Es gibt mehrere Fälle, in denen es notwendig sein kann, mehrere 1401s im selbem experimentellen Aufbau zu betreiben. Beispielsweise könnten mehr Wellenformeingabekanäle beim Betrieb der Spike2-Software nötig sein, als bei einem einzigen, voll erweiterten 1401 verfügbar sind. Zur Lösung dieses Problems lässt die Synchronisierungsoption den Anwender mehrere 1401-Systeme verknüpfen.
Beim Verknüpfen separater Systeme stellt sich die Frage des Timings. Bei unabhängiger Benutzung kann jedes 1401 mit demselben Triggerimpuls gestartet werden, läuft dann aber mit einer von seinem eigenen internen, quarzstabilen Taktgeber abgeleiteten Taktfrequenz.
Die Genauigkeit des internen Taktgebers lautet 50 ppm oder besser über Zeit und Betriebstemperatur. Dies bedeutet, dass zwei 1401s, die mit demselben Startimpuls starteten, nach 6 Stunden bis zu 1 Sekunde voneinander abweichen könnten. Bei vielen Anwendungen mag dies nicht ins Gewicht fallen, bei experimentellen Verfahren, wo mehrere 1401s in Gebrauch sind, kann dies das Abstimmen von Events, die von verschiedenen 1401s aufgezeichnet wurden, aber schwierig machen.
Zur Lösung dieses Problems hat das Power1401 und das Micro1401-4, 3 und 2 eine werksseitig eingebaute Option zum Synchronisieren mehrerer 1401s, so dass ihre quarzstabilen Taktgeber stets exakt übereinstimmen.
Wenn eingebaut, fügt die Synchronisierungsoption beim 1401 einen Rückwandverbinder hinzu, in welchen ein Daisy-chain-Kabel gesteckt wird. Die Verdrahtung im Kabel bestimmt, welches 1401 den „Master"-Taktgeber hat und welche die „Slave"-Einheiten sind. Ein als Slave fungierendes 1401 erkennt ein eingehendes Taktsignal und misst seine Frequenz. Wenn es überzeugt ist, dass das externe Signal ein akzeptabler Takt ist, schaltet es seinen Bezugstakt auf Benutzung der externen Frequenz anstelle eines internen Kristalls um. Dieser Vorgang ist automatisch und erfordert keine Eingriffe seitens der Software. Das Taktsignal wird in jedem 1401 regeneriert, um an die nächste Einheit weitergegeben zu werden. Kabellängen können bis zu 2 Meter zwischen 1401s betragen.
Die Anzahl der auf diese Weise synchronisierbaren 1401s lautet 3 oder 4, von der Verkabelung bestimmt. Um mehr 1401s synchronisieren zu können, plant CED die Einführung eines externen Synchronisierungskastens, der als „Master" fungiert und Takte für bis zu 8 „Slaves" erzeugt. Diese Einheit wird auch Einrichtungen zum Anklammern an benutzergelieferte externe Frequenzquellen wie z.B. DAT-Maschinen und Video Genlocks aufweisen.
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