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Scripts Spike2


Expériences

Tonalité signalant la détection d'ondes-R ECG
ECGTone.s2s (01/17)

ECGTone.zip

Ce script émet une tonalité à partir du CNA 0 du1401 lorsque l'onde R d'un complexe ECG est détecté au cours d'un échantillonnage.

L'échantillonnage est contrôlé via la barre d'outils du script et l'utilisateur est invité à définir le canal ECG à surveiller, ainsi qu'une valeur d'hystérésis pour la détection de pic d'onde-R. Un curseur horizontal est ensuite utilisé pour définir un seuil pour la détection de l'onde-R. A chaque fois que ce seuil est traversé, le script surveille le niveau des données entrantes et, lorsqu'un pic est détecté, attend que les données soient retombées au moins à hauteur du niveau de la valeur d'hystérésis prédéfinie pour émettre la tonalité signalant la détection de l'onde-R.

Ce script nécessite Spike2 v6.00 ou version ultérieure.

Visualisation de retour d'effort
BarDisplay.s2s (09/08)

BarDisplay.zip

Ce script offre un exemple de visualisation de valeur de canal en ligne dans une fenêtre séparée, à utiliser dans le cadre d'une expérience de retour d'effort. Le script inclut une routine passive qui actualise le diagramme en barres en fonction des données de forme d'onde entrant dans le canal 1.

Ce script nécessite Spike2 v4.24 ou version ultérieure.

Analyse de chant de criquet avec rafales
SongAn.s2s (01/17)

songan.zip

Analyse de chant de criquet en impulsions et pulsations au moyen de la fonction d'analyse par rafale de Spike2. Cette opération produit un simple tableau de résultats. Le fichier de données chant de criquet doit être ouvert et visible avant d'exécuter ce script.

Système d'analyse de potentiel d'action cardiaque
Capas.s2s (03/09)

capas.zip

Il extrait certains paramètres pour les données CAP (Cardiac Action Potential).

L'utilisateur doit tout d'abord sélectionner un fichier approprié à analyser et spécifier la voie CAP. Il doit ensuite placer un curseur horizontal sur les données de sorte qu'il franchisse toutes les ascensions dans le fichier de données.

Ceci permet au script de placer des marqueurs dans une voie d'événement temporaire chaque fois qu'un CAP est localisé. Ce script essaie ensuite d'extraire certaines caractéristiques du CAP ; ces valeurs sont affichées à l'écran.

Les caractéristiques extraites comprennent :

  • Heure de début de CAP
  • Heure de fin de CAP
  • Valeur de base
  • Valeur crête
  • Heure crête
  • Gradient ascendant
  • Gradient de repolarisation
  • Temps de repolarisation 30, 50, 60, 90 %.

L'utilisateur peut cliquer la souris dans la fenêtre de texte pour placer un curseur sur les données à la valeur indiquée par la position cliquée (plus facile à faire qu'à dire).

Arythmie de sinus respiratoire
RSA3.S2S (01/17)

rsa3.zip

Ce script a été conçu pour afficher l'arythmie de sinus respiratoire dans les données EMG.

Le fichier de données chargé contient une voie d'activité EMG et une voie d'onde de pression. Un seuil est établi sur la voie de pression pour marquer les points de début et de fin de chaque onde de pression. Pour chaque intervalle d'onde de pression, le pouls instantané est échantillonné à une fréquence donnée et les fréquences instantanées sont enregistrées dans un fichier de texte.

Suivi du mouvement de l'oeil
EYEMOVE.S2S (02/03)

eyemove.zip

Ce script permet à l'utilisateur de tracer le mouvement des yeux en deux dimensions et d'afficher les positions de fixation et les mouvements saccadés sous forme graphique.

Chaque expérience est formée d'un certain nombre d'essais dans lesquels un stimulus visuel est présenté au sujet pour suivre le mouvement de l'oeil au moyen d'un appareil approprié. Cet appareil doit produire deux tensions de sortie proportionnelles à la déflexion angulaire en directions X et Y respectivement. Ces signaux servent d'entrée au CED 1401 connecté au PC exécutant le script. Lors de l'initiation d'un essai, le script affiche un tracé XY du mouvement de l'œil du sujet en temps réel. Les points de fixation sont marqués au cours du tracé et les mouvements saccadés sont tracés à la fin de l'essai. Un enregistrement de données concernant ces caractéristiques est conservé dans un fichier-journal.

Un fichier de mise en séquence extrêmement simple, eyemove.pls, est fourni pour envoyer un signal de sortie numérique à l'appareil de stimulation visuelle pour déclencher un essai du type requis.

Une fonction d'analyse des résultats et de vidage des données hors ligne est également fournie.

Ce script nécessite un Power1401, un 1401plus ou un micro1401 ; il ne peut pas être exécuté sur un 1401 standard. Il tourne avec Spike2 version 3.xx uniquement, et non pas avec les versions 2 du programme.

Tracé X-Y des mouvements oculaires
I_track.s2s (02/09)

ltrack.zip

Ce script hors-ligne affiche les mouvements oculaires par rapport à une cible qui est suivie en repassant le fichier de données et en traçant les coordonnées angulaires de chaque œil sur une vue X-Y.

Les données brutes représentent une vue temporelle des composantes horizontales et verticales de l'œil et (en option) des mouvements cibles, tels qu'ils sont enregistrés par un système de caméra de suivi de la pupille. Ce script vous permet ensuite de repasser les données tout en affichant le chemin X-Y suivi par les yeux et la cible. Vous pouvez sélectionner la vitesse de retransmission de 0,1 à 10 fois la vitesse réelle et sélectionner la durée des chemins à afficher. Vous souhaiterez généralement afficher les données les plus récemment repassées, par exemple les 0,5 dernières secondes.

Le script nécessite Spike2 version 6.09 ou une version ultérieure.

Un guide de l'utilisateur complet est inclus dans la section commentaire du fichier de script.

Le fichier .zip contient un exemple de fichier de données, que vous pourrez utiliser pour tester le script.

Skinner box
SKINNER BOX.S2S (01/04)

Skinner.zip

Ce script vous permet d'enregistrer un ou plusieurs canaux de données physiologiques pendant qu'un rat apprend à presser des leviers dans une cage de Skinner. Les temps de chaque pression de levier sont enregistrés en tant qu'évènements (sur les ports 0 et 1) et le 1401 délivre des impulsions de sortie LTT pour déclencher la libération d'un granulé alimentaire lorsque le rat donne la bonne réponse. Le temps des récompenses est enregistré sur le port d'évènement 2. Vous pouvez régler la durée d'une période réfractaire après une récompense pendant laquelle aucune nouvelle récompense n'est donnée même si le bon levier est pressé.

Trois paradigmes expérimentaux sont disponibles :

  1. Récompense si l'un des deux leviers est pressé (entraînement).
  2. Récompense si le levier gauche est pressé
  3. Apprentissage inversif. Le fait de presser le levier gauche est récompensé un nombre de fois défini, ensuite seul le fait de presser le levier droit est récompensé.

Configuration logicielle nécessaire : Spike2 v3 ou supérieure
Configuration matérielle nécessaire :
Un 1401 standard convient pour l'enregistrement d'un seul canal de données physiologiques à un taux d'échantillonnage élevé (de 10k à 20 kHz).
L'enregistrement multicanaux à des taux d'échantillonnage de 10 kHz ou plus par canal nécessite un 1401plus Micro1401 ou un Power 1401.

Stimulation auditive et enregistrements unitaires
AudioStimRecSU v705c.s2s (08/20)

AudioStimRecSU.zip

Ce package de scripts vous permet de générer des stimuli acoustiques et/ou vibratoires sur un ou deux canaux, d'enregistrer des réponses neuronales unicellulaires et d'effectuer des analyses en ligne de pointes discriminées. Initialement développés pour assister la recherche sur le système auditif et les organes de ligne latérale des poissons, ils seront tout autant utiles dans le cadre de nombreuses autres études auditives pratiquées sur les vertébrés et les insectes.

Ce package vous permet de générer des stimuli acoustiques et vibratoires d'une intensité connue et d'enregistrer les réponses unitaires intra- ou extra-cellulaires auxdits stimuli. Les stimuli disponibles incluent les fuseaux de son et les impulsions sonores symétriques ou asymétriques, d'une fréquence comprise entre 1 Hz et 10 kHz. Il est également possible d'utiliser des formes d'onde arbitraires sauvegardées (sons préenregistrés, par exemple) ou de déclencher un stimulateur externe. Le script peut également générer des séquences prédéfinies de stimuli sur une plage de fréquences et d'intensités pour la collecte rapide et automatisée des réponses nécessaires pour générer des courbes de réponse seuil.

Le système d'enregistrement inclut un discriminateur par fenêtres virtuel pour la détection de pointes. L'analyse en ligne des données entrantes inclut les histogrammes de temps, d'intervalle et de phase post-stimulus. Les statistiques circulaires sont utilisées pour quantifier le degré de verrouillage de phase des pointes sur la forme d'onde stimulus. Consulter les guides de l'utilisateur pour de plus amples détails.

Configuration de système requise:

Matériel : Micro1401Mk 2 ou ultérieure. Atténuateur CED3505
Logiciel : Spike2 v7.11ou version ultérieure
Scripts : AudioStimRecSU.s2s, SoundCalSU 703.s2s
Configuration d'échantillonnage : SU.s2c
Séquenceur : SU4.pls
Autres fichiers : MScaldataSU.txt, SpkcaldataSU.txt, SUSettings.txt
Guides de l'utilisateur : AudioStimRec SU.pdf, SoundCalSU.pdf, 3505_V2spec.pdf

Audiométrie du tronc cérébral
fishabr v1.20.s2s (10/20)

fish abr release.zip

Ce package de scripts Spike2 permet d'enregistrer des potentiels évoqués du tronc cérébral en réponse à des fuseaux de son, utilisés comme stimuli. Initialement développé pour assister la recherche sur les réponses des poissons aux sons sous-marins, il sera tout autant utile dans le cadre de recherches sur les réponses d'autres vertébrés à des sons aériens.

Ce script génère des fuseaux de son symétriques avec une phase de montée et de descente linéaire et comportant des fréquences porteuses allant de 5 Hz à 10 kHz via CNA0. L'utilisateur peut définir la forme du fuseau de son, sélectionner sa polarité (ou choisir une polarité alternative), la fréquence de répétition des stimuli et le nombre de balayages à inclure dans la moyenne. L'intensité des stimuli peut être réglée, par incréments de 5 dB, sur une étendue de 75 dB en utilisant l'atténuateur contrôlé par le programme CED. Une courbe d'étalonnage permettant de corriger les variations d'intensité en fonction de la fréquence des stimuli est en outre appliquée de façon automatique.

Les réponses neuronales préamplifiées enregistrées via ADC0 sont traitées par moyennage de signaux. Les réponses moyennées à chaque fréquence de stimulus sont affichées par ordre descendant d'intensité de stimulus de façon à faciliter l'estimation des seuils. La script construit et affiche la courbe seuil-réponse au fur et à mesure de la progression de l'expérience.

Configuration de système requise:

Matériel : Power1401 ou Micro1401 Mk2. Atténuateur CED3505
Logiciel : Spike2 v8.00 ou version ultérieure
Scripts : FishABR v1.20.s2s, SoundCalSU v703.s2s
Configuration d'échantillonnage : Fishabr v1.15.s2cx, SU.s2cx
Séquenceur : Fishabr v1.15a.pls, SU7.pls
Autres fichiers : MScaldataSU_0.txt, SpkcaldataSU_0.txt, abrsettings.txt
Guides de l'utilisateur : Fishabr v1.16.pdf, SoundCalSU7.pdf

Étude de l’activité motoneuronale avec PSF, PSTH et CUSUM
PSF 03e.s2s (04/18)

psf.zip

Les fréquences-grammes de péri-stimulus (PSF), les histogrammes de temps de péri-stimulus (PSTH) et les courbes cusum peuvent être utilisés pour étudier l’évolution de l’entrée synaptique vers les motoneurones. La méthode consiste à enregistrer l’activité d’une seule unité motrice via des électrodes implantées dans un muscle, tout en stimulant de manière répétitive un nerf sensoriel pour générer une entrée synaptique vers les motoneurones.

À partir de l’activité d’une unité motrice de marquage de canal Event, Marker ou WaveMark et d’une stimulation de l’entrée sensorielle par marquage de canal Event, ce script permet de générer des courbes PSTH, Cusum et PSF en ligne ou hors ligne. Vous pouvez également réexécuter un fichier de données existant pour simuler un enregistrement en ligne à des fins de démonstration.

Le script inclut un guide d’utilisation détaillé ainsi qu’une liste de références vers les articles pertinents.

Ce script nécessite Spike2 version 8.13a ou une version ultérieure.

Analyse des réponses visuelles à des grilles sinusoïdales en mouvement
AR 05.s2s (08/20)

AR05 release.zip

L’étude des neurones sensibles au mouvement dans le système visuel nécessite souvent une analyse des réponses à des grilles sinusoïdales se déplaçant selon différents angles. En collaboration avec le laboratoire Ribic (Département de psychologie, Université de Virginie), nous avons développé un système associant la stimulation visuelle (avec PsychToolbox) à l’enregistrement et à l’analyse (avec Spike2) pour analyser des unités sensibles au mouvement dans des enregistrements multi-cellulaires. Les résultats prennent la forme de tracés PSTH et tracés XY de la réponse neuronale moyenne en fonction de l’angle de stimulation.

The package:

  1. Indique précisément le matériel requis
  2. Inclut un script Matlab pour la génération des stimuli
  3. Inclut un script Spike2 pour l’analyse des données
  4. Inclut un exemple de fichier de données pour vous aider à vous familiariser avec la méthode.

Ce script nécessite Spike2 version 9.11 ou une version ultérieure.

Certains de ces scripts ont été développés par les utilisateurs plutôt que par l'équipe CED. Si vous disposez d'un script que vous aimeriez mettre à la disposition des autres utilisateurs sur cette page, informez-en Simon Gray. Nous fournissons également des scripts pour Signal.

Ces scripts sont sauvegardés en tant que fichiers WinZip, myscript.zip, sauf lorsqu'ils sont présentés sous le format spike\scripts\myscript.s2s. Ces fichiers ont été installés avec Spike2 et spike. réfère au répertoire dans lequel vous avez installé Spike2. Voir les résumés en cliquant sur la ligne de description ci-dessous. Vous pouvez alors les télécharger en cliquant sur le nom du fichier ; veuillez vérifier la taille reçue.

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