Matlabと1401のインタフェース

"Matced"は、MatlabがCED 1401データ獲得システムを直接制御できるようにするインタフェースです。 CEDによってサンプリングされたデータの処理及びプロット用のパワフルなフロントエンド・コンピューティング環境を提供します。 同時に、MatlabのMファイルを使用して、CED-1401のプログラミングを行えます。 Matlabのグラフィカル・ユーザ・インタフェース(uicontrol)と併用し、Mファイルを使用して簡単にWindowsアプリケーションを構築できます。

Dario Ringach,
Department of Neurobiology and Psychology,
Jules Stein Eye Institute & Brain Research Institute,
David Geffen School of Medicine,
University of California, Los Angeles,
Los Angeles, CA 90095-1563
USA
email: dario@ucla.edu

32ビット・バージョン

Jim Colebatch氏によって上記のプログラムが32ビット・バージョンに変換され、最新版のMatlabで使えるようになりました。 matced32.zip をダウンロードしてください。自己解凍により matced32.dll が得られます。use1432.dll、matced32.c、matced32.m およびmat1401.m と mat1401X.m を使用してください。これらは、簡単な実例プログラムで、バージョン 04での改善箇所が示されます。 最新のバージョンで、彼は次のように言っています：

この DLL には、U14WorkingSet に対する呼び出しのオプションが含まれており、エラー付きのサブルーチンにより現在は常にエラーコードが返されます。

Matlab と use1432 のインターフェイスとなる 64 ビットの mex ファイル

ジムは、Matlab と use1432.dll のインターフェイスとなる 64 ビットの mex ファイルも利用可能にしました。matced64c.zip をダウンロードして解凍し、mex ファイルとサンプル m ファイルを見つけます。ジムは次のように説明しています:

matced64c のファイル名を選んだのは、これが互換性のあるバージョンであることを示すためで、64 ビット特有の変数は何も使われていません。

matced64c.mexw64 は、提供された状態の use1432.dll バージョンと一緒に、Matlab パスのディレクトリーに入れてください。

mex ファイルは、一緒に入っている m ファイル、つまり、mat1401X_64c.m、mat1401Xp_64c.m、mat1401TF_64c.m を使ってテストでき、これらは、mex インターフェイスの呼び出し方と既存の m ファイルの変更方法を説明しています。

Matlab GUI も提供されています

ジムの好意により 1401 を使用する Matlab GUI も提供されていますmatgui.zip。これはバージョン 6.5.1、7.0 およぎ 7.1 で（少なくとも）作動し、直接 Matlab への簡単なデータ収集を可能にします。これでは、上記の彼の MATCED32.DLL を使用します。

コードは Matlab GUI の機能の数を特に、変数をどのように保存し、ウィンドウ間を通過させることができるかを示しています。

64ビットバージョンのa1401gui_64.zipもあります。

MATLAB 用の神経科学ツール

sigTOOL では、神経科学データ処理用のプログラミングと解析環境が提供されます。この環境に対するグラフィカル・ユーザー・インターフェイス（GUI）によって、エンドユーザーに波形およびスパイク列のための必要なものがすべて揃ったアプリケーションが提供されます。このアプリケーションにユーザーが書き込む拡張部分は、既存のコードを変更する必要なく、このインターフェイスに直接追加することができます。Spike2 および Signal ファイル形式は、インポートの選択に含まれています。詳細を読むには、ここ クリックしてください。

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Matlab SON ライブラリー

MATLAB SON ライブラリ を以下のサイトからダウンロードしてください。これには Windows ファイル用に Spike2 を MATLABに読み込み/書き込み/作成を行うなうためのルーチンが含まれています： http://sigtool.sourceforge.net。

Malcolm Lidierth,
Sensory Function Group,
Centre for Neuroscience Research,
Hodgkin Building,
KCL Guy's Hospital,
London
SE1 1UL
UK
email: malcolm.lidierth@kcl.ac.uk

Matlab CFS ライブラリー

MATLAB CFS Library.zipをダウンロードしてください。これには Signal ファイルを MATLAB に読み込み／書き込み／作成するためのルーチンが含まれています

ジムはこれらのファイルを Matlab 6.5.1 および Matlab 7 のいくつかのバージョン - R2007a (Matlab 7.5) までを使用してテスト行っています。すべてで正しく動作するようです。サポート・ファイルでは、呼び出しの使用方法が説明され、例を示す m ファイルがいくつかが与えられています。それらはすべて zip ファイルに含まれています、2016 年 2 月 24 日に更新済み。

Matlab と CFSファイル のインターフェイスとなる 64 ビットの mex ファイル

ジムは、Matlab と CFSファイル のインターフェイスとなる 64 ビットの mex ファイルも利用可能にしました。matcfs64c.zip をダウンロードして解凍し、mex ファイルとサンプル m ファイルを見つけます。ジムは次のように説明しています。

matcfs64c のファイル名を選んだのは、これが互換性のあるバージョンであることを示すためで、64 ビット特有の変数は何も使われていません。

matcfs64c.mexw64 は、提供された状態の CFS64c.dll バージョンと一緒に、Matlab パスのディレクトリーに入れてください。.

同梱のmファイルであるcfsRead64cならびにcfsWriteRL64cを使ってmexファイルをテストすることができます。

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

CFS データを MATLAB へ：Biosig

Biosig は、40 以上の異なるデータ形式に対して共通のインターフェイスを提供します。

• save2gdf、データ変換のコマンド行ツール
• SigViewer、生理学的信号のツールの表示と判定
• CFS データを Matlab および Octave に読み込むための mexSLOAD
• データ処理用のいくつかの Matlab/Octave 関数

Dr. Alois Schlögl,
Institute of Science and Technology Austria,
Am Campus 1,
3400 Klosterneuburg
Austria
email: alois.schloegl@ist.ac.at

LabVIEWのUse 1401

これらのファイルを使用すると、LabVIEWユーザは、CED Windowsライブラリ: USE1432.DLLを使用してCED 1401へインタフェースできるようになります。 これらは、Windows用のCEDプログラマーズ インタフェース ライブラリで、1401.llbのLabVIEW vi、Test1401.llbのLabVIEWテスト プログラム、およびLv1432.docのWord文書で記載されている関数コールを提供します。 これらの関数はWindows 95/98 および NT用です。

ここからlv1432.zip）がダウンロードできます。

Prof E F Evans, (引退した)
Dept of Communication and Neuroscience,
Keele University,
Keele,
Staffs
ST5 5BG
UK
Tel +44 (0)1782 583054

VB.NET 1.1 下での 1401 の使用

CEDVB02Net.zip および u1432class.zip ファイルは、use1432.dll のラッパー・クラスおよびサンプルコードの一部であり、両方とも VB.NET 用です。

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

HPGL .plt ファイルを拡張メタファイルに変換する

HPGLLoad.exe はHPGL .plt ファイルを、 代表的な例としてはSIGAVGからWordドキュメントなどでの直接使用目的に、拡張メタファイル形式へ変換するために作られています。

Jim Colebatch,
Institute of Neurological Sciences,
The Prince of Wales Hospital,
Randwick
Australia
Tel (Int) +61 2 9399 0111 email: J.Colebatch@unsw.edu.au

運動誘発電位処理用グラフィカルユーザインタフ
ェース

palMEP_v1.0_x64_setup_7_7_2017.exeプログラムは、簡単な操作で磁気あるいは電気刺激によって誘発された運動誘発電位の前処理および基本的な解析を行うことができるオープンソースのグラフィカルユーザインタフェースです。palMEPを使うと、単一ファイルあるいは複数ファイルの手動処理と自動処理を同時に実行することができます。本プログラムは汎用的なcsvファイルだけでなく、CED社のSignalならびにSpike2ファイルにも対応しています。

Dr Ruben Perellón Alfonso,
IDIBAPS, Neurophysiology,
Gran Via de les Corts Catalanes, 585,
08007 Barcelona,
Spain
email: ruben.palfonso@gmail.com

AtomにおけるSpike2スクリプトの構文ハイライ
ト表示

Atomエディタ用の文法。を作成しました。 かなり荒っぽい方法ですが、macOSでもSpike2のスクリプト言語の構文をハイライト表示することができます。

Kouichi C. Nakamura,
MRC Brain Network Dynamics Unit,
Department of Pharmacology,
Mansfield Road,
Oxford OX1 3TH
UK
Tel (Int) +44 1865-271582 email: kouichi.c.nakamura@gmail.com.

Excelへの読み込みのためにCFSファイルを変換する

プログラムCFS2EXELは、典型的にSIGAVGまたはCHARTからのCFSデータ・ファイルを、Excelへの読み込みに適切なフォーマットに変換するために使用できます。
標準SIGAVGファイルなど、同等スペースの整数データによって構成されたCFSファイルのみで動作します。

詳しい説明 をお読みください。ここでは、自己解凍式ファイルをダウンロードできます。

Sean Kelly,
Department of Child Health, Sir James Spence Institute, R.V.I.
Newcastle
NE1 4LP
UK
Tel (0191) 2023007 email: sean.kelly@newcastle.ac.uk

PythonでのSpike2 (SON) ファイルの読み取り

PYTHON用のSONライブラリ

CED の Spike2 Son ファイルからのデータの読み取りについて。.

英国ロンドン、King’s CollegeのMalcolm Lidierth が作成した MATLAB 用の SON ライブラリを基本としています。http://sigtool.sourceforge.net

を閲覧してください

イブラリ使用の詳細については、file __init__.pyをお読みになるか、以下を Python シェルに入力してください（ご自分の Python 検索パスに sonpy ディレクトリを配置した後）。

>>> from sonpy import son >>> help(son)

Antonio Gonzalez,
Department of Neuroscience,
Karolinska Institutet,
Stockholm,
Sweden
email: Antonio.Gonzalez@ki.se

John Dempster Strathclyde SES

Strathclyde Electrophysiology Softwareは、ユーザから本サイトへ寄せられたソフトウェアではありませんが、 細胞内電気生理学実験から得られた信号の記録および解析用に非常に広い範囲で使用されているパッケージ・プログラムの一つです。このプログラムは、CED 1401の製品群のいくつかと併用して作動することが可能です。