Scripts Spike2


Edition

Importation par lots pour les formats de fichiers
"étrangers" Amélioration ! (11/16)

Importation par lots pour les formats de fichiers
"étrangers"

uBatchImport.zip

Vous pouvez importer de nombreux formats de données étrangers dans Spike2. Les fichiers individuels peuvent être importés de manière interactive via la fonction Import du menu File de Spike2. Cela peut cependant devenir fastidieux si vous avez beaucoup de fichiers du même type à importer. Ce script vous permettra d'importer tous les fichiers d'un type défini par l'utilisateur vers un dossier spécifié. Certaines restrictions s'appliquent cependant. Certains formats ne peuvent pas, par exemple, être importés avec la version 32 bits de Spike2. Veuillez vous reporter à l'aide en ligne, section "Importation de fichiers de données étrangers" ("import foreign data file"), pour plus d'informations.

Ce script nécessite Spike2 v8.04 ou version ultérieure.

Amélioration :

    L'importateur DSI fonctionne désormais correctement
  • Ponemah and Xltek -Neuroworks importers have been added. (users of Spike2 8.08 and higher).

Suppression de bourdonnement express
Amélioration ! (08/17)

Suppression de bourdonnement express

HumRemExpress.zip

Ce script est un script de suppression de bourdonnement optimisé qui peut être utilisé lorsque vous avez enregistré un canal d'événement de marqueur fiable en utilisant le Générateur d'impulsions secteur ou un appareil similaire.

Si vous devez dériver un marqueur de bourdonnement à partir d'un canal de forme d'onde affecté par un bourdonnement, utilisez le script d'origine Elimination du bruit d'alimentation

Ce script nécessite Spike2 v7.00 ou version ultérieure.

Elimination du bruit d'alimentation (12/14)

Elimination du bruit d'alimentation

HumRemove.zip

Ce script est conçu pour améliorer le ratio signal sur bruit des enregistrements physiologiques en éliminant l'interférence liée à l'alimentation électrique. Ceci est obtenu, non pas par filtrage, mais en soustrayant des données brutes une estimation de cette interférence et en sauvegardant les résultats dans un nouveau canal. Le script a été modifié de façon à fonctionner sur les forme d'ondes comportant des trous.

Ce script nécessite Spike2 v 6.02 ou version ultérieure.

Les formes d'onde doivent être enregistrées avec une fréquence d'échantillonnage d'au moins 5 kHz. Vous obtiendrez de meilleurs résultats si vous enregistrez un canal d'événement marquant le début de chaque cycle de l'alimentation électrique ou, alternativement, un canal de forme d'onde reflétant avec précision la fréquence de l'alimentation.

Consultez la fiche technique Hum Remove.pdf pour plus de détails.

Conversion de fichiers .smr au format big file 400 canaux
(07/12)

Conversion de fichiers .smr au format big file 400 canaux

batch400.zip

Les vues temporelles de Spike2 peuvent comporter jusqu'à 400 canaux et avoir une taille allant jusqu'à 2 Go. Par défaut, une configuration d'échantillonnage génère 32 canaux. Cela ne sera toutefois pas toujours suffisant si l'analyse de vos données nécessite un grand nombre de canaux supplémentaires.

Ce script vous permet de convertir par lots tous les fichiers .smr se trouvant dans un dossier sélectionné au format big file 400 canaux, de manière à ce que vous ne soyez pas à court de canaux libres en cours d'analyse. Il permet également de porter la taille de votre fichier au-delà de la limite de 2 Go. Attention : bien que ce script ait fait l'objet de tests approfondis, il n'est assorti d'aucune garantie. Vous êtes donc vivement encouragé à sauvegarder vos données avant de l'exécuter !

Annotation d’un fichier de données
Amélioration ! (01/17)

Annotation d’un fichier de données

AddTmk.zip

Ce script vous permet d'ajouter hors-ligne des annotations TextMarks à une vue temporelle. Vous pouvez l'utiliser pour ajouter ou supprimer des TextMarks dans un canal existant basé sur disque ou pour créer un nouveau canal TextMark. Le script crée un raccourci clavier nommé Add Tmk sur la barre de script. Cliquez sur ce bouton ou utilisez le raccourci clavier Alt+T pour exécuter le script. Le dialogue de script principal comporte un bouton Help. Cliquez dessus pour afficher le guide d'utilisation du script.

Ce script nécessite Spike2 v6.18 ou version ultérieure.

Marquage des données significatives au moyen de
barres de couleur (09/16)

Marquage des données significatives au moyen de
barres de couleur

MarkState.zip

Ce script vous permet de créer un canal State dans une vue temporelle et de l'utiliser pour marquer des plages de temps significatives dans vos données, au moyen de barres de couleur et étiquetées. Ces barres peuvent être ajoutées automatiquement pour marquer des épisodes lorsqu’un canal de forme d'onde passe au dessus (ou en dessous) d’un seuil défini par l'utilisateur. Vous pouvez également marquer des plages de temps manuellement en cliquant et en faisant glisser la souris.

Vous pouvez utiliser jusqu'à 6 couleurs et étiquettes différentes par canal State pour marquer différents types d'événement. Le script peut générer un rapport succinct sur les temps de réaction et les durées des différents états, ainsi que sur l'ordre dans lequel ils se sont produits.

Testé avec Spike2 v 7.18 et 8.10

Décalage de données d'événement (04/10)

Décalage de données d'événement

TimeShiftEvents.zip

Ce script peut être utilisé pour copier des temps d'événement ou de marqueur depuis un fichier de données sélectionné vers un nouveau canal permanent, cela dans n'importe quel fichier de données ouvert. Le script génère deux curseurs permettant de sélectionner la plage de données à copier et vous pouvez appliquer un décalage temporel optionnel en définissant le temps de départ pour les données dans le nouveau canal. Un fichier de données, Demo.smr, est inclus en exemple dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

Insertion de trains d'événements hors ligne (04/10)

Insertion de trains d'événements hors ligne

AddEvents.zip

Ce script permet à l'utilisateur de définir une plage temporelle et une fréquence de stimulation pour l'ajout d'événements au sein d'un nouveau canal dans un fichier de données, cela à l'intervalle et sur la plage de temps ayant été spécifiés. Le script permet également d'ajouter des trains d'événements multiples au sein du même canal.

Ce script pourra également servir à créer des trains d'impulsion avec une fréquence spécifique en sortie. Une fois les événements créés en tant que canal d'événement dans le fichier de données, vous pourriez ensuite les charger dans le séquenceur de sortie au moyen du script PlaySpikeTimes.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

Numérotation d'événements de 1 à n (04/10)

Numérotation d'événements de 1 à n

StimNumber.zip

TCe script peut être utilisé pour assigner un numéro d'identification à des événements de stimulus, formes de pointe ou marqueurs. Le script crée un nouveau canal de mémoire TextMark contenant des chaînes de texte commençant à 1 pour le temps du premier événement dans l'intervalle considéré. Un fichier de données, Demo.smr, est inclus en exemple dans le dossier Data de votre répertoire Spike2.

Ce script nécessite Spike2 v5.21 ou version ultérieure.

Alignement des commentaires au sein d'un script
(08/15)

Alignement des commentaires au sein d'un script

AlignComments.zip

Ce script est un utilitaire destiné aux programmeurs de script. Il améliore la présentation d'un script en alignant les commentaires présents sur des lignes contenant du code en appliquant un décalage commun, défini par l'utilisateur.

Ce script nécessite Spike2 version 6.04 ou ultérieure.

Amélioration de l'organisation d'un script (04/08)

Amélioration de l'organisation d'un script

ScriptTidy.zip

Ce script est un utilitaire destiné aux programmeurs de script. Il permet d'améliorer la lisibilité des scripts, notamment pour les scripts les plus longs qui comportent un grand nombre de fonctions et de procédures.

Les options disponibles incluent : suppression des constantes et variables ayant été déclarées mais n'étant pas utilisées, classement alphabétique des fonctions après le programme principal. La manière la plus pratique d'utiliser ce script est d'utiliser un bouton sur la barre de script.

Ce script nécessite Spike2 version 6.04 ou ultérieure. Il utilise également des fonctions contenues dans le fichier de script GHutils.s2s (inclus dans le téléchargement). Ce fichier doit être placé dans un dossier nommé include, situé à l'intérieur du répertoire contenant votre copie de Spike2.

Fusion de fichiers Amélioration ! (01/17)

Fusion de fichiers

MergeFiles5.zip

Ce script utilitaire vous permet de :

  • Fusionner toutes les vues temporelles en un fichier de données unique, dans un dossier sélectionné à cet effet
  • Copier et coller des données entre des vues temporelles ouvertes
  • Supprimer des données des plages temporelles sélectionnées dans une vue temporelle
Des instructions d'utilisation complètes sont inclues dans les commentaires figurant au début du script. Ce script fonctionne avec Spike2 version 5. Une version “luxe" (MergeFiles (7,10). S2s) fonctionnant pour Spike2 v6 et v7 est également inclue.

Concaténation de fichiers (02/16)

Concaténation de fichiers

ConcatFiles.zip

Ce script permet de fusionner des lots de fichiers de données ayant été enregistrés dans une séquence de temps associée à une même configuration d'échantillonnage. Les fichiers sont joints bout-à-bout et des espaces sont insérés lorsqu'il y a un délai entre la fin d'un enregistrement et le début du suivant. Cela permet ainsi de préserver la précision de l'axe de temps. Ceci est particulièrement important durant la concaténation d'enregistrements de longue durée, pour lesquels l'heure de la journée et la durée des intervalles sont importantes.

Le script applique le fichier de ressources au premier fichier d'un lot de façon à conserver les canaux virtuels, les traitements de canal, l'ordre d'affichage des canaux, etc. dans le fichier de destination.

Vous trouverez de plus amples informations dans les commentaires insérés au début du script lui-même.

Testé avec Spike2 v8.05. Compatible avec Spik2 v7.07 ou version ultérieure.

Suppression des plages Amélioration ! (11/17)

Suppression des plages

DeleteRanges.zip

Ce script nécessite Spike2 v7.07 ou une version ultérieure. Il vous permet de supprimer des plages de temps marquées d'une vue temporelle de Spike2. Marquez les plages de temps à supprimer en utilisant le script TimeRanges.s2s dans votre dossier Spike2 scripts. Exécutez ensuite ce script pour créer un nouveau fichier de données modifié.

Les données d'origine restent intactes. Ce script pourrait également vous permettre de générer des « points saillants édités » de vos données ou pour supprimer des artefacts de stimulation.

Suppression d'artefacts d'une voie d'événement (07/09)

Suppression d'artefacts d'une voie d'événement

debounce.zip

Ce simple script se charge d'épurer une voie d'événement par copie sur une autre voie en ignorant tous les événements qui se produisent trop tôt après le dernier événement.

Suppression des artefacts ECG des canaux EMG
(07/16)

Suppression des artefacts ECG des canaux EMG

ECGdelete.zip

Ce script permet de réduire la taille des artefacts ECG dans les enregistrements EMG par soustraction du bruit de référence. Il vous faudra enregistrer un canal ECG dédié parallèlement à vos données ECG en tant que source d'événements marquant la position des artéfacts, à moins que les artéfacts présents sur les canaux EMG eux-mêmes soient suffisamment importants pour garantir un déclenchement fiable.

Le fichier zip inclut deux scripts, ECGdelete01.s2s (Spike2 v7.07 ou version ultérieure) et v5.s2s ECGdelete (Spike2 v5.21 et v6).

Suppression des artefacts de stimulus 03/16

Suppression des artefacts de stimulus

artrem.zip

Supprime les artefacts de stimulus dans les voies de données en les remplaçant par une ligne droite pour préserver la continuité. Les artéfacts peuvent être identifiés par chronométrage à partir d'un canal de déclenchement, ou en utilisant des positions de curseur.

Le téléchargement comprend désormais une version mise à jour pour les utilisateurs de Spike2 versions 6 et ultérieures. La version de base est toujours disponible pour les utilisateurs de versions antérieures de Spike2.

Correction des pépins (10/11)

Correction des pépins

FixGlitch.zip

Ce script destiné à la version 7 remplace les pépins ou artefacts survenant sur un canal de forme d'onde ou RealWave en s'appuyant sur la prédiction linéaire. L'idée du script consiste (dans ses grandes lignes) à remplacer les segments de « mauvaises » données par une forme d'onde au contenu spectral similaire à celui des « bonnes » données de chaque côté du pépin.

Convertir un fichier résultat en fichier de données (06/02)

Convertir un fichier résultat en fichier de données

res2smr.zip

Reconvertit les données de fichier résultat dans un fichier de données pour permettre une utilisation spécifique du fichier de données. Ceci nécessite Spike2 version 4 ou supérieure.

Canaux de traitement de canal en vue tempo
Amélioration ! (01/17)

Canaux de traitement de canal en vue tempo

ProcEvts.zip

Ceci est un script général qui sera utile pour créer et éditer les canaux Event, Level, Marker, TextMark, RealMark et WaveMark en vue en temporelle.

En utilisant ce script vous pouvez :

  1. Créer un nouveau canal de marqueur contenant les temps de pics, creux et dépassements de niveau dans un canal de forme d'onde ou RealWave.
  2. Mettre en place un discriminateur virtuel de fenêtre pour détecter les pics ou creux dans un canal de forme d'onde situé au sein d'une gamme d'amplitude définie par l'utilisateur.
  3. Créer un nouveau canal de marqueur et ajouter les marqueurs manuellement, en utilisant un curseur pour régler le temps et les dialogues de manière à entrer des informations supplémentaires, par exemple codes Marker, valeurs Text- ou Real-Mark.
  4. Créer un nouveau canal en associant des groupes of d'items copiés depuis plusieurs autres canaux.
  5. Editer les canaux de marqueur pré-existants, soit en ajoutant de nouveaux marqueurs, en les supprimant ou en changeant les codes Marker, les valeurs Text- ou Real-Mark associés aux marqueurs existants.
  6. Eliminer facilement les marqueurs erronés causés par un rebond.
Ce script nécessite la version 5 ou supérieure de Spike2.

Certains de ces scripts ont été développés par les utilisateurs plutôt que par l'équipe CED. Si vous disposez d'un script que vous aimeriez mettre à la disposition des autres utilisateurs sur cette page, informez-en Simon Gray. Nous fournissons également des scripts pour Signal.

Ces scripts sont sauvegardés en tant que fichiers WinZip, myscript.zip, sauf lorsqu'ils sont présentés sous le format spike\scripts\myscript.s2s. Ces fichiers ont été installés avec Spike2 et spike. réfère au répertoire dans lequel vous avez installé Spike2. Voir les résumés en cliquant sur la ligne de description ci-dessous. Vous pouvez alors les télécharger en cliquant sur le nom du fichier ; veuillez vérifier la taille reçue.

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Le ronflement secteur est souvent complexe et composé d'harmoniques impairs de la fréquence réseau. C'est pourquoi il est très difficile de l'éliminer avec de simples filtres passe-haut ou coupe-bande. HumRemoveExpress.s2s est un script de Spike2 version 7. Il peut être utilisé hors ligne pour éliminer une grande partie de ces interférences résiduelles. Vos données sont ainsi plus présentables et beaucoup plus faciles à analyser. Cette vidéo vous explique utiliser le script pour supprimer les ronflements secteur.

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