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Scripts Spike2


En ligne

Fonction ZAP : sortie d'onde sinusoïdale avec augmentation de la fréquence
ZAPexample.s2s (01/17)

ZAPexample.zip

Ce script et la séquence qui lui est associée peuvent être utilisés pour générer une onde sinusoïdale, avec une augmentation linéaire ou quadratique de la fréquence, depuis le CNA 0 d'une interface 1401. Pour visualiser la sortie, connectez CNA 0 sur CAN 0, chargez la configuration d'échantillonnage incluse, ZAPexample.S2C, et sélectionnez le fichier de séquence texte, ZAPexample.pls,depuis l'onglet Sequencer.

Le script ouvre un nouveau fichier de données prêt à échantillonner, basé sur la configuration d'échantillonnage en cours. Le paramétrage des ondes sinusoïdales est contrôlé à partir d'un bouton barre d'outils et peut être mis à jour en cours d'échantillonnage.

Ce script nécessite Spike2 v7.00 ou version ultérieure et une interface Micro1401 ou Power1401.

Rampe linéaire de fréquence d'impulsion
LinRampFreq.s2s (01/17)

LinRampFreq.zip

Ce script et la séquence qui lui est associée créent des rampes de fréquence d'impulsion croissante ou décroissante en ligne, et permettent à l'utilisateur d'entrer des paramètres liés à la durée de la rampe, ainsi que les fréquences de début, de changement de sens et de fin pour la sortie d'impulsion.

Avant de lancer le script, assurez-vous que la séquence de sortie LinRampFreq.pls est sélectionnée dans l'onglet Sequencer de votre configuration d'échantillonnage. Le script crée un nouveau fichier de données pour l'enregistrement, basé sur la configuration d'échantillonnage en cours.

A des fins de test, définissez le canal 1 de votre configuration d'échantillonnage en tant que canal d'événement, dans lequel les impulsions pourront être enregistrées pour vous aider à visualiser les résultats. Les impulsions sont réglées sur une longueur de 10 us et sont générées en sortie à partir de la sortie numérique 0 du 1401.

Ce script nécessite Spike2 v5.17 ou version ultérieure et une interface Micro1401 ou Power1401.

Génération de temps de pointe préenregistrés en tant que stimulus
PlaySpikeTimes.s2s (05/10)

PlaySpikeTimes.zip

Ce script et la séquence qui lui est associée offrent un exemple d'utilisation du tableau de séquenceur pour produire en sortie une série d'événements préenregistrés durant un d'échantillonnage. Sélectionnez le fichier de séquence PlaySpikeTimes.pls dans l'onglet Sequencer de votre configuration d'échantillonnage avant de lancer le script.

Une fois lancé, le script invite l'utilisateur à ouvrir un fichier de données contenant les pointes ou événements à utiliser et à sélectionner un intervalle de temps pour les événements à écrire sur le tableau de séquenceur. Pendant l'échantillonnage, la touche 'a' permet de lire les données copiées à partir de la sortie numérique 0.

Ce script nécessite Spike2 v5.17 ou version ultérieure et une interface Micro1401 ou Power1401.

Réglage automatique du débit vidéo en fonction de l'activité des pointes
VideoRate.s2s (08/10)

VideoRate.zip

Ce script peut être utilisé pour surveiller un événement ou un canal WaveMark et alterner entre taux de trame lent ou normal, selon le niveau d'activité observé sur le canal sélectionné. Vous pouvez spécifier l'intervalle minimal entre deux événements utilisé pour signaler le début d'une période de faible activité.

Ce script nécessite Spike2 v5.17 ou version ultérieure.

Application de filtres IIR sur un canal de forme d'onde en ligne
OnlineFilter.s2s (06/16)

OnlineFilter.zip

Ce script offre un exemple d'application de filtres IIR sur un canal de forme d'onde désigné en cours d'échantillonnage. Il ouvre un nouveau fichier de données basé sur la configuration d'échantillonnage en cours, puis génère un dialogue depuis lequel l'utilisateur peut spécifier le type de filtre à appliquer, ainsi que le canal de forme d'onde source à utiliser.

Une fois l'échantillonnage lancé, le script utilise une routine passive pour appliquer le filtre sur les données source et produit un nouveau canal de mémoire affichant le résultat.

Ce script nécessite Spike2 v6.01 ou version ultérieure.

Application d'un filtre IIR sur de multiples canaux de forme d'onde en ligne
OnlineFilter 04.s2s (06/16)

OnlineFilterMulti.zip

Ce script vous permet d'appliquer un filtre numérique IIR à un ou plusieurs canaux de forme d'onde en ligne. Dans sa version d'origine, il peut appliquer le filtre de votre choix sur jusqu'à quatre canaux de forme d'onde échantillonnées sur la même fréquence. Une modification mineure du script vous permettra d'augmenter le nombre de canaux pouvant être traités.

Un large choix de types de filtres peuvent être appliqués, notamment : encoche, résonateur, passe-bas, passe-haut, passe-bande et coupe-bande. Les caractéristiques de filtre incluent : Butterworth, Bessel, Chebyshev type 1 et Chebyshev type 2.

Vous trouverez un guide de l'utilisateur dans les commentaires insérés au début du script.

Ce script nécessite Spike2 v8.03 ou une version ultérieure.

Générateur d’impulsions à 3 canaux pour la stimulation intracellulaire
PulseGen 01.s2s (09/19)

PulseGen.zip

Cette combinaison script/séquenceur est destinée à être utilisée avec un amplificateur à microélectrode multicanal pour le verrouillage de courant. Il permet de stimuler jusqu’à trois neurones enregistrés simultanément pour tester la connectivité synaptique. Les durées et intensités de stimulation sont contrôlées via un dialogue qui permet d’effectuer des ajustements rapides. Il permet également de basculer rapidement entre un affichage à défilement automatique et le tracé superposé des balayages déclenchés.

Nous incluons également un exemple de configuration d’échantillonnage qui vous permettra de tester facilement le système.

Vous trouverez un guide d’utilisation au début du fichier de script, que vous pourrez imprimer pour référence.

Configuration logicielle requise : Spike2 version 8.17 ou versions supérieures

Configuration matérielle requise : Power 1401

Impulsion de franchissement de seuil
THRESPUL.S2S (07/15)

threspul.zip

Ce script en ligne est écrit en vue d'une utilisation de Spike2, version 3 ou ultérieure.

Il détecte le temps des franchissements de seuil sur un canal de forme d'onde et marque ces temps dans le fichier ou produit une impulsion TTL en sortie après détection. Le seuil est défini au moyen d'un curseur horizontal qui peut être déplacé à tout moment au cours de l'enregistrement.

Avant de lancer le script, vous devez vous assurer d'avoir réglé une configuration d'échantillonnage appropriée. Celle-ci doit contenir au moins un canal de forme d'onde. Si vous choisissez une impulsion TTL en sortie après détection de seuil, vous pouvez également choisir de définir un événement ou un canal de niveau à fin de tests.

Pour lancer le script, allez sur le menu script et sélectionnez Run script. Si le script est déjà chargé, celui-ci apparaîtra dans le menu, sinon sélectionnez Load and run, ce qui génèrera un dialogue de sélection de fichier à partir duquel vous devriez pouvoir trouver et charger le script threspul.s2s.

Lorsque le script sera lancé, un dialogue apparaîtra à partir duquel se règlent les divers paramètres requis :

Input channel -
Canal de forme d'onde sur lequel se base la mesure des temps de franchissement de seuil
Threshold -
Direction des franchissements de seuil. Positif (montant) ou négatif (tombant)
Action -
Impulsion TTL et /ou marqueur de canal mémoire


Lorsque la touche OK est pressée dans ce dialogue, le script ouvre un nouveau fichier de données, prêt à échantillonner et avec un curseur horizontal positionné sur le canal de forme d'onde sélectionné. Celui-ci doit être positionné à un niveau de départ raisonnable pour le seuil, presser alors le bouton OK pour continuer.

Lorsque vous êtes prêt à échantillonner, une barre d'outils s'affiche à partir de laquelle l'échantillonnage de données est contrôlé.

Quit -
Quitte le script et ferme la barre d'outils
Sample start -
Lance l'échantillonnage de données
Sample stop -
Stoppe l'échantillonnage. Ce bouton est désactivé jusqu'à ce que ne commence l'échantillonnage
New file -
Ferme le fichier en cours et ouvre un nouveau fichier prêt à échantillonner


Impulsion TTL

La sortie TTL par défaut donne une impulsion d'une durée de 1 ms à partir de la sortie numérique 0 (bit 8) de l'interface 1401. La vitesse générale de la séquence, la durée de l'impulsion et la sélection de bit de sortie peuvent être éditées dans le fichier pulse.pls, si nécessaire.

Le script écrit un fichier de séquence de sortie Spike2 qui est sauvegardé sous un nom par défaut (pulse.pls) dans le sous-répertoire de séquence du répertoire principal Spike2 où l'application est placée (par exemple : C:\Spike4\Sequence\pulse.pls).

Marqueur de canal de mémoire

Si Memory channel marker est sélectionné, un nouveau canal temporaire est créé et affiché dans le fichier de données. A chaque fois que le seuil est franchi, des marqueurs sont importés dans ce canal à une position aussi proche que possible du point effectif de franchissement de seuil. Ce canal est temporaire et doit être écrit sur un canal permanent si l'on désire le sauvegarder avec le fichier de données enregistrées. Pour ce faire, allez sur le menu Analysis, sélectionnez Memory buffer puis Write to channel. A partir du dialogue, vous pouvez alors sélectionner un canal vide sur lequel ces données seront écrites.

Maintien des niveaux d'enregistrement entre des limites recommandées
LVLmeter.s2s (07/05)

lvlmeter.zip

Dans certains types d'expérience, il pourra être nécessaire d'ajuster le gain et le décalage des préamplificateurs externes de manière répétée pendant un enregistrement. Il est important de surveiller ces modifications et de s'assurer que les niveaux d'enregistrement restent en permanence situés entre les limites recommandées. Le script d'indicateur de niveau peut vous aider à cet égard. Il génère une vue dupliquée de vos données entrantes, chaque canal étant affiché de manière relative par rapport à l'entière plage d'entrée du 1401. Des avertissements sonores et visuels sont émis si l'une des traces approche les limites de la plage de travail. Ce script vous permet également de tenir un journal des modifications de gain, décalage et autres paramètres en annotant le fichier de données avec TextMarks.

Ce script nécessite Spike2 version 5 ou ultérieure.

Génération de clics, impulsions sonores et pointes de bruit pour lecture en ligne
WaveMake 02.s2s (11/07)

wavemake.zip

Ce script vous permet de créer des impulsions sonores, pointes de bruit ou clics et de les sauvegarder au sein d'une configuration d'échantillonnage. Ces formes d'onde peuvent ensuite être utilisées via la sortie CNA du 1401 en tant que stimuli auditifs pendant les séances d'enregistrement suivantes.

Les clics stimuli peuvent être positifs ou négatifs. Les phases ascendantes ou descendantes des impulsions sonores peuvent être de durée fixe ou correspondre à un nombre exact de cycles de la forme d'onde sous-jacente (fuseaux de son). Le script peut également créer des séquences d'impulsions sonores identiques séparées par des intervalles fixes. Vous pourriez ainsi, par exemple, créer une stridulation de grillon synthétique avec 4 syllabes également espacées.

Vous pouvez sauvegarder jusqu'à 10 stimuli auditifs dans une configuration d'échantillonnage. Vous pouvez ensuite les utiliser en mode ‘‘single-shot'' (un coup) en appuyant sur la barre d'outils PlayWave pendant une session d'enregistrement. Utilisez le script WavePlay pour jouer les formes d'onde sélectionnées de manière répétée. Des instructions d'utilisation complètes sont inclues dans la section commentaires du fichier de script.

Configuration logicielle requise : Spike2 version 5.14 ou ultérieure.

Matériel : non compatible avec l'interface 1401 standard.

Stimulation auditive simple et script d'enregistrement
Waveplay v1.03.s2s (06/06)

waveplay.zip

Ce script vous permet de jouer des formes d'onde arbitraires (play-waves) de manière répétée via une ou plusieurs sorties CNA pendant l'enregistrement. Une application typique serait par exemple le lancement d'impulsions sonores répétées, ou de clics créés avec le script WaveMake pendant l'enregistrement des réponses auditives. Il existe cependant bien d'autres possibilités.

Ce script vous permet de sélectionner un ensemble de formes d'onde à jouer pendant la session d'enregistrement suivante et de régler les paramètres de synchronisation tels que la fréquence et le nombre de répétition. Les stimuli et réponses peuvent ensuite être affichés sous forme de balayages déclenchés ou en mode ‘'chart recorder'‘ (enregistreur de courbes). Le script permet également de jouer deux stimuli différents de manière alternée. Une application typique serait une présentation alternée de clics de condensation et de raréfaction. Un guide de l'utilisateur complet est inclus dans la section commentaires du fichier de script.

Configuration logicielle requise : Spike2 version 5.14 ou ultérieure. Le script fonctionne en conjonction avec un séquencer de texte : PlayWaveform02.pls. Ce fichier doit être sauvegardé dans le dossier nommé 'sequence' du répertoire Spike2 principal.

Matériel : non compatible avec l'interface 1401 standard

Certains de ces scripts ont été développés par les utilisateurs plutôt que par l'équipe CED. Si vous disposez d'un script que vous aimeriez mettre à la disposition des autres utilisateurs sur cette page, informez-en Simon Gray. Nous fournissons également des scripts pour Signal.

Ces scripts sont sauvegardés en tant que fichiers WinZip, myscript.zip, sauf lorsqu'ils sont présentés sous le format spike\scripts\myscript.s2s. Ces fichiers ont été installés avec Spike2 et spike. réfère au répertoire dans lequel vous avez installé Spike2. Voir les résumés en cliquant sur la ligne de description ci-dessous. Vous pouvez alors les télécharger en cliquant sur le nom du fichier ; veuillez vérifier la taille reçue.

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