icEEG.zip

ICA 指的是一組數學方法，用於將採樣波形分離為統計上獨立的成分。在從一組記錄中提取基礎信號，且每個單獨信道包含來自幾個基礎信號發生器的未知混合信號時，這種方法非常有用。例如，ICA 可提供經典的「雞尾酒會問題」的解決方案：一個人是否可以從喧嘩的對話環境中分辨出各種聲音？如果使用多個麥克風從幾個不同的位置錄製聲音，ICA 便可以做到。

ICA 還適用於使用多個電極記錄基礎信號的生理記錄情景，例如，頭皮 EEG 電極、顱內多電極 EEG 記錄、表皮 EMG 記錄或組織培養時的電極陣列。重要的是，該方法還可以將電源雜訊與電干擾源和生理源信號區分開來。

這種優秀的信號源分離方法是以丟失幅度資訊為代價的，其結果會被標準化。但如果您能接受這個缺陷，ICA 可提供一種非常強大的分析方法，非常值得研究。

套裝內包含：

此指令碼需要安裝 Spike2 第 9 版。

integrate01.zip

來自周圍神經的細胞外多單元活動可能難以量化。由於信噪比太低或者太多的單元被同時啟動，單個的單元可能不能被識別。在這些情況下，在短的時間範圍內對信號進行修正和整合以便將全體單元的活動轉換成能夠指示對激勵的變化響應的級別。該腳本在高達4個以相同速率被採樣的源通道上線上或離線工作。你可以通過對腳本進行小的編輯來增加被線上處理的通道數量。

此腳本已對Spike2 v7.17及以上版本進行了測試。

medianvw.zip

此指令碼可計算兩個遊標之間選定波形的「中」值，並在記錄視圖中將結果製成表格。中值是指數據範圍的中間點，即一半數據點為較低值，一半為較高值。此測量當前無法從「Cursor Regions」對話方塊獲得。

請注意，當選定範圍中的數據點數量巨大時，計算中值可能需要相當長的時間。

指令碼檔案第 1 頁上有使用者指南。

這個腳本要求Spike2 v7.20或更高版本。

GrandAverage.zip

使用此指令碼從多結果視圖建立平均視圖，即 PSTH、間隔長條圖、波形平均值及功率譜。來源和目的地視圖均可包含多個信道。有手動和批處理選項：

• 批處理可讓您從檔案夾中的所有結果視圖建立 grand average（總平均）。您可將來源檔案中的每個信道新增到總平均中的相應信道編號。或者，您可將來源檔案中的所有信道新增到總平均中的指定單個信道。
• 手動模式：這裡，您可以逐步選擇將來源檔案中的哪個信道新增到目的地總平均中的哪個信道。

多信道總平均視圖中的每個信道在信道備註解中擁有其自身的 sweep count（掃描計數）。

使用者指南在指令碼檔案的第 1-3 頁上。

這個腳本要求Spike2 v7.11或更高版本。

CrossChanCorrelation.zip

這個腳本會生成通道中所有範本尖峰組合的多重尖峰關聯直方圖。目前每個通道（包括代碼0）可有最多8個尖峰範本在檔的通道間相關聯。

這個腳本用工具欄控制。用戶可以通過工具欄打開一個用於分析的資料檔案，控制關聯的參數以及一次顯示的關聯結果視圖的數量。 Spike2目錄的Data檔夾中有一個適當的示例資料檔案Extracellular spikes.smr。

這個腳本要求Spike2 v7.20或更高版本。

FeatureDetect.zip

這個腳本允許用戶用一對水準游標或一個用作越限的水準游標定義幅值，並根據這個幅值導入波峰、波谷或越限。

這個腳本使用空閒例行程式，在用戶調整振幅或閥值水準時自動更新包含事件標記的記憶體通道。Spike2目錄的Data檔夾中有一個適當的示例資料檔案Blood pressure waveform.smr。

這個腳本要求Spike2 v4.24或更高版本。

WMeasure.zip

這個腳本可以自動化多個Cursor Region類型測量的過程。你只需指定源信道、測量的類型和測量的時間範圍即可。例如，你可以指定以30秒位為單位測量的波形平均值。結果可以繪製成RealMark，或在日誌中製表。為了測量更精確，你可以指定一個State channel和標記代碼，對目標時間範圍的分析進行門控。

这个脚本要求6.06或更高版本的Spike2。

GaborFitDemo.zip

T枷柏函數是被高斯函數減幅的正弦波。

通過這個腳本，可以將枷柏函數擬合為生理學資料。在自動相關圖中檢測振動性神經活動就是其應用之一，如Young等（1992）。這個腳本還可以生成測試資料，可以用來熟悉曲線擬合過程。

用腳本函數通過非線性回歸擬合其他函數時，這個腳本還可以用作範本。

這個腳本要求Spike2第6.06版或更高版本。

REFERENCE Young MP, Tanaka K, Yamane S (1992) On Oscillating Neuronal Responses in the Visual Cortex of the Monkey J NeuroPhysiol 67:1464 - 1474

RespRelease.zip

這個檔包含的腳本可以：

• 校準[ pneumotachograph ]，記錄呼吸常用的流量計類型。
• 轉換[ pneumotach. ]，線上輸出到[ BTPS flow ]和[ BTPS volume ]。
• 分析呼吸資料。

通過呼吸分析腳本，可以：

• 從流量和流程追蹤中減去偏差。
• 測量[ inspired capacity (IC) ]和[ forced vital capacity (FVC) ]操作。
• 對每一口氣進行多個呼吸參數分析。
• 繪製[ Flow-Volume loops ]圖。
• 使用以下指令碼繪製復合最大流量循環：Loop Env.s2s
• 對最大過期流量循環的斜率進行繪製和製表
• 通過對[ F-V loops ]進行對比性測量，調查鍛煉時的氣流限制。
• 繪製[ Volume-Pressure loops ]圖。
• 測量呼吸功的彈性和阻力因素。

這些腳本是beta版本。請將bug報告和想法發送過來，以便改進：geoff(at)ced.co.uk

lvpanalysis.zip

在這個 Spike2 指令碼中，我們使用在插管的同時獲得的生理學左心室和氣管壓力信號來確定心臟血流動力學和呼吸功能之間的相互作用。計算收縮和舒張功能的指標，並將其分為吸氣、呼氣早期和呼氣晚期階段，以展示每個呼吸階段對左心室功能參數的影響。

這一套Spike 2腳本需要 v10.01 或更高版本。

hrbp.zip

這一套Spike2 v7腳本和採樣配置使你能夠對血壓、心率和交感神經活動進行長期記錄並且分析壓力感受性反射和心率變異性。這些腳本適用於對廣泛的實驗動物使用，並且當它們與遙測系統一起使用時，能夠同時記錄來自多達8個動物的資料。

HRBP8b.s2s 從每個血壓跡線中推導出收縮血壓、舒張血壓和平均血壓、心率和呼吸率。可以線上或離線地分析來自多達8個動物的資料。連續地或者根據使用者定義的時間安排（例如，每小時10分鐘）記錄結果。可以按固定間隔（例如，每24小時）將資料自動保存到新的檔，以便實現數天或數周的近似連續記錄。

MergeFiles.s2s /SplitFiles.s2s 這些工具腳本使你能夠在進一步的分析之前將自動保存的資料檔案首尾拼接，並且能夠將與不同動物相關的資料分割到分開的資料檔案中。

sBRG.s2s 這個離線腳本基於血壓中的自發波動計算壓力感受反射敏感性。

SigFit.s2s 將S形曲線（4和5個參數）擬合到從穩態實驗中得到的心率和血壓資料。

HRV1.s2s 對心率變異性進行頻域分析。

Poincaré s2s 對心率變異性進行非線性分析。

HRBPtable.s2s 利用試算表軟體生成適合進一步分析的表格。

Baro5.s2s 這是SigFit 腳本所需要的腳本函數的庫。

這一套Spike 2腳本需要 v7.12 或更高版本

hr_rrecg.zip

此離線指令碼根據目前時間視圖中的 ECG 通道，產生心率通道 (bpm) 和 RR 間隔通道 (ms)。亦有選項可以建立心率和 RR 間隔表，以及 Keyboard marker（鍵盤標記）和 TextMarks（通常用於指示實驗治療的時間和細節）。該指令碼包括簡短的使用者指南，會在您按一下工具列按鈕時顯示。

指令碼需要最新的 Spike2 第 8、9 或 10 版。

hr_bp.zip

此指令碼可用於 :

在從血壓跡線派生的資料檔案中建立其他通道。其他可用通道有：心率、心跳間隔、舒張壓、收縮壓和脈搏血壓。

線上處理單個血壓跡線或離線處理多個血壓跡線。

通過使用REPLAY按鈕重放現有的時間視圖來模擬在線記錄。

顯示「當前」血壓統計資訊表，該表在線時或在回放期間每秒更新一次。

在網格視圖中為每個派生通道生成心跳次數和幅度表。 亦有選項可以納入實驗人員筆記，以及儲存在 Keyboard marker（鍵盤標記）和 TextMark 通道的刺激時序資訊。 此表可以儲存或黏貼到電子表格軟體中，供進一步分析。

此指令碼需要使用 8.20 版或更高版本。

hrv.zip

HRV_10 指令碼執行脈搏間隔 (PI) 的頻域分析，以及收縮壓和舒張壓的變異性分析。

長期記錄細分為使用者定義的時段，每個時間範圍具有單獨的功率譜。 在生成多通道功率譜檢視畫面之前，可以編輯 HRV 波形以排除偽影。

功率譜細分為使用者定義的 VLF、LF 和 HF 頻帶，水平繪製到源資料檔案中並列出在電子資料表格中。

第二個指令碼 HRV10 revu.s2s 提供了一種查看現有資料檔案的便捷方法。

這兩個指令碼都需要 Spike2 v9.17 或更高版本。

amphist.zip

本腳本産生Waveform, RealWave或WaveMark信道的幅度分佈直方圖。您可以通過綜合使用光標拖動及對話錄入來選擇需要的信道，時間範圍，放大範圍以及元面大小。該結果可通過多種形式來顯示，包括點的個數，時間及每一幅度元的時間百分比。在腳本開頭的注釋中包含了用戶手冊。

本腳本要求Spike2 6.04版或更高版本。該腳本同樣可以使用GHutils.s2s （包括下載的）腳本文件中的函數。此文件必須放置在名爲 include 的文件夾內，該文件夾位於包含您Spike2拷貝的目錄下。

SeparateTraces.zip

這個腳本取一個選中的多描記線WaveMark資料通道，在資料檔案中創建額外的記憶體通道，每個通道包含源通道的一條描記線。運行這個腳本後，用戶從對話方塊中選擇通道和類型（雙極或四極）。 .Zip檔中有一個適當的示例資料檔案Tetrode data.smr。

這個腳本要求Spike2 v5.21或更高版本。

surprise.zip

該程式在較雜亂的背景中探測事件脈衝信號。它們是CED公司98年6月號通訊第6頁提到的程式複本。

levelind.zip

對很多應用程序來說，瞭解波形通道的級別標準超過用戶設置的上限、下限或者介于兩者之間的時間和持續期間很重要。此脚本能方便顯示和分析高、中、低狀態下的數字和持續期間。 您能通過該脚本做如下操作：

• 設置所選波形通道之級別標準的上限和下限。
• 在數據庫中，在由顔色條指示的高于上限、低于下限或居中的區段上創建新的級別標準指示器。
• 爲高中低狀態選擇合適的顔色編碼，例如：紅/琥珀色/綠，或者綠/琥珀色/紅，根據摾止蹟或撌籽區域是高級別還是低級別而有所不同。
• 將單一狀態或全部三種狀態的持續時間繪成時間函數。
• 將每一種狀態的持續時間顯示成柱狀圖。
• 生成適合將來以電子製表軟件分析的的報告。
• 脚本操作時采用Spike2普通的數據處理分析功能。

軟件要求：此脚本要求Spike2之5.09或以上版本。

qpsth.zip

該程式記錄觸發和回應信號。它創建PSTH 結果圖，並將它積分處理爲累積顯示。這一工作在資料採樣同時在線完成。 定義兩個通道：一個觸發通道，一個回應事件通道。

IF_distr.zip

此指令碼在 Spike2 時間視圖中建立了事件、標記、RealMark 或 WaveMark 的瞬時頻率分佈之直方圖。在繪製各種試驗條件下響應的神經脈衝列的頻率分佈時，它可能有用。

該腳本需要Spike2版本8.03或更高版本支援。

RatSleepAuto.zip

该程序在离线状态分析活动电位数据。对每个数据帧，结果文件中包括如下数据值：上行幅度再极化率为"30%"、 60%和"90%"时的DMP (舒张膜电位)、UA (上行幅度)、 APD (活动电位持续时间)，以及MRD (去极化率极值)。該 zip 檔案包括一個資料檔案，其中顯示了典型的結果，可以用來測試指令碼。

Costa-Miserachs D, Portel-Cortez I, Torras-Garcia M, Morgado-Bernal I (2003) Automated sleep staging in rat with a standard spreadsheet. J.Neurosci Methods 130:93-101

該腳本需要Spike2版本8.03或更高版本支援。

osd4.zip

本腳本用於大鼠、小鼠或雞的線上睡眠分階。基於每種動物一個EEG通道和一個EMG通道的讀數，睡眠被劃分成清醒（WAKE）、非快速眼動（NREM）或快速眼動（REM）時期。本腳本可以在檢測到目標睡眠階段（例如，REM）時生成使用者定義模式的輸出脈衝。這些脈衝適用於在光遺傳學研究中控制鐳射。

本腳本還適用於更加簡單的應用，比如離線睡眠分階，或離線地在多達4個頻段中繪製EEG譜功率。

Recording more than 2 animals simultaneously requires a breakout box (CED 2805 DIO-8) 或自製的定制纜線，以便連接到1401介面的後面板上的數位輸入和輸出。

此脚本要求Spike2之8.08或以上版本。

sleepscore.zip

本脚本能助您完成如下任務：

• 將Spike2 時間視圖分為所需要的時間長度的一個個單元。
• 檢查資料，將時間單元指定為睡眠階段（或者其他用戶定義的階段）。
• 標記使用者定義’事件’，譬如呼吸暫停和覺醒。
• 時間單元和事件在TextMark通道中顯示為不同階段的狀態，事件顯示為彩色代碼。
• 使用滑鼠拖放可以標記事件和睡眠階段。
• 可選擇顯示使用者定義頻段EEG功率的’天際線’繪圖。
• 可選擇顯示選定時間單元的帶限EEG功率譜。
• 可選擇顯示睡眠圖，其中每個睡眠狀態都用一個數值表示。
• 使用試算表軟體生成一份報告供日後分析。

軟件要求：

此脚本要求Spike2之7.10或以上版本。

PiBrept.zip

这一脚本在包含一个或多个EEG通道和睡眠状态标记通道（具有由不同颜色的条标记的警觉状态的状态通道）的数据文件上工作。.

你可以创建多个EEG频谱通道，显示EEG频带内能量、主频率或谱边缘。然后，脚本可以生成结果表，该结果表显示在长期记录中的用户自定义睡眠状态（例如，NREM）的每个连续阶段的频谱特性。这使你能够用时间和遗传学或其它刺激的效应来量化频谱特性中的改变。这个表每个小时或者根据你选择的时间间隔生成概要，这样可以更容易地辨识出趋势。

存在对结果进行“筛选”的选项，即，包括或者排除落在标称通道中的标记附近的时间范围内的数据。这意味着你可以，例如，在刺激过程中排除所有数据，或者在刺激之后的规定时间范围内包括数据。

該腳本要求Spike2 v8.12以及更高的版本。

ssmla.zip

此指令碼根據來自頸部肌肉的一個 EEG 通道和一個 EMG 通道為大鼠或小鼠生成睡眠評分。

該指令碼會將資料細分為短段，並允許您透過目視檢查對這些時期的子集進行評分，如 WAKE（清醒）、NREM（非快速眼動）、REM（快速眼動）或 UNCLEAR（不明）。這些分數在資料檔案中以顏色編碼的狀態通道標記。它們用作機器學習算法的「訓練資料」，該算法對剩餘的時期進行分類以最好地匹配訓練標準，並在第二個顏色編碼的狀態通道中返回結果。

該指令碼需要 Spike2 v 10.04 或更高版本才能實現完整功能。
要想使用機器學習功能，必須存在帶有訊號處理工具箱的 64 位元版本的 Matlab，並將其設定為自動化伺服器。

該指令碼有一份詳細的使用者指南，其中包括有關如何設定與 Matlab 通信的說明。有關「Matlab 連接疑難排解」Troubleshooting the Matlab connection的更多詳情可透過 Spike2 線上說明獲得。

此指令碼基於 Henna-Kaisa Wigren 和赫爾辛基生物醫學研究所的合作者提供的軟體。 (Institute of Biomedicine, Helsinki.)

ssevtsimport.zip

這是一個多階段過程。

你可以將波形資料匯出成歐洲資料格式（.edf），並且然後將.edf檔導入到Spike2中，以供進一步分析。但是，關於睡眠狀態、手動評分事件的起始和持續時間、眼動、窒息等的資料被保存在資源檔（.xml格式）中，該資源檔不能被Spike 2直接讀取。

通過經剪貼板將Profusion™資源檔從網路流覽器視窗拷貝到簡單的文字編輯器（比如Notepad™）來將.xml檔轉換成.txt格式並保存它。然後你可以使用這個腳本將睡眠階段和事件資訊從文字檔導入到相應的.Spike2資料檔案中。

此腳本導入保存為CMPPSGSCOREDATA格式的資料。

指令檔的開頭的注釋中有使用者指南。

該腳本要求Spike2 v7.17以及更高的版本。

ssevtsimport2.zip

此腳本按照與之前的腳本類似的方式工作。但是，它的目的是從Compumedics CMPSTUDYCONFIG 格式的.xml檔中導入文字檔。

在指令檔的開頭處的注釋中有使用者指南。

此腳本建立在昆士蘭大學生物醫學工程系的Dwayne Mann貢獻的腳本基礎上。如果它對你有用，則歸功於他；不然，責任在我們 (GH)。

此腳本導入保存為CMPPSGSCOREDATA格式的資料。

此腳本要求Spike v7.10或更高版本。

ssimpsomno.zip

這是一個多階段過程。

你可以將波形資料匯出成歐洲資料格式（.edf）並且然後將.edf檔導入Spike2中以供進一步分析。但是，關於睡眠階段的資料被保存在資源檔（.xml格式）中，該資源檔不能被Spike2直接讀取。

通過經剪貼板將Somnologica™資源檔從網路流覽器拷貝到簡單的文字編輯器（比如Notepad™）來將.xml檔轉換成.txt格式並保存它。然後你可以使用這個腳本將睡眠階段資訊從文字檔導入到相應的.Spike2資料檔案中。

指令檔的開頭的注釋中有使用者指南。

該腳本已經用Spike2 v7.17和8.08進行了測試。

textssimp.zip

該指令碼將文字檔案中的睡眠分期清單轉換為時間視圖中以顏色編碼的睡眠狀態通道。

它旨在處理波形數據（而不是睡眠分期）可以從外來數據格式匯入 Spike2 的情況。要匯入的文字檔案可能包含多列時間、頻譜功率等。但是，指令碼只會讀取 1 個包含睡眠分期標籤（如 W、R、NREM 等）清單的指定列。

您只需要指定睡眠分期的持續時間和第一個時段的開始時間。該指令碼假設表中的所有時段都是連續的，並且其持續時間都相等。

此腳本要求Spike v7.17或更高版本。

hypnoch.zip

多數 Spike2 睡眠評分指令碼將睡眠狀態標記為色彩編碼的「狀態」通道。此離線指令碼讓您可依據睡眠狀態通道，建立睡眠結構圖通道。在此，睡眠狀態以天際線圖的不同等級表示。該指令碼在 Script Bar（指令碼列）上建立快捷鍵以方便您快速存取，並提供使用者指南，在您按下 Setup（設定）對話方塊中的 Help（說明）按鈕時便會顯示。您可以在 -1 到 9 的範圍內選擇與每個睡眠狀態對應的等級。

該指令碼需要使用 Spike2 的 8.25 版或更高版本。

sleepspindle.zip

此指令碼用於檢測 EEG 記錄中的事件，如癲癇或睡眠紡錘波。這些事件可能較小並且多變，因此並不容易檢測。該指令碼嘗試使用多階段策略進行檢測。

1. 使用者定義的頻譜帶內的 EEG 活動脈衝將被標記出來。例如，12-15 Hz 範圍內的脈衝是睡眠紡錘波的特徵。您可以選擇最適合您的資料的事件檢測頻帶和功率上下限。您還可以排除太短或太長的事件，並合併彼此緊靠的事件。
2. 透過排除在功率脈衝期間發生的 EEG 峰（或谷）數量少於使用者定義閾值的候選對象，對事件檢測進行優化。
3. 手動編輯。該指令碼為您提供了用於導覽資料檔案、刪除未通過「目測」的事件、新增遺漏的事件，以及合併同屬事件的工具。
4. 可以校正標記事件的持續時間，以便它們都在所選頻帶中的功率級越過使用者定義的基線級別時開始和結束。

事件在源資料檔案中標記為彩色條，結果可以在電子資料表格中列出，並繪製為每個時段的事件計數和事件持續時間。

要求：Spike2 v8.24 或更高版本。ug.s2s 庫。將此檔案複製到 Documents/SpikeN 中的 include 資料夾，或將其與主指令碼儲存在相同的資料 夾中。

OKR 03.zip

The optokinetic response (OKR) of larval zebrafish constitutes a potentially useful model for the study of neurological diseases affecting vertebrate oculomotor function. OKR can be measured via a video system e.g. Scheetz et al 2018 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5708171/ ) and the results can be imported into Spike2 for further analysis with this script. The script may also prove useful for measuring OKR of other species recorded using alternative methods and sampled directly using Spike2 and a 1401 interface.

The script measures 6 aspects of the response to a visual grating moving at a range of angular velocities. They are: amplitude and slope of the fast and slow phases of saccades, frequency of saccades and reflex gain. The measurements are plotted in the source data file and can be tabulated in spreadsheet format.

The script has a detailed user guide and we provide an example data file and example results so you can familiarise yourself with script operation.

該指令碼需要使用 Spike2 的 10.21 版或更高版本。