uBatchImport.zip

Do spike2 można importować wiele obcych formatów plików. Pojedyncze pliki można interaktywnie importować poprzez Import w menu File programu Spike2. Natomiast, jeśli do importu jest dużo plików o tym samym formacie, to robi się to żmudne. Ten skrypt pozwala importować wszystkie, znajdujące się w określonym folderze, pliki o zdefiniowanym przez użytkownika typie. Obowiązują pewne ograniczenia. Na przykład, niektóre formaty mogą być importowane jedynie przez 32-bitowe wersje Spike2. Aby uzyskać dalsze informacje zajrzyj do sekcji helpa "import foreign data file".

Ten skrypt wymaga Spike2 v8.04 lub wyższej.

Ulepszenie:

• importer DSI teraz działa
• ADI LabChart
• Lab streaming layer (*.xdf)
• Importer TDT został zaktualizowany.
• Dodano importery Neuroworks - Ponemah i Xltek (użytkownicy Spike2 8.08 i nowszych).

HumRemExpress.zip

To wyspecjalizowany skrypt do usuwania szumu sieciowego, który można wykorzystać, gdy przy pomocy CED Jednostka pulsów częstotliwości sieciowej lub podobnego urządzenia, został wiarygodnie zarejestrowany kanał zdarzeń ze znacznikami szumu. Obejrzyj pokaz video.

Jeżeli potrzebujesz uzyskać znaczniki szumu z kanału falowego zawierającego zakłócenie to powinieneś użyć oryginalnego skryptu Usuń szum sieciowy.

Ten skrypt wymaga Spike2 v7.20 lub wyższej.

HumRemove.zip

Skrypt ten ma na celu poprawę stosunku sygnału do szumu nagrań fizjologicznych poprzez usunięcie zakłóceń związanych z siecią. Odbywa się to nie przez filtrowanie, ale przez odjęcie szacunkowej interferencji sieci od surowych danych i przechowywanie wyników w nowym kanale.

Ta ulepszona wersja skryptu wymaga Spike2 v7.20 lub nowszego.

Przebiegi powinny być rejestrowane z częstotliwością próbkowania wynoszącą co najmniej 500 Hz, a najlepiej 5 kHz lub więcej. Najlepsze wyniki uzyskasz, jeśli, oprócz twoich kanałów danych, nagrasz dedykowany kanał falowy, który wyraźnie pokazuje obecne oscylacje o częstotliwości sieciowej. Może to być po prostu wychwyt szumu przez nieekranowany kabel. Skrypt może wykorzystać ten sygnał do wygenerowania kanału zdarzeń ze znacznikami na początku każdego cyklu zasilania. Te znaczniki czasowe są następnie wykorzystywane do obliczenia sygnału zakłóceń sieciowych w celu odjęcia od każdego przebiegu w celu jego oczyszczenia.

Zobacz arkusz danych Hum Remove.pdf, zawarty w pliku HumRemove.zip, aby uzyskać pełne informacje.

batch400.zip

Normalne podglądy czasu w Spike2 mogą obejmować do 400 kanałów i mieć rozmiar do 2GB. Jednak domyślnie konfiguracja próbkowania tworzy 32 kanały. Liczba ta może nie być wystarczająca, jeśli twoja analiza danych wiąże się z tworzeniem wielu dodatkowych kanałów.

Ten skrypt pozwala na zbiorową konwersję wszystkich plików .smr znajdujących się w wybranym folderze do 400 kanałowego formatu big file. Dzięki temu podczas analizy nie zabraknie Ci miejsca na nowe kanały, a plik może urosnąć poza limit 2GB. Ten skrypt był ostrożnie testowany, ale nie ma gwarancji. Zrób kopię zapasową danych przed jego użyciem!

AddTmk.zip

Ten skrypt pozwala off-line dodawać informacje TextMark do podglądów czasu. Można go użyć do dodania lub usunięcia TextMark w kanale już istniejącym na dysku lub utworzyć nowy kanał TextMark. Skrypt tworzy etykietę skrótu Add Tmk na pasku Script Bar. Aby uruchomić skrypt wystarczy kliknąć na ten przycisk lub użyć skrótu klawiaturowego Alt+T. Główne okno dialogowe skryptu posiada przycisk Help. Kliknij na niego, by wyświetlić instrukcję użytkowania skryptu.

Ten skrypt wymaga Spike2 v6.18 lub wyższej.

MarkState.zip

Ten skrypt pozwala na utworzenie w podglądzie czasu kanału ‘state’ i użycie go do zaznaczenia istotnych zakresów czasowych, przy pomocy kolorowych, posiadających etykietę słupków. Słupki mogą zostać dodane automatycznie by zaznaczyć epizody, w których kanał falowy przekracza (w górę lub w dół) zdefiniowany przez użytkownika próg. Można również zaznaczyć te zakresy ręcznie, klikając i przeciągając myszką.

By zaznaczyć różne typy zdarzeń, można użyć do 6 różnych kolorów i etykiet w każdym kanale State. Skrypt może generować prosty raport zawierający czasy rozpoczęcia i trwania stanów oraz kolejności ich pojawienia się.

Tested with Spike2 v 7.18 and 8.10

TimeShiftEvents.zip

Ten skrypt może zostać użyty do skopiowania czasów zdarzeń lub znaczników z aktualnie zaznaczonego pliku danych do nowego, permanentnego kanału, w dowolnym otwartym pliku danych. Skrypt tworzy dwa kursory w celu zaznaczenia zakresu danych do skopiowania. Możliwe jest, opcjonalne, zastosowanie przesunięcia czasowego poprzez ustawienie czasu początkowego kopiowanych danych w nowym kanale. Odpowiedni plik przykładowy, Demo.smr znajduje się w folderze Data katalogu twojego Spike2.

Ten skrypt wymaga Spike2 v5.21 lub wyższej.

AddEvents.zip

Ten skrypt pozwala użytkownikowi ustawić przedział czasowy i częstotliwość stymulacji dla dodania zdarzeń do nowego kanału w pliku danych, o określonym interwale i przedziale czasowym. Ten skrypt pozwala na dodawanie różnych szeregów zdarzeń do tego samego kanału.

Ten skrypt może być również użyty do utworzenia na wyjściu szeregu pulsów o określonej częstotliwości. Gdy w kanale typu event zostaną już utworzone zdarzenia, można je wczytać do sekwencera wyjścia przy pomocy skryptu PlaySpikeTimes.

Ten skrypt wymaga Spike2 v5.21 lub wyższej.

StimNumber.zip

Tego skryptu można użyć do nadania numerów identyfikacyjnych stymulacjom, kształtom spajków lub znacznikom. Skrypt tworzy nowy kanał pamięciowy typu TextMark, w którym znajdują się oznaczenia cyfrowe zaczynające się od 1 dla pierwszego zdarzenia w zakresie. Odpowiedni plik przykładowy, Demo.smr, znajduje się w folderze Data katalogu twojego Spike2.

Ten skrypt wymaga Spike2 v5.21 lub wyższej.

Marking.zip

Ten skrypt pozwala na adnotowanie danych fizjologicznych, które zostały nagrane razem z wideo (zazwyczaj zachowanie zwierzęcia) utworzonym za pomocą s2video. Możesz odtwarzać wideo i dane Spike2 z żądaną prędkością i oznaczać istotne zachowania w pliku danych za pomocą klawiatury. Skrypt tworzy dwa kanały do rejestrowania różnych kategorii zachowań, "States" i "Events".

States są oznaczane kolorowymi poziomymi paskami, które zaczynają się, gdy naciśniesz odpowiedni klawisz i trwają, dopóki nie naciśniesz spacji lub nie rozpoczniesz innego stanu.

Kanał Event po prostu rejestruje wystąpienie krótkotrwałych zachowań za pomocą kolorowych TextMarks. Zarówno States, jak i Events są również oznaczane na wykresach 'skyline', gdzie każdy typ zachowania jest reprezentowany przez inny poziom (analogicznie do hipnogramów często używanych w badaniach snu). Kanał 'level' dla zdarzeń ma krótkotrwałe odchylenia o standardowym czasie trwania (0,2 s).

Możesz określić do 26 zachowań (po jednym na literę alfabetu) wraz z etykietą dla każdego z nich (do 80 znaków). Etykiety wyświetlają się w znacznikach State lub gdy wskazujesz myszą na znacznik Event.

Skrypt ma narzędzia edycyjne, dzięki którym możesz poprawić błędy w kanałach etogramu i generuje tabelę podsumowującą wyniki.

Możesz wyświetlić i wydrukować przewodnik użytkownika, klikając przycisk na pasku narzędzi skryptu.

Wymagania: Spike2 v 8.25 lub wyższa, oraz biblioteka ug.s2s.

ChanReName.zip

Niektóre skrypty Spike2, zwykle te, które przetwarzają wiele zestawów danych przechowywanych w jednym pliku, wymagają, aby tytuły kanałów pasowały do określonego schematu nazewnictwa, aby skrypt mógł rozpoznać, które kanały przetwarzać. Na przykład skrypty przetwarzające wykresy ciśnienia skurczowego wielu zwierząt mogą wymagać by kanały ciśnienia krwi były zatytułowane od SBP: 1 do SBP: n.

Skrypt ten zapewnia szybki sposób zmiany nazw wielu kanałów w celu spełnienia wymagań skryptu analitycznego, a następnie umożliwia przywrócenia oryginalnych tytułów kanałów. Jednorazowo można zmienić tytuły do 20 kanałów. Musisz ponownie uruchomić skrypt, aby przywrócić oryginalne tytuły.

Skrypt dodaje klawisz skrótu oznaczony "ChRename" do paska skryptów w celu szybkiego dostępu.

Ten skrypt wymaga Spike2 v7.201 lub wyższej.

AlignComments.zip

Ten skrypt to narzędzie dla osób piszących skrypty. Poprawia on układ skryptu przez wyrównanie komentarzy, w liniach zawierających kod, do wspólnego, zdefiniowanego przez użytkownika przesunięcia.

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji 6.04 lub wyższej.

MergeFiles5.zip

en skrypt narzędziowy pozwala na:

• Połączenie w jeden plik danych, wszystkich podglądów czasowych z danego foldera.
• Kopiowanie i wklejanie danych pomiędzy otwartymi podglądami czasu.
• Usuwanie danych z wybranego zakresu w podglądzie czasu.

ConcatFiles.zip

Ten skrypt jest przeznaczony do łączenia zbiorów plików danych, które zostały zarejestrowane w sekwencji czasowej, z tą samą konfiguracją próbkowania. Pliki są łączone, koniec z początkiem, a przerwy są wstawiane w miejsca, w których jest opóźnienie pomiędzy końcem jednej rejestracji, a początkiem kolejnej. Oznacza to, że oś czasu o dokłądności do najbliższej sekundy jest zachowana. Jest to szczególne ważne gdy łączone są długie rejestracje, w których czas w ciągu dnia i długość przerw jest istotny.

Skrypt stosuje plik zasobów pierwszego pliku źródłowego w serii w celu zachowania kanałów Virtual, przetworzeń kanałów, kolejności wyświetlania kanałów itp., w pliku docelowym.

Dalsze informacje znajdują się w komentarzach na początku samego skryptu.

Testowany ze Spike2 v8.05. Kompatybilny ze Spike2 v7.07 lub wyższym.

DeleteRanges.zip

Ten skrypt wymaga Spike2 w wersji 7.07 lub wyższej. Pozwala on na usunięcie z podglądu czasu Spike2 zaznaczonych przedziałów czasowych. Przy użyciu skryptu TimeRanges.s2s znajdującego się w folderze scripts, należy zaznaczyć przedziały czasowe przeznaczone do wycięcia. Następnie należy uruchomić ten skrypt, by utworzyć nowy, zmieniony plik danych.

Oryginalne dane nie ulegają zmianie. Można użyć tego skryptu w celu wygenerowania ‘zwracających uwagę’ zmian w danych lub też, aby usunąć artefakty stymulacji.

RmktoRWave.zip

Można interaktywnie utworzyć trwałą kopię RealWave danych przechowywanych w RealMarks, tworząc kanał wirtualny poprzez użycie wyrażenia Rm() lub Rmc(), a następnie zapisując ten kanał w kanale dyskowym. Jednak staje się to czasochłonne, jeśli masz wiele kanałów do przetworzenia. Ten skrypt ma przyspieszyć to zadanie.

Skrypt działa na bieżącym podglądzie za pomocą przycisku na pasku Script i może przetwarzać pojedynczy kanał lub wiele wybranych kanałów RealMark. Kliknij przycisk Guide w głównym oknie dialogowym skryptu, aby wyświetlić podręcznik użytkownika w okienku loga.

Ten skrypt wymaga Spike2 v8.24 lub wyższej.

unclip.zip

Wiele rodzajów analiz obejmuje wykrywanie zdarzeń przekraczających poziom progowy. Próg ten zwykle opiera się na poziomie średnim + pewna wielokrotność odchylenia standardowego.

Pomiar średniej i odchylenia standardowego jest trudny w przypadkach, w których na dane wpływają artefakty, które powodują, że fala wielokrotnie osiąga granice zakresu rejestrowania, tj. jest „przycinana”. Jest to problem często spotykany podczas korzystania z systemów telemetrycznych do rejestrowania EEG lub EKG.

Ten skrypt „bez fanaberii” zapewnia sposób na złagodzenie tego problemu poprzez identyfikację artefaktów, które przekraczają lub spadają poniżej progu zdefiniowanego przez użytkownika. Tworzona jest kopia RealWave danego kanału, z artefaktami zastąpionymi przez poziom bazowy zdefiniowany przez użytkownika. Powinno to zmniejszyć zniekształcenie pomiarów średnich i odchyleń standardowych oraz, poprzez usunięcie usterek, uczynić dane przyjemniejszymi dla oka.

Ten skrypt wymaga Spike2 v7.19 lub wyższej.

ACSR.zip

Skrypty te mają na celu zmniejszenie wpływu artefaktów na zapisy fizjologiczne. Mogą znacząco pomóc w sytuacjach, gdy:

• stały poziom niepożądanych sygnałów utrzymuje się przez cały czas zapisu.
• Artefakty można rejestrować oddzielnie
• Nie można ich wyeliminować zwykłymi metodami ekranowania.

Mówiąc prościej, skrypty wykorzystują analizę widmową do scharakteryzowania samego sygnału artefaktu (dane treningowe) i odjęcia go od widm krótkich, nakładających się bloków danych zawierających artefakty oraz dane fizjologiczne. Te zmodyfikowane widma są następnie przekształcane z powrotem z częstotliwości do domeny czasu i ponownie składane w przefiltrowaną wersję oryginalnych przebiegów zawierających artefakty.

Metoda oparta jest na artykule:

"A Novel Technique to Reject Artifact Components for Surface EMG Signals Recorded during Walking with TranscutaneousSpinal Cord Stimulation: A Pilot Study" by Kim et al., from Frontiers in Human Neuroscience, June 2021, Vol 15, Article 660583

Pakiet zawiera 4 główne skrypty wraz z kilkoma bibliotekami funkcji skryptowych i przykładami.

Użytkownicy Spike2 w wersji 10.17 lub nowszej mogą używać skryptów ACSRoffline.s2s i ACSRonline.s2s, aby zastosować metodę odpowiednio w trybie offline lub online. Użytkownicy najnowszych Spike2 v8 i v9 mogą korzystać z wolniejszych wersji ACSR9offline.s2s i ACSR9online.s2s.

ACSRinclude.s2s, ACSR9include.s2s, ug.s2s i ghutils.s2s to biblioteki funkcji skryptowych wymaganych przez główne skrypty. Zapisz te pliki w folderze o nazwie include w folderze Documents/SpikeN (gdzie N to numer wersji). Ewentualnie przechowuj je w tym samym folderze, co skrypty główne.

Plik .zip zawiera podręcznik użytkownika .pdf oraz plik danych ACSRexample data.smrx (i .s2rx), którego można użyć do wypróbowania skryptów offline. Ten plik zawiera 2 kanały ciągłych artefaktów (głównie zakłucenie sieciowe) plus epizody EMG. Dostępna jest również konfiguracja próbkowania, ACSRtst.s2cx, która umożliwi testowanie skryptów online.

debounce.zip

Ten prosty skrypt czyści kanał zdarzeń poprzez kopiowanie do innego kanału zdarzeń, opuszczając wszystkie zdarzenia które zaszły zbyt szybko po ostatnim zdarzeniu.

ECGdelete.zip

Ten skrypt redukuje wielkość artefaktów EKG w zapisie EMG, poprzez odjęcie referencyjnego szumu. Konieczny będzie zapis kanału EKG obok zapisu EMG, jako źródła dla tworzenia znaczników Events wskazujących momenty pojawiania się artefaktów. Można pominąć ten krok, jeśli artefakty w kanałach EMG są wystarczająco duże, by stanowić wiarygodny sygnał wyzwalający.

Plik zip zawiera 2 skrypty, ECGdelete01.s2s nadający się do użycia ze Spike2 v7.07 lub wyższym oraz ECGdelete v5.s2s przeznaczony dla Spike2 v5.21 i v6.

artrem.zip

Usuwa artefakty bodzców z kanałów danych, zastępując artefakt linią prostą w celu zachowania ciągłości. Artefakty mogą zostać zidentyfikowane w oparciu o kanał wyzwalający lub o pozycję kursorów.

W Plikach do ściągnięcia znajduje się uaktualniona wersja dla użytkowników Spike2 v6 lub wyższej. Podstawowa wersja jest wciąż dostępna dla użytkowników wcześniejszych wersji Spike2.

FixGlitch.zip

Ten skrypt wersji 7 zamienia usterki lub artefakty w kanale Waveform lub RealWave przy pomocy predykcji liniowej. Mówiąc wprost, skrypt zamienia segmenty “złych” danych falą o podobnej zawartości spektralnej, co “dobre” dane po obu stronach defektu.

res2smr.zip

Konwertuje dane pliku wynikowego z powrotem w plik danych by można było wykorzystać plik danych do niektórych zastosowań. Wymaga programu Spike2 wersja 4 lub nowsza.