseases affecting vertebrate oculomotor function. OKR can be measured via a video system e.g. Scheetz et al 2018 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5708171/ ) and the results can be imported into Spike2 for further analysis with this script. The script may also prove useful for measuring OKR of other species recorded using alternative methods and sampled directly using Spike2 and a 1401 interface.
The script measures 6 aspects of the response to a visual grating moving at a range of angular velocities. They are: amplitude and slope of the fast and slow phases of saccades, frequency of saccades and reflex gain. The measurements are plotted in the source data file and can be tabulated in spreadsheet format.
The script has a detailed user guide and we provide an example data file and example results so you can familiarise yourself with script operation.
El script requiere Spike2 versión 10.21 o superior.
Media y desviación media
mean_angle.s2s (10/05)
El objetivo del manuscrito es calcular la media y la desviación media de un conjunto de ángulos (o de otras variables) dadas por un archivo de texto. Asimismo, ejecuta la prueba de uniformidad de Rayleigh, que comprueba si la distribución de los ángulos difiere significativamente de la uniformidad. La descarga contiene el manuscrito y dos archivos de prueba.
Actividad desde el Vídeo
Activity from Video 10a.s2s (02/24) Mejorado!
Este script convierte el movimiento en un vídeo grabado con la función multimedia de Spike2, en un máximo de seis trazas de "Actividad" en la vista de tiempo correspondiente, registrando el movimiento en zonas diferentes del recuadro, definidas por el usuario. El script está previsto para registrar la actividad de ratas o ratones o pájaros en jaulas contiguas, videograbada desde arriba con una sola videocámara mientras se registran las otras señales fisiológicas (EEG, EMG, etc.). Las trazas de actividad pueden usarse como parte de la entrada a un proceso semi automatizado de estadificación del sueño (p. ej. OSD4.s2s).
El script no intenta llevar el seguimiento de los objetos en movimiento. Solo interpreta los cambios del valor de la escala de grises de cada píxel entre los recuadros en razón del movimiento, en lugar de las luces parpadeantes, por ejemplo. Esta técnica, aunque simple y cualitativa, debe proporcionar un indicador adecuado el movimiento en entornos relativamente homogéneos.
El script funciona con archivos de vídeo avi y mp4 y necesita Spike2 v10.02 para alcanzar la funcionalidad plena. Debe funcionar con algunas limitaciones menores en Spike2, versión 9.10.
Algunos de estos manuscritos proceden de usuarios más que del equipo CED. Si tiene algún manuscrito que le gustaría ofrecer a sus compañeros usuarios a través de esta página, comuníqueselo a Simon Gray. Nosotros ofrecemos algunos manuscritos para Signal también.
Estos manuscritos se almacenan como ficheros WinZip, myscript.zip, excepto cuando se muestran como spike\scripts\myscript.s2s. Estos archivos se instalaron con Spike2 y spike2 significa el directorio en que ha instalado Spike2. Vea los resúmenes haciendo clic en la línea de descripción, más abajo. Podrá entonces descargarlos haciendo clic en el nombre del archivo; compruebe el tamaño recibido.
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El ‘zumbido’ de la red es a menudo complejo y compuesto de armónicos impares de la frecuencia de la red, lo cual dificulta eliminarlos o suprimirlos con filtros de paso alto y de entalla simples. HumRemoveExpress.s2s es un manuscrito de Spike2 versión 7 que se puede utilizar offline para eliminar la mayor parte de esta interferencia residual de la red, haciendo que sus datos sean más presentables y fáciles de analizar. Este vídeo de enseñanza le muestra cómo utilizar el manuscrito para eliminar el zumbido de la red.
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